Белозерский край, где процветала лавра преподобного Кирилла Белоезерского, украсился теперь новыми обителями, более или менее замечательными. В этой самой лавре постригся некто Нил, по фамилии Майков. Чрез несколько времени он отправился на восток с учеником своим Иннокентием и, посетив многие обители на Афоне, в странах цареградских и других местах, наиболее полюбил "скитское житие". А потому решился по возвращении в отечество подвизаться и сам по-скитски. Сначала он устроил было себе уединенную келью вблизи Кириллова монастыря, но вскоре удалился на реку Copy, или Сорку, в 25 верстах от Белозерска, на место низменное и болотистое и там поставил для себя небольшую хижину и часовню. Приходивших к нему для сожительства принимал, но с условием, чтобы и они жили скитниками. Для пропитания их он построил на Соре мельницу, для того чтобы они, подвизаясь ежедневно только в своих кельях, могли во дни воскресные и праздничные собираться вместе на молитву, построил деревянный храм, сделав для него высокую насыпь, а для руководства братии в духовной, подвижнической жизни написал подробный "Устав скитскаго иноческаго жития" по образцам восточных скитских уставов. Таким-то образом основался Нилов скит, или пустынь преподобного Нила Сорского, прославившийся не богатством или многолюдством братии, а строгостию устава и высотою отшельнических подвигов своего основателя. Братии здесь было немного: вскоре по смерти преподобного Нила (1508) мы видим в его ските только одного иеромонаха, одного иеродиакона и 12 старцев. Кроме Нилова скита в Белозерской стране к концу XV в. упоминается еще новый монастырь - Никитский, находившийся на правом берегу реки Шексны, в десяти верстах от города Кириллова.
В XVI столетии появилось в той же стране шесть обителей, и между ними три одолжены были бытием своим трем ученикам преподобного Корнилия Комельского. Один из них, Кирилл, происходил из города Галича от дворян по фамилии Белых, принял пострижение от самого Корнилия, под руководством которого и проходил разные послушания в обители; потом несколько лет странствовал по пустыням севера и подвизался в уединении; наконец, в 1517 г. в тридцати верстах от Белозерска, на Красном острове Новаозера основал монастырь, известный под именем Кириллова Новоезерского, где после многолетних трудов и скончался (1532). Другой Филипп, в мире Феофил, также постриженник самого Корнилия, проведши 15 лет в его обители и несколько времени в странствованиях по пустыням, избрал себе место для подвигов в 45 верстах от Череповца на реке Андоге, в Красном бору, между Большим и Малым Ирапом и положил начало пустыни, которая по смерти его (1538) начала называться Красноборскою, Филиппо-Ирапскою. Третий, Иларион, после кончины своего наставника Корнилия (1537) перешел в Белозерскую страну к Илу-озеру в 30 верстах от Белозерска и, купив у одного поселянина остров, находившийся на этом озере и называвшийся Озадским, построил на нем кельи и храм в честь Рождества Богоматери и тем положил начало пустыни, названной по смерти его (1544) Иродионовою, Илоезерскою, Озадскою. Три остальные обители XVI в. в Белозерской стране были: Воронина Успенская пустынь в 13 верстах от Череповца, основанная в 1524 г. по благословению митрополита Даниила монахом Марком Вороною на месте явления чудотворной иконы Божией Матери и состоявшая постоянно в ведении Московских митрополитов; монастырь Горицкий Воскресенский девич на левом берегу Шексны, в шести верстах от города Кириллова, построенный в 1544 г. иждивением удельного князя Андрея Ивановича старицкого и его супруги Евфросинии Владимировны, в иночестве Евдокии; наконец, Мирзин Покровский, упоминаемый в одной духовной грамоте 1570 г.
Нам остается обозреть края Вологодский и Пермский, которые с 1492 г. составили уже одну епархию. И в прежнее время мы видели здесь до 20 обителей; теперь их появилось еще более. Кроме Печерской Троицкой пустыни, устроенной на реке Печоре Пермскими епископами в XV в., но неизвестно в каком году, и монастыря Рабанского Преображенского, основанного преподобным Филиппом в 32 верстах от Вологды на реке Рабанге в 1447 г., т.е. пред самым началом настоящего периода, во 2-й половине XV столетия возникли в этих краях следующие монастыри и пустыни: Борисоглебский, существовавший в Вологодском уезде прежде 1479 г.; Рябинина пустынь, основанная около 1485 г. в 60 верстах от Вологды на правом берегу реки Масляны; Печенгский Спасский на реке Печенге, в 20 верстах от Вологды, основанный в 1492 г. преподобными Авраамием и Коприем; Устюжский Преображенский, упоминаемый в Устюге в 1493 г.; Борисоглебский в Сольвычегодске, построенный до 1498 г.; Перцова, или Персова, Троицкая пустынь в 35 верстах от Вологды, основанная в 1499 г. преподобными Авксентием и Онуфрием; Иннокентиев Преображенский, названный по имени преподобного Иннокентия, который был из фамилии бояр Охлебининых, постригся в Кирилло-Белозерском монастыре, долго странствовал с преподобным Нилом Сорским по восточным обителям, жил потом несколько времени в его Сорском ските и наконец в последние годы XV столетия основал свой общежительный монастырь на реке Еде в 50 верстах от Вологды.
К концу XV, а более в начале XVI в. устроился и самый замечательный из тогдашних монастырей Вологодского края - Корнилиев Комельский. Преподобный Корнилий происходил из Ростова от богатых и знатных родителей, по фамилии Крюковых. С юных лет постригся и проходил разные послушания в Кирилло-Белозерском монастыре, потом странствовал по другим обителям, жил в какой-то пустыне близ Новгорода, в пустыне Савватиевой близ Твери, и наконец в 1497 г. пришел в комельские леса, тогда еще глухие и непроходимые, и здесь, в 45 верстах от Вологды, поселился в случайно найденной разбойничьей хижине для уединенных подвигов. Через четыре года мы видим на этом месте уже "пустыньку" и в ней храм Введения Пресвятой Богородицы, для которого митрополит Симон рукоположил (1501) во священника самого Корнилия. Когда число братий умножилось, он построил (1517) для них новый храм, более обширный, и новые кельи, написал для своей обители весьма подробный общежительный устав, завел в ней строгий порядок, а для больных и странников поставил больницу и странноприимный дом. После этого, поручив управление монастырем двенадцати старцам, избранным из среды братства, сам отошел с одним учеником своим, Геннадием, в костромские леса на Сурское озеро и положил там основание новому монастырю, который впоследствии начал называться Геннадиевым. В 1531 г. великий князь убедил было преподобного Корнилия снова принять начальство над Комельскою обителию, но он вскоре оставил ее в другой раз и переселился на покой в Кирилло-Белозерский монастырь. И хотя комельские иноки упросили старца возвратиться к ним, но он уже не принял на себя игуменства, а подвизался уединенно до самой своей кончины (в 1537 г.). После кончины преподобного в основанной им обители было до 90 человек братии и некоторые из его учеников, как мы видели, сделались основателями других обителей.
В 1-й половине XVI в. появились еще в Вологодском крае монастыри: а) Озерский Николаевский Комельский - в 35 верстах от Вологды, на восточном берегу озера Комельского, основан преподобным Стефаном Комельским по благословению митрополита Даниила (1522 - 1539); б) Ефремов Спасо-Николаевский - в 80 верстах от Тотьмы, при слиянии рек Режи и Ваги, построен старцем Ефремом по разрешительной грамоте великого князя Василия Иоанновича (1505 - 1533) и с благословения Ростовского архиепископа, к епархии которого Тотьма тогда принадлежала; в) Сямский Рождественский - в 60 верстах от Вологды, на западном берегу Кубенского озера, построен жителями Сямской волости в 1524 г. по благословению Вологодского епископа Пимена; г) Арсениева пустынь - в 40 верстах от Вологды на реке Масляне и д) Арсениев монастырь в 25 верстах от Вологды, при слиянии рек Лежи и Кохтыжи - обе эти обители, одна за другою, основаны около 1530 г. преподобным Арсением Сухарусовым, который прежде был игуменом Сергиевой лавры (1525 1527); е) Катромский Николаевский при озере Катромском в 104 верстах от Вологды, основан неизвестно когда преподобным Онуфрием, но упоминается в 1532 г.; ж) Коряжемский Николаевский близ устья реки Коряжмы в 15 верстах от Сольвычегодска, основан в 1535 г. преподобными Логгином и Симоном; з) Сойгинская Преображенская пустынь при устье реки Сойги в 75 верстах от Сольвычегодска, основана в 1540 г. тем же самым преподобным Симоном, который был сотрудником преподобному Логгину при устроении Коряжемского монастыря; и) Черниговский Предтечев на устье речки Черной, в бывшем городке Чернигове близ Сольвычегодска, в 1546 г. сгорел, а в 1586 г. в нем жили только один иеромонах и два монаха.
Из монастырей 2-й половины XVI в. в обозреваемых нами местах известны: а) Телегов Троицкий в 70 верстах от Устюга к северу по Двине, построен в 1553 г. преподобным Нифонтом; б) Тотпемский Спасо-Суморин близ города Тотьмы, основан преподобным Феодосием Сумориным в 1554 г. по просьбе местных жителей с разрешения царя Иоанна Васильевича и благословения митрополита Макария и имел пред кончиною своего основателя только девять келий; в) Христофорова Богородицкая пустынь в 27 верстах от Сольвычегодска, в верховье речки Коряжемки, открыта около 1555 г. преподобным Христофором, постриженцем Коряжемского Николаевского монастыря; г) Пыскорский Преображенский при устье речки Пыскорки, впадающей в Каму, и д) Сольвычегодский Введенский в самом городе Сольвычегодске - первый построен в 1560 г. знаменитым родоначальником фамилии Строгановых - Иоанникием Федоровичем, в монашестве Иоасафом, а последний - детьми этого Иоанникия, Иаковом, Григорьем и Симеоном, в 1563 г. с благословения Ростовского архиепископа Никандра; е) Кобылкин Дмитриевский в Вологде или близ Вологды, упоминается в 1568 г.; ж) Маркушевский Николаевский на реке Маркуше в 100 верстах от Тотьмы к северо-востоку, основан в 1578 г. преподобным Агапитом, спостником преподобного Логгина Коряжемского, испросившим у царя Иоанна Васильевича несколько земли на содержание своей обители, а у митрополита Кирилла - благословение на освящение в ней двух церквей; з) Трифонов Успенский при городе Вятке, на берегу реки того же имени, построен в 1580 г. постриженником Пыскорского монастыря преподобным Трифоном на иждивение местных граждан, которые исходатайствовали для того грамоту у царя Иоанна Васильевича.