Первые ботанические труды были комментариями к сочинениям античных учёных Теофраста, Диоскорида и Плиния Старшего, В дальнейшем появляются оригинальные «травники» — перечни лекарственных растений с их кратким описанием и изображением. Растения делили на деревья, кустарники и травы. Лишь итальянский ботаник А. Чезальпино сделал попытку (1583) создания классификации на основе строения семян, цветков и плодов. У Чезальпино имеются зачатки учения о метаморфозе, а также понятий рода и вида. Многотомные компилятивные энциклопедии были составлены по зоологии: «История животных» швейцарского учёного К. Геснера (т. 1—5, 1551—87) и серия монографий (13 тт., 1599—1616) итальянского учёного У. Альдрованди. Появились описания «заморских» животных, основанные на наблюдениях в природе и на посещении далёких стран, французского учёного Г. Ронделе, итальянского — И. Сальвиани — о рыбах и морских животных, и особенно французского натуралиста П. Белона — о рыбах и птицах, а также о животных Ближнего Востока, Белон впервые попытался сопоставить строение птицы и человека, изобразив рядом их скелеты (1555).
Блестящие успехи анатомии в эпоху Возрождения были связаны с внедрением анатомирования человеческого тела в практику как преподавания, так и исследования. Факты несоответствия реальных наблюдений книжным, основанным на авторитете Галена, решился опубликовать фламандский учёный А. Везалий в своём труде «О строении человеческого тела» (1543). Опровержение утверждения Галена о наличии пор в стенке сердца, разделяющей его желудочки, показало несостоятельность теории движения крови по Галену и подвело к выводу о существовании малого круга кровообращения. Этот вывод сделали испанский учёный М. Сервет (1553), а вслед за ним итальянский — Р. Колумб (1559).
Труды анатомов подготовили великое открытие 17 в. — учение У. Гарвея о кровообращении (1628) — образец физиологического исследования на основе количественных измерений и применения законов гидравлики в соответствии с нарождающимся механическим направлением в медицине. Виднейшими представителями ятромеханики были итальянские учёные С. Санторио, пытавшийся на себе проверить количественную сторону обмена веществ в теле человека (1614), и Дж. Борелли, стремившийся объяснить законами механики все формы движения животных (1680), в том числе мышечное сокращение и пищеварение. Эти объяснения наталкивались на непреодолимые трудности и находились в оппозиции к ятрохимическому направлению (см. Ятрохимия), объяснявшему все жизненные процессы на основе учения о ферментациях (брожениях), развитого в 16 в. немецким врачом и химиком Ф. Парацельсом. Учение о ферментациях объясняло и издавна допускавшееся самозарождение, а также зарождение и развитие, совершающиеся якобы путём смешения семенных жидкостей при оплодотворении, Даже Гарвей, провозгласивший основным принципом размножения животных положение «всё из яйца» (1651), допускал самозарождение для низших животных, у которых не были обнаружены яйца. Эксперименты итальянского учёного Ф. Реди (1668), показавшего, что «самозарождение» личинок мух в гниющем мясе объясняется развитием последних из отложенных мухами яиц, в то время ещё не решили окончательно вопроса.
С созданием микроскопа (17 в.) возможности изучения живых существ расширились и углубились. Плеяда блестящих микроскопистов открывает клеточное и волокнистое строение растений (английский учёный Р. Гук, 1665; итальянский — М. Мальпиги,1675—79; английский — Н. Грю, 1671—82), мир микроскопических существ, эритроциты и сперматозоиды (голландский — А. Левенгук, 1673 и позже), изучает строение и развитие насекомых (Мальпиги, 1669; голландский — Я. Сваммердам, 1669 и позже), движение крови в капиллярах (Мальпиги, 1661), обнаруживает яйца у рыб и фолликулы в яичниках млекопитающих, принимаемые за яйца (датский — Н. Стено, 1667; голландский — Р. де Грааф, 1672), устанавливает половые различия у растений (английский — Т. Миллингтон, 1676; немецкий — Р. Камерариус, 1694). Эти открытия привели к возникновению двух ошибочных направлений в эмбриологии — овистов и анималькулистов (сперматистов), отрицавших участие одного из полов в оплодотворении. Обе точки зрения сходились на том, что истинного развития в действительности не происходит, но, по одной, в яйце, по другой, в сперматозоиде заключён готовый миниатюрный зародыш будущего организма (см. Преформизм). Теория эпигенеза, сформулированная Аристотелем и Гарвеем, была отклонена как наивная и механистическая.
Искусственные системы растений попытались построить английский учёный Дж. Рей, описавший в своей «Истории растений» (1686—1704) свыше 18 тыс. растений, сгруппированных в 19 классов, и французский — Ж. Турнефор, распределивший их по 22 классам (1700). Рей определил понятие «вид» и, использовав труды английского учёного Ф. Уиллоби, дал классификацию позвоночных, основанную на анатомо-физиологических признаках (1693).
18 век. Всеобъемлющую для того времени «Систему природы» (1735), основанную на признании неизменности изначально сотворённого мира, предложил шведский натуралист К. Линней. Свою систему растений, названную им «сексуальной», он построил, исходя из числа тычинок и других признаков цветков. Его классификация животных была более естественной и строилась с учётом их внутренних особенностей, Линней выделил класс млекопитающих, в который он правильно включил китов, а также человека, отнесённого им вместе с обезьянами к отряду приматов. Огромная заслуга Линнея — введение бинарной номенклатуры с двойным наименованием (по роду и виду) каждой формы растений и животных. Искусственная система Линнея не удовлетворяла многих ботаников, пытавшихся найти «естественную» систему растений, в соответствии с их сходством и «сродством». Французский ботаник Б. Жюсьё осуществил её (1759) лишь в виде насаждений в Королевском саду в Трианоне (Версаль), а французский учёный М. Адансон пытался создать естественную систему семейств растений (1763). Завершил эти попытки французский ботаник А. Л. Жюсьё в своём труде «Роды растений, расположенные по естественным порядкам» (1789). Враждебную позицию по отношению ко всяким системам, в том числе и Линнея, занял французский натуралист Ж. Бюффон. Его «Естественная история», 36 тт. которой он успел опубликовать (1749—88), включает описание не только животных и человека, но и минералов и историю прошлого Земли. Бюффон искал единства в плане строения животных, строил догадки о прошлом животного мира и пытался объяснить сходство близких форм их происхождением друг от друга. Т. о., трансформизм Бюффона был ограниченным, но и от него он был вынужден отречься под угрозой отлучения от церкви (1751). Идеи Бюффона относительно размножения и развития организмов имели большое значение для опровержения учения о преформации. Они знаменовали возврат к учению о двух семенных жидкостях, участвующих в оплодотворении (1749). Бюффон пытался возродить и античную концепцию пангенезиса, утверждая, что в семенной жидкости собираются «органические молекулы», представляющие все части тела. Развитие особи французский учёный П. Мопертюи (1744) и Бюффон объясняли силами притяжения и отталкивания между органическими молекулами. Возрождению учения об эпигенезе больше всех способствовал русский академик К. Ф. Вольф (1759—68). Развитие он объяснял действием некоей «существенной силы», обеспечивающей движение питательных соков в зародышах. Вольф приписывал этой силе физические свойства притяжения и отталкивания, по аналогии с силой тяготения (1789). Т. о., это была не виталистическая концепция, а своеобразная реакция на «механическую» медицину. Начало этому положил немецкий врач и химик Г. Шталь, противопоставивший свою теорию анимизма (1708) концепциям человека-машины, управляемой флюидами. Приписывая «душе» управление всей жизнедеятельностью организма, он исходил из фактов зависимости физиологических реакций от нервно-психических воздействий. Его учение о «жизненном тонусе», берущее начало от принципа «раздражимости» (английский учёный Ф. Глиссон, 1672), получило дальнейшее развитие в учении немецкого физиолога А. Галлера о раздражимости (1753). Экспериментально показав различие между сократимостью мышечных волокон и способностью нервов и мозга проводить раздражения, Галлер приписал их действию двух «сил», присущих самим волокнам и тканям организма. Вслед за Галлером чешский анатом и физиолог И. Прохаска допускает наличие единой «нервной силы», обеспечивающей без участия мозга как восприятие возбуждения, так и передачу его двигательным органам (1784). Такое же истолкование получили сенсационные опыты итальянского учёного Л. Гальвани, обнаружившего «животное электричество» (1791), что привело в дальнейшем к развитию электрофизиологии (немецкий физиолог А. Гумбольдт,1797; итальянский — К. Маттеуччи, 1840; немецкий — Э. Дюбуа-Реймон, 1848).
