Союз, однако, продлился недолго. Многие противоречия раздирали повстанческую армию Махно. Помимо местных крестьян в его армию влилось много анархистов-боевиков, уголовных элементов и прочего сброда, который, после использования их большевиками в 1917 году, оказался не у дел и потянулся в теплые края Украины, где вольница растекалась по всем весям этой благодатной земли. В сознании крестьян никак не могли ужиться коммунистические уравниловки и национализация земли с ее продотрядами и комбедами, к тому же и недоверие к интеллигенции, к "белой косточке" оставалось живучим. По мнению Махно, революция большевиков ничего не прибавила крестьянам Левобережной Украины к их собственным завоеваниям. Ведь землю они взяли еще до Декрета большевиков о земле. Вместе с тем, приход большевиков повлек за собой насаждение колхозов, создание чрезвычаек, непосильных для крестьян реквизиций, нашествие комиссаров. Конфликт назревал…
В одной из телеграмм в РВС республики Махно писал: "… заявляю вам, что я и мой фронт останутся неизменно верными рабоче-крестьянской революции, но не институтам насилия в лице ваших комиссаров и чрезвычаек, творящих произвол над местным населением". 180 Как могли такие мысли нравиться сионо-большевикам, поставившим задачу покорения России? Троцкий всегда относился с недоверием к крестьянству и его вождям, а уж к Махно и к его армии тем более. Он всячески способствовал агитации и действиям против Махно. Анализируя причины разрыва Махно с большевиками, как писала об этом "Литературная газета" в 1990 году, в №6, Скачко, командарм-2 говорил: "Мелкие местные чрезвычайки ведут усиленную кампанию против махновцев и в то же время, когда те проливают кровь на фронте, в тылу их ловят и преследуют за одну только принадлежность к махновским войскам… Так дальше продолжаться не может: работа местных чрезвычаек определенно проваливает фронт и сводит на нет все военные успехи, создавая такую контрреволюцию, какой ни Деникин, ни Краснов никогда создать не могли…"
Лев Троцкий всегда был сторонником крайних мер в отношении колеблющихся и непокорных. Приехав на Украину и узнав, что Махно решил провести в Гуляй-Поле четвертый районный съезд крестьянских Советов, независимых от большевиков, Троцкий побледнел от бешенства, увидев в этом вызов. Будучи недалеким военным стратегом, но напыщенно претендуя на роль крупнейшего военного деятеля, даже не представляя себе, какую мощь собрал на фронте Деникин, Троцкий 4 июня расформировывает 2-ю Украинскую армию, куда входят части Махно. В этот день в Харьковских (тогда столице Украины) "Известиях" появилась разгромная статья "Махновщина". На следующий день 5 июня - опять передовая: "Еще раз - долой махновщину!" - с призывом беспощадно пресечь махновщину. 6 июня - приказ Троцкого о ликвидации махновщины, запрещении съезда, предание его делегатов суду революционного трибунала и объявлении Махно вне закона. К этому времени фронт Троцким дезорганизован. Белые прорывают его и в вольном районе Гуляй-Поле вырубают наспех сформированный крестьянский полк. 7 июня - красные уже посылают Махно бронепоезд с просьбой держаться до их прихода. А Троцкий, с невидимым упрямством, невзирая на тысячи гибнущих красноармейцев, 8 июня выпускает приказ №133 "Перебежчикам к Махно - расстрел".
Девятого июня, узнав о том, что творит Троцкий, Махно телеграфирует ему и в Москву об уходе с должности комбрига, ибо считает неотъемлемым правом рабочих и крестьян самим устраивать съезды для решения своих насущных проблем. В этот же день по приказу Троцкого несколько полков большевиков вторгаются с севера в вольный район и громят махновские коммуны и Советы. А 11 и 12 июня в бронепоезде, где был совместный штаб 14-й армии Ворошилова и махновцев, члены штаба батьки Махно были схвачены и, как изменники, казнены в Харькове.
В данном случае Троцкий бросил под сабли и штыки десятки тысяч русских и украинских мужиков во имя реализации своего бредового фанатизма и авантюризма. Земля обагрилась кровью тысяч и тысяч тружеников-землепашцев. Чтобы прикрыть свои кровавые дела и вероломство, им быстро фабрикуется очередная фальсификация. В газетах в эти дни появляется сообщение об "открытии" Махно фронта и его сговоре с генералом Шкуро. На эту "измену" сразу же списывались провалы на фронте. Именно тогда Махно и нанес удар по большевикам.
Истинную правду подтверждают и "Записки о гражданской войне" В. Антонова-Овсеенко, бывшего непосредственным участником этих событий. В своем 4-ом томе он пишет о причинах неудач на фронте: "… факты свидетельствуют, что утверждения о слабости самого заразного места - района Гуляй-Поле, Бердянск - неверны… Махно еще держался, когда бежала соседняя 9-я дивизия, а затем и вся 13-я армия… Прежде всего здесь повинен аппарат Южфронта, не умевший сохранить боеспособность (повстанческих армий) и закрепить их революционную дисциплину".
После разгрома Деникиным Красной Армии на Украине, махновцы остались единственной силой, которая тогда стала противостоять белым частям. Огромная армия махновцев от 50 до 80 тыс. человек, в которую, кроме того, влилось много соединений 2-й и Крымской армий, совершает стремительный марш по тылам Деникина. Они сходу овладевают Александровском, берут Екатеринослав, громят артиллерийские склады, разрушают железные дороги и, наконец, разбивают деникинские силы под Перегоновкой. С. Орджоникидзе, член РВС 14-й армии, неприятно пораженный встречей повстанцев с красноармейцами, в середине декабря шлет в ЦК РКП (б) телеграмму о том, что популяризация в прессе имени Махно, который по-прежнему враждебен Советской власти, влечет в армии нежелательные симпатии к Махно…
Весной 1920 года гражданская война на внутреннем фронте разгорается с новой силой. Мощная военная группировка Махно состояла из двух частей. Основная часть - это штаб, конница порядка 2000 сабель, 800 тачанок с пулеметами, артиллерия и вспомогательная часть, в основном пехота из крестьян, собираемая по мобилизации. Из одного района Махно мог за ночь собрать от 10 до 15 тысяч бойцов. Попытки продотрядов и комиссаров реквизировать хлеб и живность в этих районах результатов не давала. Махно совершает дерзкие налеты громит комбеды и продотряды. Попытки окружить Махно ничего не дают. Население ему активно помогает, меняют лошадей, и они уходят от утомленных преследователей. Но крестьянство уже устало. Семь лет длится война, сначала мировая, потом гражданская. Трудно сказать, удержались бы большевики в Москве и вообще в стране, если бы Махно примкнул со своей армией к Деникину…
Наконец осенью 1920 года большевики в лице командующего фронтом М. Фрунзе, заключают последнее соглашение о совместных боевых действиях против Врангеля. Большевики за помощь посулили обсудить вопрос об автономии "вольного района". Бедный Махно, сколько раз они его вероломно обманывали, а он опять поверил… Большевики решили одним ударом убить двух зайцев: использовать махновцев при взятии Крыма, а затем, захлопнув мышеловку, всех их уничтожить. При взятии Перекопа бойцы Махно были брошены на самый тяжелый участок, они брали "в лоб" Турецкий вал и были почти полностью перебиты. Оставшиеся в живых около 5000 махновцев были тут же по приказу Троцкого расстреляны. Чудом удалось прорваться лишь командиру махновской конницы крестьянину Марченко. Во главе отряда в 200 сабель он сумел уйти обратно через Перекоп.
Сам Махно в это время лежал тяжело раненый в Старобельске (всего за войну Махно был ранен 12 раз, потерял ногу). Кровь закипела в жилах Махно, когда он узнал о вероломстве Троцкого, о том, как большевики "отблагодарили" его за службу. Собрав оставшихся в живых, Махно начал мстить, и жестокость его уже не знала предела. Сионо-большевики наклеили ему ярлык антисемита, что было откровенной ложью. Махно, как анархист, был за равенство и свободу всех народов. Среди его окружения было немало евреев, в том числе и один из его ближайших помощников, начальник контрразведки армии Л. Задов (Зиньковский). След своей мести Махно оставил на Украине и в России, уничтожая продотрядчиков, чекистов, коммунистов и комиссаров, и не его вина в том, что палачами русского народа, комиссарами, чекистами в своем подавляющем большинстве были лица еврейской национальности. За геноцид русского и украинского народов он имел полное моральное право на уничтожение евреев на русской земле. Но он не ставил перед собой такой цели, не опускался до уровня варварства сионо-большевиков и уничтожал только палачей своего народа. Поэтому обвинения его в антисемитизме - шаблонный прием сионистов скрыть преступления своих соплеменников против нашего народа. После взятия Крыма все освободившиеся части Красной Армии были брошены против Махно.
В июне 1921 года Махно в последний раз вступил в открытый бой с большевиками под Полтавой. Его отряд в 600 сабель был встречен красными в лоб и разбит. Через три месяца преследований Махно, раненный в голову, с горсткой соратников перешел румынскую границу… За границей Махно жил скромно. Посланный им в Россию, чтобы раскопать клады, "верный" начальник контрразведки Л. Задов продался сионо-большевикам и перешел на службу в НКВД. Махно тяжело болел и умер во Франции в 1934 году. На его скромном памятнике, по его просьбе, было начертано: "Советский коммунар Нестор Махно".