Официально советская сторона заявила о похищении 4 солдат: Бутаева, Шутова, Писарева и Шмавгонца. Собственно, эта тема никогда в отечественной историографии не изучалась, что дало повод ряду авторов совершенно справедливо указать на недоказанность официальной советской версии565. Ныне стали доступны материалы следственных органов НКВД и Главной военной прокуратуры, занимавшихся расследованием этих случаев, позволяющие установить, что же именно произошло. Как установило следствие, Г.А. Бутаев прибыл в 336-й стрелковый полк 5-й стрелковой дивизии в октябре 1939 г. и сообщил, что он является младшим командиром, хотя документов, подтверждающих это утверждение, он не имел. Тем не менее командование полка утвердило его младшим командиром. После этого Бутаев "стал просить командира, комиссара полка и начальника штаба, чтобы его назначили помощником коменданта полка, приказа по полку о назначении его пом. коменданта нет, но с ноября месяца по февраль 1940 г. Бутаев работал пом. коменданта полка. Получив беспрепятственный выход с территории полка, Бутаев ежедневно находился в гор. Вильно и окрестностях, посещал притоны, пьянствовал у литовских граждан, рекомендовал себя работником НКВД.
После его дезертирства найдены письма от литовских граждан, в которых они просили Бутаева принять их на работу в НКВД в качестве агентов. Для того чтобы сгладить свои поступки, Бутаев часто информировал Военкома полка т. Яблокова о поведении комсостава в городе, кто с кем пьянствует и в какие притоны ходит. Этим самым завоевал себе доверие и только после неоднократного появления в пьяном виде в расположении полка с должности помощника коменданта был снят". 4 февраля 1940 г. после беседы с прокурором, которого Бутаев просил не отдавать его под суд, он дезертировал. 12 мая 1940 г. при попытке задержания его сотрудниками литовской полиции Бутаев застрелился. При обыске трупа было найдено письмо Бутаева к брату, в котором он писал: "Я удрал из Красной Армии и нахожусь в буржуазном государстве и что ты мне больше не брат, т. к. я фашист, а ты большевик". Военный прокурор 16-го ОСК военный юрист 1 ранга Дроздов, принимавший участие в расследовании этого дела, полагал, что литовские власти убили Бутаева, опасаясь, что его поимка разоблачит их. Правда, никаких доказательств этого предположения в документах не приведено566.
В ночь на 25 апреля 1940 г. с поста сбежал с винтовкой красноармеец 2-й танковой бригады П.И. Шутов. Расследованием было установлено, что Шутов, будучи недисциплинированным и, видимо, неуравновешенным человеком, еще ранее высказывал намерения дезертировать, но никаких мер к нему принято не было. Шутов до 14 июня так и не был найден567. 18 мая из 41-й отдельной роты исчез Н.З. Шмавгонец, который объявился 26 мая и сообщил, что был похищен литовскими гражданами в Вильно. Однако в ходе дальнейшего следствия Шмавгонец рассказал, что он дезертировал и спрятался у своей знакомой Ю. Савицкой, которая познакомила его с неким Гарлиным, предложившим Шмавгонцу сотрудничать с некой антисоветской организацией. Согласившись на это, Шмавгонец попытался ответить на вопросы Гарлина о советских войсках, но не смог, так как ничего не знал. Тогда Гарлин предложил ему вернуться в часть и разузнать интересующие его сведения. В качестве легенды он предложил Шмавгонцу сообщить командованию о его "похищении"568. К сожалению, документов, проливающих свет на случай с Писаревым, найти пока не удалось.
Таким образом, доступные ныне документы свидетельствуют, что Бутаев, Шутов и Шмавгонец не являлись жертвами "похищений", а дезертировали из Красной Армии. Проверка партйно-политической работы в частях 16-го ОСК с 27 по 30 мая 1940 г. показала, что дисциплина во вспомогательных частях 16-го ОСК находилась на низком уровне: нередки были пьянки среди старшего и среднего комсостава, "элементарный списочный учет людей в ротах отсутствовал. Командный состав в поверках людей не участвовал"569. Все это способствовало различным дисциплинарным нарушениям.
Так, помимо вышеуказанных случаев, имели место и другие самовольные отлучки. Например, начальник продовольственного снабжения 641-го автобата техник-интендант 1 ранга М.Е. Мармылев с 5 по 8 февраля 1940 г. находился в самовольной отлучке на территории Литвы и пьянствовал570. 15 февраля дезертировали из расположения части красноармейцы Кузьмадемьянов и Щукин, которые были прикомандированы к штабу дивизии и работали в столовой комначсостава, где были замечены в воровстве. Их сняли с работы и отправили обратно в расположение 190-го стрелкового полка, "но так как приказа об откомандировании не было, в полку их не приняли и указанные красноармейцы до 3 марта неизвестно где находились и вспомнили о них лишь после того, когда красноармейцы, видевшие Кузьмадемьянова и Щукина в м. Алитус доложили об этом. 3-го марта Кузьмадемьянов и Щукин допрашивались прокуратурой, после чего сбежали из расположения части и явились только 5 марта, после чего были арестованы"571. 12 июня 1940 г. из 5-й стрелковой дивизии исчез младший командир В.Т. Головин. Он обменял обмундирование на гражданский костюм и стремился остаться в Литве, всячески скрываясь от розыска. 17 июня он был задержан литовской полицией, передан советским властям и 21 июня осужден к высшей мере наказания за измену Родине572.
Как бы то ни было, 30 мая 1940 г. в газете "Известия" было опубликовано "Сообщение НКИД о провокационных действиях литовских властей", в котором перечислялись случаи исчезновения красноармейцев из расположенных в Литве частей и вся ответственность за это возлагалась на литовскую сторону. 1 июня литовский посланник в Москве вновь пытался склонить советскую сторону к тщательному расследованию этих обвинений, но Молотов опять не поддержал эту идею. Советское полпредство в Литве 2–3 июня обращало внимание Москвы на стремление литовского правительства "предаться в руки Германии", активизацию "деятельности пятой германской колонны и вооружение членов союза стрелков", подготовку к мобилизации. Все это разоблачает "подлинные намерения литовских правящих кругов", которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят "свою линию против договора, перейдя к "деловому" сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам"573.
По мере развития дипломатического конфликта начались и прямые советские военные приготовления, которые, видимо, обсуждались 5 и 7 июня (с 22.40 до 1.00 и с 19.20 до 20.20 соответственно) в Кремле с участием Сталина, Молотова, Ворошилова, наркома обороны маршала С.К. Тимошенко, начальника генштаба маршала Б.М. Шапошникова, его заместителей генерал-лейтенанта И.В. Смородинова и командарма 2 ранга А.Д. Локтионова, назначенного командующим войсками БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова и командующего ЛВО командарма 2 ранга К.А. Мерецкова574. Согласно приказу наркома обороны № 0028 от 3 июня 1940 г., войска, размещенные на территории Прибалтики, с 5 июня исключались из состава ЛВО, КалВО и БОВО и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя Локтионова. В тот же день был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР, согласно которому "в связи со сложной международной обстановкой" предписывалось "задержать в рядах Красной Армии красноармейцев 3-го года службы до 1 января 1941 г." и "до особого распоряжения призванный… командный и начальствующий состав запаса". 4–7 июня 1940 г. войска ЛВО, КалВО и БОВО были подняты по тревоге и начали под видом учений сосредоточение к границам прибалтийских государств, одновременно в состояние боевой готовности были приведены советские гарнизоны в Прибалтике. 8 июня Локтионов получил приказ подготовить дислоцированные в Прибалтике советские авиачасти к возможным боевым действиям, усилить охрану аэродромов и подготовить их к обороне и приему посадочных десантов. Авиаполки должны были быть готовы к действиям по аэродромам и войскам противника и к перегруппировке на более защищенные советскими войсками аэродромы575.
Вечером 8 июня в городе Лида состоялось секретное совещание командного состава поднятых по тревоге войск БОВО, на котором заместитель командующего войсками округа генерал-лейтенант Ф.И. Кузнецов (он же командующий 11-й армией) информировал собравшихся о "возможных действиях против Литвы". Там же 11 июня с 13 до 16 часов проходило новое совещание с участием накануне вступившего в командование войсками БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова, изложившего план боевых действий и задачи войск, которые должны были нанести стремительное поражение литовской армии, не допустить ее отхода в Восточную Пруссию и за 3–4 дня занять Литву. Согласно боевому приказу № 002/оп от 12 июня, войска 11-й армии совместно с частями 16-го ОСК должны были окружить и уничтожить противника в районе Каунаса. Расквартированному в Литве 16-му ОСК ставилась задача удержать районы своей дислокации, захватить основные мосты на реках Неман и Нярис и обеспечить высадку 214-й воздушно-десантной бригады в 5 км южнее железно-дорожной станции Гайжуны, где предполагалось десантировать 935 человек. Совместно с частями 16-го ОСК десантники должны были захватить основные объекты Каунаса, на аэродром которого было бы переброшено еще 475 десантников. Подготовку операции предполагалось завершить к утру 15 июня. 13 июня для подготовки места десантирования около Гайжун была выброшена парашютная группа в 7 человек, а с 21.30 14 июня радиостанции дислоцированных в Прибалтике советских войск должны были работать только на прием, ожидая условного сигнала о начале операции576.
