В ходе упомянутых событий, взломав несколько сейфов, руководители переворота завладели всеми официальными и личными документами губернатора, включая подготовленные им отчеты для короля. Они не постеснялись даже захватить его личные носильные вещи, предметы обихода, запасы продовольствия, вина и оливкового масла. Все это награбленное имущество дона Альваро на огромную сумму примерно в 100 ООО касгельянос, они поделили между собой. Их наглость и беспринципность дошли до того, что содержание тюрьмы, охраны и все прочие расходы, связанные с проведением переворота и поддержания новой незаконной власти, были отнесены ими на счет личных средств благородного аделантадо.
На следующий же день после ареста дона Альваро и его сторонников толпа заговорщиков и их сообщники организовали шумное сборище перед домом капитана Доминго Иралы, где зачитали обвинительный акт против смещенного губернатора и постановление о передаче властных постов новым людям из своего числа. Пост временного губернатора и генерал-капитана провинции по этому решению был передан Доминго Ирале, а остальные важные должности оказались в руках его верных людей. Этими незаконными действиями заговорщиков был положен конец власти и всем полномочиям первооткрывателя и конкистадора новых земель в этой части Южной Америки губернатора и аделантадо провинции Ла-Плата Альваро Нуньеса Кабесы де Вака..
Однако сам дон Альваро продолжал находиться в сырой и темной тюремной камере-одиночке еще в течение 10 месяцев под очень строгой охраной. Несмотря на это, ему удавалось поддерживать регулярные контакты со своими сторонниками на свободе через прислугу индианку, приходившую его кормить каждый день. Хотя перед приходом и уходом ее всякий раз охранники раздевали догола и тщательно досматривали, смелая женщина продолжала переносить записки от губернатора и его верных людей, привязывая их нитками под пальцами босых ног, которые тщательно перемазывала в грязи, чтобы лучше скрывать опасную передачу. Благодаря налаженной таким образом конспирации Кабеса де Вака был хорошо осведомлен о положении в городе и действиях свергнувших его противников. Но он наотрез отказывался от предложений своих сторонников освободить его силой.
Доминго Ирала и его команда начали утверждать свою власть в провинции попытками расположить к себе ее испанское население, разрешив своим людям грабить и обирать индейцев, захватывать их дома, земли и продовольствие, отбирать у них женщин и девушек, а также всякое имущество и домашних животных силой. К этому времени многие индейцы освоенных районов провинции уже приняли христианство, но теперь перед лицом бесчинств новых братьев во Христе они стали возвращаться к своей старой вере и покидать свои жилища в поисках убежища от преследований испанцев в отдаленных землях. Этими действиями был нанесен серьезный удар по осуществлению успешно проводившегося бывшим губернатором процесса колонизации новой территории. Не ограничиваясь бесчинствами и открытым разбоем против мирных и еще недавно дружественных индейцев, новая власть продолжала жестокие и беспощадные преследования своих противников среди недовольных их действиями испанцев, сажая людей в тюрьмы и подвергая их страшным пыткам. Законный королевский губернатор продолжал оставаться в своей темнице. Его здоровье было настолько слабым, что для успокоения населения относительно слухов о его смерти в его камеру периодически пускали двух монахов и двух кабальеро, которые затем публично опровергали такие слухи.
Наступило время, когда было завершено строительство каравеллы, которую дон Альваро готовился отправить со своими донесениями королю в Испанию. Устроители переворота решили воспользоваться возникшей возможностью, чтобы послать Карлу V свои собственные доклады о якобы тираническом правлении бывшего губернатора, о его неумении управлять делами провинции, о нежелании завоевывать новые земли и осуществлять волю его императорского величества, что будто бы и вынудило население провинции восстать против аделантадо, свергнуть его и поставить на его место верных императору людей. После необходимых приготовлений накануне отплытия каравеллы Кабеса де Вака ночью был тайно перенесен в кандалах на судно, закован в цепи и помещен в специально сделанную крошечную камеру, где его замуровали досками. В ту же ночь каравелла отправилась вниз по реке в далекое и долгое плавание. Два дня спустя ее нагнала бригантина, с которой на нее были перегружены другие заключенные, в том числе заместитель губернатора капитан Саласар и племянник дона Альваро Педро де Вака. Их всех тоже отправили в Испанию под суд. Шел 1544 год.
При выходе из устья Ла-Платы в Атлантику оба судна попали в страшный шторм, во время которого запасы продовольствия, находившиеся на бригантине, были затоплены и почти полностью пропали. Сильнейшая буря бушевала четыре дня. Представители заговорщиков, сопровождавшие заключенных на каравелле, были настолько испуганы бешенством морской стихии, что сочли его небесным наказанием за совершенные преступления и беззаконие в отношении бывшего губернатора. Они стали унизительно ползать перед ним на коленях, целовать ему руки и ноги, рыдать и добиваться прощения за свои действия, читать молитвы и просить Всевышнего проявить к ним милость. Они еще больше уверовали во вмешательство небес, когда увидели, что шторм прекратился после того, как с дона Альваро были сняты оковы и он был освобожден из заключения.
После очень тяжелого и голодного плавания в течение трех месяцев каравелла и бригантина достигли Азорских островов. Здесь некоторые из охранников пришли в себя и вернулись к своим старым позициям по отношению к главной жертве их беззакония, но другие твердо встали на сторону бывшего губернатора. Раскол среди команды заговорщиков привел к тому, что дальнейший путь в Испанию они продолжили раздельно. Причем нераскаявшиеся поспешили отплыть домой первыми, чтобы опередить остальных в представлении своих ложных донесений и тем самым получить определенное преимущество. При этом они изобрели еще одну чудовищную ложь, разгласив сообщение о том, что Кабеса дэ Вака будто бы отправился на встречу с королем Португалии, чтобы выдать ему секреты своих открытий в Южной Америке.
Все участники переворота в Асунсьоне были сразу же отправлены под суд в Мадрид Туда вскоре должен был прибыть королевский двор, который в ту эпоху еще не имел постоянного места пребывания. В это же время умирает глава Совета Индий могущественный епископ Куэнки, который, зная о подлинном характере событий в бассейне Парагвая, намеревался использовать свое положение, чтобы по закону наказать настоящих виновников преступлений против губернатора и аделантадо Кабесы де Вака — носителя власти короля. Несколько дней спустя неожиданно странной смертью умирает Гарси-Ванегас — один из главарей заговора, сопровождавший губернатора из Асунсьона. Вслед за ним сходит с ума его сообщник — королевский контролер Алонсо Кабрера. Вслед за ним почти одновременно умирают два монаха-францисканца, доставивших немало хлопот и неприятностей дону Альваро своими попытками сбежать из Асунсьона с целью подать вымышленные обвинения против аделантадо.
