Весь мир замер в ожидании. Наполеон с тремя лучшими маршалами, Даву, Массена и Ланном, стоял в боевой готовности. Он ждал, чтобы Австрия «напала» первая, потому что это давало ему лишний аргумент в важном начатом в Эрфурте, но не оконченном споре с Александром: он еще надеялся на выступление России против Австрии. 14 апреля 1809 г. австрийский эрцгерцог Карл, лучший австрийский генерал, вторгся в Баварию. «Через два месяца я заставлю Австрию разоружиться и тогда, если будет нужно, совершу снова путешествие в Испанию», — сказал Наполеон, уезжая на войну.
Он, конечно, мало полагался на 100 тысяч подневольных немцев, которые численно составляли теперь треть его армии, он знал, какие великолепные, закаленные в боях корпуса остались в Испании и какие потери ветеранами несет там французская армия. И не только он это знал. Австрийцы действовали на этот раз с небывалой смелостью и силой. Первое большое сражение произошло при Абенсберге в Баварии. Австрийцы были отброшены, потеряв при этом больше 13 тысяч человек. Но дрались они очень храбро, гораздо лучше, чем при Арколе, чем при Маренго, чем при Аустерлице. Вторая битва — при Экмюле 22 апреля — кончилась новой победой Наполеона. Эрцгерцог Карл был отброшен за Дунай, понеся тяжкие потери. Затем маршал Ланн, завершая маневр, приступом взял Регенсбург. Наполеон, руководивший осадой, в разгаре боя был ранен в ногу. С императора сняли сапог, сделали наскоро перевязку, и он сейчас же велел посадить себя на лошадь и строго воспретил говорить о своей ране, чтобы не смутить солдат. Въезжая во взятый Регенсбург, он, улыбаясь, отдавал честь приветствовавшим его полкам, скрывая страшную боль. Эти бои под Экмюлем и Регенсбургом стоили австрийцам еще около 50 тысяч человек убитыми, ранеными, пленными, пропавшими без вести. В пять дней Наполеон выиграл пять кровопролитных битв.
Перейдя через Дунай и продолжая преследовать отступавшего Карла, Наполеон нагнал его в Эберсберге и здесь снова разбил его и отбросил. Наполеон при этом сжег город, причем часть населения (австрийцы утверждали, что половина населения) сгорела живьем. «Мы шли по месиву из жареного человеческого мяса», — говорит о прохождении французской кавалерии через развалины Эберсберга генерал Савари, герцог Ровиго. В этой покрывавшей улицы каше даже вязли копыта лошадей. Это произошло 3 мая. 8 мая Наполеон уже снова, как в 1805 г., ночевал во дворце австрийского императора в Шенбрунне, а 13 мая бургомистр Вены поднес императору ключи от австрийской столицы. Кампания, казалось, идет к быстрому концу. Но Карл, спасая армию, успел перебросить ее через венские мосты на левый берег Дуная, после чего сейчас же сжег мосты. Наполеон решился на необычайно трудную операцию. Примерно в половине километра от венского (правого) берега на Дунае начинается отмель, ведущая к острову Лобау. Наполеон решил навести понтонный мост до этой отмели, переправить туда главные силы своей армии, поредевшей от битв и от оставления гарнизонов по пути, а затем уже без труда переправиться с этого острова через узенький рукав реки, отделяющий Лобау от левого (северного) берега Дуная. 17 мая переправа на Лобау совершилась. Затем Наполеон велел навести понтонный мост через узкий рукав, с острова на левый берег. Первым переправился корпус Ланна, вторым — корпус Массена. Оба маршала заняли две близлежавшие деревушки, Асперн и Эсслинг. И тут-то уже перешедшие корпуса и двигавшиеся за ними другие части французской армии подверглись нападению эрцгерцога Карла, разгорелась яростная битва, и, когда Ланн с кавалерией бросился рубить отступавших в полном порядке австрийцев, вдруг подломился мост, соединявший правый (венский) берег с островом, и французская армия внезапно лишилась непрерывно до той минуты подвозимых снарядов. Наполеон велел Ланну немедленно отступить. Отступление совершалось с боем, с большими потерями. Во время боя в маршала Ланна попало ядро, раздробившее и почти оторвавшее обе ноги. Он умер на руках Наполеона, на глазах которого во второй раз увидели слезы. Французская армия ушла обратно на Лобау, и сколько бы Наполеон ни утешал себя тем, что французы потеряли в этой битве всего 10 тысяч человек (а на самом деле гораздо больше), эрцгерцог Карл — 35 тысяч (на самом деле около 27 тысяч), но факт поражения и отступления был на этот раз налицо. Это произошло 21 и 22 мая.
Бежавшие из Вены австрийский двор и правительство ликовали и готовились к возвращению в столицу. Сам эрцгерцог Карл, талантливый и серьезный человек, не только не хвастался одержанной победой, но и раздражался всеми этими преувеличениями. Но во всяком случае это было уже не снятие осады с Акра в 1799 г. и даже не Эйлау в 1807 г. Третья по счету наполеоновская неудача была гораздо значительнее, поражение гораздо яснее. Наполеон знал, что в Германии прусский майор Шилль начал вдруг со своим гусарским полком нечто вроде партизанской войны против французов; что тирольский крестьянин Андрей Гофер ведет такую же партизанскую войну в тирольских горах; что очень неспокойно в Италии; что в Испании, хотя он там оставил около 300 тысяч солдат, лучшую часть великой армии, лютая борьба возгорелась с новой силой. Известие о битве под Эсслингом, об императоре, который якобы пойман, заперт на острове Лобау (так говорили в Европе, принимая свое желание за действительность), должно было вдохнуть новые силы во всех поднимавшихся отовсюду бойцов.
Наполеон не терял, однако, хладнокровия и бодрости. Казалось, единственное, что его огорчило в эти грозные дни, — это смерть маршала Ланна, но вовсе не проигрыш битвы. Он знал, что австрийские потери огромны под Эсслингом, что и в первую часть кампании, еще до Вены, австрийцы потеряли свыше 50 тысяч — гораздо больше, чем французы. Он рассчитывал, усиливая армию, разрабатывая дальнейшие планы войны и в то же время внимательно читая ежедневно поступавшие со всех концов его необъятной империи донесения. С любопытством он узнал, что папа Пий VII и его кардиналы проповедуют, будто Эсслингская битва есть кара божия всемирному угнетателю, тирану, обидчику и притеснителю церкви. Наполеон, несмотря на хлопоты, хорошо запомнил и принял к сведению поведение официального божьего наместника. Тревожные вести доходили до Наполеона из Англии в течение всего лета 1809 г. В Англии снарядили экспедицию с целью создать диверсию на севере Бельгии. 40 тысяч солдат и 30 тысяч моряков приняли участие в этой экспедиции, направившейся на остров Вальхерен. На короткое время англичанам удалось овладеть Флиссингеном, но в конце концов ничего из этой экспедиции не вышло, и после тяжелых потерь англичане отплыли обратно.
Наполеон то ездил в Вену, в Шенбрунн, то возвращался на остров Лобау. Он быстро вдохнул в солдат уверенность в близкой победе; в середине июня армия отдохнула, получила подкрепления, остров Лобау был великолепно укреплен. Император теперь окончательно удостоверился, что эрцгерцог Карл, все время бездействовавший, в самом деле не в состоянии напасть и что теперь только от него, Наполеона, зависит, когда дать решительный бой.