Грейг послал 10 сентября 1788 года ордер Фондезину о задачах соединенной эскадры: крейсировать до середины или конца ноября, не допуская прорыва шведов из Свеаборга в Карлскрону, после чего ремонтировать суда в Копенгагене и идти на зимовку в Христианзанд; как осенью, так и весной следовало держать в проливах отряд кораблей для борьбы с вражеским судоходством, а главные силы вернуть в Копенгаген лишь весной.
Фондезин этих указаний не выполнил. Организовав кровавую и бесполезную вылазку на мирное селение в Швеции, он нарушил добрые отношения с датчанами. 24 сентября вице-адмирал сообщал Чернышеву, что эскадра Повалишина до 23 сентября не могла выйти с Копенгагенского рейда из-за противного ветра. Соединившиеся эскадры отправились для крейсерства у Карлскроны и Эланда. Получив сообщение из Ревеля, что балтийские эскадры идут на зимовку, уже 11 октября Фондезин собрал военный совет, который постановил находиться в море до 20 октября, и 29 октября русско-датская эскадра вернулась в Копенгаген. 6–12 ноября присоединились 3 корабля, присланные для подкрепления из Ревеля. Но Фондезин не возобновил крейсерство. Более того, он 22 ноября в нарушение ордера Грейга решил оставить эскадру на рейде Копенгагена из-за недостатка воды и провизии. Последствия решения сказались быстро. 3 декабря крейсерская эскадра Одинцова (2 корабля, 2 фрегата и катер), вышедшая 22 ноября, вернулась из-за льда и быстро вмерзла в лед, как и все остальные корабли, большинство которых стояло на рейде. А 4 декабря началась подвижка льдов, создавшая угрозу судам. Такое положение вещей было нетерпимо. 17 декабря Фондезин получил высочайшее повеление передать линейные корабли Повалишину; 22 декабря он сдал ему и эскадру, и транспортные суда.
Высочайший указ контр-адмиралу от 18 ноября гласил:
«Указали мы вице-адмиралу Фондезину возвратиться сюда, сдав вам команду, до будущего соизволения Нашего, над всеми там имеющимися морскими нашими силами. Во ожидании покуда можно будет доставить подробные наставления о предлежащих на следующую кампанию действиях, повелеваем вам: 1) взять меры, по соглашению с министром нашим бароном Криденером, о помещении для пребывания на зимнее время кораблей, фрегатов и прочих судов в порте датском, который за выгоднейший, удобнейший и безопаснейший признан будет; 2) пещися о доставлении всего надобнаго для пропитания людей и для приведения в наилучшую исправность вооружения под ведомством вашим имеющегося; а как датское правительство при начатии военных действий получило не малое количество сухарей из заготовленных для флота нашего, то и нужно, чтоб оные в натуре возвращены были для продовольствия эскадры нашей; о прочей же провизии и других потребностях распорядите с бароном Криденером и с агентом нашим Конингом. Потребные в прочем деньги доставлены вам будут от нашего генерального прокурора князя Вяземскаго; 3) покуда есть удобность, да и при наступлении весны, как скоро можно будет, старайтеся посредством легких судов беспокоить шведскую торговую навигацию и их транспорты, с наблюдением однако осторожности, дабы наши легкие суда не попались в руки неприятеля; 4) хранить также всю нужную осторожность, дабы неприятель не предпринял чего вреднаго против эскадры нашей, когда оная в порте находиться будет; 5) вообще советовать с министром нашим и его мысли на пользу службы нашей приемля за благо, с оными сображаться, а при том нам часто о всем нужном доносить».
Тут и сказалось то, о чем предупреждал Грейг. Первоначально Повалишин растерялся. Не зная иностранных языков, устранять последствия такой катастрофы, да еще после подпорченных отношений с датчанами, показалось ему слишком сложно. 5 января 1789 года он писал в донесении И. Г. Чернышеву:
«Возложенность на меня начальства, при толь несчастном положении эскадры при иностранном порте, в военное время, быв рассеяны по разным местам по Зунду, и в опасных состояниях, толь затрудняет, что я в сумнении нахожусь приготовить оную к действиям военным к началу открытия плавания; всякая потребность, которых не малое количество, во всю эскадру нужно необходимо получать; но по действиям идет весьма медлительно, я же не зная кроме природнаго моего языка, не имея переводчика, чрезвычайно затрудняюсь, и страшусь савершенно быть замешан, не служить пособием; ревность моя к службе, где не можно оной употреблять с успехом, как предоставить терпению, пересказывая оной чрез других, и часто бывает стечением многих обстоятельств к одному предмету не в силах объяснять, а оттого выходит не то что следовало. Сие и многое наводит страх не выполнить волю Ея Величества…»
Он предлагал прислать более опытного флагмана либо оставить Фондезина. Однако все же моряк, несмотря на трудности, энергично взялся за спасение кораблей: по пропиленному во льду каналу выводили в безопасное место корабль «Пантелеймон», берегом доставляли якоря для кораблей, лишившихся их в борьбе со стихией.
А положение действительно оказалось сложным. К 1 января 1789 года эскадра оказалась разбросанной. В гавани Копенгагена стояли корабли «Победоносец», «Мечеслав», фрегат «Надежда», катер «Меркурий» и 2 транспорта («Соломбала» и «Соловки»). На малом рейде в лед вмерзли корабли «Саратов», «Чесма», «Трех Иерархов», «Александр Невский», № 8, № 75, фрегат «Гавриил» и транспорт «Удалой». В Зунде у острова Амагера были разбросаны корабли «Северный Орел», «Пантелеймон», фрегат № 41. Катер «Дельфин» находился в гавани Ниве, а корабль № 9 — в Рамс-фьорде.
В донесении от 12 января тон Повалишина гораздо спокойнее. Он сообщал о том, что разбросанные корабли постепенно выводят в безопасные места. 13 февраля контр-адмирал докладывал о ледовых повреждениях «Пантелеймона», 17 февраля — о ходе спасения судов, поврежденных льдами: моряки отливали воду помпами, свозили на берег грузы. Повалишин советовался с Одинцовым и корабельным подмастерьем, и было решено для спасения от напора льдов после конопатки обшить четыре пояса фальшивой обшивкой ниже бархоута, защитить корму и нос, сделать в Копенгагене новые рули. Больных при команде и в больнице состояло 619 человек.
Правда, появилась новая проблема. 18 февраля обнаружилось намерение сжечь русские корабли, оказавшиеся в ледовом плену. В донесении Чернышеву в феврале Повалишин сообщал:
«Сего месяца 18 числа открыли злодейский неприятелей наших умысел к истреблению кораблей на малом рейде в эскадре моей находящихся; злодей сей, который хотя еще не открыт, уговорил шкипера Обреяна, купеческаго судна, который уроженец ирландской, стоящаго близко корабля № 8, чтоб с ветром на эскадру последовавшим зажечь свое судно, с обнадеживанием по великости зло действенной услуги и награждения соразмернаго, но невидимая рука устранила сего злодея, он прибегнул к совету о сем с другом своим, а сей ему изменил, донес здешнему министерству; оное (злодейство) открыто, судно арестовано под крепким караулом, корабельщик посажен в тюрьму».
Текст последующих донесений Повалишина Чернышеву спокойный и деловой. Контр-адмирал сообщал, что принимает провизию, что продолжаются работы по спасению аварийных кораблей. Много оказалось заболевших, и Повалишин указывал некомплект в 1027 человек. 13 марта он писал Чернышеву:
«Стужи при северных и северо-восточных крепких ветрах стоят весьма велики, и лед толще сделался, нежели пред сем был. Корабли: „Северный Орел“ и „Пантелеймон“ стоят в том же положении. Корабли сии в таком стоят страхе, что надежда к сохранению их весьма сумнительна, но буде и спасутся, то не могут без осмотра под водной части в море выдти. Фрегат № 41 в таком же положении, как пред сим доносил. Страхи наши от неприятельских покушений о истреблении здесь эскадры хотя и уменьшились, но совсем тем всякую ночь в превеликой осторожности находимся».
Чувствуется, что флагман начал входить в свои обязанности. Но в это время ему уже готовили замену. Высочайший указ Адмиралтейств-коллегии от 23 мая 1789 года гласил:
«Назначив к командованию эскадрою Нашей в Копенгагене и за Зундом находящейся вице-адмирала Козлянинова снабдили Мы его подробными наставлениями и повелели поспешать прибытием к начальству ему вверенному; между тем Мы надеемся что вы приложите всемерное старание, дабы эскадра сия приведена была как наискорее в исправность к плаванию и действиям, когда наступит к тому время, и что храня надлежащую осторожность противу неприятельских тайных и явных покушений, вы все то наблюсти не оставите, чего польза службы нашей и честь флага нашего требовать будет. Относительно снабдения помянутой эскадры, министр и агент Наши не преминут подавать вам зависящее от них пособие».
6 апреля корабли из гавани вышли на малый рейд. 7 апреля 1789 года Повалишин докладывал Чернышеву:
