1 августа 2003 в Моздоке террорист-смертник взорвал военный госпиталь, по официальным данным погибло 50 человек, 80 ранены (есть основания подозревать, что число пострадавших было занижено).
3 сентября 2003 террористы взорвали электричку Минеральные Воды - Кисловодск, пятеро погибших, более 50 раненых.
5 декабря 2003, накануне парламентских выборов вновь была взорвана электричка Минеральные Воды-Кисловодск, 44 погибших, десятки раненных. 8 декабря, на следующий день после выборов, террористка-смертница, направлявшаяся с "поясом шахида" в Государственную Думу, взорвалась у гостиницы "Националь" (шестеро погибших, раненые).
6 февраля 2004 в час пик был взорван вагон в московском метро, погибло около 40 человек, более 100 - тяжело ранены.
В конце августа 2004 г. в России было совершено несколько терактов: взрыв автобусной остановки на Каширском шоссе в Москве, взрывы двух пассажирских самолетов, взрыв у метро "Рижская".
1 сентября 2004 группа террористов захватила школу в североосетинском городе Беслане, взяв в заложники около 1000 человек, в том числе множество детей. 3 сентября 2004 г., во время операции по освобождению заложников, погибло более 300 человек, среди них более 100 детей.
Вместе с ростом числа жертв терактов росло и число обезвреженных террористов в докладах Патрушева. 5 октября 2004 он заявил в интервью НТВ, что в 2004 году российские спецслужбы предотвратили в общей сложности более 500 терактов. По его словам, около 200 из них "имели бы серьезный резонанс в обществе". 12 мая 2005, выступая в Госдуме, сказал, что ФСБ арестовала организаторов и исполнителей террористических актов в метро, у станции "Рижская", в электропоездах в Минеральных Водах, на остановках общественного транспорта в Воронеже и Краснодаре. Утром 10 июля доложил президенту В. Путину о ликвидации Шамиля Басаева (который, согласно альтернативной версии, подорвался сам вместе с КАМАЗом, на котором вез взрывчатку к месту теракта в Назрани). 20 июля Патрушев получил за это орден "За заслуги перед Отечеством" I степени. Он отрапортовал при этом: "Та война, которая была нам объявлена не только террористами, лидерами бандформирований, но и теми, кто поддерживал, финансировал, давал возможность лечиться (боевикам), она нами практически выиграна". Всего через два года спустя 29 марта 2010 в московском метро произошло два взрыва. Погибло более 40 человек. Меньше чем через год последовал взрыв в аэропорту Домодедово. Погибло еще 40 человек и более 130 были ранены.
Быть может, Патрушев бы и поставил новый рекорд бессменного пребывания на посту директора ФСБ, если бы не один его скандальный "прокол". 8 апреля 2008 г. на заседании Национального антитеррористического комитета (НАК) Патрушев сообщил, что бандиты и их сообщники в Южном федеральном округе, прилагают усилия по идеологической обработке молодежи и пополнению своих рядов" пользуются поддержкой не только "эмиссаров зарубежных террористических и религиозно-экстремистских организаций". Информационную поддержку террористам "в немалой степени оказывают отдельные иностранные неправительственные организации". (См. «Коммерсант», 09.04 2008), заявил шеф ФСБ. Его выступление многие восприняли, как попытку дискредитировать иностранные НКО, работающие в России. Так, российский представитель Human Rights Watch Александр Петров потребовал от главы ФСБ доказательств причастности НКО к террористическим действиям. А директор российского отделения Всемирного фонда дикой природы назвал речь Патрушева «безответственной». («Коммерсант», там же.). Скандал этот случился уже при новом президенте, и 12 мая 2008 Дмитрий Медведев назначил Патрушева секретарем Совета безопасности, освободив его от должности директора ФСБ.
Конечно, не только этот "прокол" заставил Медведева убрать Патрушева со столь ответственного поста. Дело в том, что его многочисленные провалы, никак не влияли на его стремление, совсем не подходящее директору спецслужбы, светиться в лучах юпитеров славы. В августе 2003 г. в ходе учений ФСБ по "локализации террористических проявлений в условиях плоскогорья" Н.Патрушев неожиданно совершил в составе группы спецназа подъем на вершину Эльбруса на высоту 5642 метра, что и показали по всем телеканалам. 7 января 2007 года вместе с Артуром Чилингаровым и своим братом он посетил Антарктиду и Южный полюс на вертолетах. Это тоже прогремело во всех теленовостях. Потом президент Путин наградил его брата В.Патрушева Орденом Дружбы за эту экзотическую экспедицию. С ней были связаны и другие скандалы, о которых будет сказано далее. Раздражало Кремль и широко рекламируемое увлечение Патрушева волейбольным спортом.
23 октября 2009 президент Медведев заявил, что дал поручение заменить в течение месяца возглавляющих российские спортивные федерации чиновников на "профессионалов, уделяющих своему виду спорта 24 часа в сутки": "Необходимо работать, - сказал он, - хватит штаны просиживать, проводить все время в командировках за границей. Чиновники пусть возглавляют попечительские советы федераций". Патрушев на этот момент уже был секретарем Совбеза, но все еще возглавлял Всероссийскую федерацию волейбола. В ноябре 2009 он ушел и с этого с поста.
В начале 2009 г. в России началась очередная шумно-показательная кампания по борьбе с коррупцией, в рамках которой высшие чиновники стали публиковать сведения о доходах за 2008 г. Патрушев сообщил, что его общий доход составил 3,3 млн. руб. В апреле 2010 по отчету за 2009 год у него в том, что касается недвижимости и автомобилей, все осталось по-прежнему - одна квартира площадью 265 кв. м, дача в аренде площадью 265 кв. м, два машино-места по 18 кв. ми ни одного автомобиля. У супруги секретаря СБ, правда, к земельному участку прибавилась квартира в пользовании площадью 239,9 кв. м. Но вот его денежные доходы за год неожиданно и существенно выросли с 3,3 млн. до 13,5 млн. руб. Может быть, в СБ платили больше, чем в ФСБ, или сыновья помогли. Патрушев, кстати, успел обеспечить им теплые места. Младший сын Андрей в июле 2003 года окончил Академию ФСБ России, работал в ФСБ в так называемом "промышленном" отделе, а в сентябре 2006 назначен советником директора "Роснефти" Игоря Сечина. А старший сын Дмитрий работал вице-президентом банка ВТБ, а в мае 2010 года в возрасте 32 лет был назначен на пост председателя правления Россельхозбанка, 4-го по величине банка России. (Данные о Патрушеве приведены по публикациям на сайтах compromat.ru; anticompromat.org.;compromat. ru; chekist,ru.; Wikipedia. org.)