Однако гератский мятеж заставил провести усиление советских войск у советско-афганской границы. По приказу министра обороны Д. Ф. Устинова началась подготовка к возможному десантированию в Афганистан посадочным способом 103-й гвардейской воздушно-десантной дивизии. Было резко увеличено число советских советников (в том числе военных) в Афганистане: с 409 человек в январе до 4500 к концу июня 1979 года. Согласно мемуарам бывшего директора ЦРУ Роберта Гейтса, 3 июля 1979 года американский президент Джимми Картер подписал секретный президентский указ, санкционирующий финансирование антиправительственных сил в Афганистане. В своём интервью 1998 года французскому журналу Le Nouvel Observateur, Збигнев Бжезинский вспоминал: «Мы не толкали русских вмешиваться, но мы намеренно увеличили вероятность, что они это сделают» Бывший директор ЦРУ Роберт Гейтс утверждает в своих мемуарах, что американские спецслужбы начали помогать афганским моджахедам за шесть месяцев до советского вмешательства.
Согласно официальной версии истории, помощь ЦРУ моджахедам началась в течение 1980 года, то есть после того как советская армия вторглась в Афганистан 24 декабря 1979 года. Но реальность, державшаяся в секрете до сегодняшнего дня, является иной: на самом деле президент Картер подписал первую директиву о тайной помощи противникам просоветского режима в Кабуле 3 июля 1979 года. И в тот же день написана докладная записка для президента, в которой указывалось, что мнению эта помощь повлечет за собой советское военное вмешательство.
Под наблюдением ЦРУ поставляли оружие для антиправительственных вооруженных формирований. На территории Пакистана в лагерях афганских беженцев, были развернуты центры специальной подготовки вооруженных группировок. Главным образом, программа основывалась на использовании пакистанской разведки (ISI) в качестве посредника для распределения финансирования, снабжения оружием и обучения афганских сил сопротивления.
Дальнейшее развитие ситуации в Афганистане — вооружённые выступления исламской оппозиции, мятежи в армии, внутрипартийная борьба, и особенно события сентября 1979 года, когда лидер НДПА Hyp Мохаммад Тараки был арестован и затем убит по приказу отстранившего его от власти Хафизуллы Амина, вызвали серьёзное беспокойство у советского руководства. Оно настороженно следило за деятельностью Амина во главе Афганистана, зная его амбиции и жестокость в борьбе за достижение личных целей. При Амине в стране развернулся террор не только против исламистов, но и против членов НДПА, бывших сторонниками Тараки. Репрессии коснулись и армии, главной опоры НДПА, что привело к падению её и без того низкого морального боевого духа, вызвало массовое дезертирство и мятежи. Советское руководство боялось, что дальнейшее обострение ситуации в Афганистане приведёт к падению режима НДПА и приходу к власти враждебных СССР сил. Более того, по линии КГБ поступала информация о связях Амина в 1960-е годы с ЦРУ и о тайных контактах его эмиссаров с американскими официальными представителями после убийства Тараки.
В итоге было решено готовить свержение Амина и замену его более лояльным СССР лидером. В качестве такового рассматривался Бабрак Кармаль, чью кандидатуру поддерживал председатель КГБ Ю. В. Андропов.
При разработке операции по свержению Амина было решено использовать просьбы самого Амина о советской военной помощи. Всего с сентября по декабрь 1979 года было 7 таких обращений. В начале декабря 1979 года в Баграм был направлен так называемый «мусульманский батальон», отряд особого назначения ГРУ — специально созданный летом 1979 года из советских военнослужащих среднеазиатского происхождения для охраны Тараки и выполнения особых задач в Афганистане. В первых числах декабря 1979 года министр обороны СССР Д. Ф. Устинов сообщил узкому кругу должностных лиц из числа высшего военного руководства, что в ближайшее время будет, очевидно, принято решение о применении советских войск в Афганистане. С 10 декабря по личному приказанию Д. Ф. Устинова проводилось развёртывание и мобилизация частей и соединений Туркестанского и Среднеазиатского военных округов. Была поднята по сигналу «Сбор» 103-я Витебская гвардейская воздушно-десантная дивизия, которой отводилась роль основной ударной силы в предстоящих событиях. Начальник Генерального штаба Н. В. Огарков, однако, был против ввода войск.
Решение о вводе войск было принято на заседании Политбюро 12 декабря 1979 года.
По свидетельству В. И. Варенникова, в 1979 году единственным членом Политбюро, не поддержавшим решение об отправке советских войск в Афганистан, был А. Н. Косыгин, и с этого момента у Косыгина произошёл полный разрыв с Брежневым и его окружением.
Начальник Генштаба Николай Огарков активно выступал против ввода войск, по поводу чего имел острые споры с членом Политбюро ЦК КПСС министром обороны СССР Д. Ф. Устиновым.
Против войны выступили советские диссиденты, академик А. Д. Сахаров в 1980 году был принудительно направлен в ссылку за публичные антивоенные выступления.
13 декабря 1979 года была сформирована оперативная группа Министерства обороны по Афганистану. Возглавлял группу генерал армии С. Ф. Ахромеев. 14 декабря 1979 года в город Баграм был направлен батальон 345-го гвардейского отдельного парашютно-десантного полка, для усиления батальона 111-го гвардейского парашютно-десантного полка 105-й гвардейской воздушно-десантной дивизии, который с 7 июля 1979 года охранял в Баграме советские военно-транспортные самолёты и вертолёты.
14 декабря Кармаль и несколько его сторонников были тайно привезены в Афганистан. Они находились в Баграме среди советских военнослужащих. 16 декабря 1979 года было покушение на X. Амина, но он остался жив. Тогда Кармаля срочно вернули в СССР. 20 декабря 1979 года из Баграма в Кабул был переброшен «мусульманский батальон», который вошёл в бригаду охраны дворца Амина, что существенно облегчило подготовку к запланированному штурму этого дворца. Для этой операции в середине декабря в Афганистан прибыли также 2 спецгруппы КГБ СССР.
До 25 декабря 1979 года в Туркестанском военном округе были подготовлены к вводу в Афганистан полевое управление 40-й общевойсковой армии, две мотострелковые дивизии, армейская артиллерийская бригада, зенитно-ракетная бригада, десантно-штурмовая бригада, части боевого и тылового обеспечения. В Среднеазиатском военном округе подготовлены два мотострелковых полка. Кроме того, управление смешанного авиакорпуса, два авиаполка истребителей-бомбардировщиков, один истребительный авиаполк, два вертолётных полка, части авиационно-технического и аэродромного обеспечения. В качестве резерва в обоих округах были отмобилизованы ещё три дивизии. На доукомплектование частей было призвано из запаса более 50 тысяч человек из среднеазиатских республик и Казахстана, и передано из народного хозяйства около 8 тыс. автомобилей и другой техники. Это было крупнейшее мобилизационное развертывание Советской Армии с 1945 года. Кроме того, к переброске в Афганистан также была подготовлена 103-я гвардейская воздушно-десантная дивизия из Белоруссии, которая уже 14 декабря была переброшена на аэродромы в Туркестанском военном округе.
К вечеру 23 декабря 1979 года было доложено о готовности войск к вводу в Афганистан. 24 декабря Д. Ф. Устинов подписал директиву № 312/12/001, в которой говорилось: «Принято решение о вводе некоторых контингентов советских войск, дислоцированных в южных районах нашей страны, на территорию ДРА в целях оказания помощи дружественному афганскому народу, а также создание благоприятных условий для воспрещения возможных антиафганских акций со стороны сопредельных государств».
Участие советских войск в боевых действиях на территории Афганистана директивой не предусматривалось, не был определен порядок применения оружия даже в целях самообороны. Правда, уже 27 декабря появился приказ Д. Ф. Устинова о подавлении сопротивления мятежников в случаях нападения. Предполагалось, что советские войска станут гарнизонами и возьмут под охрану важные промышленные и другие объекты, высвободив тем самым части афганской армии для активных действий против отрядов оппозиции, а также против возможного внешнего вмешательства. Границу с Афганистаном было приказано перейти в 15:00 московского времени (17.00 кабульского) 27 декабря 1979 года.
Утром 25 декабря 1979 года первым на территорию ДРА был переправлен 781-й отдельный разведывательный батальон. Следом за ним переправился 4-й десантно-штурмовой батальон, которому была поставлена задача по охране перевала Саланг. В тот же день началась переброска частей 103-й гвардейской ВДД на аэродромы Кабула и Баграма. На Кабульский аэродром первыми высадились десантники 350 гвардейского парашютно-десантного полка под командованием подполковника Г. И. Шпака.
