В Новгород царь сначала послал свой авангард. Задача этого осадного полка была простой: обложить город со всех сторон и закрыть все дороги к нему, чтобы никто не мог бежать из города. Опричники захватили все окрестные и новгородские монастыри, взяли, извините, в плен, иного слова не подобрать, монахов и поставили их на правеж, то есть стали монахов бить. Били их пять дней и требовали выкуп по 20 рублей с человека. Тем временем опричные бояре вошли в детинец, велели туда идти всем знатным новгородским семействам, надели на них цепи и поставили стражу, а дома опечатали. Скоро на Городище приехал и сам государь с полуторатысячным стрелецким войском.
На другой же день после прибытия государь велел перебить дубинами всех захваченных монахов и тела развезти по монастырям, откуда их забирали на правеж. Затем он объявил, что придет в воскресенье к обедне в Святую Софию. «По давнему обычаю, — говорит Костомаров, — архиепископ Пимен со всем собором, с крестами и иконами стал на Волховском мосту у часовни Чудного Креста встречать государя. Царь шел вместе с сыном Иваном, не целовал креста из рук архиепископа и сказал так: „Ты, злочестивец, в руке держишь не Крест Животворящий, а вместо креста оружие; ты, со своими злыми соумышленниками, жителями сего города, хочешь этим оружием уязвить наше царское сердце; вы хотите отчину нашей царской державы Великий Новгород отдать иноплеменнику, польскому королю Жигимонту-Августу; с этих пор ты уже не назовешься пастырем и сопрестольником Св. Софии, а назовешься ты волк, хищник, губитель, изменник нашему царскому венцу и багру досадитель!"
Затем, не подходя к кресту, царь приказал архиепископу служить обедню. Иван отслушал обедню со всеми своими людьми, а из церкви пошел в столовую палату. Там был приготовлен обед для высокого гостя. Едва уселся Иван за стол и отведал пищи, как вдруг завопил. Это был условный знак (ясак): архиепископ Пимен был схвачен; опричники бросились грабить его владычную казну; дворецкий Салтыков и царский духовник Евстафий с царскими боярами овладели ризницею церкви Св. Софии, а отсюда отправились по всем монастырям и церквам забирать в пользу царя церковную казну и утварь.
Царь уехал в Городище. Вслед за тем Иван приказал привести к себе в Городище тех новгородцев, которые до его прибытия были взяты под стражу. Это были владычные бояре, новгородские дети боярские, выборные городские и приказные люди и знатнейшие торговцы. С ними вместе привезли их жен и детей. Собравши всю эту толпу перед собою, Иван приказал своим детям боярским раздевать их и терзать „неисповедимыми “, как говорит современник, муками, между прочим поджигать их каким-то изобретенным им составом, который у него назывался поджар („некоею составною мудростью огненною,), потом он велел измученных, опаленных привязывать сзади к саням, шибко везти вслед за собою в Новгород, волоча по замерзшей земле, и метать в Волхов с моста. За ними везли их жен и детей; женщинам связывали назад руки с ногами, привязывали к ним младенцев и в таком виде бросали в Волхов; по реке ездили царские слуги с баграми и топорами и добивали тех, которые всплывали.
„Пять недель продолжалась неукротимая ярость царева", — говорит современник. Когда наконец царю надоела такая потеха на Волхове, он начал ездить по монастырям и приказал перед своими глазами истреблять огнем хлеб в скирдах и в зерне, рубить лошадей, коров и всякий скот. Осталось предание, что, приехавши в Антониев монастырь, царь отслушал обедню, потом вошел в трапезную и приказал побить все живое в монастыре. Расправившись таким образом с иноческими обителями, Иван начал прогулку по мирскому жительству Новгорода, приказал истреблять купеческие товары, разметывать лавки, ломать дворы и хоромы, выбивать окна, двери в домах, истреблять домашние запасы и все достояние жителей. В то же самое время царские люди ездили отрядами по окрестностям Новгорода, по селам, деревням и боярским усадьбам разорять жилища, истреблять запасы, убивать скот и домашнюю птицу.
Наконец, 13 февраля, в понедельник на второй неделе поста, созвал государь оставшихся в живых новгородцев; ожидали они своей гибели, как вдруг царь окинул их милостивым взглядом и ласково сказал: „Жители Великого Новгорода, молите всемилостивого, всещедрого человеколюбивого Бога о нашем благочестивом царском державстве, о детях наших и о всем христолюбивом нашем воинстве, чтоб Господь подаровал нам свыше победу и одоление на видимых и невидимых врагов! Судит Бог изменнику моему и вашему архиепискому Пимену и его злым советникам и единомышленникам; на них, изменниках, взыщется вся пролитая кровь; и вы об этом не скорбите: живите в городе сем с благодарностью; я вам оставляю наместника князя Пронского“».
Самого Пимена Иван отправил в оковах в Москву. Иностранные известия говорят, что он предавал его поруганию, сажал на белую кобылу и приказывал водить, окруженного скоморохами, игравшими на своих инструментах. «Тебе пляшущих медведей водить, а не сидеть владыкою», — говорил ему Иван. Несчастный Пимен был отправлен в Венев в заточение и жил там под вечным страхом смерти. Число истребленных показывается современниками различно, и, вероятно, преувеличенно. Псковской летописец говорит, что Волхов был запружен телами. В народе до сих пор осталось предание, что Иван Грозный запрудил убитыми новгородцами Волхов, и с тех пор, как бы в память этого события, от обилия пролитой тогда человеческой крови, река никогда не замерзает около моста, как бы ни были велики морозы.
Последствия царского погрома еще долго отзывались в Новгороде. Истребление хлебных запасов и домашнего скота произвело страшный голод и болезни не только в городе, но в окрестностях его; доходило до того, что люди поедали друг друга и вырывали мертвых из могил. Все лето 1570 года свозили кучами умерших к церкви Рождества в Поле вместе с телами утопленных, выплывавших на поверхность воды, и нищий старец Иван Жегальцо погребал их.
Иван покинул Новгород и нацелился на другой оплот инакомыслия — Псков. Беда, кажется, миновала. Древний город, из которого выступило царское войско, больше напоминал разоренный жестоким врагом. Новгородцы дрожали, что Иван Васильевич передумает и вернется добивать уцелевших. Они надеялись лишь на то, что он вычистил всю измену и доволен результатом. Им повезло. Иван Васильевич не вернулся. За всякой крамолой в покинутом городе теперь следил назначенный им наместником боярин Петр Данилович Пронский. Свою работу этот боярин выполнял хорошо, точно по царскому слову, блюдя Новгород от измены и «видимых и невидимых» врагов, которые мнились Ивану Васильевичу по всей русской земле.
Боярину вменялось содержать новгородцев в благодарности царю, то есть — в страхе полного истребления. В Александровскую слободу из Новгорода повезли пленных — это был несчастный Пимен, мечтавший совсем недавно стать митрополитом, священники и дьяконы, которые уцелели после правежа, но не откупились от наказания, и некоторые новгородские семейства. А основное войско двинулось на Псков.
В Пскове была паника. Воевода велел к царскому прибытию прямо на улицах поставить перед домами столы с хлебом-солью, а всем жителям выйти вместе с детьми и кланяться государю до земли. Горожане все так и сделали, но прежде они сходили в церковь, помолились, причастились — так вот приготовились к смерти. Иван появился под Псковом вечером, ему был отлично слышен звон колоколов, он все понял: боятся. Это радовало. Утром он въехал со стороны Любятова в город. При его приближении люди падали ниц как подкошенные. Это Ивана развеселило. Но больше всего Ивану понравился псковский дурачок Николка, тот выбежал в непотребном виде прямо к Ивану и протянул ему кусок сырого мяса. Иван дурачков любил, в них он видел смысл неизреченных слов. «На что мне сырое мясо, — спросил он у дурачка, — сейчас ведь пост, я христианин и мяса в пост не ем». Николка широко улыбнулся: «Ты хуже делаешь, ты человеческое мясо ешь», — ответил он. Иван не знал, что делать — гневаться или простить, решил, что простить вернее. Так что города он не тронул. Точнее — не тронул жителей. А вот всякие ценности псковские он велел погрузить и везти в Москву, особенно это касалось церковных реликвий, книг и утвари. Псковичи и на том были рады: хоть в живых оставил. Недаром в одной из Псковских летописей поминается благая мысль, может, этот государь не до конца разорит русские земли. Если ему так хочется в Англию — пусть туда и бежит. Но из Пскова Иван отправился вовсе не в Англию, а в Москву. Ему еще предстояло разобраться с Пименом. Иностранцы, которые видели его возвращающимся из новгородского похода рисуют зрелище дикое: Иван ехал верхом, за спиной у него торчал лук, спереди была отрубленная собачья голова, а рядом ехал шут на быке. Иностранцы, что оставили такое описание, были литовскими послами. Для их радости Иван устроил им показательные казни — топил пленных татар. Послы были в шоке.