Петр, ценивший разносторонние научные познания Брюса, в 1706 г. передал в его ведение Московскую гражданскую типографию. Отсюда вышел первый календарь, получивший в народе название «Брюсов календарь». На самом деле составителем календаря был В. А. Киприанов, а Брюс только курировал его работу. Киприанов — это тоже незаурядная личность. Житель московской ремесленной слободы Кадаши, торговец, поставлявший в Оружейную палату свечной товар, Киприанов в то же время увлекался математикой, изучил навигацию, владел иностранными языками, освоил искусство гравирования, интересовался астрологией. Он составлял карты и учебные пособия, написал сочинение «Планетик», посвятив его царю Петру и царевичу Алексею. Как считают исследователи, «Планетик» и подал Петру идею выпустить общедоступный календарь. Источниками для календаря стали древнерусские отреченные книги — громовники, колядники и другие — и западноевропейская астрология. По гадательным таблицам календаря можно было получить предсказание на любой день любого года, что обеспечило календарю большую популярность не только в XVIII столетии, но и в XIX.
Россия в Петровскую пору беспрестанно воевала, и Брюс, руководивший артиллерией, прошел все военные кампании. Во время Полтавской битвы его орудия мощным огнем весьма способствовали победе русской армии, за что Яков Вилимович получил орден Андрея Первозванного. Английский посол Ч. Витворт в 1709 г. сообщал, что Брюса высоко ценят при русском дворе: «Он очень хорош и с царем, и с князем Меншиковым». Дружбы Брюса искал фельдмаршал Б. П. Шереметев, писавший: «Паки прошу: не оставь меня в любви своей и не чини меня забвенна…»
Петр давал Брюсу и весьма деликатные поручения: поиск в Европе умов и талантов, которые могли бы послужить процветанию России. В 1711 г. царь отправил его в Берлин «для найму мастеровых людей знатных художеств, которые у нас потребны». Вполне доверяя широким познаниям и деловой экономности Брюса, царь в сопроводительной грамоте писал: «И что он, генерал наш, им в контрактах обещает и заключит, то от нас все сдержано будет без умаления». В 1712 г. Петр в письмах к Брюсу то просит навести справки об одном из немецких архитекторов и при благоприятном результате заключить с ним контракт, то поручает найти мастера редкой перспективной живописи, то переманить в русскую службу искусного садовника, устраивавшего королевские парки. Занимался Яков Вилимович и покупкой инструментов для научных и мореходных целей. Приобретал художественные произведения и редкости для царского собрания. Во время таких поездок он познакомился с немецким ученым Г. Лейбницем и потом вел с ним переписку.
Учредив Сенат, Петр назначил в него и Брюса, сделав его в 1717 г. президентом Берги Мануфактур–коллегий. Теперь в ведении Брюса было развитие горнодобывающей промышленности и заводского дела в России. Однако в это же время он продолжал совершенствовать русскую артиллерию, пообещав царю, что сможет добиться большей скорострельности орудий. Обрадованный Петр отвечал: «Ежели сие сыщете, то великое дело будет, за которую вашу прилежность зело благодарствую». В том же 1717 г. Брюсу пришлось стать дипломатом, на которого Петр возложил ответственную миссию. Вместе с А. И. Остерманом он отправился на Аландский конгресс для выработки условий заключения мира со Швецией.
Смерть шведского короля Карла XII прервала переговоры. Но в 1721 г. они возобновились. Тонкая изворотливость Остермана и непоколебимая твердость Брюса удачно дополняли друг друга, а энергичная напористость, с которой русские посланники отстаивали интересы России, приводила в замешательство иностранных резидентов. Брюс и Остерман с честью выполнили возложенное на них поручение. По условиям Ништадтского мира к России отошли Лифляндия, Эстляндия, Ингерманландия, часть Карелии и Моонзундские острова. Петр, получив известие о таком окончании переговоров, был так доволен, что даже сбивчивый тон ответного письма передавал его волнение: «Нечаемая так скорая ведомость нас и всех зело обрадовала<…>понеже трактат так вашими трудами сделан — хотя б написав нам и только бы для подписи послать шведам — болеё бы того учинить нечего, за что вам зело благодарствуем; и что славное в свете сие дело ваше никогда забвению предатися не может, а особливо николи наша Россия такого полезного мира не получала».
Брюс был возведен в графское достоинство и получил в награду 500 крестьянских дворов. В. Н. Татищев утверждал, что Петр, желая придать Брюсу более значительности на переговорах, намеревался сделать его действительным тайным советником. Это второй после канцлера чин «Табели о рангах». Но честный и щепетильный Брюс отказался и «сам его величеству представлял, что хотя он подданой, но иноверец, оный чин ему неприличен и может впредь его величеству подать причину к сожалению».
Камер–юнкер Ф. — В. Берхгольц, прибывший в Россию в свите герцога Голштинского, отмечал в своем дневнике, что русский царь оказывал Брюсу особенное расположение. Так, на свадьбе дочери И. Мусина–Пушкина в 1721 г. Петр «сидел недалеко от входных дверей, но так, что мог видеть танцевавших, около него сидели все вельможи, но его величество большею частью разговаривал с генерал–фельдцейхмейстером Брюсом, сидевшим подле него с левой стороны». Брюс был не только верным исполнителем державных замыслов Петра, но и принимал участие в его семейных делах. Петр поручил Якову Вилимовичу регулярно посещать царевича Алексея, очевидно надеясь, что беседы умного и широко образованного человека повлияют на непутевого наследника. При дворе царевича состояла и супруга Брюса Мария Андреевна (Маргарита Мантейфель). Заметим, что под смертным приговором Алексею Брюс свою подпись не поставил.
Весной 1723 г. Петр праздновал очередную годовщину бракосочетания с Екатериной. Яков Вилимович, распоряжаясь торжествами, устроил в Петербурге грандиозную процессию кораблей, поставленных на полозья и запряженных лошадьми. Кампредон рассказывал: «Царь ехал на 30–пушечном фрегате, вполне оснащенном и с распущенными парусами. Впереди в шлюпке в виде бригантина с трубами и литаврами на носовой части оного ехал распорядитель праздника, главный начальник артиллерии граф Брюс». В 1724 г. во время коронации Екатерины Брюс нес перед ней императорскую корону, а супруга Брюса была в числе пяти статс–дам, поддерживавших шлейф Екатерины. А в следующем году Брюсу пришлось в последний раз служить своему державному другу — он был главным распорядителем на похоронах Петра I.
Екатерина I, утвердившись на русском престоле, не забыла заслуг Брюса, наградила его орденом Александра Невского. Но увидев, как «птенцы гнезда Петрова», прежде дружно служившие русскому государству, начали враждовать, делить почести и сферы влияния при дворе Екатерины, Брюс в 1726 г. предпочел удалиться в отставку в чине генерал–фельдмаршала. В 1727 г. он купил у А. Г. Долгорукого подмосковное имение Глинки, разбил регулярный парк, выстроил дом с обсерваторией и безвыездно уединился в имении, занимаясь любимыми науками. Он увлекся медициной и оказывал помощь окрестным жителям, составляя лекарства из трав. Брюс скончался в 1735 г., немного не дожив до 66 лет. Детей у него не было. Испанский посол де Лириа писал о нем: «Одаренный большими способностями, он хорошо знал свое дело и Русскую землю, а неукоризненным ни в чем поведением он заслужил общую к себе любовь и уважение».
Однако со временем в памяти народной упрочился иной образ Брюса — колдуна и чернокнижника. Повод для подобных подозрений Брюс подал еще в молодости. В конце XVII в. в Москве была построена Сухарева башня, и москвичи с суеверным страхом стали замечать, что время от времени ночной порой в верхних окнах башни мерцал таинственно свет. Это друг царя Ф. Я. Лефорт собирал «Нептуново общество», увлекавшееся, по слухам, астрологией и магией. В общество входили еще восемь человек и среди них — сам любознательный царь, неразлучный с ним Меншиков и Яков Брюс.
Тяготение к тайноведению у Брюса было, можно сказать, наследственным. Его предок шотландский король Роберт Брюс в XIV в. основал Орден святого Андрея, объединивший шотландских тамплиеров. По преданию, Яков Брюс после смерти Лефорта возглавил «Нептуново общество». Кроме того, на Сухаревой башне он занимался астрономическими наблюдениями. Репутация «звездочета» и глубокие научные познания Брюса порождали среди обывателей фантастические легенды. Как рассказывал П. И. Богатырев в очерках «Московская старина», москвичи уверились, «будто у Брюса была такая книга, которая открывала ему все тайны, и он мог посредством этой книги узнать, что находится на любом месте в земле, мог сказать, у кого что где спрятано… Книгу эту достать нельзя: она никому в руки не дается и находится в таинственной комнате, куда никто не решается войти».
