Перемен, как известно, не произошло и МГШ в России в XIX в. создай не был. И “Капитану Сакеиу" предстояло пройти весь тот, описанный адмиралом тернистый путь проектирования и постройки, который, как оказалось был особенно осложнен условиями работ на юге России.
Большой загадкой остается то обстоятельство, что, утратив, по-видимому, интерес к проекту, И.А. Шестаков поручение о его воспроизведении в Николаеве, возложил на сугубо хозяйственное учреждение — Главное управление кораблестроения и снабжений (ГУКиС). Получив от МТК проект в самом общем виде, оло уже в дальнейшем решало его судьбу. Так воплощался заведенный И.А. Шестаковым еще более чем прежде забюрокраченный “порядок”. В знаменитом двухтомном обзоре деятельности морского управления в России в первое двадцатилетие благополучного царствования государя императора Александра Николаевича 1855–1880”, (Тайный советник К.А. Манн, СПб, 1880. ч. 2, с. 907, 984) с грустью отмечалось, что в прошлое царствование “во всех департаментах и канцеляриях существовал порядок делопроизводства самый многосложный и затейливый”, что “сметах, в счетоводстве и в отчетности существовала запутанность и неясность, отчасти вследствие самой системы, отчасти вследствие непонимания дела, нерадения или рутины”, что “в делопроизводстве соблюдалась таинственность”, из-за которой “считались государственной тайной сведения, которые, наоборот, для пользы. службы следовало оглашать” (с. 908).
Далеко не во всех случаях можно было разобраться, какую долю вреда и задержек в постройке корабля вносили множественные курирующие ее инстанции: император, генерал-адмирал, управляющий, МТК, ГУКиС, портовое начальство, начальство верфи. В Черном море добавлялось воздействие, располагавшего на театре в значительной мере автономной властью. Главного командира флота и портов. Ко всем этим факторам, влиявшим на судьбу проекта, добавлялась особая его незащищенность. вызванная беспрецедентным в русском флоте длительным отсутствием в Петербурге управляющего И.А. Шестакова, который весенним рейсом 1886 г. парохода Добровольного флота “Москва” отправился в инспекционную поездку на Дальний Восток. На том же пароходе адмирал совершал плавание в Сан-Франциско и только к осени через Америку прибыл в Черное море.
Сам ли он успел перед отъездом дать указания о переделке проекта второго минного крейсера, было ли это сделано им во время путешествия, или инициативу взяли на себя заменивший его начальник ГМШ Н.М. Чихачев (1830–1917) и Главный командир флота и портов Черного и Каспийского морей (в 1882–1890 гг.) вице-адмирал А.А. Пещуров (7-1891), по в проекте оказалась внесенной значительная неопределенность. Инициатива могла исходить и от Балтийского завода в 1883 г — он в судовом машиностроении достиг важного рубежа — машины, изготовленной заводом для крейсера “Владимир Мономах", позволили ему, правда, при неполной нагрузке достигнуть 17-уз скорости. Об этом триумфе завода свидетельствовала картина, которую М.И. Кази подарил тогда МТК. На ней крейсер изображен с поднятым 30 сентября 1883 г. флажным сигналом об этой скорости, в ответ на вопрос с конвоированной крейсером (по пути из Копенгагена) императорской яхты “Держава”.
Завод по справедливости гордился достигнутым успехом, но нельзя не напомнить, что такой же 17-уз скорости в США на парусно-паровых крейсерах типа "Вампаноа” достигли в 1864 г. И тот же "Владимир Мономах” в полной нагрузке должен был довольствоваться более скромной скоростью 15,4 уз. Завод, правда, избежал того скандального провала, который постиг обладавший до того высокой репутацией завод Берда. Его машины, установленные на броненосце "Петр Великий” пришлось заменить посылкой корабля в 1881 г. в Англию. Уплатив без малого миллион рублей и оставив англичанам машины Берда, на испытаниях 1882 г. в Англии скорость вместо прежних 10 уз увеличили до 14,26 уз.
Но чужие уроки усваиваются плохо и М.И. Кази — по собственной ли инициативе или по предложению И.А. Шестакова — в 1884 г., забыв о специфике миноносного судостроения, предпринимает более чем сомнительный “экономический” опыт. На построенный заводом новый миноносец “Котлии” завод приладил (на два вала) две машины (того же завода Берда!), снятые с миноносок 1877–1878 гг. “Дрозд” и “Канарейка”. Как объяснял М.И. Кази, хотелось “путем опыта определить, в какой степени возможно воспользоваться хотя бы частью капитала, затраченного в 1877–1878 гг. на постройку 100 миноносок”, которые, по его же признанию, теперь для боевых целей были признаны "почти непригодными”.
Как и следовало ожидать, “старые расшатанные машины”, в итоге долгих и мучительных испытаний позволили развить лишь 15-уз скорость, что было безнадежно далеко до 18-20-уз, достигавшейся миноносцами заграничной постройки.
И вот теперь с прежним легковесным подходом к проблеме предпринимался новый опыт. Начался он с обращенного 27 марта 1886 г. в МТК запроса ГУКиС относительно комплекта чертежей и спецификации минного крейсера “Лейтенант Ильин”. Разработанные заводом, они, в соответствии с новым порядком поступили в ГУКиС. который и сопроводил их на рассмотрение МТК. От МТК ожидалось заключение о том, можно ли дать Балтийскому заводу наряд на постройку по этим чертежам минного крейсера и одновременно эти чертежи и спецификации препроводить в копиях Главному командиру флота и портов Черного и Каспийского морей для руководства при постройке в Николаеве минного крейсера “Капитан Сакен”.
Корабль был зачислен в списки 18 января 1886 г. с небольшим отставанием от “Лейтенанта Ильина” (15 октября 1885 г.) и, очевидно, предполагался быть полностью с ним однотипным. Но ожидаемого единообразия не получалось. В дело вмешалась некоторая интрига, в которой как надо понимать, столкнулись интересы МТК, ГУКиС, Балтийского завода. Главного командира, И.А. Шестакова и даже, может быть, самого государя императора. Главный командир в силу данных ему полномочий, мог бы сам, следуя проекту, сделать заказ машин за границей, но М.И. Кази выражал готовность силами своего завода за 14–16 месяцев изготовить и установить на новом корабле в Николаеве комплект механизмов по английскому образцу. Предложение в ГУКиС сочли, по-видимому, экономичным и проект корабля начали переделывать. Не меняя обводов корпуса и только снабдив его еще более угрожающего вида таранным штевнем, начали перекраивать внутреннее расположение для размещения машины Балтийского завода и огпетрубных котлов цилиндрического типа взамен локомотивных.
Эта замена составляет одну из окружающих корабль загадок. Фирма Хоуторн, Лесли и К продолжала пользоваться высокой репутацией, и заказ ей новых машин с уже входившими в употребление водотрубными котлами Бельвиля мог бы (соответственно оговорив контрактные требования) обеспечить кораблю вожделенную 22-уз скорость. Но путь был избран гораздо более извилистый и необъяснимый. Локомотивные котлы были заменены на водотрубные и огнетрубные. Замена, видимо, произошла не сразу и только 21 января 1887 г., когда выяснилось, что новые котлы получаются на 25,5 т тяжелее, были предприняты попытки разгрузить корму от надстроек. Журналом МТК № 12 постановили их ликвидировать, а весь борт понизить на 3 фута, то есть почти на 1 метр.
За этими изменениями, как водится, последовали новые. Корабль похоже проектировался заново, как в Николаеве, так и в Петербурге. Балтийский завод разрабатывал проекты и расположения машин л котлов в соответствии с собственным видением проекта. Главный командир предлагал свои усовершенствования, в роде особо угрожающей формы таранного форштевня, МТК изредка утверждал понравившиеся ему решения.
Незавидным было положение назначенного строителем черноморского минного крейсера капитана Р.Ю. Тирнштейна (1841-?). Будучи "местным” корабельным инженером (с января 1886 г. в должности младшего строителя в Николаевском порту) он, вопреки сложившимся обычаям судостроения не был автором проекта и должен был осваивать его по ходу работ. В силу тех же обычаев на него возложили совмещавшиеся тогда обязанности главного строителя и главного технолога. В этих условиях при множестве повелевавших над ним и бесцеремонно распоряжавшихся начальствующих инстанций он не мог с полным убеждением быть хозяином проекта. Столь же сложным оказалось его положение в качестве строителя.