Далее путь «Атлантиса» лежал на юг. Для экономии топлива он шел 10-узловым ходом на одном дизеле, постоянно уклоняясь от нежелательных встреч с торговыми судами. Вскоре на нем сменили маскировку, укоротив стеньги на одну перекладину и сняв «вороньи гнезда» с мачт. 16 апреля радисты принесли капитану-цур-зее радиограмму с коротким сообщением — «1814/16/57». Командование приказывало полным ходом идти в Южную Атлантику и начать действия на маршруте Кейптаун — Фритаун, хотя первоначальной задачей Рогге была постановка мин у мыса Доброй Надежды. Этим планировалось хоть как-то оттянуть морские силы союзников от Норвегии, недавно оккупированной Германией. 22-го «Атлантис» пересек экватор, но торжественно это событие отметили только через два дня. Так как нахождение советского транспорта в этих водах могло вызвать подозрение, то, перебрав очень большое количество кандидатов, Рогге и его адъютант лейтенант-цур-зее резерва Ульрих Мор составили список из 26 судов, под которые мог замаскироваться «Атлантис». В итоге выбор пал на японское «Касии-Мару» компании «Кокусай Кисен». 29 апреля работы завершили, и HSK-2 был готов начать боевые действия. Три дня он курсировал по кейптаунскому маршруту, но, как назло, море оставалось пустынным. Только 2 мая наблюдатели заметили английский лайнер «Сити оф Эксетер», однако капитан-цур-зее отказался от атаки, не желая уже в самом начале похода обременять себя больших количеством пленных. Лайнер проследовал мимо, не обратив никакого внимания на скромный транспорт. Однако как выяснилось впоследствии, это оказалась не так, и как только «Атлантис» скрылся за горизонтом, капитан «Сити оф Эксетер» дал радиограмму о подозрительном японском судне, весьма похожем на коммерческий рейдер.
Ждать пришлось недолго. Уже на следующий день британский сухогруз «Сайентист» (6199 брт, 1938 г.), принадлежавший «Т. & Дж. Харрисон», стал первой жертвой «Атлантиса». Он направлялся из Дурбана в Ливерпуль, имея на борту 2500 т кукурузы, 1150 т хромовой руды, 2600 т коры австралийской акации и ряд других товаров. В 14.00 наблюдатели рейдера заметили дым на горизонте. Через пятьдесят минут, подошедший на близкое расстояние «Атлантис» сбросил маскировку, отдав приказ остановиться. Однако англичане никак на него не отреагировали, и поэтому пришлось произвести предупредительный выстрел из 75-мм сигнальной пушки. Когда же и это не принесло желаемого результата, Рогге отдал приказ сделать еще два предупредительных выстрела, но уже из 150-мм орудий. После этого «купец» начал менять курс и попытался оторваться. В 15.03 «Атлантис» открыл огонь на поражение, попав в корму беглеца первым же залпом. Тем не менее, с «Сайентиста» в эфир полетело сообщение «QQQ»,[4] которое немцы сразу же забили помехами, продолжив обстрел. При этом несколько залпов прошли мимо, так как на некоторое время вышел из строя дальномер. Через двадцать минут горящий сухогруз остановился, а его экипаж перебрался в спасательные шлюпки. Абордажная партия обнаружила на борту только капитана и старпома с типично британскими фамилиями Виндзор и Уотсон. Забрав все ценное, немцы заложили подрывные заряды и покинули обреченный транспорт. Несмотря на пожар и взрывы зарядов «британец» тонул очень неохотно. Тогда в дело вновь вступили орудия рейдера, но и это помогло слабо, и только торпеда около 6 часов вечера отправила «Сайентист» на дно. Семьдесят семь человек стали первыми пленными. При обстреле один моряк погиб, двое получили ранения, причем один из них, радист, умер уже на «Атлантисе».
Теперь HSK-2 предстояло выставить заграждение из контактных якорных мин типа ЕМС у мыса Игольный. Вначале Рогге увел свой корабль в Индийский океан, а когда оказался на маршруте, ведущем из Австралии в Южную Африку, повернул обратно. 10 мая в отличную погоду «Атлантис» подошел к месту операции, находившемуся всего в пяти морских милях от мыса, начав в 20.45 постановку. Через четыре часа заграждение из 92 мин протянулась до точки находившейся в 26 милях от побережья. Рискованная операция прошла без сучка и задоринки, после чего рейдер вновь направился в Индийский океан для действия на торговом маршруте Дурбан — Австралия в районе между 25° и 28° ю.ш. Уже 13 мая с маяка на мысе Игольный поступило сообщение о взрыве. Англичане направили туда флотилию тральщиков и объявили этот район закрытым из-за дрейфующих мин, чем немало озадачили немцев, прослушивавших радиосообщения. Впоследствии выяснилось, что минрепы оказались не приспособленными для бурных южноафриканских вод, и многие мины просто-напросто сорвало с якорей. Из-за этого эффективность постановки оказалась нулевой и ни одно судно не получило повреждений. Всего же тральщикам удалось обезвредить только семь мин. Капитан-цур-зее вначале казался довольным, но узнав, что берлинское радио выдало в эфир хвалебное сообщение об успешной операции немецкого рейдера у южной оконечности африканского континента приведшей к значительным потерям, пришел в ярость из-за нарушения режима секретности. Следующей неприятность стало британское сообщение из Коломбо о том, что в южных водах находится германский рейдер, замаскированный под японское судно. Так «Атлантис» стал фигурировать в документах британского Адмиралтейства как «Рейдер „С“». Пришлось еще раз менять маскировку, и 22 мая «Касии-Мару» превратился в голландский «Аббекерк» компании «Vereenigge Nederlansche Scheep Vaarts My, NV». Затем Рогге сменил район действий, перейдя на линию Маврикий — Австралия. В этот период для воздушной разведки немцы активно использовали гидросамолет. Однако вскоре, при подъеме крылатой машины с воды, ее двигатель вышел из строя от удара о борт. Его заменили, но и второй мотор получил подобные повреждения, после чего капитан-цур-зее решил использовать «Хейнкель» только в крайних случаях.
Следующий успех пришел 10 июня, когда наблюдатели заметили на горизонте судно. Рейдер начал постепенно сближаться с ним, но когда расстояние сократилось до 3000 метров, транспорт дал полный ход и начал уходить. Погоня за ним длилась около трех часов, пока, наконец, в полдень «Атлантис» не приблизился на расстояние полутора километров до беглеца. Рогге приказал открыть огонь. Несмотря на это, норвежское судно «Тирранна» (7230 брт, 1938 г.), принадлежавшее компании «Вильгельм Вильгельмсен» из Тёнсберга, убегало еще в течение более трех с половиной часов, подавая сигналы бедствия, и даже пыталось отстреливаться из 120-мм орудия, установленного на корме. Немцам потребовалось произвести 39 залпов и потратить более полутора сотен 150-мм снарядов, чтобы остановить его (23° ю.ш./69° в.д.). Всего же в сухогруз попало шесть снарядов, приведших к гибели пяти человек из 45 находившихся на борту. Еще один умер уже на «Атлантисе». Капитан «Тирранны» Эдвард Хауфф Гундерсен на вопрос, почему в самом начале он уходил на полном ходу, сообщил, что принял рейдер за реальный «Аббекерк» и никак не мог позволить «голландцу» обогнать свое новое судно. Таким образом, маскировка сработала на все сто, так как всего менее года назад «Тирранна» стояла в Бомбее борт об борт с «Гольденфельсом», а его команда даже играла с немцами в футбол! Транспорт шел в Момбасу из Сиднея и Мельбурна с грузом, состоящим из 3000 т пшеницы, 27 000 мешков муки, 6000 тюков шерсти, 178 армейских грузовиков, 5500 ящиков пива, 300 коробок с табаком, 3000 ящиков с консервированными персиками и 17 000 ящиков с джемом для австралийских войск в Палестине. Так как «норвежец» не получил сильных повреждений, то Рогге решил сохранить его в качестве приза. Единственной проблемой было малое количество топлива. Поэтому судно с призовой командой из 27 человек во главе с лейтенантом-цур-зее резерва Вальдеманом отправилось на юг, где должно было ожидать до 31 августа «Атлантис» с захваченным танкером. Сам же рейдер пошел на восток в направлении перекрестка маршрутов Аден — Австралии и Дурбан — Зондский пролив. 18 июня на нем в очередной раз сменили камуфляж, выбрав на этот раз в качестве образца судно «Тарифа» все той же компании Вильгельмсена.
Рейдер безрезультатно бродил по Индийскому океану в течение месяца. Единственным заметным, но печальным, событием стала смерть от теплового удара старшего матроса Мартина Йестера.
Только 11 июля, в 6.43, когда HSK-2 находился на полпути между Цейлоном и Суматрой, на горизонте вновь показался дым. Очередной жертвой «Атлантиса» стало британское судно «Сити оф Багдад» (7506 брт, 1920 г.) компании «Эллерман Лайн». Оно шло из Англии в Пенанг (Малайя) с 9324 тоннами стали, проката, химических реактивов, запчастей и сборным грузом. В 7.45, сократив расстояние до километра, «Атлантис» сбросил маскировку и выстрелом из сигнальной пушки приказал остановиться. «Британец» вначале не подчинился и стал подавать сигналы «QQQ». Но следующий залп уже из 150-мм орудий разрушил радиорубку, и сопротивление прекратилось. Число пленных увеличилось на 81 моряка во главе с капитаном Армстронгом Уайтом, двое из которых были ранены. Как приз «Сити оф Багдад» не представлял ценности (немцы забрали только все продовольствие и документы), и его быстро потопили подрывными зарядами. При этом, размещавший взрывчатку подрывник обер-лейтенант-цур-зее Иоганн Фелер, перестарался с мощностью зарядов и едва не ушел на дно вместе со своей жертвой. Среди трофейных бумаг немцы обнаружили обрывки кодированных сообщений, с помощью которых удалось расшифровать британские кодовые таблицы. Там же обнаружилась копия рапорта капитана лайнера «Сити оф Эксетер», с которым рейдер повстречался еще 2 мая. В нем приводилось детальное описание «Атлантиса», замаскированного под «Касии-Мару», высказывалось предположение, что это вспомогательный крейсер и прилагалась фотография очень похожего немецкого судна «Фрайенфельс»! В связи с этим, для изменения силуэта Рогге приказал соорудить две дополнительные стеньги.
