В этой связи одним из основных направлений военной политики XII в. стала в Новгороде защита северных владений от посягательств на них со стороны Владимиро-Суздальского княжества. Исторические хроники отмечают многочисленные военные столкновения между Новгородом и суздальскими претендентами на эти владения. Из них наиболее значительным был поход суздальцев на Новгород в 1169–1170 гг., завершившийся победой новгородцев, успех которых был приписан чуду от иконы «Знамение», ставшей главной святыней Новгорода на все будущие времена.
Во внутренней политике новгородского боярства многое определял элемент соперничества между территориальными группировками, восходящего к древнему соперничеству между лежащими в основе Новгорода тремя исходными поселками. Борясь между собой за пост посадника, эти группировки находили союзников в князьях Смоленска, Чернигова, Суздаля, в результате чего борьба между ними сочеталась с борьбой русских князей за влияние в Новгороде. Ярким эпизодом этой незатихающей борьбы стало восстание 1207 г., в ходе которого находившаяся у власти боярская группировка Людина конца была изгнана из Новгорода, ее богатства, в том числе и земельные, были розданы участникам восстания, усадьбы сожжены, а пост посадника перешел в руки соперничавшей боярской группировки, которая в союзе с суздальским князем и организовала это восстание. Важной вехой развития боярской государственности стало учреждение в конце XII в. должности республиканского тысяцкого, в результате чего сотенная система перешла из юрисдикции князя в юрисдикцию боярской республики.
На протяжении XII в. в Новгороде складывалась собственная школа архитектуры и живописи. В начале столетия были возведены и расписаны фресками соборные церкви Антониева и Юрьева монастыря, а на княжеском Городище построена церковь Благовещения. Эти храмы стали образцовыми для архитекторов всего XII в. К числу наиболее значительных шедевров относится сооруженная в 1198 г. рядом с Городищем Спас-Нередицкая церковь, расписанная фресками в 1199 г. Этот живописный ансамбль просуществовал вплоть до XX столетия, будучи по оценкам искусствоведов наиболее значительным памятником русского средневековья. К величайшему сожалению, в своей основной части он был разрушен во время последней войны. В 60-е гг. XX в. архитектура церкви Спаса-Нередицы была восстановлена в ее первоначальных формах, но основная часть фресковой живописи сохранилась лишь в копиях и фотографиях.
Следует заметить, что средневековая живопись на Руси чаще всего оставалась анонимной, и исследователи неоднократно высказывали мысль о том, что эта анонимность навсегда останется непреодолимой. Между тем в ходе раскопок 70—80-х гг. XX в. археологам удалось обнаружить усадьбу художника конца XII – начала XIII вв., имя которого было выяснено при чтении адресованных ему берестяных писем, многие из которых содержали заказы на написание икон. Художника звали Олисеем Гречином; из летописи он был известен и как мастер фрески. Изучение его автографов в записях на бересте и сравнение их с почерком художника, возглавлявшего артель, которая расписывала Спас-Нередицкую церковь, позволило установить, что именно Олисей был основным автором этих росписей.
С отцом Олисея – Петром Михалковичем связаны также многие берестяные письма, написанные или полученные им. Изучение этой группы документов позволило установить, что именно Петр и его жена Мария (в берестяных грамотах – Марена) были заказчиками самой знаменитой новгородской иконы XII в. – «Знамения Богородицы», которая, как об этом сказано выше, участвовала в битве 1170 г. Как выяснилось, эта икона была написана в связи с бракосочетанием дочери Петра Михалковича – Анастасии и новгородского князя Мстислава – сына знаменитого князя Юрия Долгорукого. Эта свадьба состоялась в 1155 г. Тогда же по заказу Петра и его жены Марьи был изготовлен и один из выдающихся шедевров прикладного искусства – серебряный кратир (причастная чаша) мастера Косты, содержащий изображения Богородицы и святых Петра и Анастасии.
Тринадцатый век стал для Новгорода временем тяжких испытаний. В самом начале этого столетия на западных рубежах Новгородской земли возникает перманентная военная опасность со стороны обосновавшегося в Прибалтике немецкого Ордена. На северо-западных рубежах не менее опасной становится угроза шведской агрессии. В 1238 г. в ходе татаро-монгольского нашествия началось вторжение ордынских полчищ на новгородскую территорию. Войска Батыя в течение месяца осаждали новгородский город Торжок, уничтожив его героических защитников. Однако оборона Торжка спасла Новгород. Торжок был побежден в марте; к этому времени запасы фуража для конницы истощились, что испугало татар, поскольку реальной становилась угроза потери коней – главного средства военного передвижения. Татарское войско, не дойдя примерно ста километров до Новгорода, повернуло в южные степи.
После этого новгородцы смогли сосредоточить военные силы для защиты своих западных рубежей, где в 1240 г. Александр в битве на Неве победил шведов, за что и получил прозвище «Невский», а в 1242 г. разбил войско немецких рыцарей на льду Чудского озера. Однако эта победа не была окончательной, только после кровопролитного сражения под Раковором (Раквере в Эстонии) в 1269 г. на западных рубежах установилось затишье.
В то же время татаро-монгольское нашествие не прошло без последствий для Новгорода. Была разорвана система традиционных торговых и культурных связей с лежащими в развалинах русскими княжествами. На шестьдесят лет замерло строительство каменных храмов. Только в 1302 г. началось возведение каменного кремля на месте древнего деревянного. Существенным образом изменился модус взаимоотношений боярского Новгорода с князьями. Если раньше в основе этих взаимоотношений лежал принцип «вольности в князьях», то теперь новгородцы автоматически признавали своим князем того, кого золотоордынские ханы утверждали главой русских князей («великим князем»). Однако, поскольку главное поле деятельности великого князя оставалось за пределами Новгорода, его стали представлять присылаемые княжеские наместники. Так что участие великого князя в новгородских делах свелось к минимуму, укрепив тем самым боярский республиканский строй. Последним князем, который более или менее регулярно бывал в Новгороде, был внук Александра Невского Юрий Данилович.
Деятельность великого князя Александра Невского, который распространил на не завоеванный монголами Новгород обязанность выплаты дани и нарушил ряд боярских республиканских прерогатив, вызвала возмущение новгородцев, которые после смерти Александра приступили к реорганизации системы управления. В договоре с его братом великим князем Ярославом Ярославичем в 60-х гг. XIII столетия были подтверждены давно завоеванные новгородцами прерогативы: князь не имел права собирать государственные доходы с территории Новгородской земли (это делали сами новгородцы, контролировавшие тем самым бюджет государства), не имел права владеть на территории Новгородского государства какими-либо земельными участками на основе частной собственности, он также не имел права выносить судебных решений без санкции посадника. В том же договоре князь обязывался отказаться от тех нарушений закона, какие были допущены его покойным братом.
После этого функции князя в судебной области были еще больше ограничены. Если прежде в его ведении были все судебные дела, то в конце XIII столетия организуются торговый суд, находившийся в распоряжении тысяцкого (новгородского боярина) и епископский суд, в ведении которого оказался, в частности, большой массив населения, жившего на принадлежавших церковным институтам землях.
Последнее обстоятельство послужило поводом к еще одной существенной реорганизации. С конца XIII столетия в Новгороде наблюдается массовое монастырское строительство. Богатые боярские семьи основывали монастыри, становились их ктиторами и вкладывали в них значительные богатства, в первую очередь – земельные участки. Однако, поскольку вся система этих земельных владений становилась под контроль архиепископа как главы церкви, бояре хорошо осознали, что дальнейший процесс расширения монастырских владений способен превратить архиепископа из духовного пастыря в реального главу государства: «в чьих руках богатство, тому принадлежит и власть». Поэтому была проведена реформа, результатом которой стало учреждение должности архимандрита – главы всего новгородского черного духовенства.
Архимандрит, получивший в качестве резиденции Юрьев монастырь в 3 км от Новгорода, возглавлял игуменов главных монастырей пяти административных районов (концов) Новгорода. В церковных, канонических делах архимандрит, естественно, был подчинен архиепископу, но он не назначался архиепископом, а избирался на боярском вече подобно посадникам и другим должностным лицам государства и был подотчетен в своей экономической деятельности не архиепископу, а боярской власти. Иными словами, полный контроль над светской деятельностью архимандрита осуществляла корпорация бояр, которая могла сместить его, если он оказывался неугодным или неудобным. Боярские группировки активно пользовались этим правом.