Уже в XII и особенно в XIII в., по мере усложнения общественно-политической жизни, идеология Крестовых походов пережила ряд серьезных превращений. Возникнув и сложившись в ходе войн рыцарства на мусульманском Востоке, она постепенно приобрела в некотором смысле самодовлеющее значение, как бы отпочковалась от породившей и вскормившей ее конкретно-исторической действительности и, покинув пределы системы взаимоотношений Запада с Востоком, стала относительно самостоятельной областью политико-религиозной надстройки западноевропейского феодализма. Все основные компоненты этой идеологии и вытекавшие из нее практические лозунги получили поэтому универсальное применение и в политике римско-католической церкви, и в сфере социально-политической активности различных классов феодального общества.
Под знаменами Крестового похода папство в XIII в. вело борьбу против собственных политических противников. Стягами защиты католицизма освящалось насильственное подавление любой оппозиции существующим порядкам, выступавшей в те времена, как правило, в виде религиозных ересей. Отсюда — антиеретические Крестовые походы XIII в. Таковы были организованный Иннокентием III поход против южнофранцузских альбигойцев (1209–1212) и осуществленный по призыву Григория IX поход северонемецких феодалов в земли фрисландских крестьян — штедингов, восставших против грозившей им крепостной неволи и отказавшихся платить церкви десятину. Всякая рыцарская агрессия, благословлявшаяся апостольским престолом, облекалась в форму Крестового похода. Так, параллельно военно-колонизационным предприятиям западноевропейского рыцарства на мусульманском Востоке и в греческих землях осуществлялся немецко-рыцарский "дранг нах Остен" против народов Восточной и Южной Прибалтики, а также Северо-Западной Руси. Наряду с орденами иоаннитов и храмовников, чьим мечом укреплялось владычество рыцарей и купцов в Сирии и Палестине, "свет истинной веры" распространяли Тевтонский орден и возникший в 1202 г. немецкий орден Меченосцев: во имя торжества креста они проливали кровь славян, ливов, эстов и пруссов.
"Универсалистский" характер обретшей самоценность крестоносной идеологии сохранился и в последующие столетия — как в средние века, так и в новое и даже новейшее время. В средние века лозунги Крестового похода широко использовались господствующим классом в первую очередь для расправы с освободительными движениями народных масс. В 1305 г. папа Климент V провозгласил Крестовый поход против крестьян Северной Италии, выступивших под водительством фра Дольчино против сеньоров. В 1420–1431 гг. папой Мартином V и императором Сигизмундом были проведены под тем же флагом пять карательных экспедиций немецкого рыцарства против чешских революционных повстанцев-гуситов, крестьян и мастеровых, поднявшихся на бой за избавление от социального и национального гнета, за независимость своей страны.
Вместе с тем вплоть до XVI в. в Европе не умирала традиция народных Крестовых походов. Крестоносная идеология, истолковывавшаяся в духе требований низов, не раз давала себя знать в крестьянских мятежах. Крестовый поход типа детских и движения "пастушков" повторился в 1309 г., когда под впечатлением крестоносных призывов Климента V во Франции, Германии и Англии собрались и двинулись на освобождение Святой земли толпы хлебопашцев и бедняков-ремесленников; они дошли лишь до Авиньона. В 1514 г. участники Великой крестьянской войны в Венгрии — восстания Дьёрде Дожа — облеклись в одеяния крестоносцев: "куруцы", вставшие было под знамена креста, чтобы по призыву примаса венгерской церкви кардинала Тамаша Бакоци выступить походом против османов, обратили затем свое оружие против феодальных магнатов собственной страны.
Все же более или менее систематически и однозначно, притом в духе, наиболее близком к практике Крестовых походов XI–XIII вв., крестоносная идеология применялась в области внешней политики государств Западной Европы — в так называемых посткрестовых походах. В XIV в. они были направлены против мамлюков, в XV–XVI вв. — против османов. Идея Крестовых походов столь прочно вошла в религиозно-политическое сознание феодального Запада, что падение Акры в 1291 г. не воспринималось как их конец. На протяжении нескольких столетий восточная политика европейских монархий окрашивалась в цвета крестоносной идеологии и истолковывалась как продолжение старых, привычных Крестовых походов, хотя в каждом отдельном случае эта идеология приспосабливалась к менявшимся реальным обстоятельствам.
В конце XIII — начале XIV в. она получила отражение в политической публицистике, предметом которой был вопрос о том, каким путем Запад мог бы вновь овладеть утраченной Святой землей. Авторы публицистических трактатов формулировали и выдвигали проекты нового подчинения Востока. Наиболее видными из поборников этой идеи являлись: Пьер Дюбуа, французский юрист, советник Филиппа IV Красивого, развивавший свои планы в трактате "Об отвоевании Святой земли" (1307 г.); испанский поэт и философ Раймон Лулл, в "Книге о конце" набросавший план Крестового похода, позднее же, в трактате "Спор христианина Раймона с сарацином Амаром", выступивший сторонником мирного обращения мусульман в христианство (в возрасте 83 лет он даже предпринял с миссионерской целью путешествие в Тунис); венецианец Марино Санудо Торселло, сочинивший на крестоносную тему трактат "Книга тайн верных креста" (1309 г.).
Всем этим проектам суждено было остаться на бумаге. Воевать с государством мамлюков, обладавшим сильным и хорошо дисциплинированным войском, западным феодальным сеньорам было не по силам. Они ограничивались пиратскими набегами на берега Египта и Сирии, но такие набеги вызывали только раздражение у купечества североитальянских городов, терпевших ущерб. Крестовый поход против мамлюков был предпринят лишь в 1365 г. Им предводительствовал король Кипра Петр I Лузиньян (1359–1369). На Кипре обосновались многие франкские рыцари, потерявшие свои лены в Сирии и Палестине. С ними соединились рыцарские отряды, главным образом французские, которых Петр I набрал во время вербовочного турне по Европе, начатого за три года до того. В октябре 1365 г. от Родоса на Александрию отплыла флотилия из 165 кораблей. 10 октября Александрия была взята штурмом и разгромлена. Крестоносцы не пощадили даже церквей христиан-коптов. Кровопролитие, учиненное в этом городе, напоминало "кровавую баню", устроенную в 1099 г. в Иерусалиме. Захватив богатую добычу, рыцари сели на корабли и отбыли восвояси. Таким образом, поход 1365 г. вылился в пиратский налет большого масштаба. Он нанес урон торговым интересам Венеции. Мамлюкские правители обрушились репрессиями на местных христиан, заподозрив их в тайном содействии крестоносцам. В 1426 г. египтяне захватили Кипр.
В XIV–XVI вв. организуются Крестовые походы против османов, вторгшихся на Балканский полуостров и угрожавших Юго-Восточной Европе. В 1396 г. османы нанесли при Никополе поражение соединенной рыцарской армии из разных стран; ее ядро составляли венгерские войска короля Сигизмунда. В 1444 г. Крестовый поход против османов возглавил польский король Владислав III: в битве при Варне крестоносцы подверглись разгрому. 29 мая 1453 г. султан Мехмед II захватил Константинополь. Спустя 10 лет рухнули крестоносные планы папы Пия II. В 1517 г. османы завладели сирийско-египетским государством мамлюков, а в 1529 г. войска Сулеймана I подступили к Вене. При таких обстоятельствах на поверхность политической жизни неоднократно всплывали новые и новые проекты организации общеевропейского Крестового похода во главе с "всехристианнейшим" французским королем.
Проект гигантской коалиции католических государств в целях проведения Крестового похода против османов выдвинул в 1617 г. известный дипломат, близкий к кардиналу Ришелье, капуцинский патер Жозеф, однако его план, как и многие другие планы такого рода, повис в воздухе, натолкнувшись на соперничество Франции и "Священной Римской империи германской нации", стремившихся к гегемонии в Европе. Начиная с царствования Франциска I, короли Франции были связаны с Османской державой торговыми и даже союзническими договорами, а потому не питали интереса к Крестовым походам против восточного врага своих соперников — Габсбургов. Когда в 1671–1672 гг. немецкий философ Г.В. Лейбниц предложил "королю-солнце" Людовику XIV серию детально разработанных и мотивированных проектов завоевания Египта, этой, как он его назвал, "Голландии Востока", министр Помпонн ответил их автору, что Крестовые походы со времен Людовика IX не представляют более интереса.
Инициаторами антиосманских Крестовых походов выступали многие римские папы, поддерживавшие различные коалиции европейских государств денежными средствами и военными силами. Победа над османами при Лепанто в 1571 г. была не только венецианско-испанской победой, но и успехом папства.