В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Окольничий Салтыков непосредственно участвовал в следствии об их измене. Боярин князь Петр Буйносов-Ростовский распоряжался на опальном дворе Федора Романова после его ареста. Во время разбора дела в думе бояре, по словам близких к Романовым людей, «аки зверие пыхаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорит людей наших, а я-де сам видел то не одиножды». Романовы имели все основания жаловаться на знать, заседавшую в Боярской думе. Княжеская аристократия давно выражала недовольство чрезмерным возвышением Романовых и теперь помогла Борису избавиться от них.
Братьев Романовых обвинили в тягчайшем государственном преступлении – покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис долго колебался, не зная, как ему поступить с Никитичами. Опальные оставались в столице в течение нескольких месяцев. Наконец их судьба решилась. Федора Романова постригли в монахи и заточили в отдаленный северный монастырь. Его младших братьев отправили в ссылку.
Александр, Михаил, Василии Романовы умерли в изгнании. Их смерть поспешили приписать тайному указу царя. На самом деле удивительна была не погибель ссыльных, а то, что некоторые из них уцелели. Осужденных кормили скудной пищей и везли за тысячи верст в Сибирь либо на берег Студеного моря при совершенном бездорожье, в тяжких цепях, нередко в лютые морозы.
Судьба Федора Романова служит веским доводом против предположения, будто Борис намеренно использовал ссылку, чтобы без шума уничтожить своих противников. Старший из Никитичей был главным претендентом на трон, но его Годунов отправил не в ссылку, а в монастырь. Вышло так, что монашеский куколь спас жизнь Федору Никитичу, но отнял у него шансы на обладание троном. Надеть на себя корону расстрига не мог. Борису этого было достаточно.
Царь подверг подлинному разгрому романовскую партию в Боярской думе. Первым пострадал боярин князь Федор Шесту нов, чей слуга донес властям на его злоумышления. Царь щедро наградил доносчика, но не стал наказывать престарелого боярина. Шестунов умер под домашним арестом своею смертью до опалы Романовых. Если бы он кончил жизнь в тюрьме или изгнании, Борису непременно приписали бы еще одно убийство.
Зять Федора Никитича, боярин князь Борис Черкасский, попал в тюрьму на Белоозеро. Он давно болел и умер в тюрьме довольно скоро. Другой зять Романовых, князь Иван Сицкий, угодил в монастырь. Опале подверглись князь Александр Репнин и дворяне Карповы.
После воцарения Романовых летописцы не пожалели красок, чтобы расписать злодейства Годунова и представить членов опальной семьи в ореоле мученичества. Из летописей драматические эпизоды перекочевали и на страницы исторических и литературных произведений. Один из героев трагедии А. С. Пушкина «Борис Годунов» осудил весь режим и образ правления Годунова словами:
…Он прашгг илми,
Как царь Иван (не к ночи будь помянут).
Что пользы в том, что явных казней нет…
Уверены ль мы в бедной жизни нашей?
Нас каждый день опали ожидает,
Тюрьма, Сибирь, клобук иль кандалы,
А там – в глуши голодна смерть иль петля.
В действительности методы управления Годунова мало напоминали методы управления царя Ивана. Даже в самые критические моменты Борис не прибегал к погромам, резне и кровопролитию, а его опалы отличались кратковременностью. Судьба Романовых может служить тому примером. Через несколько месяцев после суда Борис распорядился смягчить режим заключения опальных, вернул из ссылки Ивана Романова и нарядил следствие по поводу жестокого обращения приставов с больным Василием Романовым. Детям Федора Никитича и вдове Александра Никитича разрешили покинуть бело-зерскую ссылку и уехать в одну из родовых вотчин. Князья Иван Черкасский и Сицкие получили полное прощение и вернулись на службу. Филарета Романова царь велел содержать в Антониев-Сийском монастыре так, чтобы ему «не было нужи».
Бориса всегда подозревали в коварстве. Вступив на трон, он осыпал милостями своих наиболее опасных соперников. Александр Романов получил боярский чин, Михаил Романов и Богдан Вельский стали окольничими. Не хотел ли он усыпить подозрения врагов, чтобы затем обрушить на их головы нежданную царскую месть? Сколь бы правдоподобными ни казались такие предположения, они все же не согласуются с фактами. До сих пор от внимания исследователей ускользало обстоятельство, оказавшее заметное влияние на ход политической борьбы в годы царствования Годунова. Это обстоятельство – физическое состояние Бориса. Еще до коронации Бориса за рубеж стали поступать сведения о его тяжелой болезни. Один современник Годунова заметил, что тот царствовал шесть лет, «не царствуя, но всегда болезнуя». Врачи оказались бессильны исцелить его недуг, и царь искал спасения в молитвах и богомольях. В конце 1599 года он не смог своевременно выехать на богомолье в Троицу, и его сын собственноручным письмом известил монахов,, что причина задержки та, что батюшка его «недомогает». К осени 1600 года здоровье Бориса резко ухудшилось. Один из членов польского посольства, составивший рифмованное повествование о путешествии в Москву, замечает, что властям не удалось утаить от всех болезнь царя и в городе по этому поводу поднялась большая тревога. После обсуждения дела в Боярской думе Бориса по его собственному распоряжению отнесли на носилках из дворца в церковь и показали народу, что он еще жив.
Слухи о близкой кончине Годунова искусственно возродили обстановку династического кризиса. Подготовляя почву для переворота, оппозиция распространяла в России и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии наследника престола царевича Федора. Находившиеся в Москве польские послы утверждали, будто у Годунова очень много недоброжелателей среди подданных, число строгостей против них растет день от дня, но строгости не спасают положения. «Не приходится сомневаться,- писали поляки,- что в любой день там должен быть мятеж».
Становится понятным, почему в такой обстановке правительство высказало крайнюю тревогу по поводу действий Вельского и Романовых. Первый открыто добивался популярности в армии, вторые собрали в столице многочисленную вооруженную свиту. Польские послы потратили немало усилий на то, чтобы установить причины опалы Романовых. Собранная ими информация особенно интересна потому, что она исходила от московитов, симпатизировавших родне царя Федора. «Нам удалось узнать,- читаем в польском дневнике,- что нынешний великий князь (Борис-Р. С.) насильно вторгся в царство и отнял его от кровных родственников умершего великого князя Никитичей-Романовичей, Названные Никитичи-Романовичи усилились и, возможно, снова предполагали заполучить правление в свои руки, что и было справедливо, и при них было достаточно людей, но той ночью великий князь (Борис) на них напал».
Дневниковая запись раскрывает подлинные причины гонений на братьев царя Федора. Тяжелая и продолжительная болезнь Годунова подала Романовым надежду на то, что они вскоре смогут вновь вступить в борьбу за обладание короной. Малолетний наследник Бориса имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного царя оставалось единственное средство ее спасения. Он постарался избавиться от претендентов на корону и отдал приказ о штурме романовского подворья.
Борису удалось потушить мгновенно вспыхнувший конфликт и стабилизировать политическую "обстановку в стране.
Во внешних делах Годунов стремился достичь длительной мирной передышки и раздвинуть восточные пределы государства. Сибирский хан Кучум понес несколько поражений от царских воевод, после чего откочевал с Иртыша в Барабинские степи. В 1598 году воеводы вновь построенного Тарского городка отправились по следам Кучума в глубь степи и подвергли разгрому его становшца. Семья хана и множество его слуг попали в плен и были отосланы в Москву. Сибирское ханство перестало существовать. Ничто не препятствовало быстрому продвижению воевод на восток. С Иртыша и Оби русские сделали решительный шаг к устью Енисея. Отряды, посланные «проведать» Мангазенскую землю, привели в покорность местные племена и в 1600 году прислали в Москву первый мапгазейский ясак.
Царь Борис старался поддерживать мирные отношения с Крымом и Турцией и искал мирного урегулирования дел с Речью Посполптой. Спор из-за Ливонии обострил противоречия между поляками и шведами и окончательно устранил возможность восстановления мощной антирусской коалиции. В 1601 году Россия заключила 20-летнее перемирие с Речью Посполптой.
Сознавая, сколь необходимы России тесные хозяйственные и культурные связи с Западной Европой, Годунов деятельно хлопотал о расширении западной торговли. С помощью ганзейского города Любека он надеялся наладить морские сообщения через Ивангород – русский город на реке Нарове. Однако Швеция, располагавшая первоклассным флотом, разрушила эти замыслы. Ссылаясь на условия Тявзинского договора, шведы блокировали Ивангород с моря.
