Считая ошибочным стремление правящих кругов направить главное внимание экспедиции на освоение только Сахалина, Невельской писал Муравьеву: "Не на Сахалин, а на матерой берег Татарского пролива должно обратить главное наше внимание… Только закрытая гавань на этом побережье, непосредственно связанная внутренним путем с рекою Уссури, обусловливает важность для России этого края в политическом отношении; река же Амур представляет не что иное, как базис для наших здесь действий, ввиду обеспечения и подкрепления этой гавани как важнейшего пункта всего края".
И снова Невельской, этот неутомимый и упорный борец с косностью правительственных чиновников, идет на прямое ослушание: вопреки распоряжениям свыше, он готовит десант не только на Сахалин, но и в Императорскую гавань.
7 сентября 1853 года Невельской во главе так называемого Сахалинского десанта на судне «Николай» вышел из Петровского зимовья.
Командовали десантом майор Буссе и лейтенант 47-го флотского экипажа Рудановский.
19 сентября «Николай» вошел в залив Анива. Основание поста в Императорской гавани имело очень большое значение. Бошняк писал об этом: "Меня посылали в Императорскую гавань с целью основать там опорный пункт для дальнейших наших исследований южного Манчжурского берега и сообщения его с реками Уссури и Амуром".
Бошняк должен был зимой на собаках, весной на байдарках отыскать путь из Императорской гавани к Амуру и Уссури.
29 сентября «Николай» прибыл в Императорскую гавань. Невельской, осмотрев гавань, приказал ставить пост в Константиновской бухте, а сам направился в Де-Кастри, куда должна была прибыть шхуна «Восток», посланная адмиралом Путятиным.
В Де-Кастри Невельской узнал, что шхуна «Восток» за несколько дней до его прибытия сюда ушла в лиман.
Невельской поспешил в Петровское, а «Николай» возвратился в Императорскую гавань, где 7 октября высадил партию Бошняка на первую зимовку в открытой гавани, превратившуюся и в первую трагедию отважных исследователей. Дело в том, что рано нагрянувшие морозы сделали невозможным возвращение в лиман Амура "Николая".
В результате вместо намечавшихся десяти человек в Константиновской бухте осталось на зимовку девяносто (восемьдесят человек должны были, построив пост, уйти на "Николае"), Ограниченные продовольственные запасы, отдаленность от базы снабжения (500 верст), суровая зима сделали зимовку очень тяжелой. В ноябре началась цинга. Подпоручику Орлову, которого Бошняк послал к Невельскому, лишь в марте удалось добраться до Петровского. Невельской, еще в январе 1854 года узнавший от местных жителей о скоплении людей на зимовке Бошняка, отправил к нему на оленях продовольствие, но зимовщики получили его только в марте, когда цинга уже унесла 20 человек. Остальных спас приход 17 апреля корвета «Иртыш», затем барка «Меньшиков» и, наконец, 23 мая, фрегата "Паллада".
Понимая оборонное значение своих открытий, Невельской много сделал для защиты русских берегов Тихого океана от покушений врага.
На горе Чныррах, в Амурском лимане, была построена крепость. Во всех открытых гаванях ставились военные посты. В 1854 году соратник Невельского по открытию устья великой реки П. В. Козакевич организовал отправку вниз по Амуру флотилии в составе семидесяти пяти барж, во главе с пароходом «Аргунь» (первый пароход, построенный на Шилкинском заводе). 14 мая флотилия пошла вниз по Шилке. 14 июля она в полном составе была уже в Марнинске, где первых поселенцев открытого им края встретил Невельской.
16 мая 1858 года был заключен Айгунский договор с Китаем, который окончательно закрепил за Россией все открытые Невельским земли в бассейне Амура и в Татарском проливе.
Все эти мероприятия по укреплению морских границ русского Дальнего Востока оправдали себя уже в 1854–1855 годы во время Крымской войны, когда англо-французы, не ограничиваясь наступлением на черноморскую твердыню России — Севастополь, сделали попытку атаковать и главную базу Сибирской флотилии — город Петропавловск-Камчатский. Первая атака Петропавловска летом 1854 года была героически отбита защитниками города под руководством В С. Завойко. Весной 1855 года, чтобы сохранить силы защитников тихоокеанских побережий, Завойко эвакуировал гарнизон и корабли флотилии в Николаевск-на-Амуре. Англо-французы, не зная об открытии устья Амура и основании здесь нового порта, не смогли найти русские корабли, а их попытки атаковать ряд пунктов на берегу Татарского пролива были отбиты гарнизонами созданных Невельским постов.
Открытия Невельского и его спутников, их работу по освоению открытого края по достоинству сумели оценить лишь немногие современники. Наслушавшись всяких ужасов и небылиц, многие офицеры неохотно шли служить на Амур. И тем большими были изумление и радость тех, которые шли служить на Амур из патриотических побуждений и находили здесь дружный коллектив простых русских людей, отдавших все свои силы освоению нового края. Душою этого коллектива были Невельской и его жена — Екатерина Ивановна, героическая русская женщина, переносившая вместе с мужем все трудности и невзгоды, выпадавшие на долю членов Амурской экспедиции.
Значительную часть первых поселенцев Амура, вынесших на своих плечах всю тяжесть освоения сурового края, составляли солдаты и матросы. Сам Невельской и другие офицеры экспедиции высоко ценили эту самоотверженность простых русских людей. "Вся тягость здешних казенных работ, — писал один из участников Амурской экспедиции, — лежит на бедных солдатах. Зимой по грудь в снегу вытаскивают они из лесу бревна, летом работают в тайге над просеками или же бревнами, и тогда бывает им еще труднее от мошки… Без преувеличения можно сказать, что все здешние постройки и огороды смочены солдатским потом".
Именно эту созидательную сторону деятельности русских людей на берегах Тихого океана подчеркивал Энгельс, писавший в статье "Успехи русских на Дальнем Востоке": "Русские завладели территорией к Северу от Амура и большей частью берега Манчьжурии к югу от этой реки, укрепились там, произвели изыскания для железнодорожной Ливии и начертали планы городов и гаваней".
Простые русские люди не жалели сил для дальнейшего освоения и укрепления русской дальневосточной земли.
Но Геннадию Ивановичу Невельскому не пришлось участвовать в этой созидательной деятельности. После окончания работ Амурской экспедиции в 1856 году он был отозван с Дальнего Востока и служил на различных должностях. В 1864 году Невельской был произведен в вице-адмиралы, а десять лет спустя — в адмиралы. 17 апреля 1876 года Невельской умер.
Царские чиновники делали все, чтобы замолчать его великие открытия. Несколько десятилетий имя Невельского почти не упоминалось даже в работах, посвященных Дальнему Востоку. Поэтому особенно большое значение для всех, кто дорожил славой и честью родины, имели выступления в печати А. П. Чехова в защиту первенства открытий Невельского и его соратников. Чехов называл Невельского "замечательным русским человеком". Он писал: "Это был энергичный, горячего темперамента человек, образованный, самоотверженный, гуманный, до мозга костей проникнутый идеей и преданный ей фанатически, чистый нравственно".
Чехов с горечью отмечал, что официальная Россия не только не оценила подвиги русских офицеров, но и предала забвению их имена. Смелым упреком царизму стали следующие гневные слова писателя: "Интересно, что на Сахалине дают названия селениям в честь сибирских губернаторов, смотрителей тюрем и даже фельдшеров, но совершенно забывают об исследователях, как Невельской, моряк Корсаков, Бошняк, Поляков и многие другие, память которых, полагаю, заслуживает большего уважения и внимания, чем какого-нибудь смотрителя Дербина, убитого за жестокость".
Фицрой и Дарвин
Экспедиция на «Бигле».
Большую роль в исследовании Патагонии и Огненной Земли сыграла вторая кругосветная экспедиция на «Бигле» под командованием Фицроя благодаря участию в ней Дарвина.
Первоочередным заданием кругосветной экспедиции на «Бигле» было уточнение результатов работы, проделанной экспедицией Кинга, и продолжение описи берегов Южной Америки. Фактически нужно было завершить съемку Патагонии примерно от 13° южной широты до Магелланова пролива, тихоокеанских берегов материка от пролива до 12° южной широты, архипелагов Фолклендского, Огненной Земли и Чилийского.
Другая задача, поставленная перед экспедицией на «Бигле», имела очень большое научное значение: произвести хронометрические измерения в последовательном по широте ряде пунктов вокруг Земли, чтобы точно определить меридианы этих пунктов. Именно для этого «Бигль» под командой Фицроя и должен был совершить кругосветное плавание.