Активная деятельность с двух сторон привела к расколу духовенства. Это наиболее ярко проявилось в вопросе отлучения от церкви и проклятии московского митрополита Сергия рижским митрополитом Сергием. Большая часть духовенства отказалась это делать, заявив, что «Митрополит Московский есть патриот Русской Православной Церкви. Помолимся Богу за его здоровье»111.
Деятельность сторонников московского патриарха изображалась оккупационной прессой как предательство и подлое забвение того, что большевики сделали с церковью за годы своей власти. Сбор пожертвований в фонд обороны назывался «утончённым обиранием трудящихся». Несмотря на все это многие священники активно помогали советскому сопротивлению. Лишь в районе, где находилась 5 партизанская бригада, действовавшая на территории Ленинградской области в основном через церковь, население добровольно сдало 1200 тысяч рублей на танковую колонну для Красной Армии112.
С лета 1943 года Ленинградский штаб партизанского движения наладил поставку литературы издательского отдела Русской Православной Церкви в тыл врага. Доставлялись первые номера журнала Московской патриархии и воззвания к населению, подписанные иерархами Православной Церкви, в том числе митрополита ленинградского Алексия113.
Все распространявшиеся печатные материалы можно разделить на две основные части.
В материалах первой категории верующие оккупированных районов призывались на борьбу с врагом. В посланиях к пастырям и пастве говорилось о благословении Русской Православной Церковью «подвига ратного» и «вере, что Господь сил с Вами в этой священной борьбе, что этому благородному порыву он подаёт свою дивную помощь и силу… Мир нельзя иметь без помощи военной. Этому подтверждение вся история России и её святителей». В листовках Ленинградской митрополии говорилось о том, что первейший долг каждого православного христианина всеми силами помогать партизанам бороться с врагом за веру, свободу, за честь Родины. Целью войны называлось благословленное Святым Александром Невским и Святым Сергием Радонежским избавление от впавшего в кровавое безумие насильника и ненавистника славянства114.
Во второй группе прокламаций говорилось об отлучении от церкви всех верующих и лишении сана епископов и клириков, сотрудничающих с фашистами. Особым грехом называлось предательство партизан и подпольщиков, жертвующих собой за Родину. За это преступление отступникам уготавливалась участь Искариота. «Как Иуда погубил свою душу — телом он понёс исключительное наказание ещё здесь, на земле»115.
С конца 1943 года материалы о патриотической деятельности Русской Православной Церкви появились на страницах периодической печати, в том числе и в центральном органе ЛШПД — газете «Ленинградский партизан». В них говорилось об участии священнослужителей в комиссиях по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и даже об их участии в партизанских судах и процессах над предателями116.
Подобные факты не могли быть проигнорированы нацистами. Вскоре после того как в Москве было заключено соглашение между Сталиным и руководством Русской Православной Церкви, германское руководство инспирировало совещание в Риге православных архиереев Латвии, Эстонии и Литвы. В совещании принимали участие Сергий, митрополит Литовский, экзарх Латвии и Эстонии, архиепископ Иаков Елгавский, Павел, епископ Нарвский и Даниил, епископ Ковенский.
Участники совещания с подачи оккупантов высказали своё мнение по поводу воззвания к русскому народу патриаршего местоблюстителя Сергия, митрополита Московского и Коломенского о сопротивлении германской армии. Они заявили о том, что «высокочтимый иерарх, глава Русской Православной Церкви, не мог составить или по крайней мере добровольно подписать это воззвание. Целый ряд обстоятельств доказывает, что это воззвание сфабриковано кремлёвскими властителями и распространяется от лица патриаршего местоблюстителя».
Текст резолюции архиерейского совещания был следующий: «Имея возможность свободно высказаться по церковным делам мы, участники первого совещания православных архиереев в Риге, считаем своим долгом сделать во всеуслышание следующее заявление:
«Советская власть подвергла Православную Церковь неслыханному гонению. Ныне на эту власть обрушилась кара Божия. Желая отвратить неотвратимую гибель и угодить своим лицемерным союзникам, большевики притворяются, будто бы изменили воё отношение к Православной Церкви, вернув ей свободу. Но этому обману никто не поверит. Он опровергается явными фактами, За подписью патриаршего местоблюстителя блаженнейшего Сергия, митрополита Московского и Коломенского большевики распространяют нелепое воззвание, призывающее русский народ сопротивляться германским освободителям. Мы знаем, что блаженнейший Сергий, муж великой учёности и ревностной веры, не мог сам составить столь безграмотное и столь бессовестное воззвание. Либо он вовсе его не подписывал, либо подписал под страшными угрозами, желая спасти вверенное ему духовенство от полного истребления. Для нас это воззвание служит ярким доказательством того, что большевики по-прежнему держат Православную Церковь в своих тисках, удушая её и фальсифицируя её голос. Оплакивая участь патриаршего местоблюстителя, мы решительно отмежовываемся от насильно навязанной ему политической установки и молимся Господу о полном и скором освобождении Православной Церкви от проклятого большевистского гнёта»117.
Но подобные декларации уже не имели особого влияния ни среди населения, ни среди рядовых священников.
В течение 1943 года оккупанты изменили свое отношение к Православной Церкви. От политики заигрывания они перешли к политике неприкрытого ограбления и осквернения храмов. Так, в бюллетене полиции безопасности от 5 февраля 1943 года писалось о том, что «Русские церкви, разрушенные при советском режиме или во время военных действий, не должны ни восстанавливаться, ни приводиться в соответствие с их назначением органами немецких вооруженных сил»118.
Заслуживают особого внимания показания священника Ломакина о положении в Новгороде в конце 1943 года: «Чего только не устроили немцы и испанцы в домах Божьих, освященных вековыми молитвами, во что только не превращали наши святыни: казармы, уборные общего пользования, склады овощей, кабаре, в немногих случаях глазные лазареты, наблюдательные пункты, конюшни, гаражи, дзоты, штабы военных частей. Все что угодно — только не дома молитвы! А разбросанная в изобилии по храмам порнографическая литература немцев и испанцев, бесстыжие фотоснимки и беззастенчивые акварели на стенах храмов, исторических памятников и общественных зданий, устройство уборных, вонючих овощехранилищ и конюшен в святых алтарях дополняет жуткую картину морального разложения горе-победителей, недавних хозяев в городе.
Попирая чувства верующих, немцы дали распоряжение: «"В церковь ходить разрешается только по пропускам, которые даются на несколько человек"»119.
В целом можно согласиться с утверждением западных исследователей В. Алексеева и Ф. Ставру о том, что «германский фашизм был не менее враждебен христианству и особенно Русской Православной Церкви, чем советский коммунизм»120.
Безусловно, с самого начала оккупации нацисты относились к русской духовной жизни неоднозначно и крайне непоследовательно. Церковью играли, церковь использовали. Но все же что заставляло русских священнослужителей активно сотрудничать с немецко-фашистскими оккупантами? Многие из них, арестованные советскими органами государственной безопасности, так отвечали на этот вопрос: «Во-первых, это материальная заинтересованность. Мы были обеспечены службой и получали за нее гораздо больше материальных благ, чем при советской власти. Во-вторых, нам нравилось, что мы вновь стали уважаемыми членами общества, ну а, в-третьих, практически все из нас подвергались репрессиям со стороны коммунистов»121.
Всего же в захваченных районах РСФСР в 1941–1943 гг., по подсчетам М. В. Шкаровского, открылось примерно 2150 храмов122.
Практически все церкви, открытые в 1941–1943 годах оккупантами, продолжали функционировать до начала шестидесятых годов, до очередного гонения на церковь.
К концу 1943 года Патриарх Московский и Всея Руси Сергий имел в рядах своих сторонников большинство клира оккупированных областей. Это можно объяснить не только активной патриотической деятельностью Русской Православной Церкви, усилением партизанской борьбы, но и саморазоблачением нацистского оккупационного режима и его приспешников. В большинстве случаев священнослужители были вместе со своими прихожанами, стойко перенося все тяготы и невзгоды войны.