«Господин вице-адмирал Грейг. Поздравляя вас с открытием причины произшествию на фрегате „Мария“, желаем, чтоб люди невинные из экипажа того судна, содержащиеся под стражею по сему делу, освобождены были. Впрочем, уверены Мы, что вы не оставите принять всякие осторожности впредь от подобных случаев».
Вице-адмирал И. Л. Голенищев-Кутузов, член комиссии, в тот же день писал И. Г. Чернышеву о значении открытия:
«Может быть, не только для нас, но и всей Европе оказали мы услугу! Сколько невинных людей, может быть, пострадало! Признаюсь вам, что я такой причине пожар на корабле „Благополучие“ приписываю».
Со временем в практику всех флотов вошло правило не хранить вместе сажу и масло.
По должности главного командира Кронштадтского порта Грейгу пришлось заниматься разными вопросами. Осенью 1773 года адмирал Ч. Ноульс, осмотрев Кронштадт, Ревель и Ригу, предложил Екатерине II, вместо использовавшихся ветряков или лошадей, для откачки воды установить в Кронштадте паровую машину. Заказ дали Карронской компании (Шотландия), которая разработала «Проект осушения кронштадтских доков паровыми машинами». Первую машину отправили в конце 1774 года, и с лета 1775 года ее монтаж под наблюдением Грейга вели иностранные специалисты. В июне 1777 года машина была успешно испытана. Главный командир заказал той же компании вторую машину; но она поступила уже после смерти Грейга и не была пущена в ход.
В 1781 году Императрица поручила строительство каменной гавани в Кронштадте инженер-генералу Ф. Б. Боуру, тогда руководившему фортификационными и гидротехническими работами в большинстве приморских крепостей России. Грейгу следовало помогать Боуру, а после смерти последнего появился высочайший указ от 21 февраля 1783 года, которым постройка гавани была поручена Грейгу. Доки, каналы и молы сохранились поныне.
С 1781 года Грейг наблюдал за строительством и реконструкцией Кронштадта. Неоднократно Императрица давала ему поручения и выражала благодарность за быстрое их выполнение. 28 июня 1782 года Грейга пожаловали в адмиралы. Он получил орден Святого Владимира. Был признан и вклад моряка в развитие науки. 14 марта 1782 года С. К. Грейга за заслуги в области кораблестроения, инженерной практики и военно-морского дела избрало своим членом Лондонское Королевское общество. 18 августа 1783 года на конференции Петербургской академии наук по предложению Е. Р. Дашковой Грейга единогласно избрали почетным академиком. Авторитет адмирала возрастал, как и задачи, которые ему приходилось решать.
В полдень 13 мая 1783 года в Петербурге запылало адмиралтейство. Пожар долго не удавалось погасить. С трудом спасли запасы леса и строящиеся суда. Императрица решила перенести постройку кораблей в Кронштадт. Уже 28 мая по ее повелению Адмиралтейств-коллегия издала указ о начале работ по подготовке перевода адмиралтейства. 29 мая коллегия рассматривала вопросы переноса адмиралтейства, в том числе о здании Морского кадетского корпуса в Кронштадте, и решила для обсуждения пригласить Грейга; уже тогда было определено, что адмиралтейство в столице следует отремонтировать лишь на время. Шла разработка проекта постройки капитальных сооружений в Кронштадте. 18 июня члены коллегии адмирал А. Н. Сенявин, вице-адмиралы Борисов, Рябинин и Пущин обсуждали с Грейгом размещение зданий в будущем адмиралтействе и за основу взяли расположение прядильного завода, указанного в плане Грейга. 19 июня коллегия по рапорту Грейга решила не строить временный прядильный завод, а сразу каменный. 20 июня в том же составе продолжили обсуждение проекта адмиралтейства — размещение сухарного завода, жилищ моряков и т. п.
Еще не успели утвердить проект, как на Кронштадт обрушилась напасть: 14 января 1784 года вспыхнул и за ночь выгорел каменный госпиталь. Всех больных удалось спасти, однако встала проблема их размещения. Коллегия, получив рапорт Грейга, постановила до возведения нового госпиталя, вошедшего в проект, соорудить временные деревянные постройки.
Высочайшим указом 1 февраля 1784 года Императрица выделила двести тысяч рублей на перенос адмиралтейства. 25 марта 1784 года адмирал Грейг подписал план его устройства. 26 мая Адмиралтейств-коллегия всеподданным докладом сообщала, что все распоряжения по переносу адмиралтейства сделаны в соответствии с предложениями главного командира Кронштадтского порта. Однако возникли и разногласия. Чтобы защитить адмиралтейство от огня и злоумышленников, адмирал предложил максимально рассредоточить магазины и важнейшие из них поместить внутри пространства, окруженного рвом с водой. Внешнюю сторону рва следовало огородить высокой решеткой, расставить вдоль нее фонари и часовых, а вдоль всего периметра за палисадником проложить широкую улицу. Ров Грейг предлагал сделать шириной восемь саженей для прохода судов с грузами и по углам выполнить бассейны-расширения для удобства поворота этих судов. С внутренней стороны двухэтажные склады с кирпичной стеной между ними создавали сплошную преграду. Железные двери в складах-магазинах следовало открывать лишь на время погрузки-выгрузки, так же как боны и решетки, преграждавшие входы в канал. Адмирал писал, что готов внести необходимые изменения в представленный им план адмиралтейства, если «генеральное основание плана будет опробовано». У членов коллегии были иные мнения. Обсуждение проекта длилось долго. Наконец, 28 января 1785 года вышел Высочайший указ адмиралу Грейгу с поручением ему руководить переносом адмиралтейства в Кронштадт; за основу были приняты его предложения. Рескрипт, кроме задач по обеспечению пожарной безопасности (ограждение железным палисадом, каналом или рвом между магазинами и каменной стеной), предусматривал очистку и углубление Военной, Средней и Купеческой гаваней, постройку карантинного госпиталя на острове Сескар. В тот же день указ Императрицы предписал Адмиралтейств-коллегии оказывать Грейгу помощь в этом деле.
Так как уже становился ясен размах работ, еще 2 сентября 1784 года Адмиралтейств-коллегия поручила адмиралу В. Я. Чичагову заседать в коллегии и командовать 2-й флотской дивизией. Грейг оставался только главным командиром Кронштадтского порта и числился в той же дивизии. Однако, кроме переноса адмиралтейства, адмирал имел и другие важные задачи. Ежегодно он руководил подготовкой эскадр к плаванию. Не раз Адмиралтейств-коллегия поручала ему провести депутатский смотр уходящих в море или вернувшихся кораблей. Так можно было использовать большой опыт моряка, который из-за перегруженности административными заботами не мог сам водить эскадры в море.
Успешно шли работы по реконструкции канала Петра Великого, которые были начаты еще по проектам 1763-го и 1767 годов. По высочайшему указу 6 октября 1778 года на основе предложения С. К. Грейга и обер-интенданта Рябинина канал для удобства ремонта в нем кораблей стали облицовывать вместо дерева камнем. 18 января 1785 года Адмиралтейств-коллегия слушала предложение графа И. Г. Чернышева о передаче постройки канала Петра Великого, которой он заведовал с 1777 года, Грейгу, который и так по должности ею ведал, и постановила: «кронштадтский канал и при нем команду поручить адмиралу Грейгу, а по коллегии иметь экспедиции вице-президенту». Осенью 1786 года Грейг рапортовал о том, что корабли «Елена», «Ярослав», «Владислав» и «Всеслав» введены в канал для ремонта.
К 1787 году план реконструкции Кронштадта уже осуществляли полным ходом. 17 марта Адмиралтейств-коллегия слушала сообщение, что построенные по приказу Грейга каменные офицерские и служительские корпуса со службами и другими пристройками, канатная фабрика с пеньковым магазином и разные мастерские приняты в адмиралтейское ведомство.
Большое внимание, как и прежде, адмирал уделял кораблестроению. В частности, 22 декабря 1781 года Адмиралтейств-коллегия рассмотрела недостатки построенных в Архангельске 66-пушечных кораблей и поручила строить их по чертежам Грейга. 19 сентября 1782 года был заложен в Архангельске и 16 мая 1784 года спущен корабль «Изяслав», сооруженный по проекту адмирала корабельным мастером М. Д. Портновым. 18 февраля 1786 года Адмиралтейств-коллегия рассмотрела запрос интендантской экспедиции о том, какие корабли закладывать в Архангельске; было дано указание 66-пушечные корабли строить по образцу «Изяслава», чертеж которого «…представлен был коллегии в 1781 году от адмирала С. К. Грейга…». Коллегия отметила, что контр-адмирал М. П. Фондезин одобрил маневренность и ходкость корабля. Корабль этот прослужил до 1808 года, участвовал во многих походах и в сражениях при Гогланде, Эланде, Ревеле и Выборге. Очевидно, конструкция оказалась удачной, ибо в Гогландском сражении корабль получил 180 пробоин, но не потерял боеспособность. В 1788–1797 годах в Архангельске по этому проекту корабельные мастера Портнов и Игнатьев построили корабли «Пармен», «Никанор», «Пимен», «Иона», «Филипп», «Граф Орлов», «Азия» и «Победа».
