В 1888 году Скрябин, окончивший Кадетский корпус, поступил в Московскую консерваторию, где продолжал занятия с Танеевым, а по фортепиано был принят в класс В. Сафонова. Под его руководством юноша стал делать большие успехи, но, увлекшись чересчур трудным технически репертуаром, переиграл правую руку. Скрябин пунктуально выполнял все предписания врачей, но травма продолжала давать знать о себе практически всю жизнь. Через четыре года он окончил консерваторию по классу фортепиано с золотой медалью.
Как композитору ему закончить консерваторию не пришлось: к тому времени от Танеева он перешел к А. Аренскому, который вел класс свободного сочинения, но общего языка с новым педагогом ему найти не удалось. Аренский, по воспоминаниям современника, «не умея считаться с индивидуальностью ученика… не разгадал в Скрябине зреющего великого художника». Напряженные отношения закончились уходом от него Скрябина, закончить курс самостоятельно ему не разрешили. Он так и остался без композиторского диплома.
С детских лет любимым композитором Скрябина был Шопен. Не удивительно поэтому, что его первые фортепианные сочинения носили отпечаток влияния великого поляка. Он сознательно обращается к тем же жанрам — этюда, прелюдии, мазурки, вальса, ноктюрна. В 1886 году им написана одночастная соната-фантазия, в следующем — трехчастная соната (в список своих сочинений композитор их не включил). В этих ранних сочинениях уже выявляется своеобразие дара Скрябина — лирическая насыщенность, тонкость красок.
Вскоре после окончания консерватории дает о себе знать переигранная рука. Ему приходится пройти серьезный курс лечения. По поводу тех дней композитор записывает: «Чтобы стать оптимистом в настоящем значении этого слова, нужно испытать отчаяние и победить его». Отзвуки переживаний того времени слышны в Первой фортепианной сонате (1893). Отчаяние, о котором писал композитор, было вызвано не только болезнью. Может быть, большую роль в его настроении играла несчастная любовь. В конце 1891 года он со всем романтическим пылом увлекся дочерью богатых помещиков Н. Секериной. Той было только 15 лет, и ее мать попросила юношу не смущать покоя детской души, перестать бывать в их доме. Между влюбленными шла переписка, молодой человек какое-то время сохранял надежду. Но мать девушки твердо решила, что он, не знатный и не богатый, с еще весьма неопределенным будущим, — не пара ее дочери. Наступил разрыв, который музыкант переживал крайне тяжело.
В 1894 году его творчеством заинтересовался известный петербургский меценат М. Беляев. Несметно богатый, он поддерживал многих русских композиторов: организовал «Русские симфонические концерты», в которых исполнялась новая русская музыка, музыкальное издательство, которое очень хорошо оплачивало свои издания, ежегодно проводил конкурсы камерных сочинений и лучшие награждал Глинкинской премией, выдававшейся 27 ноября — в день премьер обеих опер великого русского композитора. Сафонов порекомендовал Беляеву обратить внимание на недавнего выпускника консерватории, и просвещенный меценат сразу оценил незаурядное дарование. «Благодарю судьбу, которая мне послала Вас на моем жизненном пути», — писал ему Скрябин.
Действительно, только благодаря постоянной поддержке Беляева композитор мог спокойно работать. Но для начала Беляев решил, что Скрябину нужно ехать за рубеж полечить руку и переменить обстановку после душевной травмы. На это он выделил нужную сумму, и весной 1895 года Скрябин на четыре месяца отправился в Германию, затем в Швейцарию, побывал в Италии, Ницце, в Берлине присутствовал на открытии Международного конкурса пианистов и композиторов имени А. Рубинштейна, а по возвращении на родину получил от Беляева драгоценный подарок — рояль.
В январе 1896 года Беляев организовал вторую зарубежную поездку Скрябина, на этот раз — концертную. 15 января в Париже состоялся первый авторский концерт Скрябина, через три дня он играл в Брюсселе, затем были концерты в Берлине, Амстердаме, Гааге и Кельне. Всем им сопутствовал неизменный успех. «Это исключительная личность, композитор столь же превосходный, как и пианист, столь же высокий интеллект, как и философ; весь — порыв и священное пламя», — писал один из парижских критиков.
И во время гастролей Скрябин продолжал сочинять. Появлялись новые фортепианные прелюды, экспромты, Концертное аллегро. Все эти произведения были изданы Беляевым, бывшим в восторге от своего нового протеже. Вернувшись в Россию, Скрябин принялся за сочинение Концерта для фортепиано с оркестром. До этого было начато симфоническое Аллегро, но работа над ним задержалась на три года, и композитор в конце концов оставил ее, не удовлетворенный первым оркестровым опытом. Концерт был издан Беляевым, несмотря на то, что получил довольно сдержанный отзыв Римского-Корсакова, впрочем, известного своей чрезвычайной строгостью. Письмо главы петербургской школы обидело Скрябина: «Я считал Николая Андреевича добрым-добрым, а теперь вижу, что он только любезен», — писал Скрябин Беляеву, сетуя, что Римский-Корсаков просто сказал о недостатках оркестровки, не отметив то, что считал слабым; не помог молодому композитору советами. Впрочем, еще более строго он примерно в то же время отозвался о Первой симфонии Калинникова, чем, возможно, ускорил кончину тяжело больного композитора.
Еще до того как концерт был опубликован, 11 октября 1898 года, Скрябин исполнил его в Одессе. Туда он приехал с молодой женой, Верой Ивановной Исакович, талантливой пианисткой, окончившей консерваторию через несколько лет после Скрябина. Знакомый с ней раньше, Скрябин считал ее своим другом, делился с ней своими творческими замыслами, наблюдениями, а кроме того — переживаниями, связанными с неудачами в личной жизни. После первого юношеского увлечения, у него было еще одно — «блестящей по внешности, очень интересной и образованной» русской девушкой, жившей в Париже, где композитор с ней и встретился. О ней неизвестно ничего, кроме инициалов, но один из биографов композитора писал: «Она сделалась невестой Скрябина, но вскоре они разошлись…» В Россию Скрябин вернулся уже с намерением жениться на Вере Ивановне. «Через несколько дней после свадьбы молодые уехали, — вспоминала тетка композитора, заменившая ему мать и любившая его по-матерински. — На вокзале было человек тридцать. Стояли на платформе, шумели, все вместе говорили. А я только смотрела на Шуриньку. Он был очень бледен, глаза грустные…»
В январе 1898 года Скрябин вновь гастролировал в Париже с программой из своих сочинений. На этот раз в его концертах выступала и жена, также игравшая его сочинения. Концерт снова прошел с большим успехом. По возвращении в Россию Скрябин был приглашен профессором в Московскую консерваторию.
Директор консерватории Сафонов сделал это предложение своему бывшему ученику вопреки мнению некоторых педагогов, считавших Скрябина недостойным преподавать в таком престижном учебном заведении. Вообще его своеобразный пианизм в России с трудом пробивал дорогу. Так, в ответ на предложение Сафонова дать возможность Скрябину участвовать в концертах Русского музыкального общества в Петербурге, руководивший этими концертами Ц. Кюи писал: «О Скрябине не хлопочите много. Со всех сторон слышу, что это совсем плохой пианист», на что Сафонов с достоинством ответил: «Что касается Скрябина, то я свое суждение о нем как пианисте считаю более компетентным, чем суждение сторонних лиц, о которых Вы мне пишете, тем более что Скрябин играет исключительно свои сочинения и играет их вне всякого сравнения с другими пианистами».
Приглашение Сафонова композитор принял не без колебаний — боялся, что преподавание не позволит отдавать творчеству столько времени, сколько хотелось бы. Он посоветовался с Беляевым, который в ответ писал: «Ты ведь знаешь, я всегда был за определенные занятия, налагающие на человека определенные обязанности и приучающие его к известному порядку. Следовательно, с этой стороны мне и нечего ставить вопроса». В то же время Беляев продолжал оказывать композитору материальную помощь в виде постоянных авансов за произведения, которые неизменно печатались в его издательстве. Кроме того, Скрябин ежегодно получал Глинкинскую премию. Это позволяло ему жить спокойно, не думая о завтрашнем дне.