Командир барка лейтенант Лазарев охотно согласился на незапланированный рейс. К их приходу в Ситхинском заливе находился бриг "Педлер" Вильяма Ханта, а Слободчиков доложил, что у колошей "появилось вдруг множество наилучшего пороху образцы коего мною представлены".
Заподозрив в незаконной торговле Ханта, правитель отправил на "Педлер" двух приказчиков с требованием сдать весь порох. Хант наотрез отказался подчиниться, приказчики настаивали и в результате на палубе началась драка. Услышав шум, правитель погрузил на два вооружённых фальконетами баркаса 30 своих людей и, подойдя с обоих бортов, буквально взял бриг на абордаж. На судне устроили обыск и изъяли порох - он оказался идентичен тому что поступил к тлинкитам. Хотя иных доказательств незаконной торговли не было, правитель приказал заклепать пушки "Педлера". Напрастно Лазарев, подошедший на шлюпке в самый разгар операции, пытался урезонить Баранова. Это лишь вызвало ещё больший гнев правителя, заподозрившего офицеров "Иркутска" в сговоре с бостонцами. С криком он потребовал от лейтенанта немедленно удалиться от борта, угрожая в противном случае открыть огонь по шлюпке. Бессильный что либо предпринять Лазарев вернулся на барк.
Через неделю он получил приказ Баранова сдать командование первому помощнику лейтенанту Унковскому. Этот приказ поверг в шок офицеров "Иркутска", высоко ценивших своего командира. На экстренном офицерском собрании они решили не подчиняться и самовольно покинуть Америку. Приготовления к отходу начались тотчас после собрания. "В то же время в доме правителя крепости уж целый день происходила попойка по случаю примирения правителя с г-ном Хантом…".
На рассвете 25 июня "Иркутск" начал выходить на внешний рейд. Баранов, оторвавшись от возлияния, приказал открыть огонь крепостной артиллерии. Несколько направленных в угон ядер не причинили барку вреда и он благополучно добрался до Макао, а затем и до Кронштадта.
По жалобе Баранова правление РАК неоднократно добивалось осуждения лейтенанта Лазарева, но Морское министерство дважды официально отвергало обвинения и наконец полностью его оправдало. Только что завершился суд по бунту Наплавкова и Баранов, своим поведением, ещё более дискредитировал Компанию. Кроме того в период 1809-16гг. он не подавал в ГП финансовых отчётов , что весьма тревожило директоров, как и слухи о "частых подгулах" престарелого правителя. Поэтому правление предписало капитан-лейтенанту Гагемейстеру, направленному на "Ст.-Петербурге" в 1816г, на месте исследовать деятельность Баранова и при необходимости принять от него управление колониями.
Эта кругосветка оказалась самой тяжёлое из четырёх, совершённых Леонтием Андриановичем. Вышедший 8 сентября из Кронштадта барк сильно потрепало в Северном море, а во время короткого шторма близ экватора он потерял бушприт. В Рио "Ст.-Петербург" пришёл только 27 января с донельзя измотанным экипажем. Открывшаяся течь заставила их в течение месяца почти безостановочно работать на помпах. Ремонт носовой части занял три месяца и так как идти вокруг Горна было уж поздно, пришлось отправляться восточным маршрутом. Ещё месяц отстаивались в Капштадте, дожидаясь муссона, а потом почти полгода шли Индийским и Тихим океанами. Мастера на верфи схалтурили и Гагемейстер не решался поднять всю парусину. До Новороссийска "Ст.-Петербург" добрался лишь к 20 ноября.
Прошло почти два месяца, прежде чем Леонтий Андрианович решился объявить Баранову о его отставке. В течение этого времени Гагемейстер осуществлял неофициальную ревизию состояния дел в колониях, поражаясь тому, какую огромную ответственность он должен будет взвалить на себя. Кроме того напряжение последнего года пагубно отразилось на его здоровье. В то же время и оставить вверенные ему земли без главного правителя Леонтий Андрианович мог. По свидетельству Хлебникова, прибывшего незадолго до того из Охотска, лишь жалобы самого Баранова на здоровье и на долгое отсутствие преемника вынудило Гагемейстера принять на себя управление. Кирилл Тимофеевич указывал и на другую, более весомую причину: смена правителей произошла "для упреждения дальнейших беспорядков", которые наблюдались в последний период правления Баранова. "После смерти в 816 году Ивана Ивановича Баннера и Бакадорова дела в конторе пришла в разстройство".*(1)
Выход был найден в женитьбе старшего помощника "Великого Устюга" капитан-лейтенанта Семёна Ивановича Яновского на Ирине, дочери Баранова. Яновский обещал вскоре после женитьбы принять от Гагемейстера должность и тем избавить его от хлопот по управлению обширным краем. После этого брака можно было рассчитывать на повиновение промышленников, для которых слово каргопольского купца было законом. Также индейцы, по своему обыкновению приняли бы Яновского как зятя Баранова, то есть имеющего право наследования чуть ли не большее, чем родной его сын.
7 января 1818 года состоялось венчание Семена Яновского с Ириной Барановой в церкви "Св. Михаила", а 11 января Гагемейстер официально объявил о вступлении на пост главного правителя Русской Америки и предъявил соответствующие документы ГП, подтверждавшие его полномочия. "Гагемейстеру повиноваться во всем, что до должности каждого относится, под опасением в случае неисполнения сего определения строгого взыскания по законам".
Передача власти прошла спокойно, в деликатной форме, поэтому нельзя согласиться с утверждениями некоторых историков, что Гагемейстер жаждал ухода Баранова. Они были знакомы более 10 лет и уважительно относились друг к другу. Александр Андреевич даже просил графа Румянцева исходатайствовать награду своему будущему приемнику.
Сдача дел, опись товаров, судов и капиталов продлилась до конца сентября. Всесторонняя проверка не выявила никаких серьёзных злоупотреблений, хотя у Баранова было более чем достаточно возможностей для личного обогащения. Самые острые критики главного правителя не могли обвинить его в преследовании личных целей: располагая огромной и почти бесконтрольной властью, он так и не нажил серьёзного состояния за всю свою 28-летнюю службу в колониях. По слухам, крупные суммы лежали на его счетах в иностранных банках, однако это не получило подтверждения в дальнейшем. Стяжательские черты у Баранова отсутствовали полностью и во многом именно на этом держался его авторитет. В то время Русская Америка давала, по сути, равные шансы выжить как простому промышленнику, так и чиновнику. Суровый край диктовал свои законы. Обман, хитрость не могли сойти с рук никому, даже главному правителю.
Смена руководства российских колоний в Америке - это не просто замена одного правителя на другого, это смена приоритетов. Баранов был в первую очередь предпринимателем и, заботясь о пушном промысле, справедливо полагал, что именно от его деятельности зависит успешность торговых операций РАК. Во многом благодаря ему Компания смогла избежать финансового краха в 1799г, когда вдвое была завышена стоимость акций. Директора помнили это и уважали Баранова. Но с приходом в ГП новых людей, не знакомых со спецификой мехового промысла, постепенно менялось лицо Компании. Булдаков, Ван-Майер, Зеленский попадали во всё большую зависимость от высших государственных учреждений. При основании РАК ставились прежде всего экономические задачи и, уже как следствие, им придавалась определённая политическая окраска. Но теперь на первое место вышли политические вопросы; заморские территории стали разменной картой в руках российских дипломатов. Во главе колоний должен был находиться военный человек, который не задумываясь исполнит любой приказ и, 20 февраля, Гагемейстер исполнил самые непродуманные за всю историю Рус-Ам указания: ввёл жалование вместо паевой системы и установил фиксированные цены на привозные товары. Даже пылко защищавший своего начальника Кирилл Хлебников отметил: "После смены главного правителя Баранова в начале 1818 года в колониях последовала великая перемена в ценности иностранных товаров". Цены на некоторые вещи взлетели более чем в два раза. Введение искусственно установленной оплаты труда привело к потере интереса в результате промысла. Сократилась добыча. Промышленные так же несли убытки: раньше, даже в неудачный сезон они имели не менее 385руб, а не 300 руб. жалованья. Всё это вызвало инфляцию. Несмотря на нехватку наличных, стоимость недавно появившихся банкнот уменьшилась на треть.
Если же оставить в стороне чересчур точное исполнение не самых умных указаний начальства Гагемейстер, даже за столь короткое время, показал себя неплохим правителем. Он упорядочил торговлю спиртным, которое теперь отпускалось в строго установленном количестве, а бесплатная чарка рому стала выдаваться только 8 раз в год, по праздникам. Ввёл новую, более прогрессивную систему отчётности в меховом промысле. Организовал экспедицию по исследованию верховий Квихпака и спланировал строительство крепости в среднем его течении. "Дай Бог чтоб Север открыл нам сокровища: Юг не так-то благостен- Сандвичевские острова отказались, и в Россе нет бобров и всякий промысел в малом количестве…". Гагемейстер попытался так же возобновить промысел в архипелаге. Не желая рисковать компанейскими судами он заключил стандартный договор "исполу" с Камилем де Рокфей, капитаном 200-тонного "Ле Борделе".