В 1790 году, отвечая на публикацию Эдмунда Бурка «Эхо французской революции», она написала «Доказательство прав человека», где подтверждала свою веру в свободу и необходимость гарантий политических прав. Два года спустя появилась ее главная работа: «Доказательство прав женщин». В этом, одном из первых документов в истории борьбы женщин за свои права, Уоллстоункрафт критиковала существовавшую тогда социальную дискриминацию женщин. «Женщинам, — писала она, — не дозволяется иметь степень интеллекта, достаточную, чтобы добиться того, что называется собственным достоинством». Она также утверждала, что «если женщины будут получать более рациональное образование, это ускорит общественный и научный прогресс». Согласно ей, целью этого рационального образования должна быть «возможность для индивидуума получить объем знаний, достаточный для того, чтобы чувствовать себя независимым». Помимо образования Уоллстоункрафт настаивала на участии женщин в чисто мужских по тогдашним меркам видах профессиональной деятельности: в частности, в медицине, в юриспруденции и в политике. «Почему женщины не могут быть врачами, если они могут быть медсестрами?» — спрашивала она. «Женщины должны, — писала она, делая акцент на надежде, казалось бы, абсолютно нереальной в то время, — иметь своих представителей в выборных органах, а не быть молчаливо покорной половиной населения, произвольно управляемой правительством и не имеющей никаких возможностей влиять на него». Ее критика сложившегося статус-кво была проницательной и конструктивной.
В 1792 году она отправилась в Париж, чтобы собственными глазами увидеть Французскую революцию. После неудачной попытки установить любовные отношения с Анри Фузели, который был женат, Уоллстоункрафт завязала роман с американским авантюристом по имени Жилберт Имлэй, который зарегистрировал ее в американском посольстве как свою жену, чтобы защитить от расправы, и от которого она родила ребенка. Когда в 1793 году их отношения прекратились, она совершила попытку самоубийства. После того как она вернулась в Лондон, Джонсон опубликовал ее «Исторический и моральный взгляд на природу и развитие Французской революции» (1794). В 1796 году у нее начался роман с Уильямом Годвином, знакомым ей по общению в кружке радикалов в доме Джонсона. Хотя они оба не очень-то хотели официальной регистрации их брака, данная церемония все-таки состоялась 29 марта 1797 года. Уоллстоункрафт забеременела и в августе того же года родила дочь, которую они назвали Мэри. Из-за неграмотных действий врача-акушера оставшаяся в ее чреве плацента стала причиной гангрены, и через 11 дней, 10 сентября 1797 года, Мэри Уоллстоункрафт скончалась. Ее дочь Мэри позднее вышла замуж за поэта Перси Биши Шелли и, что еще важнее, написала своего знаменитого «Франкенштейна».
Такое описание жизни Мэри Уоллстоункрафт обходит полным молчанием (что, впрочем, характерно для всех официальных биографий героев этой книги) главную любовь в ее жизни. В своих замечательных «Воспоминаниях о Мэри Уоллстоункрафт» (1798) Уильям Годвин дает необычно откровенное описание того, что имело место в 1775 году, когда Мэри было 16 лет: «Примерно в то время между Мэри и одной девушкой возникла дружба, столь пылкая, что последующие несколько лет эта дружба была ее главной и всепоглощающей страстью. Эту девушку звали Фанни Блад; она была на два года старше Мэри… Обстоятельства, при которых состоялось их знакомство, очень напоминают первую встречу Вертера с Шарлоттой (имеется в виду романтическая поэма Гете «Страдания молодого Вертера», повествующая о трагической истории любви)… Еще не успела закончиться их первая беседа, когда Мэри, по ее словам, в душе дала клятву вечной дружбы с Фанни».
В 1782 году после смерти матери (за которой она ухаживала до последнего дня), Уоллстоункрафт переехала жить в семью Фанни Блад. Семья испытывала финансовые проблемы, и Мэри как могла два года помогала им облегчить бремя бедности. Она также много времени уделяла тому, чтобы приобрести жилище для совместного проживания с Фанни Блад. Как пишет историк Лилиан Фэйдерман, «письма и дневниковые записи того времени свидетельствуют о том, что тогда многие пары романтических подруг стремились жить под одной крышей. Эти союзы были непохожи на обычные варианты гетеросексуального домоуклада. В этом союзе женщины были всегда неразлучны, всегда преданны друг другу; их отношения были истинно близкими и основаны они были ни на чем другом, кроме взаимной любви». (Фэйдерман приводит свидетельства того, что у Мэри Уоллстоункрафт были и другие подруги, с которыми она проживала вместе.)
Когда Уоллстоункрафт наконец нашла место для совместного проживания с Фанни, та неожиданно заупрямилась. Уоллстоункрафт продолжала упрашивать ее, и в 1783 году они вдвоем открыли частную школу. Их первая попытка на педагогическом поприще в Ислингтоне оказалась неудачной, однако потом, в Ньюингтон-Грин, они добились кое-каких успехов. К сожалению, в то время Блад заболела туберкулезом, а Уоллстоункрафт, раздраженная тем, что Годвин называет «болезненной бесхребетностью характера» своей подруги, посоветовала ей выйти замуж. Фанни вышла замуж и уехала жить в Португалию.
В 1785 году Уоллстоункрафт совершила поездку в Португалию, чтобы быть рядом с Блад во время родов. Как пишет Годвин, «ее пребывание в Лиссабоне было недолгим. Она приехала всего за несколько дней перед началом у Фанни Блад преждевременных родов. Роды оказались трагическими — не удалось спасти ни Фанни, ни ее ребенка. Фанни Блад — эта избранница сердца Мэри Уоллстоункрафт — ушла из жизни 29 ноября 1785 года».
Для того чтобы подчеркнуть суть отношений между двумя подругами, Годвин в своих «Воспоминаниях» описывает гетеросексуальные отношения Уоллстоункрафт с Имлэем, используя те же словесные обороты и выражения, что и при описании дружбы двух женщин: Имлэй становится «объектом ее привязанности» и Уоллстоункрафт вновь сравнивается с «Вертером женского пола», испытывающим безответную любовь. Еще Годвин упоминает о том, что Мэри Уоллстоункрафт назвала своего первого ребенка Френсис «в память о дорогой подруге юности, воспоминания о которой всегда были живы в ее сердце». Годвин с горечью констатирует так и оставшуюся в Мэри неудовлетворенность «ее первой страстью юности, ее дружбой с Фанни, в которой было много разочарований и которая в итоге ввергла ее в меланхолию и так трагически окончилась катастрофой». Ее столь долгое нежелание выходить замуж, как это понял Годвин, основывалось на желании уберечь в сердце светлую память о Фанни Блад.
Публикация воспоминаний Годвина, особенно его откровения о ее романе с Имлэем, повредила репутации Мэри Уоллстоункрафт. Издатели одного из журналов докатились даже до того, что под рубрикой «Проституция» поместили заголовок: «В этом номере — Мэри Уоллстоункрафт!» Феминистки середины XIX века отреклись от нее, но в конце века ее труды были в глазах общественного мнения реабилитированы. В 1889 году, когда Сюзан Б. Энтони и Элизабет Кэйди Стэнтон опубликовали первые три тома своей «Истории борьбы женщин за свои избирательные права», имя Уоллстоункрафт стояло первым в рейтинговом списке феминисток раннего этапа борьбы, которой была посвящена их книга. В наше время она общепризнанно считается одной из первых провозвестниц движения женщин за свои права.
