Когда были приведены в систему законы против ереси и организована инквизиция, то дела подобного рода, особенно в Италии, стали обычными. Особенно значительную пользу извлекали папы из святого трибунала в качестве итальянских князей. Фридрих II должен был заплатить за свое коронование не только изданием эдикта о преследовании, но и подтверждением дара графини Матильды (права папы на Тоскану). Со смертью Фридриха в 1250 г. и Конрада в 1254 г. папа надеялся на близкое объединение Италии под своей тройной короной. Но сеньоры и общины не более хотели подчиняться Иннокентиям и Александрам, чем Фридрихам; и партии гвельфов и гибеллинов продолжали вести гражданскую войну по всей Северной и Средней Италии. Папство имело преимущество в возможности назначать во всякие сколько-нибудь крупные города инквизитора, преданность которого Риму была вне сомнения.
Среди сложных интриг и борьбы партий, которые происходили во всяком итальянском городе, легко можно было найти повод к применению инквизиционного метода всякий раз, когда это представлялось выгодным. Поэтому инквизиторы установили как законный принцип, что неповиновение какому бы то ни было приказанию Св. Престола было ересью, равно как и всякая попытка отказать римской Церкви в какой-нибудь привилегии, какую она найдет нужным потребовать. Выводом из этого принципа было признание за инквизиторами права начинать войну против еретиков и придавать ей характер крестового похода, предлагая участникам индульгенции, как за освобождение Св. Земли. Вооруженная подобными прерогативами инквизиция представляла из себя политическое оружие. Применением этого принципа отмечена борьба, которая должна была решить судьбу всей Италии. В 1255 г. Александр IV уполномочил своего легата Рустана, епископа Болоньи, освободить Генриха III Английского от обета совершить крестовый поход, если он согласится направить свое оружие против Манфреда; трон же Сицилии был предложен сыну Генриха, Эдмунду Ланкастерскому. С точки зрения Рима Манфред, враг папы, был уже тем самым еретик; и гораздо важнее защищать веру в своей стране, чем сражаться за нее где-либо вдали. В 1264 г. Урбан IV убеждал Альфонса де Пуатье предпринять крестовый поход против Манфреда. Когда удалось вовлечь Карла Анжуйского в борьбу за Сицилийское королевство, то Церковь сделала все, чтобы доставить претенденту армию, и щедро раздавала ее воинам индульгенции. Климент IV придал законную форму воззванию к оружию для подавления ереси. Когда крестовый поход уже начинался, он вызвал Манфреда на суд как подозреваемого в ереси. Отсрочка, данная обвиняемому, истекала 2 февраля 1266 г. Манфред послал уполномоченных, которые очистили бы его от этого обвинения. Так как обвиняемый не явился лично, то Климент 21 февраля созвал консисторию, чтобы осудить Манфреда, как мятежного еретика, так как оправдание, принесенное через уполномоченных, не имеет силы. К своим политическим противникам Рим применял законы, изданные против ереси.
Прекрасный пример применения этого принципа для увеличения светской власти папы дает попытка Климента V захватить Феррару. В 1308 г. умер маркиз Аццо д'Эсте, не оставив прямых наследников. Епископ Феррары начал интриговать, чтобы этим городом завладел Св. Престол, который предъявлял притязания, основанные на пожертвованиях Карла Великого. Климент V объявил, что права Церкви не подлежат спору. Было два претендента: Франчиско, брат Аццо, и незаконный сын покойного маркиза Фриско. Феррарцы же объявили республику. Фриско обратился за помощью к венецианцам, а Франчиско искал поддержки у Церкви. Фриско захватил правление, но бежал, когда прибыл Франчиско, сопровождаемый папским легатом, вступившим в управление городом. Фриско при помощи венецианцев вернул свою власть, и в декабре 1308 г. был заключен мир. Но в 1309 г. Климент объявил крестовый поход против венецианцев. 7 марта он издал буллу, предававшую Венецию интердикту, а все ее имущества конфискации; дож, сенат и все сеньоры республики были отлучены от Церкви, а венецианцы отдавались в рабство; действительно, по всему христианскому миру много венецианских купцов было обращено в рабство. Легат проповедовал крестовый поход. В ожесточенной битве с крестоносцами венецианцы потерпели тяжелое поражение. Легат велел выколоть глаза всем пленникам и отправил их в Венецию; при вступлении в Феррару он приказал повесить множество сторонников Фриско и назначил от имени Церкви правителя. Однако горожане поднялись в 1310 г. и вырезали сторонников папы; тогда легат снова пришел с армией болонцев, снова захватил город и повесил мятежников. Снова вспыхнули беспорядки, сопровождавшиеся кровавым усмирением, пока в 1314 г. Климент не уступил город супруге Роберта Неаполитанского. Гасконский гарнизон возбудил против себя ненависть населения, которое в 1317 г. призвало на помощь сына Франчиско, Аццо. После безнадежной защиты гасконцы сдались на условии, что им будет оставлена жизнь; но были перебиты. Этот эпизод из истории итальянского города дает пример папского честолюбия, пользовавшегося возможностью обвинять противников как еретиков и поднимать по своему желанию целые армии на защиту веры.
Огромную власть давали эти меры папству над торговыми республиками Италии. Когда в 1281 г. Мартин IV поссорился с городом Форли и отлучил его от Церкви, он приказал, под страхом вечного отлучения от Церкви, чтобы всякий, кто должен деньги гражданам, уплатил долг папским представителям. Таким образом папа присвоил несколько тысяч ливров, принадлежавших его врагам.
Иоанн XXII также пользовался обвинением в ереси в своей борьбе с миланскими Висконти. Взойдя в августе 1316 г. на папский престол Иоанн XXII стремился захватить верховное господство над всей Италией и отодвинуть Империю за Альпы. Спор по поводу избрания между Людовиком Баварским и Фридрихом Австрийским давал ему прекрасный случай добиться осуществления своих целей, но ни гвельфы, ни гибеллины не были расположены идти навстречу желаниям папы. Среди наиболее упорствующих были три вождя ломбардских гибеллинов: Маттео Висконти Великий, управлявший большей частью страны и сохранявший еще данный ему Генрихом VII вице-императорский титул, Кане делла Скала, сеньор Вероны, и Пассерино, сеньор Мантуи. В марте 1317 г. Иоанн издал буллу, в которой объявлял все императорские назначения потерявшими силу после смерти Генриха. Пока преемник покойного императора не получит папского утверждения, управление империей переходит к Св. Престолу, и всякий, кто будет пользоваться властью без его согласия, виновен в измене Церкви. 6 апреля 1318 г. папа отлучил от Церкви Маттео, Кане, Пассерино и всякого, кто не будет повиноваться. Эта мера сопровождалась предостережениями и вызовами в суд по обвинению в ереси; главным образом преследование было направлено против Маттео и его сыновей. Чтобы создать обвинение, нужные улики были доставлены миланскими перебежчиками, явившимися к папскому двору. Висконти были обвинены в отступлениях от веры, в заключении договора с дьяволом, в покровительстве еретикам; они мешают инквизиции и т. п. Висконти не явились на суд и были осуждены заочно как еретики. Маттео созвал на совещание гибеллинских вождей в Сончино; поступок папы они признали попыткой поддержать гвельфов. Была образована лига гибеллинов, начальником войск которой стал Кане Гранде делла Скала. Иоанн призвал себе на помощь Францию и назначил Филиппа Валуа вице-императором, однако помощи не дождался. Тогда он послал своего сына (или племянника) кардинала Бертрана де Пуайе легатом с титулом «умиротворителя» во главе армии крестоносцев, собранной благодаря щедрой раздаче индульгенций.
Последовала опустошительная война; армия папы не имела большого успеха. Вскоре в Милане образовалась партия сторонников мира, открыто задававшаяся вопросом, следует ли принести в жертву целую страну ради спасения одного человека. Маттео Послал спросить легата об его условиях; ответом было требование полного отречения. Он обратился за советом к гражданам, и все дали понять ему, что Милан ради него не намерен подвергнуться разрушению. Он отрекся от власти в пользу своего сына Галеаццо, с которым был в ссоре. Вскоре 27 июня 1322 г. Маттео умер и был похоронен в не освященной могиле.
Висконти младшие: Галеаццо, Луккино, Марко, Джованни и Стефано — быстро собрали гибеллинов. Чтобы нанести им последний удар, папа 23 декабря 1322 г. приказал миланскому архиепископу и инквизиции напасть на память Маттео. 13 января 1323 г. архиепископ и три инквизитора послали Маттео из Асти вызов явиться 25 февраля в церковь Св. Марии в Борго, близ Алессандрии, для допроса и суда лично или заочно, и 14 марта осудили Маттео.(посмертно) как мятежного и закоснелого еретика. В числе прегрешений его обвиняли в том, что он с пренебрежением смотрел на отлучение от Церкви, показывая этим свои заблуждения в вере по вопросу о власти ключей (т. е. Папы). Все земли его были объявлены подлежащими конфискации; сам он был лишен всех почестей, должностей, званий и признан заслуживающим наказания, полагающегося за ересь; он сам подлежал аресту, а дети и внуки обычному ограничению в правах.
