После издания булл «Наряду с иными» и «Так как причина происхождения» между Иоанном и главными лицами францисканского ордена наступило как бы перемирие. В 1325 г. Михаил созвал капитул, который должен был заседать в Париже; но он опасался, что капитул попытается отменить решения, принятые в Перузе из-за давления папы через короля Карла Красивого. Поэтому он перенес заседания в Лион. Устав в отношении положения о нищете не был смягчен, но был принят статут, грозивший тюремным заключением всякому, кто будет непочтительно отзываться об Иоанне XXII и его декреталиях. Однако папа в августе 1327 г. в булле «Так как иногда» подтвердил, что он признал еретическим верование в нищету Христа и приказывал прелатам и инквизиторам преследовать виновных; обвиняемые лишаются всяких привилегий и подлежат общему суду, явно при этом имея в виду францисканцев.
В первую очередь эта мера была направлена против умеренных спиритуалов Италии — фратичелли, защищавших святость нищеты.
Решения Иоанна вызвали новый приток беглецов, недовольных отношением руководителей ордена к папским репрессиям против францисканцев, они увеличили ряды фратичелли, избрали генерал-министром Генриха да Чева, бежавшего в Сицилию во время преследования, воздвигнутого Бонифацием VIII, и объявили, себя независимыми от общей организации ордена.
Михаил Чезенский не осуждал преследования, направленного против непокорных братьев; он не сомневался, что булла августа 1327 г. имела их в виду, и по-прежнему продолжал выражать покорность. В июле папа вызвал его из Рима в Авиньон. Михаил явился к папе 2 декабря и до апреля 1328 г. оставался при папском дворе. Между тем, весной 1326 г. Людовик предпринял поход в Италию. В апреле он прибыл в Милан, чтобы получить там железную корону, Иоанн запретил ему идти дальше; император не исполнил этого приказания, и папа снова отлучил его от Церкви и велел проповедовать против непокорного крестовый поход. Людовик 7 января 1327 г. вступил в Рим, где приказал короновать себя 17 января императором. Как защитник веры, он обвинил папу в ереси отрицания нищеты Христа и 14 апреля обнародовал закон, разрешавший преследовать и осуждать всех явно считаемых изменниками и еретиками. 17 апреля было объявлено по просьбе духовенства и населения Рима решение о свержении папы. В нем среди прочих преступлений папы объявлялось, что он еретик, отрицающий нищету Христа; всякому, кто окажет помощь или поддержку осужденному, император грозил конфискацией имущества.
12 мая население и духовенство Рима, согласно первоначальному обычаю, выбрало новым римским епископом Петра ди Корбарио, францисканца, министра Абруцской провинции и папского духовника. Новый папа принял имя Николая V; была образована новая коллегия кардиналов; он назначил нунциев и легатов и заменил епископов-гвельфов гибеллинами.
Хотя капитул, созванный в Ананьи францисканским префектом римской провинции, высказался против Петра ди Корбарио и приказал ему отказаться от папского достоинства, орден не избежал ответственности за мятеж. Михаил Чезенский был объявлен пленником папы на честное слово; ему было запрещено покидать Авиньон под угрозой отлучения от Церкви, потери должности и ограничения прав в будущем. 14 апреля Михаил составил нотариальный протест. В присутствии Оккама и Бонаграции он заявил, что папа или еретик, или не папа; ибо или мнения Иоанна еретические, или Николай IV, Бонифаций VIII и Климент V были еретиками и, следовательно, не имеет законной власти образованный ими конклав, избравший Иоанна. Михаил протестовал против всего, что нарушало права ордена, и заявлял, что он сам был угнетен и подавлен, так что действия, к которым его принуждали, не могут иметь никакого значения и силы.
Михаил был задержан в Авиньоне, а в Болонье собрался генеральный капитул ордена. Иоанн поручил епископу Остии добиться выборов нового генерала. Капитул избрал снова Михаила. Ввиду драмы, разыгрывавшейся в Риме, Михаил боялся за свою жизнь и бежал 26 мая вместе с Оккамом и Бонаграцией. 9 июня он прибыл в Пизу. Отлученный от Церкви и лишенный сана, Михаил утверждал, что Иоанн — еретик, обесчестивший папское достоинство. На созванном папой в июле 1329 г. в Париже генеральном капитуле ордена францисканцев Михаил и все верные ему провинциалы были заменены сторонниками папы; Михаил был низложен и генералом избран Герард Одо; но добиться от капитула осуждения учения о нищете Христа папа не смог.
В Германии большинство францисканцев оставались верными Михаилу и Людовику. В январе 1331 г. Иоанн издал буллу, специально направленную против них; она лишала привилегий и неприкосновенности всякого, кто будет признавать Людовика императором и отправлять богослужение в местностях, на которые наложен интердикт, и приказывала прелатам и инквизиторам преследовать мятежных. Однако Людовик и францисканцы Германии эту буллу игнорировали.
Вопрос о нищете Христа, который Иоанн и Людовик хотели сделать предметом возникшей между ними ссоры и в котором сильно были заинтересованы некоторые немецкие францисканцы, не поднимался в Германии после смерти Людовика в октябре 1374 г. и прекращения существования Мюнхенской колонии беглецов-францисканцев со смертью Михаила Чезенского в ноябре 1342 г. и Оккама — между 1347 и 1350 гг.
Иначе обстояло дело в Италии, родине францисканства. Там всегда были сильны убеждения в святости полной нищеты. Во время Бонифация и Климента и в начале папства Иоанна исповедовавшие осужденное учение скрывались или искали убежища в Сицилии. Они снова неожиданно появились и умножились благодаря францисканскому расколу. Падение антипапы-францисканца в январе 1330 г. и торжество Иоанна вызвали новое преследование их. Но и сторонники нищеты дошли до отрицания папского авторитета и обвинения Св. Престола в ереси. Эти люди считали, что убеждения их осужденных братьев были верны. В отношении к фратичелли тайное и сильное расположение распространялось не только между монахами, но иногда и между прелатами; в 1336 г. епископ Камерино и епископ Фирмо были обвинены в оказании покровительства этим еретикам и в разрешении им жить в их епархиях. Бенедикт XII в 1335 г. на другой же день избрания обрушился на этих Братьев бедного образа жизни, как сами они себя называли. Во многих местностях эти сектанты продолжали открыто выказывать свое несогласие с Церковью.
Они продолжали считать своим генералом Михаила, оскорбляли память Иоанна XXII и успешно занимались обращением. Их открыто поддерживали люди могущественные и высокопоставленные. Всем инквизиторам от Тревизо и Ломбардии до Сицилии было приказано очистить Церковь от этих нечестивцев; прелатам было предложено оказывать инквизиторам деятельную помощь. В 1337 г. инквизитор Анконской Марки получил приказ строго повести дело против епископа Камерино и против других покровителей еретиков, настаивавших на нищете Христа. От кающегося инквизиторы требовали клятву: «Клянусь, что я верую в своей душе и совести и исповедую, что Иисус Христос и апостолы во время их земной жизни владели имуществом, которое приписывает им Священное Писание, и что они имели право это имущество отдавать, продавать и отчуждать».
В 1343 г. Климент VI приказал епископам Анконы и Осимо вызвать к папе до истечения трехмесячного срока сеньора Камерино, чтобы дать ответ за покровительство фратичелли, за препятствие свободному отправлению инквизиторами их обязанностей и за проявляемое им в течение нескольких лет презрительное отношение к наложенному на него инквизиторами отлучению от Церкви. Но сами инквизиторы, в особенности во францисканских округах, не всегда горячо относились к делу, потому что не могли получить выгоду от конфискаций у тех лиц, которые обладание имуществом считали грехом. В 1346 г. Климент сделал строгое замечание этим вялым преследователям. В этих спокойных округах фратичелли скрывались мало. Тоскана была полна фратичелли. Флоренция приняла против них суровые законы, осудив их на изгнание из города, предоставив всякому гражданину право арестовывать их и выдавать святому трибуналу и наложив штраф в пятьсот ливров на всякого чиновника, который, несмотря на приказание инквизиторов, откажется помочь им при аресте сектантов. В свою очередь около середины XIV в. фратичелли распространили по всей Италии документ, писанный на народном языке, «дабы всякий мог понять его»; в нем они заклеймили всю иерархию Рима как еретическую. Поэтому фратичелли и сами были вынуждены отделиться от еретической Церкви; они выпускают заявление, чтобы показать свое направление. Если положения их в чем-либо ложны, то они просят указать им допущенную ошибку; но если учение их правильно, то все верные должны принять его; ибо, раз факты известны всем, то все те, кто пойдет вместе с прелатами и духовенством, еретическим и отлученным от Церкви, будут причастны к ереси.