С восшествием на престол названого Димитрия, был устроен сенат, где надлежало заседать и знатному духовенству: Гермоген был членом этого сената и потому был приглашен в Москву. По случаю бракосочетания царя с Мариною, Гермоген резко начал требовать крещения католички, и за это был удален в свою епархию. Царь Василий Шуйский приказал возвести его на патриаршество, но скоро не поладил с ним. Гермоген был человек чрезвычайно упрямый, жесткий, грубый, неуживчивый, притом слушал наушников и доверял им. Подчиненные его не любили: он был человек чересчур строгий. Но при всем том, это был человек прямой, честный, непоколебимый, свято служивший своим убеждениям, а не личным видам. Находясь постоянно в столкновениях с царем, он, однако, не только не подавал руки его многочисленным врагам, но всегда защищал Василия. Строгий приверженец формы и обряда, Гермоген уважал в нем лицо, которое, какими бы путями ни достигло престола, но уже было освящено царским венцом и помазанием. Он выходил на площадь усмирять толпу, вооружавшуюся против Шуйского, заступался за него во время низложения, проклинал Захара Ляпунова с братиею, не признавал насильственного пострижения царя, так как оно не могло освящаться даже и правильностию совершенного над ним обряда, наконец, и тогда, когда уже Шуйский был в Чудовом монастыре, советовал возвести его снова на престол. Гермоген не обращал тогда внимания на обстоятельства, делавшие такой шаг решительно невозможным. Для Гермогена существовало одно - святость религиозной формы. Когда уже Жолкевский стоял под Москвой и бояре поневоле предлагали корону Владиславу, Гермоген противился, осуждал намерение призывать на московский престол иноплеменника и соглашался на то в крайности, только с тем, чтоб Владислав крестился в православную веру. Жолкевский не соглашался; дело тянулось; наконец, когда Жолкевский дал боярам заметить, что может прибегнуть и к силе, если мирным путем ничего не добьется, бояре составили договор, стараясь, по возможности, оградить православную веру, и пошли просить благословения патриарха. "Если, - сказал патриарх, - вы не помышляете нарушить православную веру, да пребудет над вами благословение, а иначе: пусть на вас ляжет проклятие четырех патриархов и нашего смирения; и приимете вы месть от Бога, наравне с еретиками и богоотступниками!" Увидевши в церкви с боярами Михаила Молчанова, убийцу Борисова сына, недавно игравшего роль Димитрия в Самборе, Гермоген прогнал его такими словами: "Прочь отсюда, окаянный еретик, ты недостоин входить в церковь Божию!"
Посольство Филарета и Голицына отправилось от всей земли русской в Смоленск с просьбою о даровании в цари русские Владислава на условиях договора, заключенного с Жолкевским. Патриарх, верный своему желанию признать Владислава, не иначе как после принятия им православной веры, написал Сигизмунду письмо, в котором выражался так:
"Великий самодержавный король, даруй нам сына своего, которого возлюбил и избрал Бог в цари, в православную греческую веру, которую предрекли пророки, проповедали апостолы, утвердили святые отцы, соблюдали все православные христиане, которая красуется, светлеет и сияет, яко солнце. Даруй нам царя, с верою принявшего св. крещение во имя Отца и Сына и Св. Духа в нашу православную греческую веру; ради любви Божией, смилуйся, великий государь, не презри этого нашего прошения, чтобы и вам Богу не погрубить и нас, богомольцев, и неисчетный народ наш не оскорбить".
Послы, отправленные под Смоленск к королю, обязаны были всеми силами добиваться, чтобы будущий царь принял православную веру. Когда, после того, возник вопрос о допущении польского войска в Москву, Гермоген сильно этому противился и возбуждал других к противодействию так, что один из бояр сказал ему: "Твое дело, святейший отче, смотреть за церковными делами, а в мирские тебе не следует вмешиваться!"
Польское войско вошло в столицу, несмотря на ропот, возбуждаемый Гермогеном. Жолкевский, зная его крутой нрав, не поехал к нему сначала, но стал писать вежливые и почтительные письма с уверениями в своем уважении к православию и наконец посетил его и так ловко держал себя, что суровый патриарх обращался с ними дружелюбно, хотя все-таки неискренно: не было на свете латинника, с которым бы мог сойтись строгий архипастырь.
Жолкевский не долго пробыл в Москве. Александр Гонсевский, заступивший на его место, был сам по себе человек, который мог бы сойтись с московскими людьми; он держал подчиненных в дисциплине, говорил хорошо по-русски, был знаком с русским народом и русскою землею, но, исполняя предписания своего короля, начал распоряжаться и судом и казною. Сигизмунд явно показывал вид, что не хочет посадить на московском престоле сына, а помышляет сам царствовать в Московском государстве, раздавал на Руси поместья, должности, возвысил торгового человека Федора Андронова, за готовность служить его видам, и посадил его в боярскую думу. В то время, когда вся земля Московского государства избирала в государи сына польского короля, Сигизмунд требовал сдачи Смоленска, русского города; польское войско метало в этот город ядра, лилась русская кровь; король настаивал, чтобы послы, прибывшие в его стан по делу об избрании Владислава, понуждали Смоленск сдаться королю; а когда послы отговаривались неимением уполномочия и послали в Москву спрашивать, то в Москве преданные Сигизмунду бояре, Салтыков и Федор Андронов, нахально объявляли патриарху и боярам, что следует во всем положиться на королевскую волю.
Понятно, как все эти обстоятельства возмущали патриарха. В одинаковой степени возмутился всем этим и Прокопий Петрович Ляпунов.
Фамилия Ляпуновых происходила из дома Св. Владимира; давно уже лишившись владетельных прав, "захудавши", как говорилось в старину, она потеряла и княжеское достоинство. Оставаясь только дворянами, Ляпуновы были, однако, богаты и влиятельны в рязанской земле. Два брата Ляпуновых, Прокопий и Захар, по своему произволу ворочали всеми делами этой земли. По смерти Грозного, Ляпуновы вместе с Кикиными участвовали в московском мятеже, предпринятом с целью отстранить слабоумного Федора и возвести Димитрия; за то они подверглись ссылке. Впоследствии прощенные, они ненавидели Бориса, и в 1603 году царь Борис приказал высечь кнутом Захара Ляпунова за то, что последний посылал донским казакам боевые запасы. Во время перехода войска на сторону названого Димитрия под Кромами, Ляпуновы были из первых, провозгласивших имя Димитрия, и увлекли за собою все рязанское ополчение.
В описываемое наше время Прокопию Петровичу было лет под пятьдесят; он был высокого роста, крепко сложен, красив собою; чрезвычайно пылкого, порывистого нрава, а потому легко попадался в обман, но вместе настойчивый и деятельный. Он в высокой степени обладал способностью увлекать за собою толпу и, под влиянием страсти, не разбирал людей, стараясь только направить их к одной цели. После убийства названого Димитрия, которого он искренно считал настоящим, он пристал к Болотникову, поверив, что Димитрий жив, но отстал тотчас же, как убедился в обмане. Не терпя Шуйского, Ляпунов признал его царем ради спокойствия земли, служил ему, но видел его неспособность, и, как только Скопин заявил о себе своими подвигами, Ляпунов смело, не долго думая, послал князю Михаилу Васильевичу предложение принять корону. Скоропостижная смерть Скопина окончательно сделала его врагом Шуйского. Согласно своей увлекающейся натуре, он вполне поверил молве об отраве. По его подущению Шуйский был сведен с престола. Избрание Владислава казалось Прокопию Ляпунову самым лучшим средством успокоить русскую землю. Условия, на которых избрали Владислава, были ему по сердцу. Ляпунов отправил к Жолкевскому сына своего Владимира, хлопотал о подвозе припасов для польского войска, расположенного в Москве, и уговаривал всех и каждого соединиться под знамя Владислава для спасения русской земли. Но как только дошло до него известие о том, что делает Сигизмунд под Смоленском, Ляпунов понял, что со стороны поляков один только обман, что Сигизмунд готовит Московскому государству порабощение; Ляпунов написал в Москву боярам укорительное письмо и требовал, чтобы они объяснили, когда прибудет королевич и почему нарушается договор, постановленный Жолкевским. Письмо это было отправлено боярами к Сигизмунду, а Гонсевский, зная, что Ляпуновым пренебрегать нельзя, обратился к патриарху и требовал, чтобы Гермоген написал этому человеку выговор. Но Гермоген понимал, что из этого выйдет, и отказал наотрез.
5 декабря 1610 года пришли к Гермогену бояре. Во главе их был Мстиславский. Они составили грамоту к своим послам под Смоленск в таком смысле, что следует во всем положиться на королевскую волю. Они подали патриарху эту грамоту подписать и, вместе с тем, просили его усмирить Ляпунова своей духовной властью. Патриарх отвечал: