Наступило то ужасное время, которое русский народ в своей памяти прозвал "лихолетьем". Бесчисленное множество народа страдало и погибало от зверства польских и казацких шаек. Толпы русских людей обоего пола, нагие, босые, измученные, бежали к Троицкой обители. "Некоторые, - говорит очевидец, - были все испечены огнем; у иных вырваны на голове волосы; множество калек валялось по дорогам, у иных были вырезаны полосы кожи на спине, у других отсечены руки и ноги, у кого были следы обжогов на теле от распаленных камней". Архимандрит Дионисий посылал подбирать их по окрестностям, привозить в монастырь и лечить. Для этой цели он приказал построить больницы, странноприимные дома как в самом монастыре, так и в монастырских селах (в Служней и в селе Клементьеве). Монахи и служки по его приказанию беспрестанно ездили по окрестностям, подвергаясь сами смерти от разбойников, привозили раненых и голодных. Дионисий всех приказывал кормить, поить, лечить, давать им одежду и обувь, а женщины беспрерывно мыли и шили им белье. Кроме того, собирали мертвых, привозили их и предавали христианскому погребению. "Я помню, - говорит один из участников, Иван ключарь, - как в один день похоронили 860 человек в Клементьеве селе, кроме других мест, а по смете в течение тридцати недель погребли более 3000; случалось по десяти и пятнадцати трупов зарывали в одну могилу". Дионисий решился употребить на доброе дело всю монастырскую казну, все, что давали туда вкладчики на поминование своих душ. "От осады большой Бог избавил нас, - говорил он, - а за леность и скупость может хуже еще смирить. Видим все, что Москва в осаде, а литовские люди рассыпались по земле, что у нас ни есть хлеба ржаного и пшеницы и квасов в погребе, - все отдадим раненым людям, а сами будем есть хлеб овсяной; и без кваса, с одной водой не умрем". Сам Дионисий за всем смотрел, наблюдал, чтобы у людей, которым давали приют, был мягкий хлеб и свежая пища, сам осматривал больных, давал лекарство, причащал умирающих, ни день ни ночь не зная покоя. Этого мало, он заботился о том, чтобы русский народ не оставлял борьбы с врагами, посадил у себя в келье писцов и приказывал им переписывать списки с грамот, которые беспрестанно рассылал с гонцами по всем городам, возбуждал ратных людей к мужеству, стыдил за леность и беспрестанно служил молебны о спасении отечества. Еще летом, когда жив был Ляпунов, Дионисий рассылал грамоты в Казань, Новгород, Вологду, Пермь и другие города, убеждал посылать к Москве ратных людей и доставлять казну. Когда уже Ляпунова не стало, в ополчении под Москвою господствовали казаки. Дионисий вместе с келарем Аврамием от 6 октября 1611 года отправил по разным городам новую грамоту. Желая соединить все силы русской земли, троицкие власти не стали раздражать казаков, и потому не поминали об убийстве Ляпунова и с похвалою отзывались о Трубецком и Заруцком за то, что они стояли под Москвой против поляков и русских изменников. Вся вражда обращена была на последних. Русские призывали действовать заодно с казаками. "Видите, - писалось в этой грамоте, - что приходит нам конечная погибель. Все разорено, поругано, бесчисленное множество народа в городах и селах кончили жизнь под лютыми, горькими муками. Нет пощады ни сединам многолетних старцев, ни сосущим молоко младенцам. Сжальтесь над нашею погибелью, чтобы и вас самих не постигла лютая смерть. Бога ради, пусть весь народ положит подвиг страданья, чтоб всем православным людям быть в соединении, а вы, служилые люди, поспешайте без малейшего замедления к Москве в сход, к боярам и воеводам и ко всему множеству христианского народа. Сами знаете, что всякому делу есть свое время, а безвременное начинание бывает суетно и бездельно. Если между вами есть и будут недоволы (что-нибудь неладное), Бога ради, отложите это до времени, чтоб нам всем заодно положить свой подвиг и пострадать для избавления христианской православной веры. Если мы прибегнем к прещедрому Богу, и пречистой Богородице, и ко всем святым и обещаемся сообща сотворить наш подвиг, то милостивый владыка, человеколюбец, отвратит праведный свой гнев и избавит нас от лютой смерти и латинского порабощения".
Это воззвание ободряло народный дух, падавший под гнетом ужасных бедствий. В посылке воззваний участником Дионисия является также келарь Аврамий Палицын, имя которого вместе с именем Дионисия ставилось в этих грамотах. Он происходил из знатного рода малорусских выходцев, прибывших в Москву в XIV веке и принявших фамилию Палицыных от одного своего предка, прозванного Палицею. В конце XVI века он вступил в монашество; а во время осады Лавры Сапегою носил важное звание келаря - заведующего монастырскими делами. Он в это время не находился в монастыре, жил в Москве на Троицком подворье и во время скудости, происшедшей от осады, пустил в продажу по заниженной цене запасы хлеба, находившиеся в столице, впрочем, воспользовавшись этим и в свою пользу. Царь Василий утвердил за ним спорную вотчину его двоюродного брата, хотя, собственно, по соборным постановлениям в подобных случаях ему, как монаху, следовало получить из казны вместо вотчины деньги, а не саму вотчину. По низвержении Шуйского келарь Аврамий был послан под Смоленск одним из членов посольства. Когда поляки стали притеснять это посольство, подозревая его в соумышлении с Ляпуновым, некоторые дворяне, бывшие в посольстве, стали выходить из него. Подобным образом поступил и Аврамий Палицын; он поклонился Сигизмунду, выпросил у него для своего монастыря грамоту на собирание пошлин с Конской Площадки в Москве и уехал в Москву. Этот поступок едва ли можно поставить ему в вину: он только показывает благоразумие. Аврамий предвидел, что послов за их упорство возьмут в неволю и отправят в Польшу, а потому рассудил заранее уехать, чтобы иметь возможность служить русскому делу.
Во все время похода Пожарского и Минина к Москве, Дионисий и Аврамий писали к ним грамоты, торопили их идти скорее к столице, чтобы предупредить Ходкевича, который должен был привести свежие силы и запасы польскому гарнизону, остававшемуся в Кремле, а когда услыхали, что в Ярославле в русском ополчении происходят раздоры и беспорядки, то послали сначала жившего у Троицы на покое ростовского митрополита Кирилла, а потом отправился туда келарь Аврамий водворять согласие и убеждал Пожарского спешить скорее к Москве. Аврамий в своем рассказе о событиях этого времени порицает Пожарского за его медленность и неспособность удерживать в войске порядок. Двинувшись наконец к Москве, Пожарский 14 августа остановился под Троицею. Дионисий служил молебен, кропил войско святою водою, и Аврамий, вместе с Пожарским, отправился к Москве. Если верить рассказу самого Палицына, то он больше всего способствовал успехам казаков, убедивши и воодушевивши их своим красноречием. Впоследствии, во время пребывания русского ополчения под Москвою, несколько раз возобновлялись недоразумения между земскими людьми и казаками. Казаки требовали жалование. Келарь Аврамий отправился к Троице, и архимандрит Дионисий с братиею, не имея денег, послали казакам в виде залога богатые церковные одежды, но казаки, тронутые этим, не взяли такого залога и дали обет не отходить от Москвы прежде, чем ее не очистят от поляков.
В феврале 1613 года под Москвою происходил выбор нового царя. Аврамий Палицын, вместе с другими духовными, был отправлен в посольстве для приглашения новоизбранного царя на престол.
Смуты улегались. На престоле сидел избранный государь, но, по молодости и по недавности своей власти, находился под влиянием бояр. В это время был восстановлен был печатный двор (типография) в Москве и предпринято печатание церковного требника. Дело это поручено Дионисию. Ему дали для работ двух монахов Троицкого монастыря, Арсения и Антония, и священника Ивана из монастырского Клементьевского села. Царь выбрал этих людей потому, что им известно было книжное учение, грамматика и риторика. Рассматривая напечатанный прежде "Потребник" (требник), Дионисий заметил в нем неправильности, а равным образом нашел в старых рукописных экземплярах много ошибок, вкравшихся в них от невежества. Таким образом, в конце многих молитв встречались неправильные выражения, имевшие смысл смещения лиц Св. Троицы савелианской ереси. В молитве, читаемой при водоосвящении, "Прииди, Господи, и освяти воду сию Духом Твоим святым", прибавлялось "и огнем". Прибавка эта вошла во всеобщее употребление, а между тем она вкралась в требник единственно по невежеству. Дионисий приказал выбросить ее из новопечатаемого требника. Но в Троицком монастыре, как вообще в русских монастырях, между монахами господствовало невежество, а некоторые из них воображали себя при этом людьми учеными и пользовались уважением в среде своей братии. Такими были у Троицы головщик (управляющий пением в церкви) Ло-гин и уставщик Филарет. Дионисий был человек до чрезвычайности кроткий, а они отличались безмерным нахальством. Дионисий, глубоко проникнутый христианским чувством, видел бесплодность одного бессмысленного соблюдения обрядов и ввел чтение бесед евангельских и апостольских, некогда переведенных Максимом Греком и остававшихся без употребления. Дионисий приказывал их списывать и рассылал по другим монастырям и соборным церквам. Это до крайности не нравилось монахам; Логин и Филарет возбуждали против Дионисия братию и дерзко говорили ему: "Не твое это дело читать и петь: стоял бы ты, архимандрит, с твоим мотовилом на клиросе как болван немой". Дионисий переносил такие выходки. Логин и Филарет хвастались своим пением и умением читать, называли еретичеством "хитрость грамматическую и философство" и пускались в умствования самым нелепым образом. Так, опираясь на слова Св. Писания, что Бог сотворил человека по образу своему и подобию, они представляли себе Бога с членами человеческого тела. Дионисий должен был напрасно объяснять этим невеждам первичные понятия о том, что духовные предметы выражаются телесным образом. Обличая укоренившуюся привычку довольствоваться только формою и не внимать в смысл, Дионисий говорил им: "Что толку из этого, что ты поешь и читаешь сам, не разумея, что произносишь? Видишь ли, апостол Павел говорит: "Воспою языком, восхвалю же умом". Тот же апостол говорит: "Если не знаю силы слова, какая из того польза? Бых яко кимвал", т. е. все равно что бубен или колокол. Человек, не знающий смысла слова, которое произносит, похож на собаку, лающую на ветер; впрочем, и умная собака не лает напрасно, а подает лаяньем весть господину. Только безумный пес, слыша издалека шум ветра, лает всю ночь!" Надменные враги Дионисия возражали ему на это: "Пропали места святые от вас дураков, неученых сельских попов. Людей учите, а сами ничего не знаете". Наглость их наконец дошла до того, что однажды Логин вырвал у него в церкви книгу из рук; архимандрит махнул на него своим жезлом и сказал: "Перестань, Логин! Не мешай богослужению, не смущай братию". Но Логин вырвал у него из рук жезл и изломал.
