Пропаганда необходимости создания сибирского университета встречала много противников. Генерал-губернатор Восточной Сибири Муравьев-Амурский боялся, что университет будет рассадником сибирского сепаратизма. В реакционной части русской литературы давались советы правительству не поощрять развитие гражданской жизни в Сибири, а идея создания в Сибири университета объявлялась вредной, мешающей сосредоточить внимание на более важных государственных вопросах. Томское чиновничество было возмущено лекциями Шашкова и пожаловалось на него губернатору, который вызвал к себе лектора. Но он не мог их запретить, так как Шашков показал, что он читает лекции по тексту своих напечатанных статей, согласно правилам того времени.
В ту же зиму освободилось место преподавателя естественной истории в мужской и женской гимназиях, и общий директор обеих предложил Григорию Николаевичу преподавать этот предмет до лета. Это занятие очень увлекло Потанина. Он тщательно готовился к урокам и сделал их очень интересными. Но томские обыватели, очень мало читавшие, были напуганы проникавшими из столиц слухами о новых идеях, о нигилистах, готовых ниспровергнуть установленный «порядок». Всякий появлявшийся в городе новый человек, не похожий на обыкновенного обывателя, вызывал подозрения. Григорий Николаевич, приехавший из столицы, также был взят на подозрение как нигилист. Как ему передавали, одна домовладелица, мимо дома которой он проходил, при виде его всегда испытывала тревожное чувство и говорила: «Вот этот человек подожжет мой дом».
Григорий Николаевич Потанин благодаря своей прямоте и активности вскоре занял видное положение в кружке молодежи Томска, членов которого объединяли идеи так называемого «сибирского патриотизма», позднее ставшего называться,— впрочем, как мы увидим ниже, совершенно ошибочно — даже «сибирским сепаратизмом». Прогрессивная роль всего движения «сибирского патриотизма» заключалась в том, что это движение, провозгласив своим лозунгом мобилизацию сил сибирской интеллигенции на борьбу за культурный и экономический подъем Сибири, уже по одному этому объективно сделалось центром объединения и сплочения всех элементов, недовольных колониальной политикой русского царизма в Сибири. А тем самым оно, естественно, постепенно подводило наиболее решительную часть своих учеников к позициям тогда только складывавшегося революционного народничества 60—70-х годов. Царское правительство быстро учуяло эту невидимую на поверхности революционную струю в движении «сибирского патриотизма» и, конечно, отнюдь не без основания, объявило «крамольными» казавшиеся невинными идеи этого движения.
Члены потанинского кружка молодежи, объединенные идеями «сибирского патриотизма», при случае открыто и с естественным молодым задором высказывали свои «крамольные» идеи. Ведь считалось «крамольным» употреблять в разговоре, а тем более в печати, выражения «наша Сибирь», «мы сибиряки», т. е. выделять себя из общего отечества. Нельзя было любить Сибирь, можно было любить всю Россию. А кружок мечтал об основании журнала, который преследовал бы специальную цель развивать любовь к Сибири. Однако практическая деятельность в этом направлении была почти невозможна, и члены кружка ограничились тем, что организовали сбор денег в помощь студентам-сибирякам, учившимся в Петербурге и Москве. Но и тут встретилось затруднение: из столицы от студентов поступил запрос, выдавать ли деньги всем сибирякам или только «сепаратистам». Под последними подразумевались те, которые брали на себя обязательство по окончании учения возвращаться в Сибирь и служить на родине. Так как жизнь в Европейской России была привлекательнее, среда образованнее и многие учащиеся сибиряки не хотели брать на себя такое обязательство, сибирская колония в столицах соответственно разделилась на два лагеря, из которых один стал называться лагерем «сепаратистов».
История этого словечка такова: монархист и реакционер Катков[19] в «Московских ведомостях» в то время печатал ряд статей, в которых обвинял окраины в «сепаратизме», т. е. в стремлении отделиться от России. Он обвинял в сепаратизме Украину, открыл его в Донском войске. Сибиряки, не желавшие возвращаться в Сибирь, подхватили словечко «сепаратизм» и стали называть «сепаратистами» тех, кто хотел вернуться в Сибирь. Представители движения «сибирского патриотизма», в том числе и члены потанинского кружка молодежи, не разобравшись в провокационном характере катковского словечка «сепаратисты», с некоторым задором сами стали называть себя «сепаратистами», хотя даже и наиболее революционные элементы этого движения никогда и в мыслях не имели отделения Сибири от России.
Волна общественного пробуждения 60-х годов докатилась уже до Томска. Образовались кружки, в которых рассуждали о политике, читали литературные новинки, иногда подпольные листки, между прочим доставленную из Лондона прокламацию Герцена «К молодому поколению», вызывавшую восторг у томской молодежи. Все это, конечно, было известно жандармам. Особенное подозрение возбуждал кружок «сепаратистов» Потанина. И вот однажды, когда члены этого кружка отправились на загородную заимку одного из них, на речке Киргизке, и бродили по тайге, к ним явился полицейский и объявил, что все они арестованы.
Пришлось вернуться в Томск. Потанина объявили под домашним арестом, к дверям его квартиры поставили жандарма; потом к нему явился жандармский полковник, произвел обыск, в результате которого забрал десятка два писем.
Вскоре арестованных Потанина, Ядринцева и Колосова увезли в Омск и посадили в разные камеры городского острога. Это было в 1865 г. В следственной комиссии Григория Николаевича допрашивали о всех лицах, упомянутых в письмах его друзей к нему и в его письмах к ним. Он догадался, что и у них были сделаны обыски. Спрашивали, чем каждое лицо занимается, с какой целью завелось знакомство, были ли беседы о недостатках государственного режима. В руках комиссии оказалась и статья Потанина, напечатанная в «Военном сборнике», в которой он описал, как казаки ходят в киргизскую степь на пикетную службу. Его спросили, не имел ли он намерения поселить в казаках неудовольствие правительством, изображая их условия жизни в непривлекательном свете. Выяснилось, что все дело возникло в связи с маленькой прокламацией, в которой правительство обвинялось в угнетении Сибири и народ призывался к восстанию. Эту прокламацию случайно нашли в корпусе у одного кадета, который получил ее от другого кадета, брата офицера, друга Потанина. Кадет нашел ее в столе своего брата, заинтересовался ею и принес в корпус, где она пошла по рукам. Обыск у офицера, взятие писем Потанина, Ядринцева и других вызвали громкое дело о сибирских «сепаратистах», к которому привлекли также Щапова, Шашкова, Щукина из Иркутска и других лиц из Москвы и Уральска.