Ректором семинарии в то время был один из просвещеннейших пастырей и подвижников — архимандрит Андроник (Никольский). Уфимскую кафедру возглавлял Антоний (Храповицкий), который отличался попечением о духовных школах и добрым отношением к священнослужителям. Владыка всячески старался оживить церковную жизнь, побудить людей к знаниям, привлекая в качестве преподавателей выпускников духовных школ.
Летом 1901 года в Уфе открылись ежегодные епархиальные педагогические и певческие курсы для учителей церковных школ. На их открытии иеромонах Фаддей, назначенный преподавателем общей дидактики, Закона Божия и церковно-славянского языка, обратился к слушателям с речью: «Озирая лицо земли Русской, со скорбью мы видим, что из высших, иногда лишь по имени только, интеллигентных классов общества волна разнузданности мысли и воли все более идет в народ и грозит опустошить любимое достояние его — веру Христову. Еще по преданию и привычке он крепко держится этой веры, но холод страстей может корень и его жизни погубить, сделав его маложизненным, как подточен он уже сомнениями в большей части так называемого интеллигентного общества. И может случиться с ним то же, что с одною из древних христианских Церквей: Ты носишь имя, будто жив, но ты мертв (Апок. 3: 1). Не за то ли постигают его и постоянные бедствия: то голод, то засуха, то град, то землетрясения, — что он оставляет веру отцов и не держится ее всем сердцем? Не оттого ли высшие классы общества озираются в недоумении где найти исход из современного печального порядка вещей. И нигде не видят помощи человеческой, ибо бессильною оказывается эта помощь там, где необходима высшая помощь Божественная…
И вот ныне все мы, призванные быть просветителями народа, что должны положить в основание этого просвещения, как не веру Христову?.. Сохраним в себе этот свет Христова учения, глубоко внедренный в сердца наши еще при самом вступлении в мир сей, и взыщем его как драгоценное сокровище, ради которого мы готовы были бы оставить все, лишь бы его приобрести прежде всего! И весь разнородный материал просвещения, из которого духовно созидается человек, постараемся приспособить к единой высшей цели человеческого существования! Цель же сия — приготовить в душе каждого внутреннюю храмину для обитания Христа, Который бы был светом вечным и истинным, просвещающим всякого человека, грядущего в мир (Ин. 1: 9).
Отец Фаддей также преподавал и на педагогических курсах для учителей земских школ. Он очень внимательно присматривался к своим ученикам, которые могли оказать влияние на воспитание народа. Он очень печалился, когда его ученики не посещали богослужений даже в двунадесятые праздники, не видя в этом ничего дурного. На закрытии курсов батюшка Фаддей сказал: «Может быть, скажут многие в ответ, что взамен того приобрели они такие сокровища умственные, ради которых следует признать извинительным и стеснение религиозных требований духа? В подобном-то ответе и сказывается неискоренимая привычка к тому иностранному, западноевропейскому порабощению свободной русской мысли и жизни, на которое столь давно еще начали указывать наши русские писатели. Доселе русский народ не чувствует потребности освободиться от нигилистического ига Запада, которое все сильнее и сильнее ложится на высшие потребности духа, вытравливая в сердце его потребность веры в Бога и правды в жизни. Ибо какие приобретения ума могут заменить ту «душу живую», которая столь необходима в деле обучения, особенно же воспитания? Пусть на уроках русского чтения дети постигнут все совершающееся во внешней природе, строение растений, жизнь животных и так далее — неужели к знанию этого более всего стремится их душа? Что сделается с нею, если, постигши все это, она останется в неизвестности относительно величайших сторон собственной жизни и ее жизнь не приобщится к жизни «лозы истинной» (Ин. 15: 1), к которой она привилась бы, как одна из ветвей? Что будет с детской душой, когда взор ее будет всецело устремлен вне себя и не будет совсем различать совершающегося внутри?»
15 марта 1902 года иеромонах Фаддей был возведен в сан архимандрита и назначен на должность инспектора Уфимской духовной семинарии, а 8 сентября этого же года он был назначен на должность ректора Олонецкой духовной семинарии. Летом, по окончании занятий в семинарии, иеромонах Фаддей устраивал курсы для преподавателей церковных школ Олонецкой епархии. Слушателям предлагались прекрасные уроки по предметам церковно-приходской школы, на которых показывалось прохождение каждого существенного отдела того или иного предмета. Все уроки анализировались с дидактической стороны, чтобы уяснить, какие приемы обучения ведут к решению поставленных задач и какие не достигают цели. Слушатели курсов должны были, в свою очередь, дать пробные уроки, которые также подробно разбирались. На этих курсах о. Фаддей преподавал общую дидактику, Закон Божий, церковно-славянский язык, а также следил за всей жизнью курсов, принимая в них самое активное участие. В 1908 году при их закрытии он сказал: «Мне хочется еще однажды засвидетельствовать вам, что я чувствовал себя снедаемым огнем желания возвестить вам о славе Церкви Христовой, о том, как вам, деятелям школы церковной, ввести в ограду Церкви те пути жизни вашей, которые от этой ограды в тех или иных отношениях уклонялись. Этот огонь понуждал меня говорить вам здесь и преподавать уроки духовной жизни. Он влек меня в беседах учебного характера показать, что и как можно сделать для того, чтобы жизнь народа, вами просвещаемого, стала истинно христианскою».
Архимандрит Фаддей принимал участие также и в воскресных религиозно-нравственных чтениях, проходивших в Петрозаводске. В конце 1908 года стало известно, что он покидает Олонецкую семинарию для рукоположения в сан епископа. Многие его воспитанники устремились в Петрозаводск, чтобы получить напутственное слово и последнее благословение своего духовного наставника.
20 декабря 1908 года состоялось наречение архимандрита Фаддея во епископа Владимиро-Волынского. На следующий день архиепископ Волынский Антоний (Храповицкий), епископы Гродненский и Брестский Михаил (Ермаков), Холмский и Люблинский Евлогий (Георгиевский) и Белостокский Владимир (Тихоницкий) совершали хиротонию архимандрита Фаддея во епископа Владимиро-Волынского.
Владыка Фаддей часто объезжал свою епархию, посещая каждый приход, бывая в самых глухих и отдаленных уголках. Были даже такие приходы, где крестьяне впервые видели архиерея. При объезде приходов владыка обязательно посещал церкви и школы и везде произносил проповеди, поднимая дух паствы, ободряя пастырей и объединяя всех в общей молитве; иногда он говорил по шесть проповедей в день. Слово его было вдохновенно и со властью.
Владыка не раз делился своими впечатлениями от поездок с владыкой Антонием (Храповицким), и тот, зная, что Фаддей никогда не будет, по смирению своему, публиковать свои письма, сам относил их в печать. В одном из писем владыка писал: «Я не перестаю печалиться о том, что на Волыни повсюду славянский текст читается почти без перевода и объяснения. Говорят все, что программою требуется более «вводить в дух» читаемого, чем в смысл. По-моему, это нелепость. Худо так сухо изучать славянский текст, как в семинариях и особенно в академиях, но одним псалмодическим чтением без смысла разве можно ввести в дух священных книг? Ведь псалмодическое чтение — для церкви, в школе же, на уроках, должно быть чтение обычное, да и в церкви оно — не догмат. Учат тонкости грамматики, а живого текста не могут перевести. Я печалюсь об этом, но что сделать, не знаю…»
В Житомире, как и в Петрозаводске, владыкой Фаддеем устраивались богословские беседы. В них принимали самое активное участие архиепис коп Антоний, епископ Фаддей, архимандрит Прокопий (Титов), иеромонах Митрофан (Абрамов) и епархиальный наблюдатель священник Феодор Казанский. По воспоминаниям очевидцев, слушателей на всех беседах было очень много.
В Житомире епископ Фаддей устроил курсы для преподавателей церковно-приходских и светских школ. На курсах учителя совершенствовали свои знания по методикам преподавания церковно-славянского языка, общей дидактики, русского языка, арифметики, церковного пения, природоведения, экспериментальной психологии, сельского хозяйства и гигиены.
В 1910 году съезд наблюдателей церковных школ Волынской епархии постановил «просить преосвященнейшего Фаддея напечатать свою методику Закона Божия и образцовые уроки в «Епархиальных ведомостях».
В сентябре 1916 года епископ Фаддей был переведен на Владикавказскую кафедру, управляющим епархией на время болезни епископа Владикавказского Антонина (Грановского). К месту нового служения владыка прибыл в Неделю по Воздвижении и сразу, никуда не заходя, отправился в кафедральный собор, где совершил литургию. Затем произнес слово: «Волею Божией должно было мне, братие, прибыть в здешний край по случаю болезни преосвященного Антонина. Долго ли придется мне пробыть здесь, ведомо Богу. Я же должен был оставить Волынь, сделавшуюся для меня как бы новым отечеством, и идти, куда указывает Господь. Строить планы и предположения относительно будущей деятельности при подобных обстоятельствах особенно неуместно, хотя, впрочем, и вообще пастырю следует делать то, что ему указывает Бог, исполнять волю Божию, правда, сознательно и свободно, но все же не предпринимая ничего по собственной лишь воле. И для пасомых главная мудрость жизни в том состоит, чтобы под руководством пастыря познавать, что ´ (есть) воля Божия, благая, угодная и совершенная » (Рим. 12: 2).
