Среди остальных послушников Прохор выделялся тем, что с самого начала своей иноческой жизни предавался посильному чтению духовных книг. В. Н. Ильин, агиограф (автор, описывающий жизнь и деяния святого), отмечал, что «острая, исключительная память и неустанное прилежание помогли ему овладеть Священным Писанием, святоотеческой житийной литературой и аскетической в небывалых размерах. Про него можно сказать, что он был как бы упитан святой письменностью».
С первых дней своего пребывания в монастыре Прохор показал себя исключительным подвижником: в среду и пятницу не принимал пищи, а в другие дни ел всего лишь раз в день; спал очень мало – часа три, исполняя неукоснительно трудное правило святого Пахомия Великого. В чаще Саровского леса жили пустынники, день и ночь предававшиеся молитве, и Прохор получил благословение от старца Иосифа уходить туда для уединенной молитвы в свободное от послушаний время.
На втором году своего послушничества Прохор тяжело заболел. Его болезнь длилась 3 года. Врачи никак не могли поставить диагноз, хотя склонялись к тому, что это водянка: тело Прохора распухло, он практически не мог двигаться, все время лежал. По истечении трех лет, как и во время первой своей серьезной болезни, молодой послушник оказался на грани жизни и смерти. День и ночь не отходили от его постели игумен Пахомий и казначей Исаия. Состояние больного усугублялось еще тем, что он наотрез отказался от врачебной помощи, всецело положившись на волю Божию.
В храме отслужили Божественную литургию, больного приобщили, после чего он вдруг почувствовал себя лучше и пошел на поправку. Только перед самой смертью святой Серафим поведал о том, что, причастившись, он увидел осиянную Фаворским светом Божию Матерь, которая подошла к нему в сопровождении апостолов Петра и Иоанна. Указывая на Прохора, Она сказала Иоанну: «Сей – нашего рода!», положила правую руку ему на голову, а жезлом коснулась правого бедра. В месте прикосновения вскоре открылась большая рана, через которую вытекла скопившаяся в теле вода. След от этой раны остался у святого на всю жизнь. Известен случай, когда в подтверждение совершенного чуда святой Серафим давал матери Капитолине, церковнице основанной им общины, вложить свой кулак в углубление от раны, как некогда Христос давал Фоме вложить руку в ребро Свое.
Обращение Божией Матери к молодому послушнику, бывшему в монастыре всего лишь 2 года, говорит об особой миссии, которую Она намеревалась возложить на него. В дальнейшем станет ясно, что важная миссия заключалась в создании Дивеевской женской обители. Сам святой Серафим называл себя «служкой» Божией Матери. Он часто повторял, что без Ее указания он не совершает ничего – все делает Она.
Богородица в третий раз спасла Прохора от смерти и указала ему не только на уже пройденный им путь, но и на высоту его дальнейших подвигов: ему предстояло осуществить великое послушание, вынести тяжелый крест и утвердиться в высшем девственном целомудрии. Так Божия Матерь, опекая с самого начала молодого послушника, готовила Себе смиренного и мудрого исполнителя Своих велений.
Когда Прохор полностью излечился от болезни, игумен Пахомий послал его собирать деньги на постройку в Саровском монастыре больничной церкви. Сбор денег считался одним из самых сложных и тяжелых послушаний, однако Прохор с благодарностью принял его и отправился по близлежащим городам.
Придя в Курск, преподобный с прискорбием узнал, что его мать умерла. Брат Алексей пожертвовал на постройку Саровской церкви немалую сумму. Когда Прохор вернулся в Саров, то в знак благодарности за исцеление он взялся за сооружение престола из кипарисового дерева, предназначенного для нижнего этажа больничного храма.
В 1786 году в жизни 27-летнего Прохора произошло еще одно знаменательное событие: он принял монашеский постриг с именем Серафима и в том же году был посвящен в сан диакона. Диаконом он оставался в течение 6 лет.
Первое указание свыше отцу Серафиму на великое дело – строительство Дивеевской женской обители – было неразрывно связано с призванием некоей Агафии Семеновны, вдовы полковника Мельгунова, богатой помещицы Ярославской области, имевшей до 700 душ крепостных крестьян.
Рано овдовев, Агафия решила окончить свой жизненный путь в известном Флоровском монастыре города Киева, где и постриглась под именем Александра. Однако вскоре после пострига явилась ей Божия Матерь и указала идти на север и быть основательницей великой в будущем обители. Александра, скрыв по совету киево-печерских старцев свое монашеское звание, отправилась в долгие странствия и в конце концов остановилась неподалеку от села Дивеева, в 12 верстах от Сарова. На первый взгляд это село совсем не подходило для женской обители – населяли его разгульные шахтеры, работавшие на железных приисках. В округе место считалось опасным. Однако именно на это село указала Царица Небесная, явившись во второй раз матери Александре.
Первое, что сделала матушка, – познакомилась с саровскими старцами: предшественником отца Пахомия, святой жизни игуменом Ефремом, затем с самим отцом Пахомием, отцом Исаией, отцом Иосифом и другими. Они и помогли матери Александре создать небольшую женскую общину в Дивееве, после того как там на ее средства была выстроена приходская церковь на месте явления ей Богоматери.
В дальнейшем мать Александра в свою очередь оказала содействие саровским игуменам в завершении строительства храма в честь Успения в самой пустыни, пожертвовав немалые деньги. В 1789 году мать Александра скончалась, поручив свою только что созданную общину заботам отца Пахомия, который, будучи уже старым и немощным, переложил заботу о дивеевских сиротах на 30-летнего отца Серафима.
К этому времени отец Серафим отслужил 3 года диаконом, еще через 3 года ему предстояло стать иереем, после чего в течение 36 лет проходить различные подвиги, уединившись в Саровской пустыни. Лишь в конце жизни, за 7 лет до кончины, по указанию вновь явившейся ему Богоматери, он приступил к созданию новой великой обители в Дивееве, той самой, будущее которой предсказала матери Александре Мельгуновой Сама Царица Небесная.
Будучи диаконом, отец Серафим пережил еще одно великое видение, данное ему в Страстной четверг за литургией. «Сердце мое таяло, как воск, от неизреченной радости», – говорил он о своих чувствах, пережитых в момент чудесного явления. Произнеся во время службы: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны…» – и подняв орарь, диакон Серафим вдруг словно окаменел. Его ввели в алтарь, где около 3 часов он находился в необычном состоянии, которое можно сравнить с трансом. Потом отец Серафим рассказал игумену Пахомию, что ему явился Сам Господь, окруженный всеми ангельскими чинами, «будто бы роем пчелиным». Христос, идя по воздуху от западных врат, дошел до амвона, благословил служащих и молящихся, самого отца Серафима и, сияя неописуемым Фаворским светом, вошел в Свой образ на иконостасе.
Игумен Пахомий, отдававший должное не обыкновенной духовной одаренности младшего сына своих давних друзей, Исидора и Агафии, не спешил проводить его по ступеням духовного роста: 8 лет Серафим был послушником, 7 лет диаконом и только на 34-м году жизни рукоположен в сан иерея. Опытный игумен Пахомий знал, что мудрость даже самой одаренной души достигается не сразу, человек меняется не вдруг, но врастает в божественную жизнь путем долгого и смиренного подвига.
В 1793 году в Тамбове епископ Тамбовский рукоположил диакона Серафима в сан иерея, и новопоставленный ревностно приступил к исполнению своих обязанностей. В течение долгого времени он вел службы каждый день, оставаясь на ногах практически беспрерывно. В результате ноги у отца Серафима опухли и покрылись ранами, и он вынужден был отказаться от ведения служб.
В 1794 году в Сарове скончался любимый всеми игумен Пахомий, под началом которого протекала иноческая жизнь отца Серафима. Грустно было последнему расставаться со своим наставником. Желая облегчить ему прощание с земной жизнью, отец Серафим обещал исполнить завет об охранении Дивеевской общины.
Вскоре после смерти отца Пахомия из-за болезни ног святой Серафим удалился в «дальнюю пустыньку», уединенный деревянный домик в нескольких верстах от Сарова. Здесь, в лесу, началась его отшельническая жизнь, которая продолжалась 15 лет.
Домик, а скорее, келья отца Серафима находилась на холме. У подножия холма протекала речка Саровка. Вокруг кельи имелся небольшой огород, окруженный забором. Тропинки, ведущие к келье, были завалены ветками и бревнами, чтобы никто не мог до нее добраться, особенно женщины, которых, по указанию свыше, отец Серафим не считал возможным принимать в лесной глуши.
Среди векового Саровского леса, населенного дикими зверями, начался новый подвиг отца Серафима – подвиг отшельничества: он страдал от холода, однообразной и скудной пищи (почти 3 года питался одной травой «сниткой», которую отваривал вместе с корнями) и комаров (когда он рубил деревья или колол дрова, все тело его покрывалось кровавыми пятнами от их укусов).