В 1478 году Великий Новгород со всеми землями, включая Вотскую Пятину, присоединен великим московским князем Иваном III к Московскому государству. С этого времени Ладожское озеро и Нева служили главным путем, по которому будущая Россия вела заграничную торговлю – с Турку, Колыванью-Таллином, Швецией, Данией, Ригой, Готландом, Ганзой.
В 1492 году против Нарвы была построена русская крепость Иван-город. В Финском заливе действовала русская морская стража.
В XV веке Ижорская земля, за исключением восточной и юго-восточной части, была покрыта непроходимыми лесами и болотами. Крупными населенными пунктами были Ям-Кенгисепп, Копорье, Иван-город, Орешек-Шлиссельбург.
В Ливонскую войну 1558–1583 годов, в царствование Ивана Грозного, шведы в 1582 году захватили все русские крепости в Ижорской земле и владели ими, оставив России лишь узенькую полоску от Стрельны до Лисьего Носа и устья Невы. В 1595 по Тявзинскому договору Московское царство вернуло Карелию и Ингрию. В 1609 году во время Смуты, шведы начали интервенцию и вновь завладели Ингрией, построив в устье реки Охты свою крепость Ниеншанц. Город Орешек был переименован в Нотебург. Столбовский мир 1617 года сделал Швецию полной обладательницей всей Ингрией, лишив Россию выхода к Балтийскому морю.
В.М. Мавродин писал: «Население земель, отошедших к Швеции – русские и карелы, – стало массами переселяться в Россию, спасаясь от тяжкого гнета со стороны шведских властей, феодалов, лютеранской церкви. Карельский перешеек запустел. Почти все карелы покинули свой родной край, расселяясь по новгородским, тверским, московским землям. Шведское правительство стало переселять сюда в Ингерманландию, как стала называться захваченная Швецией древняя Ижорская земля, Вотская Пятина, финнов из центральных областей Финляндии».
В 1656 году русское войско во главе с Петром Пушкиным и Петром Потемкиным взяли Орешек. Прошло несколько кровопролитных боев, но границы не изменились.
В период Северной войны России и Швеции Петр I, твердо желая возвратить и расширить владения России у Балтийского моря, в ноябре 1702 года взял Орешек-Нотебург и переименовал его в Шлиссельбург. В мае 1703 года был взят Ниеншанц. Отряд гвардии во главе с Петром на 30 лодках в абордажном бою захватил два корабля шведской эскадры, стоявших в Финском заливе, в устье Невы. «Под градом ядер, гранат и пуль, сыпавшихся на царскую флотилию, взлетали русские на суда, где смерть являлась во всех видах».
В мае 1703 года на небольшом острове Енисаре-Заячьем, лежащем на большой Неве, была заложена крепость, ставшая Санкт-Петербургом, изумительной и блестящей столицей Россией. Над возведением крепости работали русские войска, карелы, олончане, новгородцы, пленные шведы. Петр повелел присылать из внутренней России рабочих и мастеровых, работавших посменно. Почти тогда же на Березовом острове был построен порт, биржа, торговые ряды, дом Петра.
Для защиты острова с моря зимой 1703 года на острове Котлин была построена крепость Кроншлот (с 1723 года Кронштадт), в 1704 – Адмиралтейская крепость. В 1703 году русские войска взяли Ям и Копорье, в 1704 году – Иван-город. В 1710 году были взяты Кексгольм-Карела, а 13 июня – Выборг. Петербург был прочно прикрыт он нападения.
В 1708 году Петербург, все более заселяемый, уже мог называться городом, и «городом европейским». В декабре 1708 года он стал главным городом Ингерманладской губернии. В 1710 году Ингерманландская губерния была переименована в Санкт-Петербургскую.
Полтавская победа 1709 года упрочила существование Петербурга, о котором Петр писал с поля сражения генерал-адмиралу Апраксину: «Камень основания невского города нашего наконец утвердился». Россия стала «спокойным» властелином Ингрии и большей части Карелии. Царь повелел чтобы его министры и знать переселялись в Петербург. Во избежании пожаров было повелено строить каменные дома, хотя по началу строились и мазанки.
С 1712 года Санкт-Петербург столица России. В городе разместился царский двор, коллегии (с 1802 года – министерства), Сенат, Правительство, гвардия. Были построены Адмиралтейство, Партикулярная, Охтинская, Галерная верфи, Арсенал, Смоляной, Канатный, Монетный дворы, Крестовский и Охтинский пороховые заводы. Открылась морская академия, инженерная, артиллерийская, медико-хирургическая школы, пажеский корпус, Кунцкамера – первый естественно-научный музей страны, Петербургская Академия наук (с 1783 года Российская Академия наук).
Петербург быстро строился, началось возведение загородных дворцов. В начале ХХ века русский исследователь Н. Федотов:
«Первый загородный дворе Екатерингоф, названый так в честь Екатерины, в марте 1711 года всенародно объявленной супругой царя и ей подаренной. Он был основан в память победы, одержанной близ этого места в 1703 году над двумя шведскими судами.
Недалеко от этого места, на острове, лежащем перед входом из Большой Невы в протоке между нынешним Гутуевым островом и Екатерингофским берегом, был построен еще небольшой каменный дворец с башней, названный подзорным: из него открывался вид на море. Петр любил смотреть от туда, не идут ли к Петербургу иностранные суда.
В это же самое время был заложен еще каменный дворец в 15 верстах от Петербурга, по финскому и карельскому берегу, между деревней Лахтою и Сестрорецком царь, прельщенный положением этого места, откуда взор простирался к Петербургу и Кронштадту, основанным одновременно с градом Петра, повелел насадить там дубовую рощу, и потому дал дворцу наименование Дубки.
На другой стороне залива, на ингерманладском берегу, Петр избрал еще два места для постройки увеселительных дворцов, из которых один в 17 верстах от столицы, при реке Стрельне, подле моря, назвал Стрельной и подарил царевне Елизавете Петровне, украсил садом и фонтаном, и назвал Петергофом».
Следуя Петру, первый губернатор Санкт-Петербурга и Ингерманладской губернии А.Д. Меньшиков в восьми километрах от Петербурга заложил свое загородное имение – Ораниенбаум.
В Петербурге в 1711 году был построен Почтовый двор и начато строительство большой дороги из Петербурга в Москву с почтовыми станциями через Старую Руссу и Ржев.
В 1713 году родилась гордость России – Невский проспект. Петр I велел прорубить от Адмиралтейства к построенному Невскому монастырю прямую дорогу в лесу, получившей название Большой перспективы, позднее Невского проспекта. Тогда же на мызе Ропша Петр создал лечебницу на местных минеральных водах.
В 1716 году на реке Сестре был построен завод и город, названный Сестрорецком. По окончании в 1721 году Северной войны к России были присоединены Ингерманландия, часть Карелии с Выборгским районом, Лифляндия, города Рига, Дюнамюнде, Ревель, Перново, Дербд, империя приобрела Балтику.
Н. Федотов писал:
«Мощный духом, тая высокую мысль в пересоздание России, Петр Великий ставит ногу на берег Балтики, взоры его падают на безлюдную землю – древнее достояние русских. Избранно место, где должны свершиться великие деяния.
Враг с моря и суши окружает клочок земли, нанесенный водою; враг сильный, опасный, гордый, воинственный, избалованный победами. Флот и армия родятся, враг будет попран, победы и слава слоняться под крыльями северного орла и сделаются неразлучными его спутниками. Природа полагает преграды – они будут опрокинуты. Пустыня исчезнет, на прахе обнаруженных предрассудков возникнет благодатное древо новой жизни; торговля, науки, искусство украсят его плодами; древо пустит глубокие корни в земле русской. Рассеется туман, солнце взойдет в полном блеске и живительными лучами понесет отсюда к отдаленным краям могущественной империи благотворный свет и теплоту благодатную».
Начиная с Петра I двести лет его последователи украшали Петербургскую землю изумительными дворцами – резиденциями с прекрасными парками – Царским Селом, Павловском, Гатчиной, совершенствовали Петергоф и Ораниенбаум – дворцы, «которые описать трудно, забыть нельзя и можно только восхищаться».
Враги России еще не раз угрожали Петербургу. Летом 1788 года в Выборгской бухте русские эскадры разбили шведский флот. В 1812 году французские войска Наполеона под командованием его маршалов Удино и Макдональда 30 июля были разбиты у Клястиц русскими и отброшены к Полоцку. Поход на Петербург был сорван.
В 1854 году, во Крымской войны, англо-французский флот появился у Кронштадта. На этом его движение к Петербургу было закончено.
К этому времени Петербургская губерния была разделена на 8 уездов: Петербургский, Шлиссельбургский, Царскосельский, Петергофский, Ямбургский, Гдовский, Лужский, Новоладожский.
Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 годов многие дворцы под Петербургом были разрушены фашистами почти до основания. Титаническим трудом многих тысяч реставраторов, музейных работников, ленинградцев, каменное ожерелье Петербурга было восстановлено.