Новгородцы все не слушались и держали Шемяку до самой его смерти; они должны были ждать мести из Москвы, и вот, управившись с князем можайским и татарами, Василий в 1456 году выступил в поход против Новгорода за его неисправление. В Волоке собрались к нему все князья и воеводы со множеством войска; из Новгорода также явился туда посадник с челобитьем, чтоб великий князь пожаловал – на Новгород не шел и гнев свой отложил. Но Василий не принял челобитья и продолжал поход, отправивши наперед на Русу двоих воевод, князя Ивана Васильевича Оболенского-Стригу и Федора Басенка, а сам остановился в Яжелбицах. Стрига и Басенок вошли в Русу и захватили здесь много богатства, потому что жители, застигнутые врасплох, не успели убежать и спрятать свое имение. Московские воеводы отпустили главную рать свою назад с добычею, а сами с немногими детьми боярскими поотстали от нее, как вдруг показалось пятитысячное новгородское войско. Москвичи, которых не было и двухсот, сначала испугались, но потом начали говорить: «Если не пойдем против них биться, то погибнем от своего государя великого князя; лучше помереть». Схватиться им в рукопашный бой с новгородцами было нельзя; мешали плетни и свежие сугробы; тогда воеводы придумали средство: видя на новгородцах крепкие доспехи, они велели стрелять по лошадям, которые начали от ран беситься и сбивать всадников. Новгородцы, никогда и прежде не любившие и не умевшие биться верхом, никак не могли сладить с лошадьми, не умели действовать и длинными копьями и валились под коней своих, точно мертвые. Московские воеводы одержали решительную победу, много перебили неприятелей, взяли в плен посадника Михаила Тучу, но других пленников было мало, потому что некому было брать их. Когда беглецы принесли в Новгород весть о своем поражении, то поднялся сильный плач, потом зазвонили в вечевой колокол; сошелся весь город на вече, и стали бить челом владыке Евфимию, чтоб ехал вместе с посадниками, тысяцкими и житыми людьми к великому князю просить о мире. Владыка приехал в Яжелбицы, стал бить челом сперва князьям и боярам, а потом уже самому великому князю, который принял челобитье, дал мир, но взял за него 10000 рублей кроме того, что получили князья и бояре. Договор, заключенный в Яжелбицах, дошел до нас здесь кроме обычных старинных условий встречаем следующие новые: 1) вечевым грамотам не быть; 2) печати быть князей великих; 3) Великий Новгород не будет принимать к себе князя можайского и его детей, князя Ивана Дмитриевича Шемякина и его детей, его матери и зятьев; и после, если какой-нибудь лиходей великим князьям приедет в Новгород, то Новгороду его не принимать, приедет ли он прямо из Московской земли или побежит сперва в Литву или к немцам и оттуда приедет в Новгород. Что оставалось новгородцам после таких условий? В Суздальской земле, как они продолжали называть новую Русь, теперь один великий князь, ибо великие князья – тверской и рязанский – по своему относительному бессилию готовы стать его подручниками или отказаться от своих владений; татары уже не вступаются в дела князей, их ярлыки недействительны; последний поход показал новгородцам их бессилие пред полками московскими: теперь эти полки постоянно будут готовы устремиться к Новгороду, ибо не будут более заняты усобицами; притом же новгородцы поклялись не вмешиваться в междоусобия княжеские, не принимать к себе врагов Василия и его сына. Новгородцы понимали всю трудность своего положения, предчувствовали приближающееся падение своего быта, и это произвело в некоторых из них неукротимую ненависть к московскому князю, отнявшему у веча печать и грамоты. В 1460 году Василий с младшими сыновьями – Юрием и Андреем – поехал в Новгород: вечники начали сговариваться, как бы убить его и с детьми; намерение не было приведено в исполнение только потому, что архиепископ Иона представил всю его бесполезность: с Василием не было старшего сына, Иоанна; смерть старого князя могла бы только возбудить всеобщую ненависть к новгородцам, навлечь на них страшную месть сына Василиева; некоторые хотели убить лучшего и вернейшего воеводу великокняжеского, Федора Басенка, но и этот замысел не удался.
Новгород был наказан за то, что давал у себя убежище лиходеям великокняжеским; но колония новгородская, Вятка, оказывала этим лиходеям более деятельную помощь и потому не могла быть забыта московским князем, когда он восторжествовал над всеми своими врагами. В 1458 году великий князь отправил на вятчан воевод своих: князя Ивана Васильевича Горбатого суздальского, князя Семена Ряполовского и Григория Перхушкова; но этот поход не удался, потому что Перхушков за подарки благоприятствовал вятчанам. В следующем году были посланы другие воеводы, князь Иван Юрьевич Патрикеев, Иван Иванович и князь Димитрий Ряполовский: они взяли два города, Орлов и Котельнич, и долго держали в осаде главный город Хлынов; наконец вятчане добили челом на всей воле великого князя, как ему было надобно.
Другим, не насильственным, путем утверждалась власть московского великого князя во Пскове. Несмотря на то что внутренние смуты, происходившие в первую половину княжения Василиева, не позволяли московскому князю постоянно наблюдать за Псковом, жители последнего долго не прерывали связи с Москвою, прося утверждения князьям своим от великого князя московского. Так, в 1429 году псковичи прислали к Василию Васильевичу в Москву просить себе князя, и он отпустил к ним князя Александра Федоровича ростовского; потом, с 1434 года, видим во Пскове князем зятя Александрова, Владимира Даниловича, приехавшего из Литвы; во время его княжения, в 1436 году, явился из Москвы, от великого князя, князь Борис; псковичи приняли его, посадили на княжом дворе, но отправили старого своего князя Владимира в Москву; великий князь дал ему опять княжение, а Борису велел выехать из Пскова, потому что последний пролгался ему, по выражению летописца, т. е., вероятно, Борис, просясь у Василия на псковский стол, представил тамошние дела не так, как они были на самом деле. Мы видели, что псковичи усердно помогли великому князю в войне с Новгородом. В 1443 году стал княжить во Пскове князь Александр Васильевич Чарторыйский: посол московский поручил ему княжение по великого князя слову, псковичи посадили Александра на стол у св. Троицы, и он целовал крест к великому князю Василию Васильевичу и ко всему Пскову на всей псковской пошлине. Бедствие великого князя Василия и борьба его с Шемякою прервали на время связь Пскова с Москвою; псковичи теснее соединились с новгородцами; отпустивши князя своего Александра в Новгород в 1447 году, они взяли оттуда князя Василия Васильевича Шуйского-Гребенку, правнука Димитрия Константиновича нижегородского чрез сына Семена. Когда в 1454 году сын Шемяки Иван, убегая из Новгорода в Литву, приехал во Псков, то навстречу к нему вышло все священство с крестами, посадники и весь Псков приняли его с великою честию, угощали три недели и при отъезде подарили ему на вече 20 рублей. Когда в 1456 году великий князь Василий Васильевич начал войну с Новгородом, то оттуда явился гонец во Псков и стал говорить на вече: «Братья младшие, мужи псковичи! брат Великий Новгород вам кланяется, чтобы вы нам помогли против великого князя и крестное целование исправили». Псковичи, говорит летописец, взирая на бога и на дом св. Троицы и старых времен не поминая, что новгородцы псковичам никогда не помогали ни словом, ни делом, ни на какую землю, послали воевод своих на помощь Новгороду. Между тем начались у Новгорода мирные переговоры с великим князем, и псковичам оставалось только отправить вместе с новгородскими послами и своих – добивать челом последнему. Но приведение Новгорода в волю московского князя необходимо утверждало власть его и во Пскове. Здесь снова княжил теперь Александр Чарторыйский, сменивший Василия Шуйского, уехавшего в Новгород. Когда в 1460 году великий князь приехал в Новгород, то псковичи отправили к нему знатных послов с 50 рублями дару и с челобитьем, чтоб жаловал и печаловался своею отчиною, мужами псковичами, добровольными людьми. «Обижены мы от поганых немцев, водою, землею и головами, церкви божии пожжены погаными на миру и на крестном целовании», – говорили послы, после чего били челом великому князю о князе своем Александре Васильевиче, чтоб быть ему наместником великокняжеским и во Пскове князем. Василий отвечал: «Я вас, свою отчину, хочу жаловать и оборонять от поганых, как делывали отцы наши и деды, князья великие; а что мне говорите о князе Александре Чарторыйском, то и этим вас, свою отчину, жалую: если князь Александр поцелует животворящий крест ко мне, великому князю, и к моим детям, великим князьям, что ему зла на нас не хотеть, не мыслить, то пусть будет вам князем, а от меня наместником». Услыхавши этот ответ, князь Александр не захотел целовать креста и сказал псковичам: «Не слуга я великому князю, и не будь вашего целования на мне и моего на вас; когда станут псковичи соколом ворон ловить, тогда и меня, Чарторыйского, вспомнят». Он попрощался на вече, сказал: «Я вам не князь», – и уехал в Литву с двором своим, 300 человек боевых людей кованой рати кроме кошевых; псковичи много били ему челом, чтоб остался, но он не послушал псковского челобитья. Когда великий князь услыхал, что Александра нет больше во Пскове, то послал туда сына своего, князя Юрия. Посадники и бояре псковские встретили его за рубежом с великою честию, духовенство со крестами встретило его за городом, пели многолетие и посадили на столе отцовском, знаменовавши крестом, а посадники и весь Псков приняли его честно в княжой двор. Потом посадники и весь Псков били ему челом: «Чтоб, господин, пожаловал, дал бы нам от великого князя и от себя наместника во Псков, князя Ивана Васильевича» (Оболенского-Стригу), и князь Юрий пожаловал свою отчину, по приказу отца своего и старшего брата дал псковичам в наместники князя Оболенского; Юрий пробыл во Пскове три недели и два дня; псковичи подарили ему 100 рублей и проводили 20 верст за рубеж.