В авариях и катастрофах Эскадра теряла корабли чаще, чем от действий неприятеля. На базе Эскадры в Пскове 16 мая 1916 года произошла катастрофа. После тренировочного полёта разбился вдребезги II учебный корабль, штабс-капитан Е. А. Иньков скончался на месте, два других члена экипажа умерли от ран в госпитале, спасся лишь один Насонов.
«Илья Муромец XIII» № 169 штабс-капитана Соловьёва на аэродроме 1-го боевого отряда. Колодзиевка, май 1916 года
«Илья Муромец II» № 167 штабс-капитана Панкратьева идёт на посадку после удачного бомбометания. Колодзиевка, май 1916 года
В мае-июне в Пскове интенсивно готовились новые экипажи и собирались прибывшие корабли. Был сформирован 3-й боевой отряд, назначавшийся на Западный фронт. Его начальником стал штабс-капитан Башко. В июне на новое место назначения в деревню Станьково вылетели новый «Киевский» (№ 190) и корабль XVI (№ 188) поручика Д. Д. Макшеева. Корабль XVII (№ 192) на стоянку отряда не долетел. 18 июня, «Илья Муромец», ведомый поручиком А. И. Беляковым, потерпел аварию у имения Вязынь. Причину поломки неудачливый пилот объяснил так: «авария, очевидно, произошла оттого, что перед посадкой корабль шёл на очень малой высоте и, как выяснилось потом, сломал шасси ещё в полёте, зацепив за церковный крест и свалив дымовую трубу с избы».
Во 2-м отряде в Зегевольде времени тоже не теряли. 14 июня ефрейтор П. Заболотный готовил к полёту малый аппарат «Сикорский-16». Наливая в бак бензин, заметил в одном месте течь. Недолго думая, Заболотный снял бак, вылил бензин на землю и начал тут же его запаивать. В это время от паяльной лампы вспыхнул «нечаянно разлитый им бензин». Пламя мгновенно распространилось вокруг, бензобак взорвался, облив при этом поверхности С-16 и стоявшего рядом корабля VIII (№ 172), которые тоже охватило пламенем. За 10 минут оба аппарата, покрытые легковоспламенявшимся эмалитом, полностью сгорели.
В начале июля началось наступление русских войск Северного фронта с Рижского плацдарма, а также армий Западного фронта на Барановичском направлении. В это время на фронте действовало три боевых отряда Эскадры: 1-й отряд под командованием штабс-капитана Панкратьева (корабли II и XIII), 2-й — лейтенанта Лаврова (1. IV и VI) и 3-й — штабс-капитана Башко («Киевский» и XVI). К этому времени экипаж Панкратьева получил новый «Илья Муромец» типа Г-1 (№ 194). А старый боевой друг (№ 167) был отправлен на почётную пенсию. На борту самолёта нанесли надпись: «Воздушный Корабль „Илья Муромец 2-й“. Около 10 000 верст. Сброшено 300 бомб общим весом до 400 пудов».
Разрушенный Язловец, май 1916 года
На Северном фронте корабль 1, ведомый Лавровым, отправился 2 июля 1916 года на разведку и бомбометание мызы Эккендорф. На борту «Муромца» было 10 пудов (163 кг) бомб и три «Мадсена» с 46 обоймами. В этом полёте, как скромно писал в донесении лейтенант Лавров: «аппарат подвергся нападению моноплана-истребителя большой скорости, подошедшего с хвоста и открывшего огонь через винт с дистанции 600–800 метров». С «Ильи Муромца» дружно открыли огонь сразу из трёх пулемётов и после короткого обстрела неприятельский аппарат «с большим креном пошёл круто вниз назад и начал падать». С земли видели этот бой и прислали подтверждение, что немецкий моноплан упал в своём расположении. За меткую стрельбу старший унтер-офицер Гурлянд был награжден Георгиевским крестом 3-й степени.
На Западном фронте, в Станьково, при неудачной посадке 16 июля штабс-капитан Башко снова вывел из строя «Киевский» с № 190 (уже четвёртый по счёту корабль с этим именем), на котором успел совершить лишь два боевых вылета. Уцелевшие «Аргусы» были срочно переставлены на № 182 (пятый и последний «Киевский»), который 2 августа 1916 года получил своё боевое крещение.
В июле тоже не обошлось без вмешательства непогоды. Десятого числа грозовой шквал с дождём и градом обрушился на корабли на базе Эскадры в Пскове и повредил пять из них. И всё-таки в этом месяце шесть «Муромцев» совершили 31 боевой вылет. Правда, задание выполнили лишь в 16 полётах из-за капризов английских моторов «Санбим». В июле 1916 года стали чаще происходить встречи с неприятельскими самолётами. Корабли, вооружённые как минимум тремя пулемётами, всегда отбивали атаки.
Авария корабля XVII № 192. 18 июня 1916 года
Отправка боевого товарища на пенсию. «Илья Муромец II» на станции Колодзиевка. июнь 1916 года
Фотография и кроки местности, с нанесёнными окопами и батареями противника. Корабль «Илья Муромец II». Высота 2800 метров. 20 июля 1916 года
В августе было сделано наибольшее число боевых вылетов за все время существования Эскадры — 46 (в 32-х из них задание было выполнено). На противника было сброшено до 277 пудов (4515 кг) бомб и стрел.
Особенно много поработали экипажи 2-го отряда, оперировавшего на Северном фронте. Корабль I лейтенанта Г. И. Лаврова, IV поручика Я. Н. Шарова, VI штабс-капитана С. Н. Головина и VIII сотника В. Д. Лобова поодиночке и в группе совершали налёты на немецкий гидроаэродром на озере Ангерн.
22 августа корабли VI и VIII во время группового полёта обнаружили большую стоянку гидроаэропланов. Сведения немедленно были переданы в штаб 12-й армии, откуда поступил приказ уничтожить немецкую базу. Вечером 23 августа четыре корабля под командованием лейтенанта Лаврова отправились на задание. Каждый «Муромец» имел на борту до 13 пудов (212 кг) бомб, 1–2 пулемёта «Виккерс» и 2–3 «Мадсена». Первым прилетел Лавров и заметил в северной части озера большую станцию гидроаэропланов, состоявшую из нескольких деревянных ангаров. На воде было порядка 20 самолётов, поднимавшихся и опускавшихся в разных направлениях. Десять пудовых и четыре 25-фунтовых были сброшены на ангары и пристань. а десять 10-фунтовых — на плавающие аппараты. Следующим сделал заход штабс-капитан Головин, сбросив десять пудовых и четыре 25-фунтовых бомбы на пристань и аппараты на воде. Идя. обратно, VI корабль обстреливал поднимающиеся аэропланы. Станция была уже окутана дымом, когда приступил к бомбометанию третий «Муромец», шедший в кильватерной колонне на дистанции одной версты.
Он сбросил 17 пудовых бомб, но «пожар вызван не был, так как бомбы не тротиловые, а динамитные и зажигают очень плохо». Последним подошёл корабль VIII. После бомбометания «Муромцу» пришлось выдержать 15 минутный бой с тремя гидроаэропланами, которые вскоре ушли. Дежурному генералу в ставку Верховного главнокомандующего доложили, что «73 бомбы общим весом 53 пуда 20 фунтов (865 кг) сброшены по ангарам и стоящим на спуске двух гидропланам. Замечено 22 отличных попадания в ангары и 11 в пристань. Две бомбы легли вплотную у разбегавшихся аппаратов и последние остановились вовсе. Из 12 пулемётов всё время поддерживался огонь по оставшимся на воде и на пристани без движения восьми гидропланам, по ним было выпушено 1500 пуль».
По немецким данным бомбами был разрушен только один немецкий гидроаэроплан, а несколько других были повреждены.
В 3-м боевом отряде в августе 1916 года работали два корабля: «Киевский» и XVI. В одном из полётов, 21 августа, корабль XVI под управлением поручика Макшеева был атакован истребителем. Бой продолжался четверть часа: было выпушено из трёх «Мадсенов» 450 патронов из имевшихся 500. Макшеев доносил, что «в результате на последнем заходе с правого борта, истребитель, очевидно получив какие-то повреждения, сильно качнулся, затем пошёл на снижение и скрылся». У «Муромца» были пробиты две стойки и в разных частях корабля найдено десять пробоин.
Вскоре все корабли 3-го отряда («Киевский», XII, XVI и XVII) перелетели на аэродром у деревни Мясоты недалеко от станции Молодечно. Там происходил сбор аппаратов 4-го и 10-го авиационных дивизионов для массированного налёта на Боруны (всего 16 самолётов). По имевшимся данным, в этом районе был расположен штаб 89-й германской дивизии, интендантские и артиллерийские склад и аэродром. По плану первыми должны были вылететь «Муромцы» с «Вуазенами», за ними «Мораны-Парасоли» и, встретившись над позициями у местечка Крево, все должны были следовать на Боруны. Из-за плохой организации налёта всё вышло не так и закончилось тяжёлыми потерями.
Первым, в 5 часов 30 минут утра 12 сентября поднялся «Киевский», управляемый штабс-капитаном Башко. Пассажиром на аппарате был подполковник Брант, организатор этого налёта. За ним вылетел корабль XVI поручика Макшеева. «Муромец XVII» поручика Белякова стартовать не смог в связи с «троекратно возникавшим пожаром моторов». Корабль XII штабс-капитана Е. М. Городецкого вернулся, не перелетев позиций противника, в связи «с отсутствием опытного помощника у командира». Последний самолёт («Вуазен») вылетел в 7 часов утра, то есть в то время, когда все аппараты должны были быть уже над позициями у местечка Крево. А когда вылетел последний «Моран-Парасоль» ll-го корпусного авиационного отряда, то поднявшийся первым «Муромец» с подполковником Брантом возвратился с налёта и был над аэродромом. Всего старт приняло два больших и 13 малых аппаратов. «Киевский» прилетел в местечко Боруны первым и не подвергся ни артиллерийскому обстрелу, ни нападению неприятельских аппаратов. Он высыпал 15 пудовых бомб в Боруны и Антоново, вызвав громадный пожар в Борунах.