Вслед за этим Никон отставил всех прежних справщиков и передал как типографию, так и дело исправления книг Епифанию Славинецкому с его киевскою братией и греку Арсению. Никон и царь дали приказание усиленно собирать по всем монастырям старые харатейные списки и присылать в Москву. Никон снова отправил Арсения Суханова на Афон просить греческих книг. Между тем у Никона явились враги: то были отставленные справщики, которых самолюбие было сильно задето. Они кричали против Никона, что он поддается наущениям киевлян, зараженных латинской ересью. Горячими его противниками сделались тогда протопоп Иван Неронов и друг Неронова юрьевский протопоп Аввакум, живший в доме его, во время своего пребывания в столице 12. К ним присоединились епископ коломенский Павел и несколько архимандритов и протопопов, присутствовавших на соборе и не подписавших его приговора.
Чтобы придать более освящения начатому делу, Никон отправил, через одного грека, по имени Мануила, к константинопольскому патриарху Паисию двадцать шесть "вопрошений", которые касались разных вопросов богослужения и в том числе спорных пунктов; вместе с тем Никон жаловался на коломенского епископа Павла, на протоиерея Неронова и на их сообщников. Московский патриарх спрашивал совета константинопольского: как поступить с непослушными.
Началась у московского государства война за Малороссию; Никон с особенным рвением благословлял царя на эту войну своим советом, вероятно, побуждаемый к тому же своими киевскими справщиками, хлопотавшими в Москве о помощи своему отечеству. Отправляясь в поход, царь доверил патриарху, как своем ближайшему другу, свою семью, свою столицу и поручил ему наблюдение за правосудием и ходом дел в приказах. Все боялись Никона: ничего важного не делалось без его совета и благословения. Он не только, по примеру Филарета, стал называть себя "великим государем", но, во время отсутствия Алексея Михайловича, как верховный правитель государства, писал грамоты (напр. о высылке подвод на службу под Смоленск), в которых выражался так; "Указал государь, царь, великий князь всея Руси, Алексей Михайлович и мы, великий государь..." Во время постигшей Москву заразы, Никон сделал распоряжение поставить в разных местах заставы, чтобы, на время заразы, пресечь сообщение с войском, в котором был государь, приказал в Москве заложить кирпичом царские кладовые и не выпускать никого из тех дворов, где появится зараза, а сам выехал вместе с царским семейством в Вязьму. Тогда враги, в его отсутствие, начали возмущать народ и толковать, что бедствие постигает православный народ за еретического патриарха. Толпа принесла на сходку к Успенскому собору образ Спасителя, на котором стерлось изображение; некто Софрон Лапотников говорил, что этот образ выскоблен был по приказанию патриарха, и ему, Софрону, было от этого образа видение: велено показать образ мирским людям, чтобы все восстали за поругание икон. Народ сердился за то, что Никон дал волю еретикам печатать книги; какая-то женщина из Калуги кричала всенародно, что ей было видение, запрещающее печатать книги. Никону ставили в вину, что он покинул столицу, а за ним разбежались и приходские священники. Патриарх в своем управлении был до чрезвычайности строг, и множество попов находилось у него под запрещением; они-то и были повсеместными возмутителями толпы. Оставленный в столице князь Пронский с большим трудом успокаивал народное волнение, и вопрос о состоявших под запрещением попах был до того важен, что старосты и сотские московских сотен и слобод, не пристававшие к мятежникам, ради всеобщего успокоения, били челом патриарху, чтоб он разрешил опальных священников, потому что много церквей остается без богослужения, некому напутствовать умирающих и погребать мертвых.
По возвращении царя в Москву, Никон опять занялся церковным преобразованием. Арсений Суханов, не жалея издержек, достал с Афона до пятисот рукописей, из которых некоторым приписывали глубокую древность. Славинецкий и грек Арсений с братией ревностно трудились над исправлением богослужебных книг, а между тем пришел ответ от константинопольского патриарха Паисия. Паисий извещал, что он созывал собор в Константинополе и на этом соборе составлены ответы на присланные Никоном "вопрошения". "Вижу, - писал Паисий, - в грамотах преблаженства твоего, что ты жалеешь о несогласиях, возникших по поводу некоторых церковных чинов, и думаешь, что это различие чинов растлевает веру нашу. Хвалим твою мысль: кто бережется малого преступления, тот соблюдается от великого. Еретиков и раздорников следует убегать, если они соглашаются в самых важных предметах, но не вполне согласны с православием и придерживаются чего-нибудь своего, чуждого церковной и соборной мысли. Но если случится, что какая-нибудь церковь различествует от другой в некоторых не особенно важных и несущественных вещах, т.е. не прикасающихся "свойственным составам веры", - напр., во времени отправления богослужения и т.п., то это не должно быть поводом к разлучению, лишь бы только непреложно сохранялась та же вера. Церковь наша не сначала приняла на себя тот образ и последование, какое держит ныне; не сразу, а помалу". Паисий ссылается на Епифания кипрского в том, что церковь в разных местах принимала различные степени поста и мясоядения, ссылается на Василия Великого, из которого видно, что неокесарийская церковь не принимала того, что принималось в других местах. "Не следует, - продолжает Паисий, - и ныне думать, будто наша православная вера развращается оттого, если один говорит свое последование немного различно от другого в несущественных вещах, лишь бы только согласовался в важнейших, свойственных соборной церкви". Ответ довольно уклончивый: можно было давать по произволу то более широкий, то более узкий смысл тому, что признавать несущественным. Сам Паисий, представивший в "Ответах" на "Вопрошения" Никона подробное объяснение литургии, говорит: "Именем Иисуса Христа молим твое преблаженство, утоли эти распри твоим разумом; не подобает ссориться рабам Господним, а наипаче в вещах неважных и несущественных; увещевай их принять сей чин, который мы пишем вам, которого держится вся восточная церковь. Изначала у нас, по преданию, он сохраняется; ни в единой вещи не было изменения; за это нам хвала, потому что прочие церкви, отделившись от нас, приняли многие нововведения, а мы - ничем не растлеваемся". Таким образом, предоставляя свободу в неважных приемах богослужения, константинопольский патриарх, однако, требовал точного единства с восточной церковью в литургии и вообще в богослужении. О коломенском епископе и протопопе Неронове Паисий дал такое решение: "Все это знамение ереси и раздора, и кто так говорит и верует, как они, тот чужд православной нашей веры"; Паисий советует их отлучить, если они не примут нелицемерно все так, как "держит и догматствует церковь"; он сравнивает их с арианами, кальвинистами, лютеранами, которые, под видом исправления, покинули "недвижное и истинное" в церкви. "Их молитвы, - говорит патриарх, - хулы, потому что они полагают в сомнение моление наших святых и затевают вводить новые чины, которым мы никогда не научились от наших отцов, предавших нам веру". В "Ответах" Паисия много излагается и такого, что уже в русской церкви было согласно с греческою; но относительно крестного знамения Паисий указывает на сложение трех первых перстов, как на древний обычай поклонения, и различает молебное перстосложение от благословящего, которое должно изображать имя Иисуса Христа в четырех буквах (IС ХС). "До нас дошло, - замечает Паисий, - что в ваших церковных чинах есть еще кое-какие различия, несогласные с нашей восточной церковью; удивляемся, что ты о них не спрашиваешь. Желаем, чтобы все это исправилось". Между прочим, патриарх порицал русскую церковь за то, что в русских храмах женщины и мужчины сходятся вместе и во время богослужения не стоят раздельно: "Женщине следует безмолвствовать, а тут невозможно сохранять безмолвие, когда сойдется с женщинами много мужчин разного возраста".
По этому ответу, Никон собрал снова собор, на котором, кроме русских архиереев, был антиохийский патриарх Макарий, сербский Михаил и митрополиты никейский и молдаванский. Сам Никон называл себя "великий государь, старейший Никон, архиепископ московский и всея Великие, Малые и Белые России и многих епархий, земли же и моря сея земли патриарх".
Этот собор положил держаться того, что решено было на предшествовавшем московском соборе и как велит константинопольский патриарх. Голос антиохийского патриарха Макария энергически решал правильность троеперстия. Замечательный ответ его был выражен так: "Мы приняли предание изначала веры от Св. апостол и Св. отец и семи соборов творить знамение честного креста тремя первыми перстами десной руки, и кто из христиан православных не творит крестного знамения по преданию восточной церкви, сохраняемого от начала веры до сих пор, тот еретик и подражатель арменов: того ради, мы считаем такового отлученным от Отца и Сына и Св. Духа и проклятым". Никейский митрополит прибавил: "На том, кто не крестится тремя перстами, пребудет проклятие трехсот восьмидесяти Св. отец, собиравшихся в Никее и прочих соборов".
