Никона удалили с тем, чтобы, во время его отдаления, решить его судьбу. В феврале 1660 года в Москве собран был собор, который положил не только избрать другого патриарха, но лишить Никона чести архиерейства и священства. Государь смутился утвердить такой приговор и поручил просмотреть его греческим архиереям, случайно бывшим в Москве. Греки, сообразивши, что против Никона вооружены сильные мира сего, не только одобрили приговор русских духовных, но еще нашли, в подтверждение справедливости этого приговора, какое-то сомнительного свойства объяснение правил Номоканона. Тогда энергически поднялся за Никона ученый киевский старец Епифаний Славинецкий. Он, в поданной царю записке, на основании церковного права, ясно доказал несостоятельность применения указанных греками мест к приговору над Никоном. Епифаний признавал, что собор имеет полное право избрать другого патриарха, но не может лишить Никона чести патриаршего сана и архиерейского служения, так как добровольно отрекающиеся архиереи не могут, без вины и суда, лишаться права носить сан и служить по архиерейскому чину. Доказательства Славинецкого показались так сильны, что царь остался в недоумении. Он решился снова обратиться к Никону с лаской и просить его, чтоб он дал свое благословение на избрание нового патриарха. Никон отвечал, что если его позовут в Москву, тo он даст свое благословение новоизбранному патриарху, а сам удалится в монастырь. Но Никона не решались призвать в Москву на собор; ему только дозволили воротиться в Воскресенский монастырь. Туда прибыл снова Никон и жаловался, что когда он находился в Крестном монастыре, то его хотел отравить черный дьякон Феодосий, подосланный крутицким митрополитом, его заклятым врагом. Феодосий со своими соумышленниками был в Москве подвергнут пытке; но темное дело осталось неразъясненным.
В Воскресенском монастыре Никона ожидала другая неприятность: окольничий Роман Боборыкин завладел угодьями, принадлежащими Воскресенскому монастырю. Монастырский приказ утвердил за ним эту землю. Между крестьянами Боборыкина и монастырскими произошли, по обычаю, споры и драки. Боборыкин подал жалобу в монастырский приказ, а приказ притянул к ответу монастырских крестьян. Тогда Никон написал царю длинное и резкое письмо, называл церковь гонимою, сравнивал ее с апокалипсическою женою, преследуемой змием. "Откуда, - спрашивал он царя в своем письме, - взял ты такую дерзость, чтобы делать сыски о нас и судить нас? Какие законы Божии повелели тебе обладать нами, Божиими рабами? Не довольно ли тебе судить правильно людей царствия мира сего? Но ты и об этом не стараешься... Мало ли тебе нашего бегства? Мало ли тебе, что мы оставили все на волю твоего благородия, отрясая прах ног своих ко свидетельству в день судный! Рука твоя обладает всем архиерейским судом и достоянием. По твоему указу - страшно молвить - владык посвящают, архимандритов, игуменов и попов поставляют, а в ставильных грамотах дают тебе равную честь со Святым Духом, пишут: "По благодати Св. Духа и по указу великого государя". Как, будто Святой Дух не волен посвятить и без твоего указа! Как много Бог тебе терпит, когда написано: "Аще кто на Св. Духа хулит, не имать оставления, ни в сий век, ни в будущий". Если тебя и это не устрашило, то что может устрашить! Уже ты стал недостойным прощения за свою дерзость. Повсюду твоим насилием отнимаются у митрополий, епископий и монастырей движимые и недвижимые вещи. Ты обратил ни во что установления и законы Св. отец, благочестивых царей греческих, великих царей русских и даже грамоты и уставы твоего отца и твои собственные. Прежде, по крайней мере, хотя и написано было по страсти, ради народного смущения, но все-таки сказано: в монастырском приказе сидеть архимандритам, игуменам, священникам и честным старцам; а ты все это упразднил: судят церковный чин мирские судьи; ты обесчестил Св. Духа, признавши его силу и благодать недостаточной без твоего указа; обесчестил святых апостолов, дерзая поступать противно их правилам; - лики святых, вселенские соборы, Св. отец, благочестивых царей, великих князей, укрепивших православные законы. Ордынские цари восстанут против тебя в день судный с их ярлыками; и они, неверные, не судили сами церковных судов, не вступались ни во что церковное, не оскорбляли архиереев, не отнимали Божия возложения, а сами давали грамоты, которые всюду по митрополиям, монастырям и соборным церквам соблюдались до твоего царствования. Того ради, Божия благодать исполняла царские обиходы и мир был весь строен, а в твое царствие все грамоты упразднены и отняты у церкви Божией многие недвижимые вещи; за это Бог оставил тебя и вперед оставит, если не покаешься..." Никон в том же письме рассказывал, что ему было видение во время дремоты в церкви на заутрени: являлся ему митрополит Петр и повелел сказать царю, что за обиды, нанесенные церкви, был два раза мор в стране и царское войско терпело поражение. Вслед за тем Никону, как он уверял, представился царский дворец, и некий седой муж сказал: "Псы будут в этом дворе щенят своих родить, и радость настанет бесам от погибели многих людей".
Само собою разумеется, после этого письма примирение царя с патриархом стало еще труднее. Между тем монастырский приказ, назло Никону, особенно ненавидевшему этот приказ, решил дело спорное в пользу Боборыкина. Никон, раздраженный этим до крайности, отслужил в Воскресенском монастыре молебен и, за этим молебном, велел прочитать жалованную грамоту царя на землю Воскресенского монастыря, в доказательство того, что монастырский приказ решил дело неправильно, а потом произнес проклятие, выбирая пригодные слова из 108 псалма 18.
Боборыкин донес, что эти проклятия относились к государю. Набожный царь пришел в ужас, собрал к себе архиереев, плакал и говорил: "Пусть я грешен; но чем виновата жена моя и любезные дети мои и весь двор мой, чтобы подвергаться такой клятве?"
В это время стал приближен к царю грек митрополит газский, Паисий Лигарид, человек ученый, получивший образование в Италии: впоследствии, он был в Палестине посвящен в архиерейский сан, но подвергся запрещению от иерусалимского патриарха Нектария за латиномудрствование. Никон, еще до своего отречения, по ходатайству грека Арсения, пригласил его в Москву. Паисий приехал уже в 1662 году, когда патриарх находился в Воскресенском монастыре. Никон надеялся найти себе защитника в этом ученом греке. Паисий сперва пытался примирить патриарха с царем и письменно убеждал его смириться и отдать кесарево кесареви, но увидел, что выходки Никона до того раздражили царя и бояр, что на примирение надежды нет - и открыто стал на сторону врагов патриарха. Этот приезжий грек подал царю совет обратиться ко вселенским патриархам. Царь Алексей Михайлович, по своей натуре, всегда готов был прибегнуть к полумерам, именно тогда, когда нужно было действовать прямо и решительно. И в этом случае было так поступлено. Составили и порешили отправить ко всем вселенским патриархам двадцать пять вопросов, относящихся к делу Никона, но не упоминая его имени: представлены были на обсуждение патриархов случаи, какие происходили в России, но представлены так, как будто неизвестно: когда и с кем они происходили; казалось даже, что они не происходили вовсе, а приводились только для того, чтобы знать, как следует поступить, если бы они произошли. Доставить эти вопросы патриархам царь доверил одному греку, по имени Мелетий, которого Паисий Лигарид поручил вниманию государя.
Затем, в ожидании ответов от вселенских патриархов на посланные вопросы, царь отправил в Воскресенский монастырь к Никону того же Паисия Лигарида с астраханским архиепископом Иосифом; вместе с ними поехали к Никону давние недоброжелатели патриарха: боярин князь Никита Иванович Одоевский, окольничий Родион Стрешнев и думный дьяк Алмаз Иванов.
Никон был озлоблен против Паисия, которого еще не видал в глаза: он надеялся, что приглашенный им грек будет за него; теперь до Никона дошло, что Паисий не только дает советы царю ко вреду Никона, но даже толкует, будто Никон неправильно носит звание патриарха, два раза получивши архиерейское рукоположение: как митрополит новгородский и потом, как патриарх московский. Как только явился к нему на глаза этот грек на челе посольства, Никон обругал его самоставником, вором, собакой. "Привыкли вы тыкаться по государствам, да мутить - и у нас того же хотите!" - сказал он, обращаясь уже, по смыслу своей речи, не к одному лицу Паисия, а вообще к грекам.
- Отвечай мне по-евангельски, - сказал Паисий по-латыни, - проклинал ли ты царя?
- Я служу за царя молебны, - сказал Никон, когда ему перевели слова Паисия, - а ты зачем говоришь со мной на проклятом латинском языке?
- Языки не прокляты, - сказал Паисий, - когда огненный дух сошел в виде языков; не говорю с тобой по-еллински, потому что ты невежда и не знаешь этого золотого языка. Ты сам услышишь латинский язык из уст папы, когда поедешь в Рим для оправдания. Ведь ты ищешь у него апелляции.
