Ли спросили, почему, по его мнению, именно он оказался мишенью.
— Мое лучшее объяснение этого, что они думают, что я, да, вы знаете, что я китаец — я родился на Тайване. Я думаю, что это — часть причины. И вторая причина, они хотят найти какого-то козла отпущения.
Объяснение Ли в «Шестидесяти минутах», почему он незаконно загрузил коды, звучало загадочно. В своих более поздних утверждениях он сделал уточнения. Он сказал, что он когда-то потерял результаты своей работы, когда лаборатория перешла на новую компьютерную систему, и не хотел, чтобы это случилась снова. Правительственные следователи выдвинули теорию, что, вероятнее, он хотел собрать материал на тот случай, если ему придется когда-либо уволиться из Лос-Аламоса, чтобы искать новую работу.
Четыре месяца спустя, 10 декабря 1999 года, федеральное большое жюри в Альбукерке огласило обвинительный акт из 59 пунктов, обвиняющих Ли в плохом обращении с секретными данными. Если бы его признали виновным, ему грозило бы пожизненное заключение. Он был арестован ФБР в его доме, на него надели наручники и доставили в тюрьму округа Санта-Фе. Три дня спустя ему отказали в освобождении под залог после того, как Стивен Янгер, заместитель директора программ ядерного оружия в Лос-Аламосе, зловеще предупредил, что коды, которые загрузил Вэнь Хо Ли, могли бы в неправильных руках «изменить глобальное стратегическое равновесие».
Ли провел следующие девять месяцев в одиночной камере. В условиях жестких специальных административных мер (special administrative measures, SAM), введенных по приказу генерального прокурора, на него надевали наручники, кандалы на поясе и на ногах в тот один час в неделю, когда ему разрешали прогулку вне камеры.
Адвокаты Ли тщетно пытались освободить его от тягостных тюремных условий. Но за прошедшие месяцы государственное обвинение столкнулось с рядом неудач. Два ведущих обвинителя вышли из дела. Один ушел, чтобы участвовать в выборах в Конгресс, другого пришлось заменить из-за сообщений, у него была интрижка с женщиной в его штате. Роберт A. Мессемер, старший специальный агент ФБР, признал в суде, что давал неверные показания о Ли.
Джон Клайн обещал вынудить правительство представить совершенно секретные доказательства, если дело Ли дойдет до суда. Директор ФБР Луис Джей. Фри беспокоился, что если Ли будет признан виновным, правительство никогда не узнает, почему он загрузил коды ядерного оружия и записал их на ленты, семь из которых отсутствовали.
Альберта Ли, дочь Вэня Хо Ли, неустанно и результативно защищала своего отца на собраниях и по телевидению, утверждая, что он был невиновен и пал жертвой расовых предрассудков из-за его китайского происхождения. В августе Джеймс A. Паркер, судья федерального округа, осуществляющий контроль над расследованием, сказал, что он не убежден в том, что Ли должен находиться в тюрьме, и приказал его освободить. Правительство заблокировало его решение. К сентябрю, однако, обвинители, видя, что дело разваливается, были готовы сдаться. Они предложили Ли соглашение о признании вины.
Условия сделки согласовывались адвокатами двух сторон; правительство готово было снять пятьдесят восемь из пятидесяти девяти пунктов в обвинительном акте. В свою очередь, Ли признал бы себя виновным по одному пункту: плохое обращение с данными оборонного значение, уголовное преступление, и сообщил бы правительству, почему он загрузил секретные файлы и что он сделал со своими лентами.
Затем судья Паркер ошеломил беззвучный зал суда в Альбукерке своими словами. — Я считаю, что с вами поступили ужасно несправедливо, содержа под арестом до суда в тюрьме округа Санта-Фе в унизительных, излишне жестких условиях. Я действительно сожалею, что исполнительная власть нашего правительства убедила меня в том, чтобы отдать приказ о вашем аресте в прошлом декабре. Доктор Ли, я говорю вам с большой печалью, что я чувствую, что был введен в заблуждение в прошлом декабре исполнительной властью нашего правительства…. Они сбили с толку не одного меня. Они сбили с толку всю нашу нацию и каждого из нас, который является гражданином ее.
— Я мог бы сказать, что мне также грустно и тревожно, потому что я не знаю реальных причин, почему исполнительная власть сделала все это….
— Хотя, как я указал, у меня нет никаких полномочий говорить от имени исполнительной власти, президента, вице-президента, генерального прокурора, или министра энергетики, в качестве члена третьей ветки Правительства Соединенных Штатов, судебной власти, Судов Соединенных Штатов, я искренне приношу извинения вам, доктор Ли, за несправедливость, которую допустила в отношении вас исполнительная власть, держа вас под арестом.
Вэнь Хо Ли был свободен. Он вышел на яркий солнечный свет Нью-Мексико, сопровождаемый своими адвокатами и Альбертой, и встал перед телевизионными камерами. — Следующие несколько дней я собираюсь ловить рыбу, — сказал он.
Сторону обвинения высмеивали, потому что правительство обвинило Ли по пятидесяти девяти пунктам, а оказалось в состоянии признать его виновным только в одном. Но необычная длина обвинительного акта была следствием того, что каждый пункт включал отдельный файл, который Ли «переместил», или изменил и скопировал.
Соглашение о признании вины было почти пущено под откос, когда в последнюю минуту Ли упомянул адвокатам, что он не только загрузил коды и скопировал их на ленты, но также сделал и копии лент. Он утверждал, что выбросил ленты в мусорный контейнер около его офиса в лаборатории. ФБР позже поручило несчастной группе агентов рыться на городской свалке в поисках лент, но их так и не нашли.
После этого дела Брайан Сан, проницательный адвокат из Лос-Анджелеса, который позже представлял Джей-Джей Смита на процессе «Горничной», от имени Вэня Хо Ли подал иск о вторжении в частную жизнь против правительства за то, что оно допустило утечку имени Ли в прессу. В 2006 году иск был улажен за 1 645 000 долларов, причем пять служб новостей согласились уплатить почти половину этой суммы.
Агентства новостей не были упомянуты в иске, но они согласились участвовать в выплате компенсации для мирового соглашения, чтобы избежать наказания их репортеров, возможно, вплоть до тюремного заключения, за отказ назвать свои источники. Репортеров обвинили в неуважении к суду и приговорили к штрафам по 500 долларов в день, но штрафы были приостановлены, когда они обратились с апелляцией.
И вот так закончилась эта сага, без реальных победителей. Расследование было и фиаско, и трагедией. Очевидно, можно предположить, что Вэнь Хо Ли, скорее всего, был выбран на роль обвиняемого, по крайней мере, частично, потому что был американским китайцем. Этого никогда не должно было случиться. Были, конечно, и другие существенные факторы, которые привлекли внимание к Ли, его действия привели к двум предыдущим расследованиям ФБР.
Хотя критики обвиняли Трулока в провале дела Вэня Хо Ли, но именно он действительно встревожил Конгресс и общественность тем фактом, что Китай каким-то путем получил подробные данные о самом сложном ядерном оружии Америки. И ответственность за то, что случай Вэня Хо Ли так плохо расследовали, следует разделить среди широкого спектра чиновников в Министерстве энергетики, Министерстве юстиции, федеральной прокуратуре в Альбукерке, и ФБР.
Став жертвой халатности правительственных органов по причине своего азиатского происхождения, Вэнь Хо Ли, тем не менее, никак не походил на настоящего героя. Он признал себя виновным в уголовном преступлении, ненадлежащем обращении с информацией оборонного значения. Он лгал ФБР, отрицая, что звонил ученому, проходящему по делу «Ловушки для тигра», пока ему не представили запись подслушанного разговора. Он загружал тысячи засекреченных файлов, касающихся ядерного оружия, в незащищенную, несекретную компьютерную систему, а затем копировал на ленты по своим собственным, все еще неясным, причинам. Несколько тех лент так никогда и не нашли. Он скрыл свой контакт в Китае с Ху Сыде, главным конструктором ядерного оружия Китая, ученым, который создал китайскую маленькую ядерную боеголовку.
У него были очень умные адвокаты и проницательное понимание значения связей с общественностью — его появление в передаче «Шестьдесят минут» было блестящим ходом, хотя он так и не смог убедительно объяснить ее ведущему Майку Уоллесу, почему же он все-таки загрузил все те файлы. Но его посадили в тюрьму и содержали там в чрезмерно жестких условиях, и правительство на каждом шагу уж очень неумело действовало в его деле. Для публики его изображали опасным шпионом, но, тем не менее, его никогда не обвиняли в шпионаже, и он не был признан виновным в шпионаже.
Почти забытым среди громкого негодования вокруг дела Вэня Хо Ли оказался оставшийся по-прежнему без ответа вопрос, с которого все и началось: тайна того, кто же украл сведения о конструкции боеголовки W-88 и передал их Китаю.