В ночь с 11 на 12 сентября главнокомандующий князь Меншиков покинул Севастополь и отвел армию к Бахчисараю. Он мотивировал это необходимостью сохранить войска, чтобы не дать союзникам захватить весь Крым. Город, в котором осталось только восемь батальонов резервной бригады и один саперный батальон, был фактически брошен на произвол судьбы. Моряки начали срочно формировать восемнадцать батальонов из личного состава флота.
Тем временем экспедиционный корпус также начал движение, но, вопреки всем ожиданиям, вместо наступления на Северную сторону он устремился в обход бухты к южной части Севастополя. Такое решение объяснялось рядом обстоятельств. Главная причина заключалась в том, что, понеся значительные потери в открытом поле на реке Альме, союзники опасались более кровопролитных и упорных сражений на рубежах сухопутных укреплений города. На кратчайшем пути к бухте находилось только устаревшее Северное укрепление, но выйдя к Бельбеку, экспедиционный корпус мог наблюдать, как справа и слева от этого верка возводятся и вооружаются новые батареи, — возникала сплошная линия обороны, поддерживаемая мощной артиллерией стоящих на рейде русских кораблей. К тому же через бухту могли подходить русские подкрепления с Южной стороны, что грозило наступлению союзных войск превратиться в длительную осаду, но предвидя и такой ход событий, союзные войска имели осадные орудия и необходимые инженерные средства. Однако при осаде Северной стороны тыловой базой становилась Евпатория, которая находилась на значительном удалении, и чтобы отражать фланговые удары русской армии вдоль линии подвоза боеприпасов и прочего обеспечения, корпусу пришлось бы выставить большое количество войск, а войск не хватало. В то же время на Южной стороне Севастополя укрепления отсутствовали на большей части обвода города, а тыловые базы можно было развернуть поблизости от позиций в Балаклавской, Камышовой и других бухтах. Полученное в последний момент известие о затоплении русских кораблей у входа в бухту укрепило союзников в их решении, поскольку возможность прорыва англо-французской эскадры на рейд для подавления русских судов, имевших первостепенное значение при обороне Северной стороны, теперь исключалось. Однако действия экспедиционного корпуса оказались далеко не бесспорными. Такой вывод можно сделать при анализе состояния обороны Севастополя в сентябрьские дни.
В начале сентября 1854 г. князь Меншиков поручил подполковнику Э. И. Тотлебену, прибывшему 8 августа из Дунайской армии в его распоряжение, подобрать позиции для усиления обороны Северной стороны. Эдуард Иванович Тотлебен имел за плечами большой опыт военного инженера. Окончив Николаевское инженерное училище, он два года проходил службу в инженерных командах, где освоил крепостное строительство. В 1839 г. он по собственному желанию перевелся в гренадерский саперный батальон и на протяжении девяти лет изучал минное дело, возведение полевых укреплений, осадные работы и прочие многочисленные функции саперных войск. В 1848 г. капитан Тотлебен командируется в действующую армию на Кавказ. Здесь он отличился в боях, участвовал в штурме укрепления Ахты против десятитысячного отряда горцев Шамиля, а в последние четыре месяца заведовал всеми осадными работами. Служба в действующей армии на Кавказе помогла Тотлебену развить тактические способности, чувство местности и понимание того, что использование выгодных позиций позволяет и слабым войскам бороться с сильным противником, а главное, воспитала в нем такие качества, как мужество, отвага и сила воли.
Вернувшись в 1850 г. с Кавказа, капитан Тотлебен около года состоял адъютантом при начальнике инженеров генерале Шильдере в Петербурге, а затем перевелся в гвардейский саперный батальон, где заведовал практическими занятиями. В начале Крымской войны генерал Шильдер, получив назначение начальником инженеров в Дунайскую армию, предложил Тотлебену прибыть на театр военных действий. В январе 1854 г. Э. И. Тотлебену присваивают звание подполковника саперных войск и с середины февраля он уже в действующей армии. При осаде Силистрии подполковник Тотлебен назначается траншей-майором, а после ранения генерала Шильдера занимает его место. С началом осадных работ начальник инженеров Э. И. Тотлебен большую часть суток проводил в траншеях. 7 июня 1854 г. под его руководством минеры взорвали турецкий форт Араб-Табия, создав условия для успешного штурма Силистрии. Войска готовились к атаке, но в это время пришел приказ отступить на левый берег Дуная, а затем под давлением Австрии русской армии пришлось покинуть пределы Дунайских княжеств.
Командующий Дунайской армией князь Горчаков, желая помочь своему старому товарищу князю Меншикову, решает направить в Севастополь подполковника Э. И. Тотлебена. В сопроводительном письме он характеризует Тотлебена как лучшего ученика генерала Шильдера, разумного, деятельного и храброго офицера.
Но главнокомандующий князь Меншиков встретил подполковника Тотлебена очень холодно и предложил вернуться назад, так как считал, что никакой высадки десанта союзники осенью не предпримут, а в его подчинении имеется саперный батальон, укомплектованный офицерами. В конце концов он милостиво разрешил подполковнику задержаться для ознакомления с Севастопольской крепостью. Так подполковник Тотлебен оказался в самом центре военных действий.
Трудолюбивый офицер быстро составил план усиления обороны города, наметил конкретные меры для его исполнения и свои соображения изложил в записке, поданной вице-адмиралу Корнилову[82]. Тотлебен предусматривал вести оборонительные работы на Южной стороне, считая возможными действия неприятеля и в этой части города. Основные предложения его заключались в следующем. Для укрепления Южной и Северной сторон надо выделять ежедневно по тысяче солдат; кроме работающих на Северном укреплении саперов, сформировать команду плотников из 50 солдат под началом офицера; срочно заготовить 40 тысяч мешков и половину из них доставить на Северную сторону, туда же завезти по сотне бревен и досок различных размеров. Чтобы упорядочить обеспечение строительных команд инструментом, необходимо организовать депо, куда собрать имеющиеся в наличии лопаты, ломы, кирки и прочий инструмент из саперного батальона, войск и от местных жителей. На Северную сторону выделить 800 лопат, 1600 кирок, 50 мотыг и 40 ломов, а так как потребность в инструменте будет возрастать из-за поломки и расширения фронта работ, следует приступить к его изготовлению в мастерских Морского, Артиллерийского и Инженерного ведомств. Это был конкретный и четкий план действий, предложенный мало кому известным в Севастополе подполковником.
Руководство морскими батальонами, направляемыми на Северную сторону, вице-адмирал Корнилов поручил контр-адмиралу Истомину. Вместе с подполковником Тотлебеном Истомин приступил к укреплению обороны Северной стороны и установке на сухопутных позициях орудий, снятых с кораблей. На высоты были доставлены 20 пушек большого калибра. Из-за крайне ограниченных сроков Тотлебен наметил создать линию обороны протяжением в полторы версты от четвертой приморской батареи до Северного укрепления и далее к берегу моря. Над обрывом установили две батареи, которые огнем четырнадцати 24-фунтовых пушек должны были контролировать прибрежную полосу и препятствовать кораблям противника приближаться к берегу. На левом фланге отрыли две стрелковые траншеи. Для усиления действия артиллерии по фронту на левом и правом фасах Северного укрепления сделали барбеты для 10 орудий. На правом фланге оборонительной линии возвели батарею на 12 орудий, соединенную рвом и бруствером с Северным укреплением; за бруствером оборудовали позиции для стрелков. Таким образом, перед союзными войсками находилась очень слабая оборонительная линия с 29 орудиями, действующими по фронту. Гарнизон Северной стороны состоял из 11 тысяч человек.
11 сентября вице-адмирал Корнилов назначил начальником штаба контр-адмирала Истомина и отдал приказ подготовить войска к сражению. Защитники Северной стороны решили не покидать позиций и погибнуть с честью.
Однако экспедиционный корпус устремился в обход рейда к южной части города, где в распоряжении вице-адмирала Нахимова для защиты семиверстной линии обороны имелось всего 5 тысяч человек. К тому же на Корабельной стороне фактически не было никакой оборонительной линии, а были слабые, отдельно стоящие земляные укрепления, между которыми союзные войска могли выйти к Южной бухте и рейду.
13 сентября 1855 г. Севастополь приказом начальника гарнизона был объявлен на осадном положении. А 14 сентября командир Севастопольской эскадры вице-адмирал Нахимов отдал приказ о затоплении всех кораблей и присоединении экипажей к защитникам крепости. Он выразил уверенность, что моряки до конца выполнят свой долг и будут сражаться до последнего человека. В этот же день, когда угроза нападения на Северную сторону миновала, на Южную сторону прибыл вице-адмирал Корнилов.