И все же она заботилась не только о внешнем блеске церквей. Ее беспокоило удручающее состояние церковной дисциплины, а с клюнийской межнациональной точки зрения шотландская Церковь, несомненно, показалась Маргарите изолированной и провинциальной, отрезанной от основного русла религиозной жизни. Духовная сила, так способствовавшая миссионерской деятельности в Англии четыреста лет назад, была почти исчерпана в долгом хаосе нашествий. При поддержке Малькольма Маргарита принялась за реформы.
Эти реформы часто получали неправильную оценку. Ясно, что Маргарита не была предубеждена против шотландской Церкви как таковой. Как сообщает ее собственный капеллан, она утверждала, что эта Церковь никоим образом не еретическая по своему исповеданию. Кроме того, шотландская королева всегда выражала свое глубокое уважением тем, кто сохранял благородные древние церковные традиции. В Шотландии было все еще много отшельников, придерживавшихся истинного духа колумбовского монашества, и к этим людям королева относилась с великим почтением, посещала их и просила у них совета в богоугодных делах. Она, Малькольм и их старшие сыновья часто и много жертвовали кельтским монахам некоторых монастырей. По-видимому, Маргарита вовсе не стремилась ввести в шотландских монастырях какой-либо из континентальных уставов, даже клю-нийский. А те реформы, на которых она особенно настаивала, почти все восходят к забытой практике святого Колумбы.
По желанию королевы Малькольм созвал высшее духовенство своей страны. Маргарита обладала широкими познаниями в области теологии, чего никак нельзя сказать о ее супруге, поэтому Малькольм доверил ей руководство столь представительным собранием и удовольствовался ролью переводчика, так как хорошо говорил по-английски, а его жена так и не смогла выучить гэльский. На собрании обсуждались разнообразные нарушения. Субботний день осквернялся мирской работой. Нарушения законов о браке носили вопиющий характер: мужчины женились на вдовах своих отцов и братьев. Срок Великого Поста сократился из-за того, что входящие в него воскресные дни (не относящиеся к Посту) причислялись к сорока дням. Общераспространенным стало пренебрежение обязательным пасхальным причащением верующих. Очевидно, последний вопрос вызвал некоторые споры: шотландские епископы утверждали, что в данном случае это нарушение вызвано смирением, а не пренебрежительным отношением, но Маргарита возразила, что кающийся грешник имеет и необходимость, и право приблизиться к Богу и что таинства открыты для всех, кто приходит в церковь с почтением и раскаянием. Тюрго сообщает, что они также обсуждали некоторые странные обычаи проведения обедни; к сожалению, нам неизвестно, о чем идет речь. Предполагалось, что обедня служилась на гэльском языке, а не на латыни, однако различие в языке вряд ли можно назвать «обычаем»; более того, богослужения на родном языке не были необычным явлением и в некоторых других странах. Мы знаем, что существовали некоторые своеобразные ритуалы — что священник, отправляющий службу, после освящения трижды отступал на три шага назад, каждый раз простираясь перед гостией, и что преломленные куски гостии выкладывались в искусные символические рисунки. Возможно, Маргарите не понравились именно эти обряды. Можно было бы ожидать, учитывая ее клюнийское воспитание, что королева будет протестовать против продажи бенефиций и вступления священников в брак, на который наложил запрет Григорий VII через несколько лет после того, как она приехала в Шотландию. Однако до нас не дошло никаких сведений о подобных протестах с ее стороны.
На протяжении почти всей последней трети долгого правления Малькольма — по крайней мере, в течение 12 лет начиная с 1079 г. — Шотландское королевство не испытывало тягот внешних или внутренних войн. Малькольм установил на родине твердое правление и сохранял мир, который он заключил с Вильгельмом Завоевателем. Тем временем английский государь состарился, и все говорило о том, что после его смерти корона перейдет не к его старшему сыну Роберту, другу Малькольма, а к другому сыну Вильгельма, вспыльчивому и сварливому человеку, который обещал стать очень беспокойным соседом. Скорее всего, предвидя возможность будущих трений, Малькольм начал переговоры, о заключении брака своей старшей дочери с герцогом Аланом Бретонским, чтобы заручиться поддержкой Бретани и Нормандии (герцогом которой должен был стать его друг Роберт) в случае войны с Англией.
В 1087 г. Вильгельм Завоеватель погиб ужасной смертью и оставил трех своих сыновей в пылу жестокой ссоры, которая тут же переросла в войну. Королем Англии стал Вильгельм II, но в 1091 г. братья заключили мир и в рамках этого договора изгнали несчастного Эдгара, уже давно спокойно жившего в Нормандии. Как обычно, он прибыл к своему шурину. Малькольм сам имел повод для недовольства Вильгельмом II, который, по-видимому, отозвал дарованные его отцом английские имения. Он набрал армию и напал на Англию. Роберт и Вильгельм II предприняли ответное нападение, причем их войско несло тяжелые потери из-за плохой погоды. Малькольм двинулся им навстречу, но Роберт и Эдгар начали переговоры и задумали принудить двух королей заключить мир и возобновить договор, заключенный некогда в Абернети. Позднее английские хронисты утверждали, что Малькольм, «охваченный ужасом», принес Вильгельму II оммаж за свое королевство. Хронисты же того времени отмечают лишь то, что Малькольм «стал человеком Вильгельма, подчинившись ему в том же, что прежде дал ему отец Вильгельма» (Williames man weano to eall swilce ge-hyrsumnisse swa he г his fder dyde), то есть ему были возвращены владения в Англии и он принес за них оммаж. Жалобы Эдгара также было обещано удовлетворить, и он поехал на юг в качестве гостя Вильгельма II… а через несколько недель Вильгельм II нарушил столько обещаний, что Эдгар и Роберт в негодовании покинули его двор.
Похоже, договоренности с Малькольмом также не были выполнены. По крайней мере, между двумя дворами вновь возникли напряженные отношения, а Вильгельм II отстроил и укрепил Карлайл, который долгое время представлял собой «разоренную область», и направил туда новых, зачастую вынужденных, переселенцев. И с той поры на протяжении более пяти веков этот город и основанный Робертом Ньюкасл оставались главными твердынями и стражами английской границы. Однако весной 1093 г. Вильгельм II серьезно заболел и, почувствовав дыхание адского пламени, не на шутку встревожился. Он решил, что для обеспечения своего потустороннего будущего было бы лучше сдержать данные обещания, и пригласил Малькольма навестить его в Глостере, выдав в качестве гарантий безопасности заложников и послав Эдгара с королевской свитой встретить шотландского государя. Малькольм поехал в Глостер, но не спеша, так как ему было уже за шестьдесят. В пути он сделал остановку, чтобы заложить Даремский собор. В Глостер он приехал только в августе, но к тому времени Вильгельм уже почти оправился от болезни. Он грубо отказался принять гостя, а что до вопросов, которые они должны были разрешить, то пують
Малькольм «отдаст ему должное» в английском суде, где его дело будет разбираться английскими баронами. Согласиться на это означало бы признать их равными себе — иными словами, шотландский король должен был признать, что он является вассалом Вильгельма. Конечно, Малькольм находился в большой опасности, так как был далеко от своей границы, а «охранное свидетельство» Вильгельма обладало весьма сомнительной ценностью. Он твердо заявил, что в международном вопросе короли Шотландии «в своем праве» рассчитывать на суд в своих границах и при участии пэров обоих королевств — то есть, что он не собирается признавать себя вассалом Вильгельма, но все еще не возражает против мирного разрешения споров, — и уехал.
Вильгельм, у которого определенно отсутствовало чувство юмора, обвинил его в вероломстве и отказался от продолжения переговоров. Война стала неизбежной, и Малькольм решил первым нанести удар. Не послушав совета Маргариты, предвидевшей катастрофу, он собрал войско и в ноябре перешел границу. Маргарита болела и находилась в Эдинбургском замке. 13 ноября она почувствовала, что с ее супругом случилось что-то плохое. И она не ошиблась. На берегах реки Ан Малькольм попал в засаду и погиб от руки своего личного друга Мореля из Бамборо. Эдуард, старший сын Малькольма от второго брака, получил в этом сражении рану, от которой и скончался на острове Эдуарда близ Джедборо. Его брат Эдгар принес весть о случившемся королеве. Когда Маргарита услышала о смерти своего мужа, она взмолилась, чтобы Бог даровал ей кончину, и 16 ноября ее просьба была услышана. Малькольм и Маргарита были похоронены рядом в Данфермлайне, где когда-то поженились. В смерти, как и в жизни, королева обрела славу святой, и в 1250 г. была канонизирована. День ее памяти отмечается чтением отрывков из Ветхого Завета и Евангелия, которые содержат похвалы о добродетельной женщине (в Книге Притчей Соломоновых с исключительной точностью описаны присущие ей черты характера) и Притчу о Жемчужине (margarita). Все это кажется проявлением искреннего почитания.