В Папской области приказания буллы 22 ноября 1307 г. были исполнены буквально; все члены ордена были арестованы и у них вырвали признания. Когда была послана в Париж папская комиссия, чтобы дать ордену время подготовиться к защите на Вьеннском соборе, то послали и в другие места подобные комиссии, наделенные инквизиторскими полномочиями. Епископ Сутри и магистр Сабелло, получили инквизиторские полномочия на всю Папскую область. В октябре 1309 г. инквизиторы начали свои работы в Риме. Их энергичное расследование в течение девяти месяцев по всей Папской области кончилось открытием восьми тамплиеров и семи свидетелей, показавших против ордена. В других местах полуострова булла Климента 1307 г., приказывавшая архиепископам начать расследование, исполнялась не особенно строго.
Первой мерой был приказ подесте Казале 1308 г. инквизитора Ломбардии о выдаче трех тамплиеров. В 1309 г. архиепископ Пизы был назначен папским нунцием с полномочием вести дело в Тоскане, Ломбардии, Далмации и Истрии. Он и епископы нашли и допросили трех тамплиеров и девятнадцать свидетелей. По всей Италии были разосланы папские грамоты, в которых инквизиторам вменялось в обязанность разыскивать имущества тамплиеров; архиепископы Равенны и Пизы были назначены администраторами этих имуществ, которые были сданы в аренду и доходы с которых должны были поступить Клименту. 19 июня 1311 г. перед провинциальным собором в Равенне предстало семь тамплиеров. Собор предложил им принести присягу, допросил их относительно всех обвинений, перечисленных папою, и получил единодушное отрицание вины. Тогда спросили собор, следует ли подвергнуть обвиняемых пытке; ответ, несмотря на протесты двух доминиканцев, был отрицательный. Собор единогласно постановил простить невиновных и наказать виновных; к числу невиновных он отнес тех, которые, сознавшись под страхом пытки, отреклись потом от своих признаний, а также тех, которые отреклись бы от своих слов, если бы могли не бояться нового применения пытки. Собор был за то, чтобы пощадить орден в целом, если невиновные окажутся в нем в большинстве, а виновные будут вынуждены отречься и понести наказание в самом ордене. Кроме семи рыцарей, среди обвиняемых было еще пять братьев; им приказали оправдаться 1 августа присягой семи соприсяжников в присутствии болонского епископа; всем подсудимым удалось это сделать. Однако Климент приказал отправить рецидивистов на костер. Собор, назначая делегатов на Вьеннский собор, велел им стоять против уничтожения ордена, если не будет установлена его общая испорченность. Для Тосканы и Ломбардии Климент дал особое полномочие инквизиторов архиепископу Пизы, епископу Флоренции и канонику Вероны. Им было приказано начать розыски как относительно отдельных братьев, так в относительно всего ордена. Они собрали во Флоренции собор в сентябре и октябре 1311 г. Они широко применяли пытку и собрали свидетельские показания, благоприятные обвинению. Венеция отсрочила неизбежное уничтожение ордена, и там не произошло никаких бесполезных жестокостей.
Кипр был главной квартирой ордена; здесь находилась резиденция маршала, главы тамплиеров в отсутствие гроссмейстера. Здесь также собирался Конвент, или решающее собрание. Папская булла, в которой приказывалось арестовать тамплиеров, была получена на острове только в мае 1308 г. Регент Амори Тирский повиновался предписаниям из Рима, имущество тамплиеров было секвестровано, сами они были арестованы на честное слово; в таинствах им отказано не было. Подобное положение продолжалось два года; затем в апреле 1310 г. аббату из Алэ и старшему священнику из Риети в качестве папских инквизиторов было поручено начать расследование относительно отдельных братьев и всего ордена вообще при помощи епископов Лимиссо и Фамагусты. Следствие началось 1 мая и тянулось до 15 июня. Все тамплиеры острова — семьдесят пять человек и пятьдесят шесть других свидетелей были надлежащим образом допрошены по всем многочисленным пунктам обвинения, единодушно отрицали виновность, утверждали чистоту ордена. Пытка не была применена. Их невиновность подтверждали посторонние свидетели; хотя многие из них были политическими врагами обвиняемых, тем не менее все они решительно показали в пользу ордена. По словам некоторых из этих свидетелей, на Кипре, где тамплиеров знали лучше, чем где-либо в другом месте, к ним чувствовали симпатию не только друзья, но и враги; никто не поставил в вину ордену никакого преступления. В августе 1311 г. Климент приказал подвергнуть кипрских тамплиеров пытке и получить от них нужные признания.
Письмо, посланное Филиппом королю Якову II Арагонскому 16 октября 1307 г., сопровождалось письмом доминиканца, который лично присутствовал при сознании Молэ и многих других обвиняемых. Яков ответил 17 ноября; он хвалил тамплиеров своего королевства и отказался арестовать их, пока не получит улик их виновности или приказа самого папы. Через два дня он писал Клименту, прося его указаний; Климент в ответе 3 января 1308 г. указывал Якову на предписания от 22 ноября. Но Яков начал действовать раньше получения этого ответа; как только получил 1 декабря 1307 г. буллу 22 ноября. Епископу Валенсии и епископу Сарагосы король приказал произвести тщательное расследование о тамплиерах в их епархиях, а инквизитору Арагона было предложено уничтожить ересь. 3 декабря были разосланы королевские грамоты, в которых приказывалось немедленно арестовать всех членов ордена и секвестровать их имущество. Инквизитор издал указы, приказывавшие тамплиерам явиться пред его трибуналом в доминиканском монастыре в Валенсии, чтобы изложить свою веру; всем местным чиновникам запрещалось оказывать помощь обвиняемым. Яков созвал на 6 января 1308 г. собор прелатов для обсуждения дела совместно с инквизитором. Но даже и при этом Климент в грамоте от 22 января нетерпеливо упрекал короля в недостатке рвения в исполнении приказаний Св. Престола. Было произведено много арестов; некоторые из братьев успели скрыться; другие пытались бежать морем, захватив с собою большую часть своего богатства, но буря выбросила их на берег, и они были арестованы. Но большинство рыцарей заперлось в своих замках. 20 января 1308 г. их вызвали явиться на Таррагонский собор; они отказались, и Яков обещал прелатам привести этих мятежников. Почти все светские сеньоры обещали свое содействие королю. Однако много молодых знатных людей присоединилось к тамплиерам в их замках. Рыцари защищались мужественно. Первой сдалась в ноябре крепость Кастельот. Немного спустя наместник командора в Арагоне Са Гвардиа, запертый в Миравете, получил от короля и не принял ультиматум с условиями сдачи. 22 октября он обратился с воззванием к самому Клименту. Напоминая о заслугах ордена перед верой, командор заявил, что семьдесят осажденных тамплиеров готовы явиться на суд папы или защищать свою веру против обвинителей с оружием в руках, как это подобает рыцарям, но у них нет ни прелатов, ни адвокатов, чтобы защищать их дело в суде; это дело папы.
Миравет был уже вынужден сдаться, когда Климент 5 января 1309 г. ответил на воззвание Са Гвардиа; так как тамплиеры передали себя и свое имущество в его руки, то папа послал в качестве специального комиссара для приема и их, и их имущества приора монастыря Св. Кассиана в Безье. Остальные крепости тамплиеров скоро также сдались; крепости Монтсо и Чаламера держались твердо до июля. Яков не был расположен отказываться от захваченного имущества. Он обещал только, если собор уничтожит орден, возвратить имущество папе, сохранив право короны на вознаграждение. Самих же арестованных тамплиеров король 14 июля приказал своим вигье выдать инквизиторам и епископам.
В 1310 г. Климент послал в Арагон, как и в другие места, папских инквизиторов, специально уполномоченных вести дело. В Арагоне закон не признавал пытки. По просьбе инквизиторов король 5 июля 1310 г. приказал своим бальи заковать узников в цепи. Климент 18 марта 1311 г. потребовал, чтобы обвиняемые были выданы «монаху-пытателю». Король 29 сентября 1311 г. издал указ, предписывавший одному из королевских судей присутствовать на суде над тамплиерами; приговор должны были вынести двое судей вместе с епископами Лериды и Вича, специально назначенными для этого папой. На Вьеннском соборе Климент тем временем объявил уничтожение ордена, и судьба членов его была предоставлена решению поместных соборов. Был созван 18 октября 1312 г. в Таррагоне собор. Тамплиеров привели на собор и подвергли строгому допросу, 4 ноября публично объявили приговор: несмотря на все заблуждения, преступления и клеветы, возведенные на подсудимых, они были объявлены вне всякого подозрения; никто не смел нападать на их честное имя. Ввиду уничтожения ордена постановили, чтобы бывшие тамплиеры жили в тех епархиях, где находились их владения, и получали содержание, соответствующее доходам с их конфискованных земель. Это решение было приведено в исполнение. Когда имущество тамплиеров перешло в руки госпитальеров, то на них перешло и это обязательство.
