Яков I Майоркский не мог противиться давлению Филиппа Красивого и Климента и повиновался папским буллам от 22 ноября 1307 г. В конце того же месяца все тамплиеры, находившиеся в его владениях, были арестованы и заключены в тюрьмы. Только в Мас Дё, одной из самых сильных крепостей страны, заперлись двадцать пять тамплиеров; среди них находился и наставник Са Гвардиа, храбрый защитник Миравета, который после своей капитуляции был вытребован королем Майорки и добровольно присоединился к своим братьям.
Нарбоннский архиепископ 5 мая 1309 г. послал епископу Эльна, где находился Мас Дё, список главных пунктов обвинения, а также папскую буллу, в которой приказывалось произвести розыск. Только 5 января 1310 г. епископ вместе с двумя францисканцами, двумя доминиканцами и двумя из своих епископских каноников приступил к допросу арестованных. Все обвиняемые за все долгое время допросов единогласно в существенном подтвердили чистоту и благочестие ордена; их капеллан в доказательство представил требник приема в орден, написанный на народном языке. С негодованием они отказались верить, что гроссмейстер и высшая братия ордена признали истинность обвинений. Все показания были препровождены 31 августа 1310 г. епископом папе. В марте 1311 г. папа приказал применить пытки. Ризничий Майорки был назначен Климентом инквизитором против тамплиеров Арагона, Наварры и Майорки: в этих трех государствах были применены одни и те же меры. После Вьеннского собора архиепископ Таррагоны, папский хранитель имуществ тамплиеров в Арагоне, Майорке и Наварре распространил свою юрисдикцию на подданных Майорки — тамплиеров Руссильона и 15 октября 1313 г. объявил Са Гвардиа прощенным и невиновным, приказал ему и его собратьям жить в Мас Дё на пенсию и на доход от садов и виноградников; другим тамплиерам были назначены разные пенсии. Однако в сентябре 1315 г. архиепископ Нарбоннский приказал привести на созванный им провинциальный собор всех тамплиеров, содержащихся в тюрьмах таррагонской епархии, и представить документы, относящиеся до дел этих тамплиеров, чтобы можно было решить участь обвиненных. Король, однако, заявил, что Климент поручил ему охрану тамплиеров и он не выпустит их из своих рук без приказания папы; если тамплиеров надо будет наказать, то только он, король, может их судить на своем суде. Тамплиеров оставили в покое. Те из них, кто остался жив, получали пенсию, и в 1350 г. оставался только один из них.
В 1307 г. Наварра перешла к сыну Филиппа Красивого, Людовику Сварливому; французские порядки получили там преобладание, и папский инквизитор мог добиваться от местных тамплиеров свидетельских показаний способом наиболее действенным. В Кастилии не было принято никаких мер против тамплиеров до тех пор, пока изданной 12 августа 1308 г. буллой «Творя милосердие» папа не приказал прелатам действовать совместно с доминиканцем Эмериком де Навас, имевшим инквизиторские полномочия. Фердинанд IV потребовал от магистра Кастилии выдачи всех замков, принадлежащих тамплиерам. Но магистр предложил эти замки вдовствующей королеве Марии де Молина. После сложной интриги с участием Марии и инфанта все замки были отданы королю. За отсутствием инквизиции тамплиеров Кастилии судили епископы. Однако 15 апреля 1310 г. толедский архиепископ и лиссабонский епископ в качестве инквизиторов, назначенных Климентом, вызвали тамплиеров явиться на суд 27 мая в Медину дель Кампо. В вызове были поименованы только восемьдесят шесть лиц, остальные же тамплиеры были вызваны все вместе, без указания их имен; но в Медине допросили тридцать тамплиеров и трех посторонних свидетелей, показания которых были благоприятны для ордена. Розыски, произведенные лиссабонским епископом в Медине, Сели и в Оренсо, также не дали ничего. Приговором, объявленным Саламанкским собором в отношении провинции Компостелло, все тамплиеры были единогласно оправданы; указы Климента применять пытку к обвиняемым не были исполнены. Когда орден был закрыт, то большинство тамплиеров продолжало вести праведную жизнь.
Португалия в церковном отношении принадлежала к провинции Компостелло, и лиссабонский епископ, которому было поручено произвести следствие по делу ордена, не мог найти никаких улик против них. Участь португальских тамплиеров была исключительно счастливая, так как король Диниш в благодарность за услуги, оказанные ими во время его войны с сарацинами, основал новый орден Иисуса Христа (де Авис), который был по его просьбе утвержден Иоанном XXII в 1318 г. Тамплиеры и их орден укрылись в этом верном убежище; командор и много наставников сохранили свое положение, и новый орден был простым продолжением старого.
Приближался день открытия заседаний Вьеннского собора. До этого времени не удалось получить против тамплиеров ни одной серьезной улики за пределами Франции, где епископы и инквизиторы были орудием безжалостной воли Филиппа. По мере приближения дня собора папа Климент отовсюду старался собрать свидетельские показания, подтверждавшие ересь ордена. Он заставил Эдуарда II ввести пытку в суды Англии, ему удалось подвергнуть пытке обвиняемых в Арагоне. От Кипра до Португалии князья и прелаты получили приказания папы вырвать признания пыткой. Собранные таким путем показания следовало немедленно отправить папе. Палачи не довольствовались тем, что пытали обвиняемых, еще не подвергавшихся пытке; они вытаскивали из темниц тех, кто уже подвергался пытке, и снова пытали их, чтобы получить от них новые, еще более нелепые признания. Так были допрошены в 1310 г. тринадцать тамплиеров во Флоренции, и некоторые из них сознались. Повинуясь новым приказаниям папы, инквизиторы собрались вторично в сентябре 1311 г. и начали новый ряд допросов. Шесть обвиняемых не выдержали и дали нужные показания относительно поклонения идолам, кошкам и т. п.; но семь других упорно утверждали, что орден невиновен. Инквизиторы представили Клименту только шесть нужных ему признаний.
Папа и король пустили в ход все свое влияние, чтобы добиться от собора одобрения заранее предрешенного осуждения ордена тамплиеров. Знаменательный факт: акты Вьеннского собора были будто бы выкрадены из папского архива, и историку приходится восстановлять работы этого собора по некоторым упоминаниям современных составителей хроник и по папским буллам, в которых приводятся решения. Но от огромной массы документов, относящихся к тамплиерам, остались теперь только фрагменты. Вьеннский собор открылся в октябре 1311 г. На нем заседало триста епископов, прибывших из всех государств Европы; председательствовал сам папа. Климент настаивал на осуждении ордена тамплиеров без выслушивания его членов. Папа вызвал орден явиться на собор в лице своих старших членов и представителей; он приказал кардиналу Палестрины привести их для этого. Однако, когда заседания собора открылись, высшие лица ордена не были приведены на него. Для рассмотрения этой щекотливой ситуации устроили частное собрание, на которое были приглашены прелаты, избранные среди представителей Испании, Франции, Италии, Венгрии, Англии, Ирландии и Шотландии, чтобы обсудить вопрос о виновности ордена в ереси с папой и кардиналами. В один ноябрьский день, когда это собрание слушало чтение донесений, присланных инквизиторами, неожиданно явились семь тамплиеров и выразили желание выступить в защиту ордена от имени тысячи пятисот или двух тысяч братьев-изгнанников, скитавшихся в горах Лионской провинции. Климент велел немедленно заключить их в тюрьму. Когда приступили к голосованию, то только один итальянский епископ и три французских прелата (архиепископы Санса, Реймса и Руана, сжегшие на костре тамплиеров-рецидивистов) решились подписаться под позорным осуждением ордена, не выслушав его представителей. Собор колебался. В Германии, Италии и Испании провинциальные соборы торжественно заявили, что они не нашли ничего преступного ни в орден, ни среди отдельных его членов. В Англии тамплиеры сознались только в том, что их обвиняли в ереси. Франция была единственная страна, где удалось собрать полные признания виновности. Клименту удалось только протянуть споры до февраля 1312 г.; в это время Филипп прибыл на собор в сопровождении принцев и большой свиты. Давление, оказанное королем и папой, сломило в конце концов упорство отцов собора. 22 марта Климент представил тайной консистории, составленной из кардиналов и прелатов, буллу «Голос свыше», в которой он признавал, что собранные улики не оправдывали с канонической точки зрения окончательного осуждения ордена, но объявлял, что орден запятнал себя таким скандалом, что ни один честный и порядочный человек не может уже вступить в него. Кроме того всякое промедление повлечет за собой лишь расхищение земель тамплиеров, и этим самым будет нанесен ущерб интересам Св. Земли; вследствие всего этого Св. Престол должен был объявить предварительно уничтожение ордена. 3 апреля открылась вторая сессия собора, и булла была объявлена на нем. Климент защищал ее, доказывая, что она необходима, чтобы умилостивить «его дорогого сына, короля Франции». Орден был уничтожен, хотя его и не признали виновным. Члены ордена были освобождены от всякой ответственности.