С одной стороны гору, на которой строили острог, подпирала р. Курдюмка. Она впадала в Иртыш, образуя мыс, за которым располагалась как бы естественная гавань. Сперва был поставлен совсем небольшой острог. Несколько лет спустя возле старого острога возник посад. Тогда были расширены старые укрепления: воеводы со служилыми людьми срубили город Тобольск и поставили небольшой острог вокруг посада. Этот город называли «Новая Сибирь». Так острог Тобольский стал городом Тобольском, который позже в XVII–XVIII вв. являлся столицей русской Сибири (12, с.611).
Панорама Тобольска
В Кашлыке продолжал сидеть Сеидхан, его поддерживали карачи и хан Казахской орды. Кучум, в свою очередь, опирался на поддержку Бухарского хана. Сеидхан пытался завязать отношения с русским воеводой в Новой Сибири. В 1588 г. Сейдяк с карачи и султаном Ураз-Мухамедом, племянником казахского хана Теввекеля, охотились на берегу Иртыша близ Тобольского острога. Чулков пригласил их к себе на пир и для мирных переговоров.
Когда приглашенные появились у стен Тобольска в сопровождении нескольких сот воинов, то Чулков согласился впустить в крепость не более ста татар и предложил им снять оружие прежде, чем сесть за пиршественный стол. Когда прибывшие татары разместились за столом, то они столкнулись с казаками-ермаковцами. Профессор Р. Г. Скрынников считает, что трудно предположить, будто Чулков сознательно заманил хана в западню. Но казаки не простили караче вероломное убийство Ивана Кольцо. Перебив ханскую охрану, они набросились на знатных гостей и связали их, а затем атаковали стоявшую у стен острога ханскую гвардию и полностью разгромили ее. В бою погиб атаман Матвей Мещеряк, который все же отомстил за гибель побратимов. Сеидхан и казахский султан были увезены в Москву и там определены на царскую службу (12, с.612, 613).
И. П. и В. И. Магидовичи приводят другую версию произошедшего, при которой ермаковцы не являлись инициаторами нападения на гостей: во время пира Чулков стал обвинять гостей в злых замыслах против русских и предложил, чтобы рассеять подозрение, выпить по чаше вина. Гости, как мусульмане, отказались пить спиртное. Тогда их связали, а охрану перебили. Татары, оставшиеся за стенами острога, разбежались (18, с.254, 255). Так или иначе, но вскоре Кашлык опустел, и русские стали единственными хозяевами на Нижнем Иртыше.
Уже в 1590 г. Тобольск, первоначально зависевший от Тюмени, «стал быть собою» (19, с.253). С этого времени московские власти стали вести все сношения с правителями вновь присоединенных к России Сибирских областей только через тобольских воевод. А при царе Федоре Ивановиче воеводам всех сибирских городов предписывалось «обо всяких о тамошних делах обсылатися и писати в Тобольский город к воеводам, чтобы в сибирских городах меж воевод всякие дела были ведомы» (19, с.253).
Старшинство тобольских воевод, несмотря на явное сопротивление этому со стороны воевод других сибирских городов, подтверждено совершенно определенно в наказах царей Бориса Годунова и Василия Шуйского.
После завершения «смутного времени» окончательно складывается Тобольский разряд, в состав которого первоначально входили все города Сибири: Верхотурье, Тюмень, Туринск, Тара, Пелым, Березов, Мангазея, Сургут, Нарым, Томск и остроги — Кетский, Енисейский и Кузнецкий. Несмотря на образование в 1629 г. особого Томского разряда, Тобольск остался первым и главным городом Сибири и главенствовал над Томским разрядом. Главное, Тобольский воевода являлся как бы главнокомандующим всеми сибирскими служилыми людьми.
Летом 1590 г. Кучум совершил набег на свои прежние сибирские владения. Он разграбил ряд селений в районе Тобольска. Его воины в селениях, расположенных выше по Иртышу между Вагаем и Ишимом, поубивали многих татар, согласившихся платить ясак Московскому царю. Все это настраивало против него местное население. Поэтому, когда в 1591 г. тобольский воевода князь Владимир Васильевич Кольцов-Масальский вышел в поход против Кучума, в составе его отряда было множество тобольских татар. Воевода настиг Кучума у Ишима и разбил его войско. Но хан сумел уйти с немногими соратниками в Барабинские степи. Таким образом, уже через 6 лет после гибели Ермака русские сумели вновь овладеть областями по Нижнему Иртышу и Нижнему Тоболу.
Софийский собор в Тобольске
Затем русские отряды двинулись вверх по Иртышу. Воеводе князю Андрею Васильевичу Елецкому был дан наказ: «Идти города ставить вверх Иртыша, на Тару-реку, где бы государю было впредь прибыльнее, чтобы пашню завести, и Кучума-царя истеснить» (18, с. 255). Его отряд из 1500 бойцов состоял из русских стрельцов и казаков, пленной «литвы», 400 поволжских татар и башкир из Уфы, Казани и Свияжска и 550 сибирских татар, из них 300 под командой татарских командиров.
Зимой 1594–1595 гг. была закончена постройка Тарского острога в устье р. Тары, правого притока Иртыша. Затем Елецкий трижды посылал на юго-восток смешанные русско-татарские отряды на поиски Кучума. Сперва отряд из 90 воинов под командой Григория Ясыря прошел вверх по Иртышу примерно 100 км и собрал сведения о р. Оми, выше устья которой в «Черном городке» на берегу Иртыша была ставка Кучума.
Затем отряд из 276 бойцов под командой «письменного головы» Бориса Доможирова поднялся по Иртышу до «Черного городка» и захватил его. Отряд Кучума поспешно бежал. Ранней весной 1596 г. Доможиров с отрядом из 483 бойцов на лыжах вышел в Барабинский поход и покорил районы долин Тары и Оми, прошел до их верховьев и вышел в Барабинскую степь. Из-за оттепели он вынужден был повернуть в обратный путь. За время всех этих походов не было потеряно ни одного человека. В свою очередь, при столкновениях с русскими Кучум терял десятки, а то и сотни своих воинов, но хан не сдавался и не вступал в мирные переговоры, несмотря на то, что добровольно явилась в Тару мать царевича Маметкула, сдались некоторые другие родственники хана и влиятельные мурзы из его двора.
Московские власти все время запрашивали тарских воевод о месте пребывания Кучума и о его замыслах. 9 мая 1598 г. помощник тарского воеводы Андрей Воейков с отрядом в 400 бойцов — русских служилых людей (казаки, стрельцы) и служилых татар — вышел в очередной поход против Кучума. При воеводе находился казачий голова Черкас Александров. Захваченные им «языки» сообщили, что хан кочует на Черных водах и при нем 500 татарских воинов и 50 бухарскиих торговых людей. Пленные подтвердили, что Кучум откочевал на Обь и собирает бойцов, чтобы напасть на Тарский городок. А тут еще до русских воевод дошли сообщения о сосредоточении воинов-калмыков в двух днях пути от кочевий Кучума.
Воейков днем и ночью шел к ставке Кучума и 20 августа настиг его на Верхней Оби немного выше устья Берди, более чем в 500 км к юго-востоку от Тары. В бою погибли свыше 170 татар, 100 утонули в Оби и 50 пленных были повешены. Воейков пощадил попавших в плен 5 младших сыновей Кучума, 8 его жен из гарема и 13 дочерей, а также 5 высших чиновников. Но сам Кучум опять ушел. Воейков доносил в Москву: «Плавал я на плотах по Оби и за Обью рекою, по лесам искал Кучума и нигде не нашел» (12, с.630).
Историки полагают, что Кучум с небольшим числом слуг бежал к калмыкам в район озера Зайсан и кочевал там некоторое время в степях. Так точно и не известно, где погиб Кучум. Видимо, верно сообщение, приписываемое одному из его сыновей, что отца бухарцы заманили к калмыкам и там убили. Гибель Кучума ознаменовала прекращение существования Сибирского ханства. Западная Сибирь навеки стала неотьемлемой частью Московской Руси.
В 1593 г. специально сформированный в северорусских уездах и Приуралье отряд был послан Москвой против сильного Пелымского княжества, во главе которого стоял князек Аплыгерым — активный союзник Кучума и противник русских. Русский отряд, выступивший из Чердыни во главе с воеводами Н. В. Траханиотовым и П. И. Горчаковым, состоял из служилых людей, собранных в северных уездах Руси, строгановских ратных людей и отряда приуральских манси. Строгановы еще в 1592 г. получили царский наказ для похода поставить 100 человек в полном вооружении «с рушницами и с луки, с кремни и с рогатинами, и со всяким ратным боем», чтобы направить их в Сибирь на судах с воеводою Никифором Траханиотовым. Кроме того, Строгановых обязали выделить 50 человек «с пищалми конных» «в войну на Пелымского» (6, с.103).
Сопротивление Аплыгерыма было сломлено, и подвластная ему территория вошла в состав Московской Руси. Попали в плен и были отправлены в Москву младший сын князька Таутай и его внук Учет.
Летом 1593 г. воины русского отряда начали строительство на берегу р. Тавды около устья Пелыма укрепления — Пелымского городка, который должен был прикрывать путь между Лозьвинским городком и Тобольском. После окончания строительства городка П. И. Горчаков с частью отряда остался в нем в качестве гарнизона, другая часть отряда с Н. В. Траханиотовым убыла в Тобольск. В составе первых жителей Пелыма кроме стрельцов и казаков были и присланные из Каргополя, Перми и Вятки крестьяне. Царский наказ Горчакову предписывал устроить под новым сибирским городком крестьянскую слободу, выделив переведенным крестьянам места под дворы и наделы под пашню. Наделы под пашню получали и оставленные на жительство в Пелыме стрельцы и казаки. Такая же политика проводилась властями и в других создаваемых русских сибирских городках.