С 1365 г. в Риме ежегодно на торжественном богослужении зачитывалась булла "Ин чена Домини", в которой перечислялись двенадцать "отклонений" от церковных доктрин, за которые виновным грозило отлучение от церкви. Вслед за оглашением этой буллы в Риме полагалось ее зачитывать на церковных службах епископам в других странах. В 1566 г. испанские епископы, действуя по указанию короля Филиппа II, отказались огласить указанную буллу под предлогом того, что она не имела визы Королевского совета.
Возмущенный поведением Филиппа II, папа Пий V расширил буллу "Ин чена Домини" новыми "отклонениями", за которые предусматривалось автоматическое отлучение от церкви. Такое наказание грозило за отказ повиноваться папе римскому, за обжалование папского решения перед церковным собором или за содействие такому обжалованию; за высылку из страны патриархов, архиепископов и епископов; за привлечение служителей культа к гражданскому суду; за игнорирование перечисленных санкций священниками при приеме исповеди. Папские добавления были направлены на ограничение прав королевской власти. Испанская церковная иерархия, опасаясь репрессий со стороны короны, категорически отказалась публично зачитывать добавления к булле "Ин чена Домини".
Спор между Пием V и Филиппом II по поводу буллы длился несколько лет и в конце концов закончился победой Рима: испанский король разрешил зачитывать в церквах спорную буллу, но это вовсе не означало, что он был готов пойти на какие-либо уступки в вопросах патроната. Более того, и после этого разрешения угрозы в адрес возможных нарушителей "патронато регио" сыпались со стороны королевской власти как из рога изобилия.
В 1574 г. Филипп II издал закон в охрану королевского патроната, в котором, в частности, говорилось:
"Учитывая, что право церковного патроната принадлежит нам на всей территории Индий на том основании, что мы открыли и приобрели Новый Свет и снабдили его церквами и монастырями за наш счет и на деньги наших благородных предшественников – католических королей, а также исходя из того факта, что буллы, которыми суверенные понтифики по своей собственной воле предоставили нам это право в интересах сохранения религии и справедливости, которой мы обязаны следовать, – исходя из всего этого мы постановляем и призываем, чтобы это право патроната в Индиях навечно сохранилось полностью и нераздельно как для нас, так и для нашей королевской короны. Не может быть какого-либо отклонения от этого права как в целом, так и в частности – будь то через дар, уступку или привилегию или любым другим средством, которое мы или короли – наши преемники могут принять или предоставить.
Да никто не подумает, что мы можем отказаться от этого права патроната в пользу какой-либо особы, церкви или монастыря, или мы каким-либо иным способом нанесем ущерб праву патроната. Да никто не покусится на это право, ссылаясь на обычай, запрет или другую причину, – будь то лицо или лица духовного звания, или церковь, или монастырь, за исключением, когда это лицо действует от нашего имени, опираясь на наш авторитет и власть.
Пусть ни одно светское лицо, ни клирик, ни монашеский орден, монастырь, конгрегация или община любого ранга, условий, качества или превосходства, будь то через суд или вне его, несмотря на причину или цель, не отважутся вмешиваться в дела патроната или причинить нам вред в этом деле. Никому не разрешается давать в качестве дара церковь, бенефиций или любую другую церковную должность или принять такой дар на всей территории Индий, за исключением, если он дан по нашему представлению или лица, которого мы согласно закону или специальным указом на то уполномочили. И если лицо, которое поступает иначе, является мирянином, то он тем самым теряет титул на какие-либо права, которыми он наделен нами на всей территории Индий, и он не сможет больше их иметь или вновь получить их; кроме того, он будет навсегда выслан из всех наших владений. Если же он духовное лицо, то будет считаться высланным из всех наших владений и не может держать или получить бенефиций или церковную должность в наших владениях. И тот и другой подлежат другим наказаниям, установленным согласно закону в этих королевствах. И наши вице-короли, судебные палаты и королевские судьи будут действовать со всей строгостью против тех, кто не станет способствовать утверждению власти нашего права патроната. Они могут действовать как исходя из данных им полномочий, так и по собственной инициативе или по просьбе нашего прокурора или любого другого лица, который подаст на виновных в нарушении патроната в суд, и суд должен быть скорым, ибо этого требуют такого рода дела" (Historia documental de Mexico, v. I. Mexico, 1964, p. 276-277).
Грозное королевское предостережение было адресовано в первую очередь папству, которое, несмотря на предшествующие заверения о предоставлении права патроната испанской короне на "вечные времена", могло в любой момент односторонним актом отменить эту привилегию или действовать в обход ей, пытаясь оказать влияние на духовенство.
Папа понимал, что католические монархи Испании не могли порвать с Римом, не подорвав идеологическую основу, на которой зижделась их власть, а именно католичество. В свою очередь папство, чьи позиции в XVI в. были значительно ослаблены, не могло позволить себе вступить в затяжной конфликт со своим главным союзником и покровителем – католическим королем Испании, который к тому же имел право вето при избрании папы римского. Откровенный враг Испании вряд ли мог когда-либо занять папский престол. Однако стремление к преобладанию, к диктату, к подчинению, к вмешательству было столь свойственно папскому престолу, что он никогда не переставал стремиться если не лишить, то существенно ограничить право на патронат, действуя через преданных ему церковников и монашеские ордены или через подкупленных королевских чиновников. Постоянные интриги и маневры Ватикана создавали напряженную атмосферу, которая была характерна для его отношений с католическими монархами Испании. Однако эти противоречия действовались больше подспудно, чем открыто, не перерастая в острые конфликты.
И все же страх перед возможностью лишиться патроната был всегда столь велик в Мадриде, что Свод законов для Индий буквально пестрит от различных грозных королевских указов, требующих его неукоснительного соблюдения.
В 1629 г. – через 50 с лишним лет после издания вышеуказанного закона Филиппом II король Филипп IV дополнил его, обязав всех архиепископов, епископов и церковных визитаторов при вступлении в должность присягать перед нотариусом в присутствии свидетелей в том, что они никогда не совершат поступков, противоречащих патронату, что будут охранять его, действовать согласно его установкам и не препятствовать их осуществлению. Тот же закон требовал от церковников публично защищать королевские права и королевские доходы, из какого бы источника они не исходили, в том числе получение королевской казной 2/9 церковной десятины в американских владениях Испании, и безоговорочно поддерживать действия королевских министров во всем, что касается защиты патроната (Shlels W. E. Op. cit., p. 193-194).
Испанская корона в целом могла рассчитывать на солидарность и поддержку своего духовенства, в особенности церковной иерархии, члены которой подбирались из аристократических семейств, являвшихся опорой королевской власти. Духовенство целиком состояло из испанцев. В вопросах теологии оно признавало главенство Рима, но это не мешало ему считать не Рим, а Испанию родиной ортодоксального католицизма. Иначе дело обстояло с монашескими орденами. Все они подчинялись непосредственно папе римскому, их руководство находилось в Риме, монахи были спаяны железной дисциплиной, действовали независимо от национальной церковной иерархии. Испанской короне было значительно труднее контролировать деятельность монашеских орденов, чем деятельность священников. И все же обойтись без их услуг королевская власть не могла. Монахи обладали апостолическим рвением, легко снимались с насиженных мест, не боялись риска, что делало их неоценимыми помощниками завоевателей. Правда, монахи, трудясь на "ниве господней", стремились в первую очередь прославить свой орден и расширить сферу его влияния. Поэтому королевская власть, используя их "бойцовые" качества в интересах сначала конкисты, а затем порабощения индейского населения, пыталась одновременно ограничить их связи с папским престолом и подчинить их деятельность контролю более лояльно настроенной церковной иерархии. После Тридентского собора, наделившего епископов правом контроля над всей религиозной деятельностью в пределах их епархий, испанская корона обязала монахов в колониях подчиняться местной церковной иерархии. Папскому престолу пришлось довольствоваться назначением комиссариев, представлявших в Мадриде генералов (римское руководство) монашеских орденов. Комиссарии сносились с монахами в колониях через Совет по делам Индий. Хотя комиссарии назначались с согласия короны, она настороженно относилась к их деятельности. Филипп II предложил перевести комиссариев в колонии, что поставило бы их в еще большую зависимость от короны, ибо их назначения производились бы тогда Советом по делам Индий. Но папский престол контратаковал, предложив учредить пост специального нунция для Индий, а это угрожало существованию патроната. Филипп ответил, что согласен на назначение такого нунция, но при условии, что он будет пребывать в Мадриде. В конце концов, обе стороны отказались от своих проектов, хотя деятельность монахов в колониях продолжала вызывать постоянные трения между папским престолом и королевской властью.