Но оказалось, что Сигизмунд и поляки только обманывали и дурачили русских, показывали вид, что хотят дать на московский престол своего королевича, а у них была совсем иная тайная дума: они хотели покорить себе все Московское государство и присоединить его к Польской державе. Польское войско вошло в Москву под начальством Гонсевского, которого вместо себя поставил в русской столице гетман Жолкевский. Поляки без всякой церемонии стали распоряжаться царскою казною, а бояре, составлявшие верховный совет, только по имени были правителями; в самом же деле должны были поступать так, как поляки прикажут. Под Смоленском посланные туда к королю послы — митрополит ростовский Филарет (бывший боярин Феодор Никитич Романов) да боярин Василий Голицын с товарищами — не могли столковаться с польскими панами; русские послы домогались, чтоб Владислав крестился в греческую веру; поляки на это не соглашались и обходились с послами высокомерно; Сигизмунд требовал, чтоб ему сдался Смоленск, и, стоя под этим городом, раздавал имения в Московском государстве разным московским людям не от имени сына, которого в цари выбрали, а от имени своего, когда он на то не имел никакого права. Тем временем и поляки, и их русские сторонники в Москве стали открыто говорить, что следует целовать крест не одному Владиславу, а вместе и Владиславу, и отцу его Сигизмунду. Это уже явно показывало, что идет дело вовсе не о том, чтоб Владислав, польский королевич, был на московском престоле, а о том, чтоб все Московское государство признало государем короля польского и таким образом было бы присоединено к Польше. Но все знали, что Сигизмунд был всею душою католик и в своем Польско-Литовском государстве паче всего о том старается, чтоб весь православный народ, ему подвластный, подчинить власти римского папы. Справедливо было опасаться, чтоб и в Московском государстве, если он им овладеет, не началось того же. Тогдашний глава духовенства патриарх Гермоген, как ему и подобало яко верховному пастырю, стал возбуждать народ на защиту веры. Старик он был крутой, суровый, неподатлив ни на какие прельщения. Поляки никак не могли его обойти и обмануть. С самого начала, как послы русские с ними вошли в согласие, Гермоген один им не верил, не терпел латинства, был против выбора Владислава; притихнул было на время, а как польские хитрости стали выдаваться на явь, так начал писать грамоты и призывал православный русский народ на оборону своей веры. Его воззвание кстати пришлось рязанскому воеводе Прокопию Ляпунову. Этот человек уже прежде такую силу приобрел в Рязанской земле, что стоило ему слово сказать - и все за ним пойдут. Человек он был горячий, живой, поспешный, поборник по правде, сам был бесхитростен оттого очень доверчив; но зато, как только становилось ему заметно, что делается не так, как прежде казалось, он тотчас изменялся. Бориса он не любил за его неправды; когда шел против него первый названный Димитрий, Ляпунов искренно поверил, что явился настоящий царевич русский, и все войско склонил на передачу Димитрию; после смерти названного Димитрия не хотел покориться Шуйскому, сначала пошел на него с его врагами, думал, что царствовавший в Москве под именем Димитрия и впрямь спасся от смерти, но потом, уверясь, что обман, отстал от воров, служил Шуйскому, но только по нужде, затем, что надобно под какое-нибудь начальство стать против смуты;не любил царя Василия, не мог простить ему, что он сел на престол не по закону, не по избранию всей Земли Русской, как следовало; затевал было устроить новое избрание волею всей земли, думал посадить на престол боярина Михаила Скопина-Шуйского, но это не удалось - Михаил Васильевич Скопин-Шуйский скоро умер, и, когда пошла ходить весть, что его извели, Ляпунов начал возбуждать народ против Василия, послал брата своего Захара в Москву, и при его содействии Шуйского заставили сложить царский венец. Прокопий Ляпунов искренно присягнул Владиславу, думал, что польский королевич примет русскую веру, станет русским человеком и Московское государство усилится, а Польша будет жить с Москвою в дружбе, союзе и согласии, через то, что в одном государстве будет государем отец, а в другом — сын; и оттого Ляпунов скоро привел к присяге всю Рязанскую Землю, велел возить припасы польскому войску, стоящему в Москве; но как только получил Ляпунов от патриарха грамоту да проведал, что делается под Смоленском, тотчас уразумел, что поляки русских дурачат , написал грамоты и, разослал в разные города; писал, что вера в опасности, просил, чтобы везде собирались ополчения и выходили по дороге к Москве, а на дороге ополчения сходились бы вместе, как кому пригоднее по пути, и все бы дружно и единомышленно шли выручать от иноверцев и иноземцев царствующий град и его святыню — Божьи церкви, честные образа и многоцелебные мощи. По голосу Ляпунова поднялась Земля Рязанская; за нею поднялись Нижний Новгород, Кострома, Галич, Вологда, Ярославль, Владимир и другие города. Ляпунов не разбирал людей, лишь бы шли к нему; всех готов был принимать: он одно конечное дело видел впереди и хотел совершить его как можно скорее. Оттого он не пренебрег и казаками. Был казацким атаманом Иван Мартынович Заруцкий: родом он был русин, из Тарнова, в Галиции; служил он прежде второму вору — Димитрию, отстал было от него и пристал к полякам, да увидел, что у поляков не быть ему первым человеком, ушел от гетмана Жолкевского в Калугу опять к вору, а после его смерти, связавшись с его вдовою Мариною, думал волновать Русскую Землю именем ее сына, рожденного недавно от второго вора. Для Заруцкого Московское государство было чужое; ему лишь бы в мутной воде рыбу ловить; казацкая шайка у него была большая, но сбродная; наполовину, если не больше, она состояла из малороссов; а этот народ в те поры еще принадлежал не к Московскому государству, а к Польше, но поляков не любил; оттого в этом деле он был чужой сердцем: ни тем, ни другим добра не хотел, чинил только смуту. Ляпунов вошел в союз с Заруцким, хоть не любил его, как и Заруцкий не любил Ляпунова.
Русские ополчения собрались очень скоро. В январе 1611 г. Ляпунов разослал свои грамоты, а в марте уже со всех сторон шла народная сила на Москву выгонять поляков. Тогда поляки увидали, что им беда, в ополчении могли быть против них десятки тысяч народа, их в Москве каких-нибудь тысяч шесть, а как придут ополченцы, так московские жители, разумеется, станут помогать своим, — и весь народ подымется. И вот поляки, спасая себя от гибели, как услыхали, что Ляпунов и прочие предводители ополчений были близко, во вторник на страстной неделе, марта 19-го, начали бить русских и выгонять из Китай-города; и так погибло народу обоего пола и разного возраста тысяч до восьми; а потом поляки зажгли Москву со всех сторон, только Кремль и Китай-город не жгли. Русские ополчения прибыли к столице, когда в ней торчали только обгорелые каменные церкви, да погреба, да печки (жилые строения в те поры были все почти деревянные). Русские обложили Москву и держали поляков в осаде месяца четыре, но взять их не могли, оттого - что в таборе у русских пошла безладица. Заруцкий спорил с Ляпуновым. На стороне Заруцкого казаки, на стороне Ляпунова земские люди — спорили меж собою. Ляпунов приказывает так, а Заруцкий наперекор ему иначе. Казаки своевольничали, бесчинствовали. Ляпунов их за это наказывал. Казаки волновались. Проведали про это поляки и воспользовались несогласием своих врагов. Они составили фальшивое письмо, как будто бы от Ляпунова, а в том письме говорилось, что лишь бы только Москву взять, а потом казаков всех надобно перевесть; поляки так ловко подписались под руку Ляпунова, что никак распознать нельзя было. Это письмо нарочно было пущено меж казаками. Потребовали Ляпунова в казацкий круг к ответу. Тот, как ничего за собой не знал, то и пришел. "Ты это писал?" — спрашивали его. Ляпунов сказал: "Рука совсем моя, только я этого не писал". "Врешь! — кричали казаки. - Писал!" И кинулись на него с саблями. Тогда был там дворянин Ржевский; он был недруг Ляпунову, но человек правдивый. Вместо того чтобы обрадоваться беде своею недруга, он кинулся к казакам и стал кричать: "Прокопий не виноват!" Но казаки не послушались его, изрубили Ляпунова, а потом изрубили и Ржевского за то, что стоял за Ляпунова.
После смерти Ляпунова казаки стали стеснять и обижать земских людей и довели их до того, что большая часть их убежала. Эти убежавшие служилые люди, а также и крестьяне составляли шайки, ходили по окрестностям, нападали на поляков, которые собирали продовольствие по краю, и мешали сообщению с теми, которые сидели в тюрьме и Китай-городе. Таких называли шишами. Казаки продолжали стоять под Москвою табором. Для вида над всем войском был главным князь Димитрий Тимофеевич Трубецкой, человек знатного рода, но всем заправлял Заруцкий: он хотел быть господином Русской Земли, раздавал самовольно и отбирал имения.