Прожив некоторое время в Тихвинской обители, преподобный почувствовал великое, неудержимое желание уйти в пустыню, в уединение, и там потрудиться Богу суровой постнической жизнью и безмолвием. Он идет к игумену, рассказывает ему о своем желании и испрашивает благословение на задуманное дело. Настоятель благословил его, дал ему наставление о пустыннической жизни и отпустил с миром из монастыря, сказав: «Иди, чадо, Бог с тобою!»
Это было в 1600 году.
Лишенный какого бы то ни было имущества, но с сердцем, преисполненным радостей, отправился преподобный в свой путь. Его влекло в знакомые места, в вышеупомянутую Бежецкую пятину, где он и нашел себе пустыню, окруженную дебрями и лесами, среди зыбучих мхов и непроходимых болот. Реки и озера окружали ее, как оградой, и делали малодоступной для человека. Здесь, в диком бору близ реки Чагодищи, у берегов Синичьего озера, верстах в 15 от села Долосского и 50 верстах от Устюжны, преподобный выбрал место, удобное для уединения, достаточно обширное для основания обители, и остановился на нем. В горячей молитве он возблагодарил Бога, давшего ему новое жилище, как птице, которая обрела себе храмину, как горлице, отыскавшей себе гнездо.
«Призри на место сие, — взывал преподобный к Господу, — и благослови его, и сподоби меня на этом месте работать Тебе во все дни жизни моей. Ибо на то я и пришел сюда, чтобы работать Тебе, да прославится о мне Трисвятое Имя Твое».
На выбранном месте святой Евфросин поставил крест, выкопал себе пещеру и начал вести суровую подвижническую жизнь, проводя время в молитвах, бдении, песнопениях, часто всю ночь не смыкая глаз за молитвой. Подвиги поста и воздержания были для него непрерывны. Целых два года он не видел человеческого лица, скрытый дебрями лесов от внимания окрестных жителей и потому в оба года ни разу не вкушал хлеба. Его пищей служили лесные растения — ягоды, грибы, часто приходилось питаться белым боровым мхом, который называется ягодником. Было у него и рукоделье: он плел рыболовные сети. Прожив год в пещере, святой Евфросин поставил малую келлию и продолжал уединенную жизнь среди молитвы, подвигов, труда и лишений. Еще год скрывался он от взоров людских; но потом люди нашли его.
Прошло немного времени, и слава о его подвижнической и добродетельной жизни пронеслась по всем окрестным селам. Благочестивые люди стали приходить к нему за назиданием, молитвой и советом. Другие же, ревнуя о его добродетельной жизни, являлись к нему в пустыню учиться подвигам благочестия и селились рядом с ним. Мало-помалу вокруг преподобного собиралось духовное стадо, и уже в первый год его открытой жизни понадобилось более обширное помещение для совместных молитв братии. Было решено построить храм во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. Святой Евфросин и его сподвижники сами принялись за работу, нарубили лес и поставили храм, который и был освящен священноиноком Гурием, игуменом Шалоцкого монастыря, на третьем году жизни Евфросина в пустыни.
Всего преподобный прожил здесь в подвигах одиннадцать лет — и Бог удостоил его дара прозорливости.
В те годы Русская земля переживала тяжкое Смутное время. По смерти Бориса Годунова (с 1605 г.) на Руси воцарился самозванец, а после его скорой гибели и четырехлетнего правления Василия Шуйского государство осталось вовсе без царя — среди внутренних раздоров, неурядиц, междоусобиц, вызванных новыми самозванцами, и внешних опасностей от поляков и шведов. Поляки заняли Смоленск и самую Москву, шведы — Новгород. Шайки казаков и разбойников, отряды поляков и литовцев бродили по государству, грабя и убивая население. В начале 1612 года в Нижнем Новгороде по призыву Троице-Сергиева монастыря уже собиралось земское ополчение, которое под предводительством Космы Минина и князя Пожарского должно было освободить Москву от поляков и дать мир и тишину исстрадавшемуся от смуты государству и Церкви Православной; но пока смута и злодеяния царили по всей Русской земле. В этой смуте суждено было погибнуть смертью невинного страдальца и преподобному Евфросину.
Одна ватага ляхов, вероятно, принадлежавшая к отрядам пана Лисовского, с грабежом и разбоем проникла в округ Устюжны. Население, напуганное разбойниками, грабителями и насилиями иноплеменников, уже давно приучилось скрываться по лесам, среди болот и непроходимых топей. Обитель преподобного Евфросина казалась удобным и безопасным убежищем, будучи удалена от жилых мест и окружена реками, озерами и зыбучими мхами. Поэтому сюда собралось немало народа, не только простого, но и из знатных семейств, надеясь здесь скрыться от разбойничавших ляхов. Но обители суждено было потерпеть поругание от иноверных. Преподобный Евфросин прозрел надвигавшееся бедствие и предупредил о нем насельников обители и всех, искавших в ней защиты. В 19-й день марта 1612 года преподобный открыл им, что приближаются вооруженные супостаты, и предложил позаботиться о своей безопасности.
«Братья мои и чада возлюбленные о Христе! — говорил святой. — Кто хочет избыть напрасной смерти, уходите из обители Пресвятой Богородицы и спасетесь от великой беды. Ибо так угодно праведному суду Божию, что вскоре придут на это святое место злые супостаты».
Многие не поверили ему. «Почему же ты не уходишь от святого места сего?» — спрашивали они. Старец отвечал: «Я пришел сюда умереть ради Христа».
Однако не все сочли ответ искренним и продолжали думать про себя, что старец говорит так из недоброжелательства к ним, желая себе одному спастись от меча врагов. Но кто послушался святого, те действительно спаслись; а кто не поверил ему, все погибли жестокой смертью от поляков.
Был среди насельников обители инок Иона. Устрашенный прозрением преподобного, которое он считал внушением Святого Духа, он хотел бежать вместе с прочими, но святой Евфросин выделил его из среды других и удержал с собою, воспламенив в нем ревность к дому Божию и готовность пребыть здесь до смерти. «Брат Иона, — говорил преподобный, — зачем допускать в душу страх малодушия? Когда настоит брань, тогда и нужно показать подвиг мужества. Если Бог за нас, кто против нас? Кто ны разлучит от любве Божия, скорбь ли, теснота, или гонение, или глад, беда, или меч; ни смерть, ни живот, ни Ангели, ни настоящая, ни грядущая, ни высота, ни глубина, ни ина тварь кая (Рим. 8, 35, 38–39) не могут сделать этого. Чего же испугался ты, брат? Нет ничего страшного в том, что угрожает. Смерть? Но она не страшна, так как мы отходим в пристанище. Ограбление? Но наг изшел, нагим отыду (Иов. 1, 21). Заточение? Но Господня земля и исполнение ея (Пс. 23, 1). Бояться ли оболгания? Но егда рекут всяк зол глагол на вы — мзда ваша многа на небесех (см.: Мф. 5, 11–12). Я видел меч и небо в молниях, ждал смерти и думал о смертном, созерцал земные страдания и думал о вышних почестях и горнем венце как конце подвигов, — и это было для меня достаточным утешением и умилением. Да будет же воля Божия! Но мы не устрашимся кратковременного страха ради любви Христовой. На то мы и званы, и обеты свои принесли Господу, чтобы умереть на месте сем ради имени Его святого. Иное дело мирские люди: они не связаны словом, им нужно беречь себя и для детей».
Так поучал старец инока Иону. Ободрился инок, возгорелся духом и, возложив надежду на Бога, решил не уходить из обители, но умереть здесь в пустыне со старцем Евфросином. Преподобный, поведав присутствовавшим о приближающемся бедствии, сам тотчас же облекся во всю иноческую одежду и схиму (он был уже схимником) и начал молиться Богу и Пречистой Богородице, да сподобят его удела праведных. Весь день и всю ночь без сна провел он в молитве, поя и славя Бога со слезами.
Все случилось по слову святого. На следующий день, 20 марта, явились, неизвестно откуда, кровожадные супостаты, окружили обитель и всех, кого нашли здесь, побили мечом. Но среди ужасов кровопролития и злодеяний страх остался неведом святому Евфросину. Укрепляемый молитвой, ограждаемый силою Святого Духа, он мужественно сам вышел навстречу полякам. В иноческом одеянии и схиме прошел он из своей келлии к тому месту, где стоял водруженный им на земле честный крест, и встал у креста. Бросились к нему ляхи, окружили его и сказали: «Старец, отдай нам имение монастыря». Преподобный, не имевший не только золота и серебра, но и никаких ценных вещей, кроме самых необходимых и бедных, ответил: «Все имение этого монастыря и мое — в церкви Пречистой Богородицы». И он показал на храм, разумея то некрадомое богатство, которое для верующих скрыто в Боге. Но враги подумали, что он говорит о драгоценных вещах, и, обрадованные, бросились к храму. Однако один из них вынул меч и ударил преподобного Евфросина в шею. Шея была перерублена до половины, и святый старец пал на землю мертвым. Между тем ворвавшиеся в церковь поляки не нашли там ничего и были озлоблены. Лях, убийца преподобного, не довольствуясь тем, что старец был уже бездыханен, ударил его чеканом (чекан — кирка или топор) по голове и пробил ее до мозга.