Жители Нерехты с большой охотою ежедневно приходили к преподобному Пахомию и помогали ему в трудах устроения монастыря. Преподобный усердно трудился с приходившими мирянами, благодарил жертвователей. Пример нерехтчан нашел подражателей среди окрестных жителей, которые также трудились с Пахомием. Появились желающие сожительствовать подвижнику в его пустыни; он с радостью постригал их в иноческий образ и принимал, как чадолюбивый отец. Все было приготовлено к открытию Троицко-Сыпановой обители.
Тогда преподобный Пахомий отправился с одним из братий в Москву и просил у митрополита Алексия благословение на построение храма в обители. Святитель с радостью принял подвижника, давно ему знакомого, вел с ним душеполезную беседу, без замедления дал благословенную грамоту и антиминс. По возвращении из Москвы преподобный еще ревностнее спешил окончить Троицкий храм, еще усерднее работали с ним нерехтчане и окрестные жители. Вскоре храм был готов, украшен иконами, снабжен книгами и торжественно освящен при участии ближайшего духовенства и при стечении множества народа.
Окончив храм, преподобный Пахомий заботливо устраивает монастырь. Братия и многие посетители обители ставят братские келлии. Монастырь обносят стеною. Для пропитания братии заводится хлебопашество: вырубается окрестный лес, выжигается заросль и появляются поля, засеянные рожью, житом и овсом. Все это делал преподобный затем, чтобы братия не были праздными и питались от своих трудов, а не одними приношениями мирских людей. Этого мало. Помня, что монастырь устроился на пожертвования мирян и даже при их трудовом содействии, преподобный Пахомий поставил за монастырской стеною гостиницу для «гостей», то есть приходящих в обитель богомольцев. Исполняя долг гостеприимства, подвижник кормил пришельцев монастырским хлебом и сам с братией вкушал вместе с ними трапезу. Вместе с внешним шло и внутреннее устроение Пахомиевой обители. Подвижник дал ей строгий общежительный устав, определил монастырские должности: келаря, казначея, чтеца, певца и екклесиарха. В конце концов Нерехтский монастырь стал отличаться таким порядком, что другие монастыри стали ставить его в образец себе. Это вызывало и более усердные жертвы окрестных христолюбцев: они давали святому на строение монастыря, каждый от своего имения, кто сколько мог. Один зажиточный нерехтчанин пожертвовал монастырю два колокола, третий устроил подвижник на собственные средства.
В трудах и заботах о своей обители, в молитвенных подвигах и попечении о спасении души своей состарился преподобный Пахомий, занемог и почувствовал приближение кончины. Инокам, окружившим одр, он сказал прощальное наставление: «Братия! — начал подвижник, — ныне отхожу от вас и вручаю вас всех Пресвятой Троице и Пречистой Богородице. А вы выберите вместо меня, кого хотите, настоятелем».
В ответ братия заплакали и единогласно сказали умирающему старцу: «Отец наш и пастырь! Не лучше ли и нам быть погребенными с тобою, чем здесь оставаться без тебя!»
Преподобный утешил иноков, советовал им надеться на Бога и выбрал им в игумены на свое место Феодора, постриженника Владимирского Рождественского монастыря, оттуда пришедшего в Сыпановскую пустынь. И много святой поучал братию и наставлял на путь спасения, как соблюдать чин и устав монастыря, а в заключение прибавил: «Братия! Терпите находящие на вас скорби и беды на сем месте, да обрящете благодать Божию». После того преподобный испросил у братии прощение, дал им последнее благословение и отпустил с миром по келлиям. 21 марта он приобщился Святых Таин, взирая на иконы, провозгласил: «Господи! В руце Твои предаю дух мой!», — и скончался. Это было в 1384 году.
Погребение останков угодника Божия было очень торжественно, при большом стечении народа. Честные мощи преподобного положены были по правую сторону алтаря Троицкого собора. Когда в Сыпанове строили каменную церковь на месте деревянной, 6 мая 1675 года они были обретены нетленными, но оставлены под спудом. Потом над ними был устроен придел во имя угодника Божия. Теперь его святые мощи почивают на левой стороне Пахомиевского придела, против северных врат алтаря. Красивая металлическая рака возвышается над ними, а поверх ее положен образ преподобного Пахомия.
Господь Бог прославил Своего угодника даром чудотворений как при жизни его, так и по смерти.
В Нерехте во дни преподобного Пахомия проживал человек, преданный неумеренному пьянству. От вина он лишился рассудка, бесновался и говорил бессмыслицу. Много заботились о нем родные, желая исцелить его от болезни, но напрасно. 1 августа, во время освящения воды, когда преподобный шел на речку Гридевку, родственники вели несчастного в монастырь. Остановив крестный ход, подвижник велел привести больного к иордани, где происходило водоосвящение, и осенил его крестом. Безумный бросился в воду и кричал: «Ах, как больно мне: старец опалил меня огнем!» При этом он оставался в речке, которая неглубока, плакал и молился на иконы; рассудок вернулся к нему. Исцеленный потом рассказывал, что из креста вышел огонь, который опалил его. После литургии Пахомий дал исцеленному просфору, и он навсегда избавился от своей болезни.
Инок Иринарх, поселившийся в монастыре при жизни преподобного и много помогавший ему в устроении обители, был искусным живописцем. Через два года после кончины святого напал на Иринарха блудный помысл и тяжко мучил его. Инок покаялся в своем грехе открыто перед всей братией, но и это не помогло ему. Он постился, молился и, наконец, обратился к заступлению преподобного Пахомия, могилу которого посещал каждый день. В одну ночь, утомленный молитвой и возвратясь с могилы, Иринарх заснул и видит во сне светолепного старца, украшенного сединами, имеющего долгую бороду, белую, как снег, и с жезлом в руке. Старец сказал: «Брат Иринарх! Так всегда молись Господу Богу и Пречистой Богородице, Господь помиловал тебя, не согрешай впредь: вот исцеляет тебя Господь от помысла твоего».
При этом чудотворец ударил инока по левому бедру жезлом. Иринарх в ужасе вскочил и видит перед собою преподобного Пахомия, который говорит: «Не бойся, чадо! Ты теперь видишь меня: напиши же образ подобия моего, потому что Господь сопричислил меня к лику преподобных».
Проснувшись, Иринарх рассказал о своем видении игумену и братии и в удостоверение показал след удара на бедре своем. Исполняя волю почившего святого, Иринарх написал образ его, который стоит над гробницею и сохраняется доныне.
В селе Иванькове, близ Костромы, в конце XVIII и начале XIX века жил помещик Протасьев. Он долго болел глазами и наконец ослеп. Несчастный не знал, что делать. Но вот является ему во сне старец и советует помолиться преподобному Пахомию. Между тем Протасьев и не знал, где лежат его мощи. Один знакомый ему сказал, что преподобный Пахомий лежит в Сыпанове, и больной с радостью и надеждой явился туда. Целый день горячо молился Протасьев у раки преподобного и совершенно прозрел. В благодарность за исцеление свое он сделал серебряную ризу на гробовую икону преподобного.
В 1811 году в церкви Сыпанова работали живописцы. Один из них, Соколов, работал в куполе, но так лениво, что священник хотел удалить его. Внезапно Соколов тяжко занемог, заболела и его семья. Чувствуя приближение смерти, живописец раскаялся в небрежности своей. Тогда явился ему во сне преподобный Пахомий и говорит: «Вставай и впредь так не делай». Явление так сильно подействовало на Соколова, что, скоро выздоровев, он с усердием принялся за работу и прекрасно исполнил стенную живопись.
Рассказывают, что преподобный Пахомий еще раз явился живописцу перед тем, как писать ему на стене изображение угодника Божия. Пробудившись, Соколов немедленно взялся за кисть, чтобы не забыть черты лица преподобного Пахомия.
В 1843 и 1892 годах жители Сыпанова были чудесно избавлены предстательством преподобного от пожара. Но особенно памятна для нерехтчан и всего Нерехтского края помощь угодника Божия во время холерных эпидемий 1848 и 1853 годов.
С весны 1848 года холера сильно распространилась по Костромской губернии. В Нерехте началась она в мае и скоро пребратилась в мор. Прихожане села Сыпанова обратились с молитвой к преподобному Пахомию, и он избавил их от смертоносной язвы. Когда совершали крестный ход по селу и деревням прихода, болезнь немедленно прекращалась; отчаянные больные немедленно выздоравливали. В Нерехту икона преподобного принесена была в самый разгар эпидемии и оставалась десять дней, и там очень мало умерло из заболевших — всего 9 человек из 300. Носили икону чудотворца и по соседним селениям и деревням.
Через пять лет повторились подобные явления милости Божией по молитвам преподобного Пахомия. В одной деревне был тяжко болен холерой старик. Без чувств лежал он, и родные ждали его смерти. Вдруг он вздрогнул и спросил: «Несут ли угодника?» Ему сказали, что с образом уже входят в деревню. Больной тотчас же встал, пошел навстречу иконе и носил ее по домам деревни совершенно здоровый. Так награждена была вера в помощь угодника Божия. Зато неверие наказывалось. Один врач и жена его смеялись над приверженностью православных к иконам и набожностью народа. В тот же день заболели они холерой и в страшных мучениях скончались.
