Выбирая местоположение для русского поселения на Колыме, пока еще единственного, Стадухин и его товарищи руководствовались несколькими весомыми соображениями. По среднему течению реки обитало оседлое население, с которого легче было собирать ясак, тогда как в низовьях Колымы пришлось бы сталкиваться с кочевниками, которые в любой момент могли откочевать в иное место. К району Среднеколымского зимовья сравнительно близко подходила верхняя Алазея, до которой, как сказывали местные юкагиры, можно было добраться за три дня. Предводители казачьего отряда рассчитывали по-прежнему собирать ясак с алазейских юкагиров. Для этой цели местоположение Среднеколымского зимовья было наиболее удачным. В ранних колымских ясачных книгах можно найти упоминание о получении ясака с юкагиров, обитавших на Алазее. На Индигирку первые сведения об успешном походе Стадухнна и Зыряна на Колыму были доставлены алазейскими юкагирами, ходившими «по вся годы на Ковыму реку к ковымскнм мужикам, к пешим и оленным в гости».
Наконец, в выборе места для поселения на Колыме, когда на ней еще не было других зимовий, немаловажную роль сыграло и то, что до Среднеколымска могли свободно подниматься морские кочи. Зимовье это находилось примерно на равноудаленном расстоянии от устья до верховьев реки, и это давало возможность посылать экспедиции для сбора ясака по всему Колымскому краю.
Среднеколымские юкагиры-омоки, состоявшие из трех родов: Калянина, Аливина и Алаева, попытались было оказать сопротивление установлению русской власти. Стадухин и Зырян были вынуждены предпринять поход против «юкагирских мужиков-омоков». Завязался бой. Русские отвечали на юкагирские стрелы залпами из пищалей, сходились врукопашную.
Дежнев отличился в бою, убив «лутшево мужика Алаева брата». Сам Алай считался одним из самых влиятельных юкагирских князцов на Колыме. Русские смогли взять в плен Алаева сына Кениту и другого юкагира - Каляну. Их содержали в качестве аманатов в Среднеколымском зимовье. В бою Дежнев снова был серьезно ранен. «А меня, - писал он, - холопа твоего, в левую руку по завити железницею насквозь прострелили».
Юкагирские князцы признали свое поражение и согласились платить ясак. Между русскими и юкагирами наладились мирные отношения. В Среднеколымском зимовье шла оживленная меновая торговля. Сюда съезжались окрестные юкагиры, чтобы выменять шкурки на домашнюю утварь и другие полезные в хозяйстве предметы. Пополнялась мягкой рухлядью ясачная изба. Собирая ясак, казаки посещали ближние и дальние поселенья и кочевья юкагирских родов.
Так продолжалось три года. Пообносились казаки, истосковались по хлебу, питаясь рыбой, олениной, грибами да ягодами. В 1645 году Стадухин и Зырян решили с половиной отряда и собранным ясаком плыть морем до ленского устья, а далее Леной до Якутска. На Колыме осталось всего тринадцать человек во главе с Семеном Дежневым и Вторым (Втором) Гавриловым.
Проведал злопамятный князец Алан, тот самый, брата которого убил собственноручно Дежнев, что опустел острожек и осталась в нем лишь малая горстка защитников. Целая орда, человек пятьсот, под предводительством Алая, ринулась на штурм острожка. Не остановили их натиска защитники и «огненным боем». Падал один из нападавших, а десятки устремлялись вперед. Пока успевали русские перезарядить пищали, Алаевы воины карабкались на частокол и врывались вовнутрь острожка, испуская воинственные возгласы. Положение защитников становилось критическим.
С отчаянной отвагой бросились русские в рукопашный бой. Все они были ранены, а Дежнев получил ранение в голову железной стрелой. Но и истекающие кровью продолжали сражаться. Один из казаков, пробивая себе дорогу сквозь толпу нападавших, сошелся с самим князцом Алаем и «твоим, великого государя, счастием, изменника Алайка не съемном бою копьем сколоти до смерти», - как сообщал позже Дежнев.
Гибель князца вызвала в рядах нападавших замешательство. Дрогнули их ряды. Не устояли перед отчаянной отвагой защитников и «убояси смерти, отошли прочь от острожку».
Дмитрий Зырян не доехал до Якутска. На море он встретил кочи с большой партией ленских торговцев и промышленников во главе с целовальником Петром Новоселовым. Воевода Петр Головин отсылал с Новоселовым на имя Зыряна наказную память о назначении его целовальником (правительственным приказчиком) на сдальние реки». Дмитрии Зырян был вынужден возвратиться на Колыму, тогда как Стадухин с пушниной добрался до Лены.
Возвращение Зыряна на Колыму в роли приказчика-целовальника поставило Семена Дежнева под его начало. Об этой службе Дежнев пишет: «И он приказной Дмитрий Михайлов и целовальник Петр Новоселов тебе, государю, радели с великим радением - посылали нас, холопей твоих, на непослушников, неясачных иноземцов, и голов своих не щадили, и кровь свою проливали… и голод терпели и всякую нужу принимали, и твой, государ, ясак мы, холопи твои, с неясачных людей збираем с великим раденьем».
Дежнев становится во главе отряда численностью более тридцати человек, который по приказу Зыряна и Новоселова выступил в поход против непокорных юкагиров. В результате боя был взят в аманаты некий Аливин, сын Черма. В бою Дежнев вновь был ранен: «а меня, холопа твоего Сеньку, на той имке те юкагиры ранили в левую руку под мышку». Из этого сообщения самого Семена Дежнева видно, что он, не обладая в то время никакими начальственными чинами, занимал положение далеко не рядового казака. Выделяясь среди товарищей боевой доблестью, он получает командование над крупным отрядом. Выносливый, дерзкий и отважный в бою, но не безрассудно-отчаянный, готовый протянуть руку противнику, чтобы избежать ненужного кровопролития, Дежнев завоевал среди казаков заслуженный авторитет.
Тем временем Колыма привлекает торговых и промышленных людей, которые толпами устремлялись сюда. В июле 1647 года якутская таможня выдала проездные грамоты «вниз по Лене и морем на Колыму и Индигирку для торгу и промыслу» 404 человекам Среди них были приказчики крупных московских купцов, монастырей, например Аитониева Сийского монастыря под Холмогорами, а также близких к царю знатных вельмож, таких, как боярин Романов. Каждый приказчик располагал вооруженным отрядом, состоявшим из покручеников и наемных людей, которые занимались непосредственным промыслом, управляли кочами, охраняли имущество.
Торговые люди отправлялись в поход с большим запасом разнообразных товаров, служивших предметами обмена на пушнину. Это были сукна, холщовое полотно, домашняя утварь, топоры, ножи, сети для рыбной ловли и ловли соболя, одеяла, свечи, овчины, обувь, одекуй, бисер, разного рода украшения. Покупателями этих предметов были не только аборигены, но и русские служилые люди. Пообносившиеся за долгий поход, казаки могли поразжиться у торговцев необходимой одеждой или припасами, расплачиваясь пушниной. Расширение торговли русских с аборигенным населением способствовало заимствованию аборигенами некоторых черт русского быта. В юртах можно было встретить металлическую утварь, посуду, инструменты, свечи русского происхождения.
Поселения русских на Колыме растут, обстраиваются, становятся оживленными центрами торговли. С 1647 года здесь регулярно устраивались ярмарки обычно в конце лета, когда промышленники возвращались с промыслов, а с Лены приходили новые партии торговцев с товарами. На ярмарки съезжались и окрестные юкагиры. Все более оживленным становится морской путь от устья Лены на восток. Мореходов не страшили льды и ветры Северного Ледовитого океана. Только летом 1647 года из Лены прошли к Индигирке и Колыме не менее 15 кочей с торговыми людьми.
Трудной была дорога из Якутска на Колыму. С немалыми опасностями и риском было связано плавание Северным Ледовитым океаном. Далеко не все кочи добирались до места своего назначения. Бывало, сталкивались с ледяными заторами и возвращались обратно ни с чем Бывало, и гибли, затертые и раздавленные коварными льдами, И все же торговые люди рисковали и смело отправлялись в опасный путь. Уж очень соблазнительной представлялась выгода от торговли на дальних реках Пуд хлеба, например, стоивший в Якутске 3 алтына, удавалось продать на Колыме за 5-8 рублей, а в некоторые годы даже за 10 рублей. М.И. Белов приводит характерный пример, основанный на документах и характеризующий прибыли торговых людей. В 1645- 1648 годах небольшая группа ленских торговцев вывезла на Колыму товаров на 5997 рублей 12 алтын 2 деньги, а выручила пушнины на 14401 рубль 9 алтын 2 деньги. Таким образом чистая прибыль выразилась в 8403 рубля 21 алтын 3 деньги. Ради таких барышей люди рисковали и шли в дальнее, полное опасностей плавание. Итак, Колыма становится местом скопления русских торговцев, которые начинают помышлять о том, а не раздвинуть ли границы освоенных земель, не устремиться ли далее на восток, в поисках новых рек и пушных промыслов. С жадным вниманием выслушивали казаки, торговые и промышленные люди противоречивые и сбивчивые рассказы аборигенов о землях, лежавших к востоку от Колымы.
