Уже первые месяцы германской агрессии показали, что Гитлер ведет против СССР войну на истребление и преследует цель уничтожить советское государство. Однако постепенно война стала приобретать затяжной характер, что требовало напряжения всех сил, включая силы внешней разведки. Ее «легальные» резидентуры, работавшие на территории Германии и ряда оккупированных Гитлером европейских стран, с началом войны прекратили свое существование. А развертывание работы нелегальных резидентур, создававшихся на период войны, сталкивалось с определенными трудностями. В конце августа 1942 года гестапо арестовало членов подпольных групп «Старшины» и «Корсиканца». Всего в Германии по делу «Красной капеллы» было арестовано свыше 200 человек, а с учетом оккупированных ею стран — 600 человек, большинство из которых было казнено. В том же году был казнен ценный агент внешней разведки в Германии «Брайтенбах».
Несмотря на непродолжительный срок работы в военный период, руководимым «Корсиканцем» и «Старшиной» группам удалось передать в Москву ряд ценных сведений.
От них, в частности, была получена упреждающая информация о том, что в 1942 году Гитлер нанесет главный удар на Кавказ, отказавшись от наступления на Москву. Сталин, однако, эту информацию разведки проигнорировал, что привело к прорыву группы армий Паулюса летом 1942 года к Сталинграду.
С утерей разведывательных возможностей непосредственно в Германии Павел Фитин сделал ставку на активизацию работы «легальных» резидентур в таких странах, как Англия, США, Болгария, Турция, Китай, Иран, Афганистан, Швеция, Япония и ряд других. Наиболее значительных результатов внешняя разведка под руководством Фитина добилась в Англии, где активно действовала знаменитая «Кэмбриджская пятерка» в составе Кима Филби, Джона Кернкросса, Энтони Бланта, Дональда Маклина и Гая Бёрджеса. Благодаря им внешняя разведка нашей страны в течение всего периода войны имела доступ к секретным документам кабинета министров и военного ведомства Великобритании, к переписке премьер-министра Черчилля с президентом США Рузвельтом и другими главами государств, а также министра иностранных дел Идена с послами Англии за рубежом.
Особое место принадлежит резидентурам внешней разведки в Англии и США в получении секретов атомного оружия. Первая информация о том, что в Великобритании ведутся работы по созданию «супероружия», поступила от агента лондонской резидентуры Кернкросса. Нарком Берия поначалу отрицательно отнесся к этой информации, расценив ее как попытку правящих кругов Великобритании отвлечь силы и средства Советского Союза на второстепенные цели. Однако благодаря настойчивости Фитина в июле 1943 года ГКО СССР принял специальное постановление о начале работ над атомным оружием в нашей стране и определил задачи внешней разведки по данному вопросу.
В связи с наметившимся переломом в ходе войны в апреле 1943 года происходит новая реорганизация органов госбезопасности: вновь воссоздается наркомат государственной безопасности СССР.
Павел Фитин становится начальником его Первого управления и упорно доказывает необходимость работы по атомному проекту. Настойчивость начальника внешней разведки неожиданно находит поддержку у Сталина. Руководителем советского атомного проекта назначается молодой ученый Курчатов, а куратором этой тематики — Берия. Разведка органов госбезопасности, руководимая Фитиным, успешно справилась с поставленными перед ней задачами. Недаром работа по «атомному проекту» относится к одному из самых важных достижений советской внешней разведки за всю историю ее существования.
В 1944–1945 годах оперработник нью-йоркской резидентуры Феклисов, работавший с эмигрировавшим перед войной в Лондон германским ученым Клаусом Фуксом, который трудился в США над созданием атомной бомбы в составе группы английских ученых, получил от него все необходимые расчеты и чертежи. В послевоенный период от Клауса Фукса поступили материалы о работе в США над созданием водородного оружия. Сведения, полученные от источника, позволили СССР не только сэкономить значительные средства и выиграть время, но и опередить США в создании водородной бомбы.
Помимо атомной проблемы разведка в годы войны решала массу других важных задач.
Так, 27 ноября 1941 года в США, в адрес резидента Зарубина ушла телеграмма за подписью начальника внешней разведки, в которой уточнялись задачи резидентуры. В качестве приоритетной ставилась задача изыскать возможности для получения политической, экономической и военной информации по Германии и ее союзникам. Особое внимание обращалось также на своевременное выявление планов и намерений США в отношении СССР, а также стран «оси». Накануне отъезда в США Зарубин был принят Сталиным, который поставил перед ним задачу следить за тем, чтобы правящие круги США не сговорились с гитлеровской Германией за спиной СССР и не закончили войну сепаратным миром.
В августе 1941 года посол Великобритании в Москве Криппс передал предложение своего правительства о налаживании сотрудничества разведслужб двух стран в работе против гитлеровской Германии. Вскоре в Москву прибыл представитель британской разведки генерал Джордж Хилл, который ранее работал в нашей стране и даже был участником «заговора послов» против Советской Республики. В Лондон в сентябре того же года для поддержания контактов был направлен опытный советский разведчик Иван Чичаев. Наиболее успешным сотрудничество разведслужб двух стран было в Иране и Афганистане, в чем, несомненно, была заслуга самого Дж. Хилла, питавшего определенные симпатии к нашей стране.
Так, совместными усилиями разведслужб СССР и Великобритании в период Тегеранской конференции «Большой тройки», проходившей в иранской столице 30 ноября — 1 декабря 1943 года, было предотвращено покушение на глав государств антигитлеровской коалиции и разгромлена разведывательная сеть германских спецслужб. В Афганистане спецслужбами двух стран была ликвидирована агентурная сеть разведок стран «оси», получившая название «Мародеры». К середине 1943 года советская разведка в Афганистане уже полностью контролировала всю работу германской резидентуры в этой стране, в Индии, а также в советских приграничных районах.
Начальник внешней разведки Фитин предложил наркому госбезопасности Меркулову попытаться завербовать резидента германской разведки в Афганистане Расмуса, используя бесспорные материалы о провале его сети. В декабре 1943 года в Кабул для проведения вербовочной беседы с Расмусом вылетел Коротков. Он встретился с германским резидентом и в беседе с ним предъявил добытые советской разведкой шифры и коды, которые позволили расшифровать всю его переписку с Берлином и арестовать немецкую агентуру. Немцу были предъявлены документы на деньги, которые перевербованная агентура передала советской стороне и которые поступили в фонд обороны. Коротков предложил Расмусу сотрудничать с советской разведкой. Немец обещал подумать над предложением разведчика и дать ответ через день. Однако на назначенную встречу он не вышел и через несколько дней тайно покинул Кабул. Выяснилось, что он доложил в Берлин о вербовочном подходе к нему и был отозван из страны.
После разгрома гитлеровских войск под Сталинградом перед разведкой встал вопрос о дальнейших стратегических планах Гитлера на Восточном фронте. 25 апреля 1943 года англичане, еще до войны получившие немецкую шифровальную машину «Энигма» и читавшие переписку гитлеровского Генштаба, перехватили и расшифровали телеграмму южной группы войск в адрес Гитлера. В ней сообщалось, что летом немецкие войска намерены предпринять наступление в районе Курска. Содержание расшифрованной телеграммы было передано Дж. Кернкроссом его куратору из лондонской резидентуры и незамедлительно направлено в Центр. Фитин доложил это сообщение Верховному Главнокомандующему. На сей раз Сталин поверил сообщению внешней разведки, советским командованием были предприняты необходимые меры, что сыграло решающую роль в разгроме гитлеровских войск на Курской дуге и переходе стратегической инициативы в руки Советской Армии.
После того как в Великой Отечественной войне произошел коренной перелом в пользу Советского Союза, важное место в работе внешней разведки за рубежом стали занимать вопросы, связанные со сроками открытия второго фронта и сепаратными переговорами, которые Англия и США пытались вести с нацистской Германией за спиной СССР. Еще ранее Сталин в письмах к Черчиллю ставил вопрос о втором фронте, однако Англия под разными предлогами уклонялась от выполнения своих обязательств. Внешняя разведка регулярно информировала Центр о всех нюансах политики кабинета Черчилля по этому вопросу. Из добытых ею документальных материалов следовало, что именно британский премьер под разными предлогами уклоняется от выполнения принятых на себя обязательств, рассчитывая, что затяжная война между Германией и СССР истощит эти страны, а это будет выгодно Англии.
