В тюрьме Бисетра в 1792 году находилось 443 заключенных. Наряду с преступниками там пребывали и жертвы королевского произвола, среди которых были священники и эмигранты; в этой разношерстной среде пышным цветом процветала педерастия. В одном из отделений находились дети от 7 до 16 лет со следами растления, подвергшиеся сексуальному насилию. Более сотни заключенных сидели в восьми карцерах, находившихся на глубине 5 метров под землей, куда не пробивались лучи дневного света; 33 двери отделяли этих несчастных, прикованных к стене, от внешнего мира. Национальное Собрание, к своей чести, потребовало закрытия этого чудовищного узилища, но постановление не успели выполнить. В сентябре 1792 года Бисетр, как и другие парижские тюрьмы, стал ареной кошмарного самосуда; толпа парижан, одурманенная революционным угаром, пересмотрев дела заключенных, убила 166 из 443 человек, в том числе 33 детей. Освобожден был 51 заключенный. Такова вкратце история Бисетра, где находилось психиатрическое отделение, возглавить которое был приглашен Пинель.
Отделение для душевнобольных, изолированное от эпилептиков и идиотов, состояло из 172 камер, в среднем не больше двух квадратных метров каждая, окон не было, свет проникал только через отверстие двери; местами кровати были прикреплены к стенам, но чаще это были корыта с гнилой соломой. Больные были прикованы не только за руки и за ноги, но и за шею. Персонал состоял из 17 человек. Если тихие больные лежали по 6 человек на одной «кровати» в больших палатах и репрессиям не подвергались, то в обращении с беспокойными душевнобольными и преступниками различий не было, их считали вредными, опасными и ненужными, обращались с ними жестоко. О лечении говорить не приходится, так как его еще просто не существовало.
Доктор Пинель являлся ежедневным свидетелем неудовлетворительного положения душевнобольных и варварского к ним отношения, что не могло, конечно, оставить его равнодушным. Он не мог мириться с тем, что к больным людям относятся более сурово, чем к заключенным убийцам; что их содержат, как собак, привязывают цепями к крюкам, сцепляют руки наручниками, содержат в темных сырых помещениях, не оказывают никакой медицинской помощи. Пинель постоянно обращался в Парижскую Коммуну за разрешением снять цепи с душевнобольных.
Одним из главных противников реформаций Пинеля был параплегик Кутон, председатель Парижской Коммуны, главный поставщик жертв на эшафот. Кутон — близкий друг Робеспьера, казненный вместе с ним, жестоко подавивший восстание в Лионе, предложивший Конвенту прериальный закон, чрезвычайно упростивший судебную процедуру: давший возможность революционному трибуналу осуждать на смерть по 40–50 человек в день. Тот самый Кутон, который казнил не только людей, но и здания. Злодея носили по городу на руках или носилках жандармы, и он бил молоточком по стенам домов, и эти дома должны были разрушить, а то он ездил на трехколесном деревянном велосипеде, выискивая жертвы. Кутон страдал сильными головными болями, тошнотой, тем не менее это не помешало ему быть одним из наиболее активных членов Конвента. Принцип замещения или компенсации: если парализованы ноги, надо укреплять волю — можно проследить на Кутоне. Паралитик Кутон обладал железной волей, он сделал то, что не смогли сделать министр Неккер, академик Байи и др. Когда Кутона внесли в отделение Бисетра, где находились прикованные к стенам буйные больные и его взору открылось страшное зрелище, он сказал Пинелю: «Гражданин, делай, что знаешь, но ты сам, должно быть, сошел с ума, если хочешь спустить с цепей этих безумных».
В тот же день Пинель приказал расковать 12 больных. Первый из них был прикован 40 лет, он считался особенно опасным, т. к. убил кандалами служителя. Получив свободу, он весь день бегал по «палате», и с того момента приступы буйства у него прекратились. Вторым был освобожден прикованный цепями на протяжении 36 лет, ноги его были сведены. Он умер, не заметив своего освобождения от пут. Третий был скован в течение 12 лет. Он скоро поправился и выписался. Но бедолаге не повезло: он вмешался в политику и был казнен. Четвертый, Шевенже, был прикован 10 лет. Человек этот обладал необыкновенной физической силой, был грозой отделения. После освобождения и общения с Пинелем он вскоре переменился и спустя некоторое время стал помогать Пинелю в больнице. Известно, что он несколько раз спас жизнь Пинелю. Однажды на улице толпа набросилась на Пинеля с криком: «На фонарь!» Доктор был спасен Шевенже, который его сопровождал.
Кроме снятия цепей, Пинель добился введения в практику содержания душевнобольных больничного режима, врачебных обходов, лечебных процедур и много другого, в чем нуждались больные. В 1798 году были сняты цепи с последних больных Бисетра, так был положен конец ужасной несправедливости, противоречащей элементарным принципам человеческой гуманности.
В Конвенте не разделяли революционных действий Пинеля. Он был на дурном счету у революционных властей; думали, что Пинель держит под видом душевнобольных врагов народа. Доктор Пинель систематически отказывался выдавать революционному трибуналу тех, кто по случаю душевного заболевания находился у него в больнице, хотя в глазах тогдашней власти они были политически неблагонадежными. На обвинения в сокрытии преступников Пинель отвечал, что эти подозрительные на самом деле душевнобольные люди. Хорошо известно, что противодействие властям в то время требовало немалого гражданского мужества, любого могли отправить на эшафот без суда и следствия. Кутон как-то сказал Пинелю: «Гражданин, я буду завтра у тебя в Бисетре, и если ты скрываешь у себя врагов революции, то горе тебе». На следующий день его принесли в больницу, и он пытался выявить «преступников». Ничего не добившись, он ретировался на руках жандармов.
По инициативе Кутона Пинеля сместили с должности. Спустя два года, 13 мая 1795 года, его назначили старшим врачом в госпиталь Сальпетриер, где он провел реформы, аналогичные реформам Бисетра. Примечательно, что надзиратель Пюссен, бывший помощник Пинеля в Бисетре, перешел с ним в Сальпетриер, где впоследствии ему и Пинелю поставили памятники. В 1794 году Пинель издал свою «Философскую нозографию», которая была отмечена Парижской Академией наук как одно из произведений, делающих честь французской науке. Монография Пинеля была переведена на несколько иностранных языков и в течение 25 лет служила настольной книгой для студентов. Ее значение признавал Биша. В Сальпетриере Пинель продолжил свои клинические наблюдения, которые были использованы в его «Трактате о мании» (1801). В том же году он был избран профессором и с 1795 по 1822 год заведовал кафедрой внутренних болезней и психиатрии в Парижской Медицинской школе (Ecole de Sante). Его лекции были популярны у студентов. К этому времени относится названный его именем симптом, наблюдаемый при активном туберкулезе легких: резкая боль в грудной клетке и верхней половине живота при незначительном надавливании пальцами на шею в области прохождения блуждающего нерва.
Не обнаружив при вскрытии в мозге психически больных никаких патологических изменений, Пинель выдвинул теорию «моральной» детерминированности психических расстройств. Здесь имеется в виду, что, вследствие таких травм, как, например, огорчение, неудовлетворенность своей жизнью, потеря близкого человека и др., психика может существенным образом пострадать. Истерия, этот оселок, на котором издревле оттачивали свое мастерство психиатры, также не осталась без внимания Пинеля. Он причислял истерию к группе неврозов, рассматриваемых в категориях физических и (или) моральных расстройств нервной системы, что более или менее соответствует современному разделению на функциональные и органические расстройства. Он находил истерию как у женщин, так и у мужчин, и полагал, что нимфомании (или «бешенству матки») у женщин соответствует сатириазис (болезненно повышенное половое влечение с чувством постоянного полового неудовлетворения) у мужчин. Таким образом, Пинель возобновил старые представления о значении сексуальных факторов в этиологии истерии. Его основной заслугой в области исследования истерии были отказ от английских неврологических теорий более чем двухсотлетней давности и создание теории, допускающей возможность истерических расстройств без органических изменений нервной системы.
В 1803 году Пинеля избрали в Академию на место Кювье, по секции зоологии и анатомии. Пинель приобрел небольшое имение, где занимался садоводством и с меньшим успехом разведением мериносов. До конца жизни он оставался либералом и левым, за что в 1822 году попал в списки уволенных со службы профессоров. Через три года он вторично женился.
Великий человек и врач Филипп Пинель умер от воспаления легких 26 октября 1826 года в Сальпетриере. Ушел из жизни один из гуманнейших людей, составивший гордость французской и мировой психиатрической науки. Пинель был чрезвычайно скромным человеком, он не придавал какого-то особого значения тому великому делу, которое он совершил. Он не был ни честолюбив, ни тщеславен, лишен был всякого корыстолюбия. Пинеля похоронили на парижском кладбище Пер-Лашез; у входа в больницу Сальпетриер стоит его бронзовая статуя. Дело, которому отдал жизнь доктор Пинель, продолжил его ученик Эскироль.