Во время страшного розыска по этому делу, происходившего в Преображенском приказе, государь, 2 марта, в сборное воскресенье, был у обедни. Здесь подошел к нему неизвестный человек и подал бумагу, в которой было написано следующее:
"За неповинное отлучение и изгнание от всероссийского престола царского Богом хранимого государя царевича Алексея Петровича христианскою совестию и судом Божиим и пресвятым евангелием не клянусь и на том Животворящего Креста Христова не целую и собственною рукою не подписуюсь; еще к тому и прилагаю малоизбранное от богословской книги Назианзина могущим вняти в свидетельство изрядное, хотя за то и царский гнев на мя произмется, буди в том воля Господа Бога моего Иисуса Христа, по воле Его святой, за истину, аз раб Христов Илларион Докукин страдати готов. Аминь, аминь, аминь".
Бумага, на которой подписаны были эти слова, была присяжным листом на верность новообъявленному наследнику престола царевичу Петру Петровичу. Этот присяжный лист раздавали во множестве экземпляров, приводя русских к присяге. Человек, подавший Петру эту бумагу, был подьячий Докукин. Его три раза подвергли жесточайшей пытке. Он никого не выдал, хулил Петра и Екатерину и кричал, что пришел добровольно пострадать за правду и имя Христово. Его колесовали. Но Петр понял, что между сторонниками его сына есть люди, о которых можно было сказать, что они не чета жалкому, ничтожному царевичу и что они гораздо опаснее самого Алексея. "О, бородачи, бородачи! восклицал тогда Петр в разговоре с Толстым. - Всему злу корень - старцы да попы! Отец мой имел дело с одним бородачом, а я - с тысячами!"
В изобилии лилась человеческая кровь за этого царевича, а он сам тешился уверенностью, что страданиями преданных ему людей купит себе спокойствие и безмятежную жизнь со своей дорогой Евфросинией. "Батюшка, писал он к Евфросинии, - поступает со мною милостиво; слава Богу, что от наследства отлучили! Дай Бог благополучно пожить с тобою в деревне".
18 марта Петр уехал в Петербург. С ним отправился и царевич. 12 апреля была Пасха. Царевич, явившись к мачехе с поздравлением, валялся у нее в ногах и умолял ее ходатайствовать о дозволении ему жениться на Евфросинии. И это делалось после того, как его родная мать, публично опозоренная, была осуждена на увеличенное, тяжкое страдание!
Давножданная Евфросиния наконец приехала в Петербург 20 апреля; но царевич не встретил ее и не обнял при свидании. Ее, беременную, засадили в Петропавловскую крепость и там задали ей вопросные пункты: кто писал царевичу во время его пребывания за границею, кого хвалил царевич, кого бранил, что о ком говорил. Испуганная Евфросиния дала такое показание: "Царевич писал не раз цезарю жалобы на отца, писал письма к русским архиереям, с тем, чтобы эти письма подметывать в народе, постоянно жаловался на родителя, очень прилежно желал наследства, изъявлял радость, когда читал в курантах, что брат его, Петр Петрович, болен, и говорил такие слова: "Хотя батюшка и делает то, что хочет, только, чаю, сенаты не сделают того, чего хочет батюшка". Когда слыхал о видениях и читал в курантах, что в Петербурге тихо и спокойно, то говорил: "Тишина недаром, может быть, отец мой умрет, либо бунт будет. Отец надеется, что по смерти его, вместо малолетнего Петра, будет управлять мачеха; тогда бабье царство будет, и произойдет смятение: иные станут за брата, а иные за меня. Я, когда стану царем, то всех старых переведу, а новых наберу себе по своей воле. Буду жить зиму в Москве, а летом в Ярославле. Петербург будет простым городом; я кораблей держать не стану и войны ни с кем вести не буду; буду довольствоваться старым владением". Когда услышал царевич, будто в Мекленбурге бунтует русское войско, то очень обрадовался".
Евфросиния показала также, что царевич из Неаполя хотел бежать в Рим к папе; но она его удержала.
Когда царевичу предъявлено было показание Евфросинии, он запирался. Но отец подверг его тайной пытке. Уже после смерти царевича осуждены были на казнь трое крестьян за то, что были свидетелями, как на мызе повели царевича под сарай и оттуда были слышны его стоны и крики. После таких мер царевич написал показание, в котором наговорил на себя столько, сколько даже не был вынужден говорить, например: "Когда я слышал о мекленбургском бунте русского войска, как писали в иностранных газетах, то радовался и говорил, что Бог не так делает, как отец мой хочет, и когда бы так было и бунтовщики прислали бы за мною, то я бы к ним поехал". Он наговорил на многих государственных людей, притянул к делу киевского митрополита, заявивши, что он ему друг, что писал к этому архипастырю и просил всем сказывать, что царевич убежал от принуждения вступить в монастырь. Петр, по этому показанию, отправил Скорнякова-Писарева в Киев сделать у митрополита обыск и самого его препроводить в Петербург. Престарелый митрополит Иосиф Кроковский был отправлен в Петербург, но не доехал и умер на пути в Твери. Предание говорило, что его отравили.
Вынужденное пытками сознание царевича в том, что он готов был пристать к бунтовщикам, дало Петру повод не стесняться своим прежним обещанием помилования, данным виновному сыну. 13 июня Петр приказал нарядить суд из духовных и светских лиц и объявлял печатно, чтобы судьи вершили это дело "не флатируя и не похлебуя ему государю: не рассуждайте того, что тот суд ваш надлежит вам учинить на сына вашего государя, но, несмотря на лицо, сделайте правду и не погубите душ своих и моей души, чтоб совести наши остались чисты в день страшного испытания и отечество наше безбедно".
14 июня царевич был посажен в Петропавловскую крепость, а 17-го потребован в суд к допросу. Царевич оговорил своего дядю Авраама Лопухина и своего духовника Якова Игнатьева, будто последний, узнавши от царевича на исповеди, что царевич желает отцу смерти, сказал: "Бог тебя простит, и мы все желаем ему смерти". Пытали Лопухина, расстригли и пытали три раза протопопа Якова. 19 июня пытали самого царевича и дали ему 25 ударов кнутом.
22 июня Толстой взял с царевича показание, в котором излагались причины его непослушания отцу. Показание это явно было написано так, как от него требовали. Он приписывал все своему обращению с попами, чернецами и ханжами, а в конце оговорил императора, будто тот обещал ему вооруженную помощь: "И ежели бы цезарь начал то производить в дело, как мне обещал, то я бы, не жалея ничего, доступал наследства, дал бы цезарю великие суммы денег, а министрам и генералам его великие подарки. Войска его, которые бы он мне дал в помощь, чтобы доступать короны российской, взял бы на свое иждивение и, одним словом сказать, ничего бы не пожалел, только чтобы исполнить в том свою волю".
24 июня царевича снова подвергли пытке и дали ему 15 ударов кнутом. В этот самый день решился суд над ним. Духовенство дало уклончивый, но замечательно мудрый приговор. Выписав разные места из Священного Писания об обязанностях детей повиноваться родителям, оно предоставило на волю государя действовать или по Ветхому, или по Новому Завету: хочет руководствоваться Ветхим Заветом - может казнить сына, а если хочет предпочесть учение Нового Завета - может простить его, по образцу, указанному в евангельской притче о блудном сыне, и в поступке самого Спасителя с женою пре-любодейницею. "Сердце царево в руце Божией есть; да изберет тую часть, амо же рука Божия того преклоняет!" Так сказано было в конце приговора духовных.
Церковь, в лице своих представителей, исполнила свое дело; она указала дух, в каком должна действовать мирская власть, признающая себя христианскою; более ничего не могла сделать церковь, не имевшая никакого оружия, кроме слова, никаких побудительных мер, кроме указаний на слова и пример Спасителя.
Светский суд не сохранил своего достоинства в равной степени, в какой сохранило его духовенство. Светские судьи могли бы напомнить государю, что он дал свое царское обещание сыну, через Толстого в Неаполе: что ему наказания не будет, если он возвратится. Сын поверил слову царя-родителя, и теперь его можно было судить только в таком случае, когда бы он сделал что-либо преступное уже после своего возвращения в отечество. Но светские судьи так не сделали, во-первых, потому, что во главе их находился Меншиков, личный враг царевича, во-вторых, потому, что они желали угодить Петру и ясно видели, какого решения ему хочется. Царевичу был подписан смертный приговор 120-ю членами суда.
26 июня в 6 часов пополудни царевич скончался. Царь опубликовал об его смерти, что он, выслушавши смертный приговор, пришел в ужас, заболел недугом вроде апоплексии, исповедался, причастился, потребовал к себе отца, испросил у него прощения и по-христиански скончался. Этому описанию не все верили; пошли слухи, что царевич умер насильственною смертию, но какою - неизвестно. Из книг "Гарнизона", то есть Петропавловской крепости, видно, что в день смерти царевича, утром, Петр с девятью сановниками ездил в крепость и там "учинен был застенок", т. е. производилась пытка, но над кем - о том не говорится.