Наступило первое путешествие Петра за границу под именем Петра Михайлова. Меншиков был неразлучен с Петром; с ним он работал на амстердамской верфи, с ним посещал университетские кабинеты и мастерские художников. Меншиков заранее еще в России подучился по-голландски и по-немецки, а находясь за границею, в глазах Петра быстро освоился с этими языками. Везде и во всем умел он нравиться властелину, разделял с ним и трудные работы по кораблестроению, и буйные попойки, и оргии. Когда из трудолюбивой мещанской Голландии Петр переехал в аристократическую Англию, Меншиков с удивительною понятливостью присмотрелся к приемам придворной и дипломатической жизни. На возвратном пути через Вену, Меншиков присутствовал с царем на блестящем придворном маскараде, устроенном для Петра императором в своем дворце, и осваивался с приемами большого европейского света. По возвращении в отечество началась страшная расправа с мятежными стрельцами; Меншиков был постоянно с государем, и в угоду ему собственноручно рубил преступникам головы. В это время царь разошелся со своею женою Евдокиею и заточил ее в монастырь; она чрезвычайно не терпела Меншикова, и все сторонники старых порядков Руси разделяли отвращение к любимцу, имевшему, по их понятиям, зловредное на царя влияние. Началось бритье бород и переодевание русских в иноземное платье; Меншиков был самым ревностным хвалителем царских затей, и этим глубже входил в душу царя; не было ничего, в чем бы Петр отказал своему другу Александру Даниловичу, или просто Данилычу, как он называл его. В это время Меншиков имел уже чин генерал-майора и начальствовал над целым драгунским полком, носившим его имя.
В 1700 году, при самом начале шведской войны, Меншиков женился на девице Дарье Арсеньевой.
Во всех переменах счастливых и несчастных, сопровождавших шведскую войну, Меншиков постоянно находился при царской особе и не мог самостоятельно проявить собственной личности без участия самого царя. Где был царь, там был и Меншиков. Когда немец Нейгебауер, бывший воспитатель молодого царевича Алексея, потерял свое место, главным руководителем образования своего сына Петр назначил Меншикова; но это руководительство могло быть только номинальным, потому что Меншиков не переставал сопровождать царя в его подвижной жизни. 24 августа 1702 года фельдмаршал Шереметев взял город Мариенбург, и в числе пленных, сдавшихся жестокому полководцу на милость, был пастор Глюк, со своею воспитанницей или служанкой Мартою; последнюю Шереметев передал жене полковника Балька, а у нее взял ее к себе Меншиков и подарил своей жене, у которой в услужении было уже несколько ливонских и шведских пленниц. Марта, переменившая свое имя на Екатерину, сразу сумела понравиться Меншиковой.
После взятия Шлиссельбурга Меншиков был возведен в звание губернатора Ингерманландии, Корелии, Эстляндии и всего края, доставшегося России оружием от Швеции. В 1703 году в глазах Меншикова была взята и уничтожена крепость Ниеншанц. Когда шведы выслали против русских по Неве суда свои, а Петр счастливо отбил покушения и овладел двумя фрегатами, Меншиков был участником этого дела и награжден от царя орденом Андрея Первозванного. 27 мая 1703 г. в Троицын день совершена была закладка Петербурга, и Меншиков, как уже нареченный царем губернатором края, назначен был надзирать за делом постройки. Во все царствование Петра Меншиков был главнейшим исполнителем задушевных замыслов Петра, касавшихся основания, построения и заселения Петербурга. Новая столица обязана своим созданием столько же творческой мысли государя, сколько деятельности, сметливости и уменью Меншикова. Он наблюдал и над привозом строительных материалов, и над приводом рабочих, отправляемых беспрестанно со всех краев России, и над доставкой провианта для их содержания. Царь, оставивши Меншикова строить новый русский город, уезжал в Москву и устраивал празднества по поводу своих побед и завоеваний. Ему без Меншикова чего-то недоставало, и он вызывал его быть участником в торжествах. В один из таких вызовов, проводя время за веселыми пирушками в московском доме своего любимца, Петр увидел Екатерину. Она понравилась государю: в это время он уже разошелся со своей любовницей Анной Монс, изменившей Петру. Петр взял Екатерину к себе; она тогда уже порядочно освоилась с русским языком и изъявила охоту принять православную веру. Ее крестным отцом был молодой Алексей, сын Петра. Екатерина овладела сердцем Петра, и этим обязана была своему кроткому, веселому нраву и своей безропотной покорности не только перед волей, но и перед своенравными выходками Петра; сознавая свое положение, как бы рабы, она не показывала ни малейших признаков ревности, когда Петр позволял себе в виде развлечения сходиться с другими женщинами. Зато у Петра развлечения эти случались без участия сердца, а потом, с летами, совершенно прекратились; Екатерина осталась единственным предметом его сердечной привязанности, и можно сказать, что, за исключением одного Меншикова, никто никогда не был так близок сердцу государя во всю его жизнь, как Екатерина. Передавши своему государю Екатерину, Меншиков опять обратился к наблюдениям за постройкой Петербурга; его вниманию предоставлено было также построение Кроншлота и Кронштадта, на острове Ретузари, назначенного Петром быть местопребыванием создаваемого военного флота.
Занимаясь неустанно делом построения Петербурга, Меншиков не забывал и себя, воздвигал себе в Петербурге красивый дворец, стараясь сделать его удобным для веселой жизни и приема гостей, а в 50 верстах от Петербурга заложил себе дачу, назвав ее "Ораниенбаум". В Москве у него оставался прежний, подаренный ему царем, дом, красиво убранный; при доме было множество прислуги и музыкальная капелла: в этом доме проживала жена Меншикова, не любившая Петербурга.
Наблюдение над постройкой Петербурга и Кронштадта, порученное ингерманландскому губернатору, прерывалось самим царем, который брал с собой Меншикова повсюду, куда сам направлялся в своей подвижной жизни. Меншиков принужден был участвовать и при осадах и штурмах ливонских городов, и в конференциях с польскими панами, и наблюдать над воспитанием царевича, ездившего в походах за царем со своим воспитателем Гюйсеном. В Полоцке, по мановению царя, Меншиков приказывал в его присутствии убивать униатских монахов.
В конце 1705 года он вместе с царем приехал в Москву; там они устроили себе победные празднества и торжественный въезд через триумфальные арки: царский любимец носил тогда титул графа римской империи, губернатора Эстляндии и Ингерманландии, кавалера ордена Св. Андрея Первозванного, кавалера польского ордена Белого Орла, капитана гвардейских бомбардиров, полкового командира двух ингерманландских полков и обер-гофмейстера при царевиче. Поляки удивлялись тесным дружеским отношениям, существовавшим между царем и его подданным. Когда в Гродно Меншиков праздновал свои именины, у него присутствовали царь и король Август; царь хотел еще более возвысить своего любимца и отправил в Вену царевичева наставника, Гюйсена, хлопотать у цезаря для Меншикова титул светлейшего князя Римской империи. Гюйсен исполнил это поручение счастливо для высокомерного временщика, хотя, как говорят, отсутствие Гюйсена вредно отразилось на воспитании царевича, остававшегося тогда без наставника.
В 1706 году Меншиков был командиром целого корпуса войск от 12000 до 15000, посланных на помощь Августу в Польшу и Саксонию, одержал над шведами победу, но был близким свидетелем измены Августа общему с царем делу войны против шведов, когда Август постановил со шведским королем особый Альтранштадтский мир.
Потом Меншиков опять был постоянным спутником царя и был отправлен с важными военными поручениями. В 1708 году он командовал в несчастной битве при Головчине. После того царь узнал, что Карл двинулся с частью войска вперед, а позади себя оставил корпус Левенгаупта. Петр предпринял напасть на последнего. Меншикову поручено было вести передовой отряд. 28 сентября произошло сражение под Лесным. Левенгаупт потерпел совершенное поражение и потерял почти половину своего войска. Царь приписывал Меншикову важное содействие в одержанной победе.
Затем последовало вторжение Карла в Малороссию и измена Мазепы. Меншиков, по царскому приказанию, разорил Батурин, потом находился с царем в Лебедине, съездил с ним в Воронеж и присутствовал там при спуске построенных судов. В Полтавской битве Меншиков, по распоряжению государя, не допустил неприятеля овладеть Полтавой и в самое время сражения сопутствовал царю, а после бегства Карла XII с шведским войском преследовал его до Переволочны и, одержав там другую победу, взял в плен генерала Левенгаупта. Когда после того Меншиков возвратился к Полтаве, царь дал ему чин генерал-фельдмаршала, а сам принял чин генерал-майора. От Полтавы Меншиков сопровождал царя в Киев, а в следующую зиму присутствовал в Москве при торжестве, устроенном Петром в честь Полтавской победы.
