Значение Феофана все более и более усиливалось; ловкий архиерей всегда умел кстати представлять перо свое к услугам государя, сообразно текущим обстоятельствам. Когда Петр издал знаменитый указ 5 февраля 1722 года о престолонаследии, Феофан взялся, по царской воле, защищать, всею силою научных доводов, справедливость и полезность такого закона и напечатал книгу "Правда воли монаршей". Потакая давнему и постоянному стремлению Петра быть фактическим господином и правителем русской церкви, Феофан написал и напечатал "Розыск исторический", в котором доказывал, что христианский государь имеет право управлять делами церкви, хотя ему неприлично отправлять богослужение. Петра, по соответствию с событиями его собственной жизни, занимал вопрос о браках; Феофан написал два рассуждения: одно - "О браках правоверных с иноверными", другое - "О правильном разводе мужа с женою". В последнем - Феофан полагает, что в случае развода, совершившегося по вине одного из супругов, можно дозволить вступать в новый брак не только невинному лицу, но и виновному, потому что супруг прелюбодейный в первом супружестве может быть верным во втором. Феофан, по воле государя, составлял небольшие увещания к раскольникам, которые публиковались в виде указов от Святейшего Синода; между прочим, им были написаны: увещание о том, чтобы раскольники безбоязненно являлись в Синод для рассуждений о своих сомнениях, сочинение: "О продерзателях, нерассудно на мучение дерзающих", которое Святейший Синод предписал читать два раза в месяц, и сочинение: "О поливательном крещении", где доказывалось, что поливательное крещение имеет такую же силу, как и крещение с погружением. Последнее сочинение навлекло на Феофана укоры не только от раскольников, но и от православного духовенства.
В своих проповедях Феофан постоянно касался современных событий и при всяком случае восхвалял деяния Петра, так что его "Слова и речи", изданные при Екатерине II, могут считаться скорее не церковными проповедями, а политическими руководящими статьями. В своих восхвалениях Петру Феофан мало пускался в праздную риторику, но всегда касался практической стороны и полезности для государства мероприятий государя. Все тогдашние уставы, касавшиеся церковного управления, писаны были Феофаном. Он составил устав семинарии или духовной академии, которую Петр предположил завести для приготовления пастырей церкви. Феофан составил духовный штат, не приведенный в исполнение при жизни Петра. Наконец, в январе 1724 года, Феофан, соображаясь с видами государя, по его приказанию, написал указ об устроении монашества, указ, которым предполагалось поставить монастыри по древнейшему образцу на такую степень, чтобы иноческое житье отнюдь не было бесполезным и монастыри не делались притоном ленивцев, но приносили бы свою пользу обществу, как и все другие общественные учреждения. Труды Феофана не ограничивались сферою церкви. Как человек, владевший хорошо пером, он, по поручению Петра, писал уставы и законоположения, относившиеся к другим сферам государственного порядка; так, им написано было предисловие к морскому регламенту. Вероятно, и в других случаях употреблял его Петр: между прочим известно, что в 1722 году Феофан получил поручение от государя пополнить историю Петра, написанную неизвестно кем, быть может, самим Петром; она в значительной степени была исправлена и выглажена Феофаном, а напечатана была уже при Екатерине II. Эта история обнимает первую половину царствования Петра до Полтавской битвы.
Несмотря на близость Феофана к государю, любимец Петра не получил материальных богатств, как бы следовало ожидать, и постоянно жаловался на скудость. Государь пожаловал ему два подмосковных села, но, по свидетельству Феофана, по причине хлебных недородов, они приносили ему на первых порах убыток вместо пользы. Его псковская епархия была бедна и не доставляла ему надлежащих средств для прожития в Петербурге; царь поддерживал его своими частными подачками.
Петр Великий скончался; псковский архиерей вместе с тверским присутствовали при его смертном одре. Возник важный вопрос о наследстве. Феофан много способствовал возведению на престол Екатерины и, со свойственной ему убедительностью, доказывал, что хотя покойный государь не оставил завещания, но достаточно указал на свою волю, короновавши императрицу Екатерину. Он припомнил, как Петр, накануне ее коронования, говорил своим верным слугам, что коронует ее с тою целью, дабы она по смерти его стала во главе государства. По предложению Феофана, акт провозглашения Екатерины императрицею положили назвать не избранием, а только объявлением в том смысле, что еще при жизни своего супруга она была избрана править по его кончине государством, а теперь только объявляется об этом во всенародное сведение. Екатерина была признана и в значительной степени была обязана своим воцарением ловкости Феофана. При погребении Петра Феофан произнес речь, считающуюся лучшею из говоренных им в своей жизни речей.
При Петре Феофан действовал как один из вернейших исполнителей, пособников и, так сказать, угадывателей воли Петра; он действовал преимущественно в литературной сфере и старался всегда применяться к текущим событиям своего времени. После Петра Феофан вращается в государственной сфере; он - один из могучих людей своей страны и своего века, но его деятельность выразилась, главным образом, в постоянной борьбе с тайными и явными врагами и соперниками. Феофан всегда выходил победителем и безжалостно уничтожал все, что только отваживалось заявлять против него вражду. Первою жертвою его был человек, которому некогда он старался угождать - новгородский архиепископ Феодосий. Этот сановник, зазнавшись своим значением, позволил себе неосторожные выходки, которыми тотчас воспользовались те, которые могли на его погибели устроить свое собственное возвышение. Не пропущенный во дворец через мост караульным солдатом, Феодосий, махая палкой, сказал: "Я лучше светлейшего князя!" Этим он раздражил Меншикова, которому не преминули донести о выходке архиерея. Через несколько дней после того, находясь в синодальной палате в кругу духовных, Феодосий в разговоре с ними жаловался, что в его время нет доброжелательства к духовному сословию, и по этому поводу угрожал гневом Божиим и междоусобною бранью. Многие духовные уже прежде не любили Феодосия за его высокомерие и заносчивость. Феофан и с ним трое архимандритов, заседавших в Синоде, подали императрице донос в том, что Феодосий произнес "слова противные и молчания не терпящие". Государыня 24 апреля дала повеление арестовать Феодосия и допросить. На другой день после этого ареста спрошены были другие синодальные члены. Тверской епископ Феофилакт Лопатинский показал, что преосвященный Феодосий бранил весь российский народ "безумными, нехристианами, горшими турков и всяких варваров, атеистами и идолопоклонниками, говорил, что над церковью совершаются тиранства, толковал, что болезнь государю Петру пришла смертельная от безмерного женонеистовства и от Божия отмщения за его посяжку на духовный и монашеский чин", что "излишняя его охота к следованию тайных дел показывает мучительское его сердце, жаждущее крови человеческой". Другие члены также не добром помянули Феодосия в своих ответах, когда им задавали вопросы. Новгородский архиепископ просил письменно милости и прощения у государыни, винился в том, что на мосту назвал часового, не пропустившего его во дворец, дураком, но отрицал приписываемые ему речи, будто бы произнесенные в синодальной палате, и уверял государыню, что он, по верности своей к ней, прежде других учинил и подписал ей присягу. Но потом, при вторичных допросах, Феодосий сознался в некоторых неблаговидных замечаниях, произнесенных перед тверским архиереем о том, что сенаторов пригласили ко столу во дворец, а синодальных членов не пригласили, и что теперь ухаживают за сенаторами, а когда окажется несогласие в народе, тогда начнут ухаживать и за духовенством. Феофан не остановился на первом ударе, нанесенном своему сопернику, но пользуясь тем, что последний начинает сам виниться, настоял, чтобы у Феодосия забрали всю его переписку и арестовали нескольких монахов из Невского монастыря. 11 мая составлен был Феофаном указ, подписанный государыней, о ссылке Феодосия в дальний корельский монастырь, на устье Двины. 13 мая этот приговор был публично прочитан; вслед за тем Феодосия отвезли в место заточения и поместили в келье, устроенной под церковью. Вместе с Феодосием был осужден и сослан в Соловецкий монастырь за разные неисправности синодальный обер-секретарь Варлаам Овсянников. Потом сделан был допрос другим лицам, арестованным по делу Феодосия; из них один, Григорий Семенов, думал очернить и самого Феофана, но ему не удалось, и, запутавшись в собственном доносе, доносчик был осужден на смерть за то, что, слышавши по собственному сознанию от Феодосия и Варлаама Овсянникова "злохулительные слова на царскую особу", вовремя не донес. Монахи Невского монастыря, арестованные по делу Феодосия, наговорили на своего опального владыку, что он принуждал их, как своих подчиненных, присягать на верность себе, словно царствующей особе. Тогда составлено было "объявление о Феодосии", в котором изложены были вины новгородского архиепископа. Оно было отдано на просмотр Феофану. Феофан, воспользовавшись этим, двинул дело до того, что Синод, по высочайшему повелению, приказал снять с Феодосия архиерейский и священнический сан и посадить его в тюрьму с малым оконцем, не допускать к нему близко людей и не давать ему для пропитания ничего, кроме хлеба и воды. Граф Платон Мусин-Пушкин, по царскому повелению, приехал в корельский Никольский монастырь и пригласил туда холмогорского архиерея. Последний в церкви снял с Феодосия сан, а потом Феодосий был посажен в ту же келью, где сидел прежде, но уже не в архиерейском сане, а в звании простого монаха, под именем чернеца Федоса. В его келье заложили большое окно и оставили для света маленькое отверстие в четверть аршина; его тюрьма была с тройною дверью за замками и печатями; у двери поставлены были двое солдат. Как и чем существовал чернец Федос в своей тюрьме от половины октября до конца января 1726 года, - неизвестно, но в конце января архангельский губернатор Измайлов приехал в корельский монастырь и приказал перевести узника в другую тюрьму: Феодосий был так слаб, что не мог ходить, и его перенесли на руках, а 5 февраля караульный фендрих Григорьев рапортовал губернатору, что чернец Федос умер. Тело Федоса, по указу тайной канцелярии, вынули из земли, отвезли в Кирилловский монастырь и там похоронили 12 марта. 25 июня того же года императрица сообщила Святейшему Синоду, что она соизволила Феофана, псковского архиепископа, перевести на новгородскую архиепископию.
